Detekce proteinů, proteinových interakcí a modifikací s využitím „proximity ligation assay“ in situ - Brychtová, Veronika; Vojtěšek, Bořivoj (Klinická onkologie, 2014)
Pro správné pochopení fyziologických procesů v buňce a případně jejich odchylek jsou molekulárně‑biologické analýzy nezbytným nástrojem využívaným v biomedicínském výzkumu a také v klinické diagnostice. Existuje množství technik, které umožňují určit lokalizaci studovaných proteinů a jejich interakční aktivitu. Tyto přístupy využívají především interakce specificky se vážících molekul s cílovými proteiny (protilátky) nebo synteticky připravené rekombinantní proteiny (GFP fúzní protein; metody fluorescenčního/bioluminiscenčního rezonančního přenosu energie). „Proximity ligation assay“ (PLA) in situ představuje novou techniku zobrazující proteiny na úrovni jednotlivých buněk a tkání s využitím reportérové molekuly DNA a DNA modifikujících procesů. Tato metoda umožňuje přímou vizualizaci proteinů, jejich hladiny, modifikace a interakce v jednotlivých fixovaných buňkách a tkáních. Sondy jsou tvořeny specifickými protilátkami s navázaným oligonukleotidem, který slouží jako reportérová molekula. Pokud dojde k navázání sond v těsné blízkosti, následuje vznik kružnicové DNA, jež slouží jako templát pro amplifikaci otáčivou kružnicí. Amplifikační reakce umožňuje vizualizaci sledované interakce. Ve srovnání s dostupnými molekulárně‑biologickými metodami vycházejícími z genového inženýrství, PLA in situ umožňuje studovat endogenní proteiny v jejich přirozených podmínkách, a může být tudíž použita pro studium klinického materiálu. PLA in situ je využitelná v jakékoliv výzkumné oblasti zaměřené na studium proteinových interakcí, jako je studium buněčných signálních drah, identifikace cílů farmakologicky účinných látek či v onkologické diagnostice.
Keywords: Oligonucleotide Probes; in situ PLA; Oligonucleotides; Cell Physiological Phenomena; oligonukleotidy; techniky amplifikace nukleových kyselin; proteinové interakce; fyziologie buňky; chemické techniky analytické; Antibodies; Proteins; mapování interakce mezi proteiny; oligonukleotidové sondy; proteiny; Molecular Probes; Protein Interaction Mapping; Nucleic Acid Amplification Techniques; Molecular Probe Techniques; molekulární sondy; molekulární sondy - techniky; metody detekce proteinů; protilátky; Chemistry Techniques, Analytical