Východiska: Mozkové metastázy (BM) jsou nejčastějšími intrakraniálními nádory u dospělých onkologických pacientů. Zatímco dříve byly BM léčeny pouze symptomaticky, přístup k terapii se mění v důsledku zvyšující se incidence, vyplývající z efektivnější léčby primárních nádorů a časnějšího záchytu malých asymptomatických BM. Protože prognóza pacientů s BM je vysoce variabilní, bylo by užitečné zlepšit diagnostické a prognostické nástroje začleněním nových výkonných biomarkerů. MikroRNA (miRNA) jsou v tomto ohledu slibné a díky své vysoké stabilitě vhodné jak pro sekvenování (RNA-Seq), tak pro retrospektivní analýzy v tkáních fixovaných formalinem a zalitých v parafinu (formalin-fixed and paraffin embedded – FFPE). Materiál a metody: Celková RNA obohacená o miRNA byla izolována ze 71 čerstvě zmrazených histopatologicky potvrzených tkání BM s původem v pěti typech nádorů (karcinom plic, 37 %; melanom, 23 %; karcinom prsu, 18 %; renální karcinom, 15 %; kolorektální karcinom, 7 %). Před léčbou byl od každého pacienta získán informovaný souhlas schválený místní etickou komisí. Z RNA byly připraveny knihovny pro sekvenování na platformě NextSeq 500 (Illumina). Mapování čtení na referenci bylo provedeno pomocí nástroje miraligner a databáze miRBase a diferenciální analýza pro 2 437 maturovaných miRNA pomocí nástroje limma. Molekuly miRNA ze vzorků celkové RNA izolovaných z retrospektivního souboru 119 FFPE tkání byly reverzně transkribovány a exprese vybraných diferenciálně exprimovaných miRNA (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c-3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) byla validována pomocí qPCR. Výsledky: Diferenciální analýzou bylo identifikováno 373 miRNA s významně odlišnou expresí mezi pěti skupinami BM (p < 0,001). Následnou validací byla ověřena významně odlišná exprese vybraných miRNA v pěti skupinách BM. Závěr: Prezentované výsledky potvrzují důležitost studia dysregulované exprese miRNA v BM a diagnostický potenciál validovaných miRNA.

Background: Brain metastases (BM) are the most common intracranial tumors in adult cancer patients. While previously BMs were only treated symptomatically, the approach to therapy is changing due to the increasing incidence resulting from more effective treatment of primary tumors and earlier detection of small asymptomatic BMs. As the prognosis of patients with BM is highly variable, it would be useful to improve diagnostic and prognostic tools by incorporating new powerful biomarkers. MicroRNAs (miRNAs) are promising in this regard and, due to their high stability, suitable both for sequencing (RNA-Seq) and for retrospective analyses in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues. Material and methods: Total RNA enriched for miRNAs was isolated from 71 fresh-frozen histopathologically confirmed BM tissues originating from 5 tumor types (lung cancer, 37%; melanoma, 23%; breast cancer, 18%; renal cell carcinoma, 15%; colorectal carcinoma, 7%). Informed consent approved by the local ethics committee was obtained from each patient before treatment. Libraries were prepared from RNA for sequencing on the NextSeq 500 platform (Illumina). Read-to-reference mapping was performed using the tool miraligner and the database miRBase, and differential analysis for 2 437 matured miRNAs was done using the tool limma. MiRNA molecules from total RNA samples isolated from a retrospective set of 119 FFPE tissues were reverse transcribed and the expression of selected differentially expressed miRNAs (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c -3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) was validated by qPCR. Results: Differential analysis identified 373 miRNAs with significantly different expression between the five BM groups (P < 0.001). Subsequent pilot validation verified significantly different expression of selected miRNAs in five BM groups. Conclusion: The presented results confirm the importance of studying dysregulated miRNA expression in BM and the diagnostic potential of validated miRNAs.

1 ústav patologie LF MU a FN u sv Anny v Brně

Biologický ústav LF MU Brno

CEITEC Středoevropský technologický institut MU Brno

Klinika komplexní onkologické péče LF MU a MOÚ Brno

Neurochirurgická klinika LF MU a FN Brno

Neurochirurgická klinika LF MU a FN U sv Anny v Brně

Ústav patologie LF MU a FN Brno

Sequencing of microRNAs in brain metastases as a new diagnostic tool

000      

00000naa a2200000 a 4500

001      

bmc22025688

003      

CZ-PrNML

005      

20230106111741.0

007      

ta

008      

221020s2022 xr f 000 0|cze||

009      

AR

040    __

$a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2

041    0_

$a cze $b eng

044    __

$a xr

100    1_

$a Večeřa, Marek $u CEITEC – Středoevropský technologický institut, MU, Brno $7 xx0237903

245    10

$a Sekvenování mikroRNA v mozkových metastázách jako nový diagnostický nástroj / $c M. Večeřa, L. Radová, F. Siegl, M. Smrčka, R. Jančálek, M. Hermanová, M. Hendrych, L. Křen, J. Šána, O. Slabý

246    31

$a Sequencing of microRNAs in brain metastases as a new diagnostic tool

520    3_

$a Východiska: Mozkové metastázy (BM) jsou nejčastějšími intrakraniálními nádory u dospělých onkologických pacientů. Zatímco dříve byly BM léčeny pouze symptomaticky, přístup k terapii se mění v důsledku zvyšující se incidence, vyplývající z efektivnější léčby primárních nádorů a časnějšího záchytu malých asymptomatických BM. Protože prognóza pacientů s BM je vysoce variabilní, bylo by užitečné zlepšit diagnostické a prognostické nástroje začleněním nových výkonných biomarkerů. MikroRNA (miRNA) jsou v tomto ohledu slibné a díky své vysoké stabilitě vhodné jak pro sekvenování (RNA-Seq), tak pro retrospektivní analýzy v tkáních fixovaných formalinem a zalitých v parafinu (formalin-fixed and paraffin embedded – FFPE). Materiál a metody: Celková RNA obohacená o miRNA byla izolována ze 71 čerstvě zmrazených histopatologicky potvrzených tkání BM s původem v pěti typech nádorů (karcinom plic, 37 %; melanom, 23 %; karcinom prsu, 18 %; renální karcinom, 15 %; kolorektální karcinom, 7 %). Před léčbou byl od každého pacienta získán informovaný souhlas schválený místní etickou komisí. Z RNA byly připraveny knihovny pro sekvenování na platformě NextSeq 500 (Illumina). Mapování čtení na referenci bylo provedeno pomocí nástroje miraligner a databáze miRBase a diferenciální analýza pro 2 437 maturovaných miRNA pomocí nástroje limma. Molekuly miRNA ze vzorků celkové RNA izolovaných z retrospektivního souboru 119 FFPE tkání byly reverzně transkribovány a exprese vybraných diferenciálně exprimovaných miRNA (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c-3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) byla validována pomocí qPCR. Výsledky: Diferenciální analýzou bylo identifikováno 373 miRNA s významně odlišnou expresí mezi pěti skupinami BM (p < 0,001). Následnou validací byla ověřena významně odlišná exprese vybraných miRNA v pěti skupinách BM. Závěr: Prezentované výsledky potvrzují důležitost studia dysregulované exprese miRNA v BM a diagnostický potenciál validovaných miRNA.

520    9_

$a Background: Brain metastases (BM) are the most common intracranial tumors in adult cancer patients. While previously BMs were only treated symptomatically, the approach to therapy is changing due to the increasing incidence resulting from more effective treatment of primary tumors and earlier detection of small asymptomatic BMs. As the prognosis of patients with BM is highly variable, it would be useful to improve diagnostic and prognostic tools by incorporating new powerful biomarkers. MicroRNAs (miRNAs) are promising in this regard and, due to their high stability, suitable both for sequencing (RNA-Seq) and for retrospective analyses in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues. Material and methods: Total RNA enriched for miRNAs was isolated from 71 fresh-frozen histopathologically confirmed BM tissues originating from 5 tumor types (lung cancer, 37%; melanoma, 23%; breast cancer, 18%; renal cell carcinoma, 15%; colorectal carcinoma, 7%). Informed consent approved by the local ethics committee was obtained from each patient before treatment. Libraries were prepared from RNA for sequencing on the NextSeq 500 platform (Illumina). Read-to-reference mapping was performed using the tool miraligner and the database miRBase, and differential analysis for 2 437 matured miRNAs was done using the tool limma. MiRNA molecules from total RNA samples isolated from a retrospective set of 119 FFPE tissues were reverse transcribed and the expression of selected differentially expressed miRNAs (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c -3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) was validated by qPCR. Results: Differential analysis identified 373 miRNAs with significantly different expression between the five BM groups (P < 0.001). Subsequent pilot validation verified significantly different expression of selected miRNAs in five BM groups. Conclusion: The presented results confirm the importance of studying dysregulated miRNA expression in BM and the diagnostic potential of validated miRNAs.

650    _7

$a lidé $7 D006801 $2 czmesh

650    17

$a nádory mozku $x diagnóza $x sekundární $7 D001932 $2 czmesh

650    _7

$a metastázy nádorů $x diagnóza $7 D009362 $2 czmesh

650    17

$a nádorové biomarkery $7 D014408 $2 czmesh

650    _7

$a mikro RNA $x analýza $7 D035683 $2 czmesh

650    _7

$a vysoce účinné nukleotidové sekvenování $x metody $7 D059014 $2 czmesh

650    _7

$a klinická studie jako téma $7 D000068456 $2 czmesh

700    1_

$a Radová, Lenka $u CEITEC – Středoevropský technologický institut, MU, Brno $7 xx0092752

700    1_

$a Siegl, František $u CEITEC – Středoevropský technologický institut, MU, Brno $7 xx0264615

700    1_

$a Smrčka, Martin, $u Neurochirurgická klinika LF MU a FN Brno $d 1965- $7 xx0000301

700    1_

$a Jančálek, Radim, $u Neurochirurgická klinika LF MU a FN U sv. Anny v Brně $d 1975- $7 xx0037113

700    1_

$a Hermanová, Markéta, $u I. ústav patologie, LF MU a FN u sv. Anny v Brně $d 1969- $7 xx0073982 $u I. ústav patologie, LF MU a FN u sv. Anny v Brně

700    1_

$a Hendrych, Michal $u I. ústav patologie, LF MU a FN u sv. Anny v Brně $7 xx0249113

700    1_

$a Křen, Leoš, $u Ústav patologie, LF MU a FN Brno $d 1966- $7 xx0081918

700    1_

$a Šána, Jiří $u CEITEC – Středoevropský technologický institut, MU, Brno $7 xx0165776 $u Klinika komplexní onkologické péče LF MU a MOÚ, Brno

700    1_

$a Slabý, Ondřej, $u CEITEC – Středoevropský technologický institut, MU, Brno $d 1981- $7 js20030220015 $u Biologický ústav, LF MU, Brno

773    0_

$w MED00011030 $t Klinická onkologie $x 0862-495X $g Roč. 35, Suppl. 1 (2022), s. 145-147

856    41

$u https://www.prolekare.cz/casopisy/klinicka-onkologie/2022-supplementum-1-4/sekvenovani-mikrorna-v-mozkovych-metastazach-jako-novy-diagnosticky-nastroj-132149 $y plný text volně dostupný

910    __

$a ABA008 $b B 1665 $c 656 $y p $z 0

990    __

$a 20221020 $b ABA008

991    __

$a 20230106111733 $b ABA008

999    __

$a ok $b bmc $g 1867196 $s 1176982

BAS    __

$a 3

BAS    __

$a PreBMC

BMC    __

$a 2022 $b 35 $c Suppl. 1 $d 145-147 $i 0862-495X $m Klinická onkologie $x MED00011030 $y 132149

LZP    __

$c NLK109 $d 20230106 $b NLK111 $a Meditorial-20221020