Species belonging to the Mycobacterium kansasii complex (MKC) are frequently isolated from humans and the environment and can cause serious diseases. The most common MKC infections are caused by the species M. kansasii (sensu stricto), leading to tuberculosis-like disease. However, a broad spectrum of virulence, antimicrobial resistance and pathogenicity of these non-tuberculous mycobacteria (NTM) are observed across the MKC. Many genomic aspects of the MKC that relate to these broad phenotypes are not well elucidated. Here, we performed genomic analyses from a collection of 665 MKC strains, isolated from environmental, animal and human sources. We inferred the MKC pangenome, mobilome, resistome, virulome and defence systems and show that the MKC species harbours unique and shared genomic signatures. High frequency of presence of prophages and different types of defence systems were observed. We found that the M. kansasii species splits into four lineages, of which three are lowly represented and mainly in Brazil, while one lineage is dominant and globally spread. Moreover, we show that four sub-lineages of this most distributed M. kansasii lineage emerged during the twentieth century. Further analysis of the M. kansasii genomes revealed almost 300 regions of difference contributing to genomic diversity, as well as fixed mutations that may explain the M. kansasii's increased virulence and drug resistance.
- MeSH
- atypické mykobakteriální infekce * mikrobiologie MeSH
- fylogeneze * MeSH
- genom bakteriální * MeSH
- genomika * MeSH
- lidé MeSH
- Mycobacterium kansasii * genetika klasifikace izolace a purifikace MeSH
- virulence genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
INTRODUCTION AND PURPOSE: Mycobacterium (M.) chelonae is responsible for a half of relatively rare nontuberculous mycobacteria (NTM) keratitis. We report a case of M. chelonae keratitis in a woman following sclerocorneal suture extraction after cataract surgery. RESULTS: A 70-year-old woman presented with a red eye and corneal infiltration of her left eye six weeks following sclerocorneal suture extraction after an elective cataract surgery in another institute. She complained of a sharp, cutting pain and photophobia. Since initial corneal scrapes and conjunctival swabs proved no pathogen using culture and PCR methods, non-specific antibiotics and antifungal agents were administered. As keratitis was complicated by an inflammation in the anterior chamber and vitreous, samples of the vitreous fluid were sent for microbiologic examination. DNA of Epstein-Barr virus (EBV) was repeatedly detected. Since the intrastromal abscess had formed, corneal re-scrapings were performed and M. chelonae was detected using culture, MALDI-TOF MS and PCR methods. Therapy was changed to a combination of oral and topical clarithromycin, intravitreal, topical and intracameral amikacin, and oral and topical moxifloxacin. The successful therapy led to stabilization. The optical penetrating keratoplasty was performed and no signs of the infection recurrence were found. CONCLUSIONS: The diagnosis of nontuberculous mycobacterial keratitis is difficult and often delayed. An aggressive and prolonged antimicrobial therapy should include systemic and topical antibiotics. Surgical intervention in the form of corneal transplantation may be required in the active and nonresponsive infection. In the presented case this was necessary for visual rehabilitation due to scarring.
- MeSH
- amikacin terapeutické užití MeSH
- antibakteriální látky * terapeutické užití MeSH
- atypické mykobakteriální infekce * diagnóza farmakoterapie mikrobiologie chirurgie MeSH
- fluorochinolony terapeutické užití MeSH
- keratitida * diagnóza farmakoterapie mikrobiologie chirurgie MeSH
- klarithromycin terapeutické užití MeSH
- lidé MeSH
- moxifloxacin * terapeutické užití MeSH
- Mycobacterium chelonae * izolace a purifikace MeSH
- senioři MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
As an important source of human food, milk can be a carrier of human pathogenic bacteria, including tuberculous and nontuberculous mycobacteria (NTM), in its raw and unpasteurized state. In this research, 175 raw milk samples and 175 traditional cheese samples were collected from traditional dairy stores in 22 regions of Tehran in a 9- month period from August 2019 to May 2020. Samples were prepared and transferred to a specialized laboratory, where they were inoculated in Lowenstein-Jensen (LJ) medium containing glycerol or sodium pyruvate, as well as Herrold's egg-yolk with and without Mycobactin J. to determine the sample's identity of samples. The recommended 16S rRNA (1436 bp) and hsp65 (644 bp) gene fragments from the positive isolates identified in Ziehl-Neelsen (Z-N) staining were amplified and sequenced using PCR and compared with the sequences of the gene fragments of reference strains available in the global GenBank database. No mycobacterial species were isolated from traditional cheese samples in microbial culture. In case of raw milk samples, a total of four bacteria were collected, all of which were found in the genetic differential testing to be NTM, including n = 1 Mycobacterium heraklionense, n = 2 Mycolicibacterium fortuitum, and n = 1 Mycobacterium thermoresistibile. The analysis of the results obtained by isolate sequencing using the 16S rRNA gene showed higher discriminatory power and percentage similarities in the identification of the isolates than the hsp65 gene.
- MeSH
- atypické mykobakteriální infekce * mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mléko mikrobiologie MeSH
- netuberkulózní mykobakterie genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sýr * mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Írán MeSH
- MeSH
- antibakteriální látky aplikace a dávkování MeSH
- antituberkulózní antibiotika aplikace a dávkování škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- lidé MeSH
- mykobakteriózy * diagnóza farmakoterapie klasifikace MeSH
- netuberkulózní mykobakterie * klasifikace patogenita MeSH
- oznamovací povinnost MeSH
- plicní nemoci diagnóza etiologie farmakoterapie MeSH
- terciární prevence MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Bacteria have evolved structured RNAs that can associate with RNA polymerase (RNAP). Two of them have been known so far-6S RNA and Ms1 RNA but it is unclear if any other types of RNAs binding to RNAP exist in bacteria. To identify all RNAs interacting with RNAP and the primary σ factors, we have established and performed native RIP-seq in Bacillus subtilis, Corynebacterium glutamicum, Streptomyces coelicolor, Mycobacterium smegmatis and the pathogenic Mycobacterium tuberculosis. Besides known 6S RNAs in B. subtilis and Ms1 in M. smegmatis, we detected MTS2823, a homologue of Ms1, on RNAP in M. tuberculosis. In C. glutamicum, we discovered novel types of structured RNAs that associate with RNAP. Furthermore, we identified other species-specific RNAs including full-length mRNAs, revealing a previously unknown landscape of RNAs interacting with the bacterial transcription machinery.
- MeSH
- Bacillus subtilis genetika metabolismus MeSH
- bakteriální proteiny * metabolismus genetika MeSH
- bakteriální RNA * metabolismus genetika MeSH
- Corynebacterium glutamicum genetika metabolismus MeSH
- DNA řízené RNA-polymerasy * metabolismus genetika MeSH
- genetická transkripce MeSH
- konformace nukleové kyseliny MeSH
- Mycobacterium smegmatis genetika metabolismus enzymologie MeSH
- Mycobacterium tuberculosis genetika metabolismus MeSH
- nekódující RNA MeSH
- regulace genové exprese u bakterií MeSH
- sigma faktor * metabolismus genetika MeSH
- Streptomyces coelicolor genetika metabolismus MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Počet diagnostikovaných onemocnění vyvolaných netuberkulózními mykobakteriemi u predisponovaných jedinců zůstává v České republice každoročně konstantní. Jejich klinické uplatnění je variabilní a závisí na vlastnostech konkrétního druhu, jeho přítomnosti a kvantity v bezprostředním okolí člověka. Mezi nejčastější klinicky zaznamenávané druhy patří Mycobacterium avium, M. kansasii a M. xenopi. Nejvýznamnějším zdrojem M. avium je rašelina a z ní odvozené produkty. Sekundárně osídluje teplovodní systémy, které jsou velice rizikové z hlediska expozice (především vířivky). M. kansasii je stále přítomno ve vodách v oblastech ovlivněných průmyslovou a důlní činností. Jeho recentně vyčleněné genetické varianty jsou obvykle zcela bez klinického významu, nicméně mohou být přítomny jako kontaminace ve zdravotnických přípravcích. M. xenopi trvale osídluje většinu teplovodních systémů a jeho praktická všudypřítomnost ovlivňuje správné diagnostické závěry u nejasného nálezu při zobrazovacích metodách. Iniciace antibiotické léčby, která nemusí být vždy úspěšná, by měla probíhat na základě komplexního posouzení stavu pacienta, nálezu a jeho progrese. Ani výsledky laboratorních vyšetření nemusí být při rozhodování vždy směrodatné.
The annual number of diagnosed diseases caused by non-tuberculous mycobacteria in predisposed individuals remains constant in the Czech Republic. Their clinical characteristics vary depending on the properties of the causative species and its presence and quantity in the immediate environment of the patient. The most common clinically relevant species are Mycobacterium avium, M. kansasii, and M. xenopi. The most important source of M. avium is peat and products derived from it. M. avium may colonise warm water systems, posing a high risk of exposure to users (jacuzzi users in particular). M. kansasii is still present in waters of areas affected by industrial and mining activities. Its recently isolated genetic variants are mostly of no clinical significance but may be present as contaminants in medical preparations. M. xenopi permanently colonises most warm water systems, and its practical ubiquity makes difficult the interpretation of ambiguous findings on imaging. The antibiotic treatment, which may not always be successful, should be initiated after a comprehensive assessment of the patient’s condition, imaging data, and disease progression. Similarly, the results of laboratory tests may not always be authoritative in decision making.
- MeSH
- lidé MeSH
- morbidita MeSH
- Mycobacterium avium komplex izolace a purifikace klasifikace patogenita MeSH
- Mycobacterium kansasii izolace a purifikace patogenita MeSH
- Mycobacterium xenopi izolace a purifikace patogenita MeSH
- Mycobacterium klasifikace patogenita MeSH
- mykobakteriózy * diagnóza etiologie farmakoterapie klasifikace mikrobiologie přenos MeSH
- netuberkulózní mykobakterie izolace a purifikace klasifikace patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- chirurgie MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí chirurgie epidemiologie etiologie mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologie vody MeSH
- Mycobacterium abscessus * izolace a purifikace patogenita MeSH
- sekvenování celého genomu metody MeSH
- srdce mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Následující kazuistické sdělení popisuje případ nemocného s PET akumulujícím ložiskovým procesem v dutině břišní a s vedlejším plicním nálezem. Původně zvažovaná malignita gastrointestinálního traktu byla vyloučena po doplnění celé série diagnostických metod – včetně chirurgického ověření – po selhání metod méně invazivních. Definitivní diagnózou byla stanovena mykobakteriální infekce způsobená Mycobacterium kansasii. Dále se sdělení zabývá granulomatózními procesy včetně mykobakteriálních infekcí.
The following case report describes the case of a patient with a PET accumulating focal process in the abdominal cavity and a secondary lung finding. The originally considered malignancy of the gastrointestinal tract was ruled out after additional series of diagnostic methods, including surgical verification after the failure of less invasive methods. The definitive diagnosis was mycobacterial infection caused by Mycobacterium kansasii. In addition, the case report deals with granulomatous processes, including mycobacterial infections.
- MeSH
- antituberkulotika terapeutické užití MeSH
- atypické mykobakteriální infekce diagnóza farmakoterapie MeSH
- diagnostické zobrazování MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- granulom etiologie patologie MeSH
- laparotomie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- Mycobacterium kansasii * patogenita účinky léků MeSH
- plicní tuberkulóza * diagnóza farmakoterapie MeSH
- silikóza diagnóza MeSH
- tuberkulóza gastrointestinální * diagnóza farmakoterapie MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- antituberkulózní antibiotika aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- atypické mykobakteriální infekce * diagnóza farmakoterapie přenos MeSH
- hypotyreóza chemicky indukované MeSH
- lékové interakce MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- Mycobacterium marinum patogenita MeSH
- nemoci ryb přenos MeSH
- poranění prstů ruky patologie MeSH
- rifampin aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- thyroxin aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- zoonózy MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
OBJECTIVES: The aim of this study was to detect Mycobacterium tuberculosis complex, M. avium subsp. avium and M. intracellulare, Mycobacterium contamination and to explore the aerosol transmission of mycobacteria in public buildings in China. METHODS: A total of 552 environmental samples, namely 165 aerosol, 199 water, 70 air duct dust, and 118 soil samples, were collected from 39 public buildings and analysed using nested polymerase chain reaction. RESULTS: The positivity rate of Mycobacterium tuberculosis complex, M. avium subsp. avium and M. intracellulare in air samples were 0.6% and 1.8%, respectively. There was significant difference in the positivity rate of Mycobacterium aerosol among the three types of public building (χ2 = 6.108, p = 0.047). No positive results of Mycobacterium tuberculosis complex and M. avium and M. intracellulare were obtained from cooling, tap, shower, or fountain water. The positivity rate of Mycobacterium for water samples was 31.7% (63/199). The positivity rate of Mycobacterium tuberculosis complex, M. avium subsp. avium and M. intracellulare, Mycobacterium in soil samples were 1.1%, 34.6% and 43.6%, respectively. There was significant difference in the positivity rate of M. avium and M. intracellulare (χ2 = 47.219, p < 0.001) and Mycobacterium (χ2 = 33.535, p < 0.001) in the different origins of soil samples. CONCLUSIONS: Mycobacteria are widespread in public buildings. Mycobacterium tuberculosis complex, M. avium and M. intracellulare were simultaneously present in the air ducts of central air conditioning systems and indoor air in public buildings, which indicates that aerosol transmission is a potential route.
