The biobanking research infrastructure BBMRI_CZ: a critical tool to enhance translational cancer research - Holub, Petr; Greplová, Kristína; Knoflíčková, Dana; Nenutil, Rudolf; Valík, Dalibor (Klinická onkologie, 2012)
V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.
Keywords: Research; biomedicínský výzkum; databáze genetické; databáze; Biological Specimen Banks; Databases as Topic; Database Management Systems; Specimen Handling; Interinstitutional Relations; databáze jako téma; interinstitucionální vztahy; výzkum; biobanka; lidé; Database; Databases, Genetic; banky biologického materiálu; Czech Republic; ukládání a vyhledávání informací; Pathology, Clinical; Česká republika; laboratorní medicína; odběr biologického vzorku; Biomedical Research; systémy řízení databází; výzkum rakoviny; Information Storage and Retrieval; Humans