Sekvenace enterovirů jako nový přístup k laboratorní diagnostice pro klinické i epidemiologické účely - Rainetová, Petra; Jiřincová, Helena; Musílek, Martin; Nováková, Ludmila; Vodičková, Ivana; Štruncová, Věra; Švecová, Miroslava; Pazdiora, Petr; Piskunová, N; Trubač, P; Zajíc, Tomáš; Havlíčková, Martina (Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie, 2015)
Cíl práce: Zavedení sekvenace enterovirů jako progresivní metody umožňující zařazení izolovaných virů podle nové nomenklatury a detailní posouzení charakteru izolátu. Materiál a metody: Bylo analyzováno 75 vzorků pocházejících od 64 pacientů ze 2 pracovišť – Krajské nemocnice v Liberci a Fakultní nemocnice Plzeň. Věk sledovaných pacientů se pohyboval v intervalu od 4 do 54 let, medián věku byl 15 let u mužů a 16 let u žen. Důvodem hospitalizace byly u převažujícího počtu pacientů intenzivní bolesti hlavy, horečky, zvracení, únava, meningeální příznaky, u dvou pacientů byly příznaky střevní a u jednoho kožní. Vyšetřované vzorky byly výtěry z rekta, krku, mozkomíšní moky a stolice. Molekulární detekce a typizace byla provedena s využitím metody RT-PCR. Pro typizaci byl vybrán úsek z nekódující oblasti 5´RNA. Vzorky byly amplifikovány jednokrokovou PCR s vnějšími primery a se stejnými primery prodlouženými o M13 sekvence (Generi-Biotech). Editace, sestava a kvalitativní analýza sekvencí byla provedena pomocí programu LASERGENE (DIASTAR). Získané sekvence byly vyhodnoceny centrální databází sekvencí GenBank pomocí algoritmu BLAST. Výsledky: V izolátech jsme identifikovali 61 ECHO virů 30, 3 coxsackieviry B1, 1 coxsackievirus B3, 1 coxsackievirus A9, 1 enterovirus 86, 1 enterovirus 71, 2 ECHO virus 13/ coxsackievirus B5, 1 ECHO virus 7/30/coxsackievirus B4, 1 coxsackievirus B4/enterovirus B, 1 enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B a 1 ECHO virus 3. Všechny izolované viry, mimo enteroviru 71 patřícího do skupiny A, spadají do skupiny B. Závěr: Enteroviry bylo možné jednoznačně identifikovat, ačkoliv byl sekvenován krátký konzervativní úsek se značnou variabilitou. Sekvenace v plné míře nahradila bližší určování enterovirů virusneutralizací a umožnila detailní posouzení izolátů. Převaha ECHO 30 jako kauzálního agens vyvolávajícího aseptické meningitidy je ve shodě s literárními údaji.
Keywords: feces; předškolní dítě; Feces; Enterovirus; Child, Preschool; Meningitis, Aseptic; kvantitativní polymerázová řetězová reakce; mladý dospělý; ECHO virové infekce; lidé; enterovirové infekce; Cerebrospinal Fluid; RNA virová; Specimen Handling; mužské pohlaví; Sequence Analysis, RNA; Female; Adult; Genotype; Enterovirus Infections; sekvenční analýza RNA; Echovirus Infections; Male; Child; mozkomíšní mok; enterovirus B lidský; ženské pohlaví; dospělí; Young Adult; meningitida aseptická; Real-Time Polymerase Chain Reaction; RNA, Viral; dítě; Humans; lidé středního věku; odběr biologického vzorku; Middle Aged; Enterovirus B, Human; genotyp; mladiství; Adolescent