Srovnání účinnosti čtyř metod pro izolaci DNA Aspergillus sp. z periferní krve - Hrnčířová, Kristýna; Lengerová, Martina; Kocmanová, Iva; Ráčil, Zdeněk; Volfová, Pavlína; Lochmanová, Jana; Dvořáková, Dana; Mayer, Jiří (Klinická mikrobiologie a infekční lékařství, 2008)
Cíle studie: Cílem této práce bylo nalézt dostatečně účinnou metodu pro izolaci fungální DNA z periferní krve, která by svým provedením (zejména časovou a finanční nenáročností) byla vhodná pro rutinní diagnostické použití. Materiál a metody: Srovnávali jsme čtyři různé metody izolace fungální DNA – jednu metodu založenou na enzymatické lyzi buněk a tři různé metody využívající spojení chemické lyze a mechanického rozrušení fungálních buněk pomocí skleněných kuliček. Pro izolaci byla použita tzv. negativní periferní krev (tedy periferní krev pacientů bez příznaků a průkazu infekce Aspergillus sp.) zaočkovaná definovaným množstvím kultury Aspergillus sp. Izolovaná DNA byla poté kvantitativně analyzována pomocí in-house real-time PCR metody se specifickou sondou. Výsledky: Enzymatická metoda se pro použití v rutinní diagnostice zdá být svou nízkou účinností a také zdlouhavým provedením naprosto nevhodná. Naopak vhodnější mohou být metody využívající spojení chemického a mechanického rozrušení buněk s jejichž pomocí je možné izolovat fungální DNA s vysokou účinností v poměrně krátkém čase. Závěr: Pro rutinní použití byla v naší laboratoři vybrána metoda izolace fungální DNA pomocí ZR Fungal/Bacterial DNA Kit (Zymo Research, USA), kterou je nyní zapotřebí vyzkoušet na větším množství skutečných klinických vzorků.
Keywords: financování organizované; DNA fungální; Financing, Organized; medicína založená na důkazech; klinické laboratorní techniky; Aspergillus fumigatus; Aspergillosis; aspergilóza; DNA, Fungal; Clinical Laboratory Techniques; polymerázová řetězová reakce; Evidence-Based Medicine; klinické enzymatické testy; Polymerase Chain Reaction; Clinical Enzyme Tests