Pilotní studie identifikace prognostických markerů u pacientů s kolorektálním karcinomem analýzou profilů genové exprese - Slabý, Ondřej; Garajová, Ingrid; Svoboda, Marek; Fabian, Pavel; Srovnal, Josef; Šmerdová, Tamara; Kocáková, Ilona; Šefr, Roman; Jech, Zbyněk; Hoch, Jiří; Vyzula, Rostislav; Svoboda, Miroslav (Klinická onkologie, 2006)
Kolorektální karcinom je jedním z nejčastěji se vyskytujících nádorových onemocnění. Bohužel, významná část pacientů v klinických stádiích II a III umírá do pěti let po radikálním chirurgickém zákroku následkem progrese onemocnění. Racionální přístup k indikaci adjuvantní léčby pro tyto pacienty nabízí molekulární charakterizace jejich rizika napfříč oběma klinickými stádii pomocí technologie DNA čipů. Do studie byly zařazeny bioptické vzorky dvanácti pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem (KRK) v klinickém stádiu II a III tvořené minimálnu ze 70% maligními buňkami. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců, Šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců. Pomocí nízkohustotních oligonukleotidových makročipů společnosti SuperArray určených k relativní kvantifikaci exprese 128 genů potenciálně zapojených do procesu metastazování, byly identifikovány profily genové exprese primárních KRK všech 12 pacientů. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (á = 0,01) a metody SAM jsme identifikovali 10 genů rozdílnu exprimovaných (9 upregulovaných, 1 down-regulovaný) v primárních nádorech pacientů se špatnou prognózou. Naše výsledky nasvědčují, že technologie nízkohustotních oligonukleotidových makročipů je užitečnou pomůckou pro lep- ší pochopení molekulární podstaty progrese nádorového onemocnění a zlepšení predikce metastatického potenciálu primárních nádorů u pacientů s lokoregionálně pokročilým kolorektálním karcinomem.
Keywords: financování organizované; Oligonucleotide Array Sequence Analysis; kolorektální nádory; DNA Fingerprinting; přežití bez známek nemoci; Colorectal Neoplasms; lidé; sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů; staging nádorů; Pilot Projects; pilotní projekty; polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí; DNA fingerprinting; prognóza; Humans; Financing, Organized; Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction; Medical Oncology; Prognosis; exprese genu; lékařská onkologie; Disease-Free Survival; genetické markery; Neoplasm Staging; Gene Expression; Genetic Markers