p‑SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu - Faktor, Jakub; Michalová, Eva; Bouchal, Pavel (Klinická onkologie, 2014)
Vývoj diagnostických a terapeutických přístupů v onkologii vyžaduje, kromě jiného, citlivé kvantitativní přístupy pro stanovení proteinů souvisejících s nádorovými procesy v klinických vzorcích. V tomto článku jsou představeny nové kvantitativní metody cílené proteomiky. Hlavní potenciál metod monitorování vybraných reakcí (SRM) a pseudo‑SRM spočívá v kvantifikaci předem vybraných proteinů ve větších souborech vzorků s vysokou citlivostí a selektivitou, čímž představují alternativu ke stávajícím imunochemickým přístupům. Potenciál HRM a SWATH spočívá naopak v získávání digitálních proteomických fingerprintů, z nichž je následně možné extrahovat kvantitativní proteomická data na podobném principu jako u SRM. Článek představuje aplikace uvedených metod v řadě studií z oblasti onkologického výzkumu, kde byly použity ke stanovení a validaci stávajících i nově navrhovaných proteinových biomarkerů a při studiu jejich úlohy v mechanizmu vzniku a vývoje nádorů.
Keywords: Proteomics; monitorování vybraných reakcí; Mass Spectrometry; Proteins; nádorové proteiny; lidé; Proteome; Biomarkers, Tumor; hmotnostní spektrometrie; nádorové biomarkery; proteomika; biologické markery; Biomarkers; Humans; proteiny; proteom; Neoplasm Proteins