At the time of the COVID-19 pandemic, providing access to data (properly optimised regarding personal data protection) plays a crucial role in providing the general public and media with up-to-date information. Open datasets also represent one of the means for evaluation of the pandemic on a global level. The primary aim of this paper is to describe the methodological and technical framework for publishing datasets describing characteristics related to the COVID-19 epidemic in the Czech Republic (epidemiology, hospital-based care, vaccination), including the use of these datasets in practice. Practical aspects and experience with data sharing are discussed. As a reaction to the epidemic situation, a new portal COVID-19: Current Situation in the Czech Republic (https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19) was developed and launched in March 2020 to provide a fully-fledged and trustworthy source of information for the public and media. The portal also contains a section for the publication of (i) public open datasets available for download in CSV and JSON formats and (ii) authorised-access-only section where the authorised persons can (through an online generated token) safely visualise or download regional datasets with aggregated data at the level of the individual municipalities and regions. The data are also provided to the local open data catalogue (covering only open data on healthcare, provided by the Ministry of Health) and to the National Catalogue of Open Data (covering all open data sets, provided by various authorities/publishers, and harversting all data from local catalogues). The datasets have been published in various authentication regimes and widely used by general public, scientists, public authorities and decision-makers. The total number of API calls since its launch in March 2020 to 15 December 2020 exceeded 13 million. The datasets have been adopted as an official and guaranteed source for outputs of third parties, including public authorities, non-governmental organisations, scientists and online news portals. Datasets currently published as open data meet the 3-star open data requirements, which makes them machine-readable and facilitates their further usage without restrictions. This is essential for making the data more easily understandable and usable for data consumers. In conjunction with the strategy of the MH in the field of data opening, additional datasets meeting the already implemented standards will be also released, both on COVID-19 related and unrelated topics.
- MeSH
- COVID-19 * epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- pandemie prevence a kontrola MeSH
- SARS-CoV-2 MeSH
- šíření informací MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
In the Czech Republic, the strategic data-based and organizational support for individual regions and for providers of acute care at the nationwide level is coordinated by the Ministry of Health. At the beginning of the COVID-19 pandemic, the country needed to very quickly implement a system for the monitoring, reporting, and overall management of hospital capacities. The aim of this viewpoint is to describe the purpose and basic functions of a web-based application named "Control Centre for Intensive Care," which was developed and made available to meet the needs of systematic online technical support for the management of intensive inpatient care across the Czech Republic during the first wave of the pandemic in spring 2020. Two tools of key importance are described in the context of national methodology: one module for regular online updates and overall monitoring of currently free capacities of intensive care in real time, and a second module for online entering and overall record-keeping of requirements on medications for COVID-19 patients. A total of 134 intensive care providers and 927 users from hospitals across all 14 regions of the Czech Republic were registered in the central Control Centre for Intensive Care database as of March 31, 2021. This web-based application enabled continuous monitoring and decision-making during the mass surge of critical care from autumn 2020 to spring 2021. The Control Center for Intensive Care has become an indispensable part of a set of online tools that are employed on a regular basis for crisis management at the time of the COVID-19 pandemic.
- MeSH
- COVID-19 * MeSH
- lidé MeSH
- pandemie * prevence a kontrola MeSH
- péče o pacienty v kritickém stavu MeSH
- SARS-CoV-2 MeSH
- strategické plánování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: The knowledge of cancer burden in the population, its time trends, and the possibility of international comparison is an important starting point for cancer programs. A reliable interactive tool describing cancer epidemiology in children and adolescents has been nonexistent in the Czech Republic until recently. OBJECTIVE: The goal of this study is to develop a new web portal entitled the Czech Childhood Cancer Information System (CCCIS), which would provide information on childhood cancer epidemiology in the Czech Republic. METHODS: Data on childhood cancers have been obtained from the Czech National Cancer Registry. These data were validated using the clinical database of childhood cancer patients and subsequently combined with data from the National Register of Hospitalised Patients and with data from death certificates. These validated data were then used to determine the incidence and survival rates of childhood cancer patients aged 0 to 19 years who were diagnosed in the period 1994 to 2016 (N=9435). Data from death certificates were used to monitor long-term mortality trends. The technical solution is based on the robust PHP development Symfony framework, with the PostgreSQL system used to accommodate the data basis. RESULTS: The web portal has been available for anyone since November 2019, providing basic information for experts (ie, analyses and publications) on individual diagnostic groups of childhood cancers. It involves an interactive tool for analytical reporting, which provides information on the following basic topics in the form of graphs or tables: incidence, mortality, and overall survival. Feedback was obtained and the accuracy of outputs published on the CCCIS portal was verified using the following methods: the validation of the theoretical background and the user testing. CONCLUSIONS: We developed software capable of processing data from multiple sources, which is freely available to all users and makes it possible to carry out automated analyses even for users without mathematical background; a simple selection of a topic to be analyzed is required from the user.
- MeSH
- analýza dat * MeSH
- dítě MeSH
- incidence MeSH
- informační systémy MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- nádory * epidemiologie MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Ústav zdravotnických informací a statistiky České republiky (ÚZIS ČR) vytváří a udržuje nový portál pro prezentaci obsahu Mezinárodní klasifikace nemocí (MKN-10). Nový portál má být důležitým veřejně přístupným nástrojem pro snadnější pro-hlížení struktury MKN-10, práci s ní a tzv. asistované kódování zdravotních služeb. Dostupnost takové služby je stěžejní pro správné vykazování činnosti poskytovatelů zdravotní péče zdravotním pojišťovnám a do Národního zdravotnického infor-mačního systému, a tedy i stabilitu celého českého zdravotnic-kého systému. Portál nahrazuje dosavadní tištěnou i elektro-nickou distribuci klasifikace a vhodně doplní (i na základě další integrace) zjednodušené číselníky, nyní majoritně používané v klinických informačních systémech. Nástroj je aktivně vyvíjen a implementovaná funkcionalita reflektuje požadavky dlouho-dobých primárních uživatelů i odborných testerů, kteří dostáva-jí obsah i formu k oponentským řízením.
Národní zdravotnický informační portál (NZIP) představuje systematickou cestu Ministerstva zdravotnictví ČR ke zlepšení komunikace a důvěryhodnosti prezentovaných informací směrem k veřejnosti. Publikací pouze plně prověřeného, garantovaného a metodicky standardizovaného obsahu se NZIP stane stěžejním komunikačním kanálem, který zprostředkuje potřebné informace z oblasti zdravotní péče, prevence a podpory zdraví nejen pro státní správu, ale zejména pro širokou laickou i odbornou veřejnost. V přímé návaznosti na národní strategický rámec Zdraví 2030, který mimo jiné směřuje k zajištění systematické informovanosti v oblasti ochrany zdraví a zdravého životního stylu včetně posílení zdravotní gramotnosti, NZIP prezentuje původní autorský obsah provázaný na existující ověřené online zdroje napříč odbornými portály z oblasti českého zdravotnictví. Primární ambicí projektu NZIP je zamezit roztříštěnosti informací a zajistit správnou interpretaci garantovaných materiálů prostřednictvím jednotné komunikační platformy. Ta bude určena především pro propagaci a využívání služeb ve zdravotnictví v souladu se strategickou podporou zdraví, a strategickými záměry resortu. NZIP přináší zvýšení důvěry laické i odborné veřejnosti k zdravotnickým informacím, zvýší zdravotní gramotnost populace a plošně zjednoduší přístup k dostupným online zdrojům, čímž mimo jiné přispěje k propagaci zdravého životního stylu a preventivních programů garantovaných státem. Konferenční příspěvek představí aktuální stav portálu nzip.cz společně s metodickým a technickým pozadím, které tvoří základní schéma spolupráce odborných garantů, autorského kolektivu, interních i externích recenzentů, vývojového týmu a Vědecké a řídící rady NZIP.
- Klíčová slova
- webový portál,
- MeSH
- informace pro uživatele zdravotní péče MeSH
- lidé MeSH
- zdravotnické informační systémy * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Background: The beginning of the coronavirus disease (COVID-19) epidemic dates back to December 31, 2019, when the first cases were reported in the People's Republic of China. In the Czech Republic, the first three cases of infection with the novel coronavirus were confirmed on March 1, 2020. The joint effort of state authorities and researchers gave rise to a unique team, which combines methodical knowledge of real-world processes with the know-how needed for effective processing, analysis, and online visualization of data. Objective: Due to an urgent need for a tool that presents important reports based on valid data sources, a team of government experts and researchers focused on the design and development of a web app intended to provide a regularly updated overview of COVID-19 epidemiology in the Czech Republic to the general population. Methods: The cross-industry standard process for data mining model was chosen for the complex solution of analytical processing and visualization of data that provides validated information on the COVID-19 epidemic across the Czech Republic. Great emphasis was put on the understanding and a correct implementation of all six steps (business understanding, data understanding, data preparation, modelling, evaluation, and deployment) needed in the process, including the infrastructure of a nationwide information system; the methodological setting of communication channels between all involved stakeholders; and data collection, processing, analysis, validation, and visualization. Results: The web-based overview of the current spread of COVID-19 in the Czech Republic has been developed as an online platform providing a set of outputs in the form of tables, graphs, and maps intended for the general public. On March 12, 2020, the first version of the web portal, containing fourteen overviews divided into five topical sections, was released. The web portal's primary objective is to publish a well-arranged visualization and clear explanation of basic information consisting of the overall numbers of performed tests, confirmed cases of COVID-19, COVID-19-related deaths, the daily and cumulative overviews of people with a positive COVID-19 case, performed tests, location and country of infection of people with a positive COVID-19 case, hospitalizations of patients with COVID-19, and distribution of personal protective equipment. Conclusions: The online interactive overview of the current spread of COVID-19 in the Czech Republic was launched on March 11, 2020, and has immediately become the primary communication channel employed by the health care sector to present the current situation regarding the COVID-19 epidemic. This complex reporting of the COVID-19 epidemic in the Czech Republic also shows an effective way to interconnect knowledge held by various specialists, such as regional and national methodology experts (who report positive cases of the disease on a daily basis), with knowledge held by developers of central registries, analysts, developers of web apps, and leaders in the health care sector.
- Klíčová slova
- webová aplikace,
- MeSH
- analýza dat MeSH
- Betacoronavirus MeSH
- COVID-19 * MeSH
- data mining * MeSH
- epidemie statistika a číselné údaje MeSH
- hlášení nemocí MeSH
- informační systémy * MeSH
- koronavirové infekce * MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Ve zdravotnictví podobně jako v jiných oborech a zájmech dnešní společnosti neustále roste objem generovaných a ukládaných dat. Moderní přístup v podobě snahy digitalizovat veškeré záznamy se pozitivně promítá v následné možnosti dostupná data dále zpracovávat a analyzovat. Nedílnou součástí celého procesu analýzy dat je příprava souhrnných reportů, které čtenáři snadno a srozumitelně poskytnou klíčové závěry plynoucí z dané datové sady. Přístupů, jak lze vizualizovat výsledky statistického rozboru je celá řada... V dnešní době je uživateli nejvíce preferovaná online forma, která umožňuje veškeré informace najít v pohodlí domova prostřednictvím Internetu během několika minut. Stěžejní jsou z tohoto pohledu dva aspekty: správnost nalezené informace a její formát. Při kontinuálně narůstajícím objemu dat zveřejňovaných na Internetu je garance správnosti samotného obsahu naprosto klíčová a to obzvláště v oblasti zdravotnictví. Při letmém hledání napříč webovými portály je zřejmé, že zdaleka ne všechny zdroje lze považovat za důvěryhodné, ačkoli je internetové vyhledávače nabízí mezi prvními výsledky na zadaný dotaz. Druhým důležitým aspektem je způsob, jakým je potřebná informace čtenáři zprostředkována. Je jasné, že široké spektrum výstupů jako jsou kupříkladu edukační metodiky, souhrnné reporty, závěrečné zprávy nebo hloubkové analýzy vyžadují odlišnou cestu, kterou budou na Internetu prezentovány. Cílem tohoto příspěvku je vytvořit přehled existujících webových portálů poskytujících informace ze zdravotnictví v České republice pod hlavičkou státních, akademických či komerčních institucí. Pozornost při přípravě tohoto přehledu byla primárně kladena právě na garanci a důvěryhodnost zveřejňovaných informací společně s cílovou skupinou, typem samotných dat (statická a interaktivní forma, otevřená data), přístupnost a optimalizaci pro mobilní zařízení. Vybrané portály zastřešené Ministerstvem zdravotnictví ČR a Ústavem zdravotnických informací a statistiky ČR budou spolu se svými inovativními funkcemi v příspěvku rozebrány podrobněji.
This paper presents the domain of information sciences, applied informatics and biomedical engineering, proposing to develop methods for an automated detection of similarities between two particular virtual learning environments - virtual patients at Akutne.cz and the OPTIMED curriculum management system - in order to provide support to clinically oriented stages of medical and healthcare studies. For this purpose, the authors used large amounts of text-based data collected by the system for mapping medical curricula and through the system for virtual patient authoring and delivery. The proposed text-mining algorithm for an automated detection of links between content entities of these systems has been successfully implemented by the means of a web-based toolbox.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- kurikulum * MeSH
- lidé MeSH
- osoby simulující pacienta ve výuce * MeSH
- software * MeSH
- studium lékařství * MeSH
- učení MeSH
- virtuální realita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Ústav zdravotnických informací a statistiky ČR produkuje dlouhodobě velké množství hodnotných analýz, reportů a publikací, které jsou zaměřeny na širokou veřejnost, zástupce krajské správy a poskytovatele zdravotní péče. Primárním cílem sdělení je přehledově představit sadu nově implementovaných interaktivních webových portálů, které prezentují klíčové výstupy vybraných projektů a aktivit.
Institute of Health Information and Statistics of the Czech Republic has been producing many valuable analyses, reports and publications, which are focused mainly on the public, regional representatives and healthcare providers. The primary goal of this contribution is to introduce a set of developed and implemented web-based platforms representing key outputs of selected projects and activities under the umbrella of Institute of Health Information and Statistics.
