Detekce superantigenů u izolátů Streptococcus pyogenes na základě dat celogenomové sekvenace - Veselá, Renata; Vohrnová, Sandra; Kozáková, Jana (Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie, 2023)
Streptococcus pyogenes způsobuje rozličná lidská onemocnění od nekomplikovaných infekcí dýchacích cest a kůže až po vážná invazivní onemocnění, která mohou být doprovázena syndromem toxického šoku. Významnými faktory virulence vedle M proteinu kódovaného genem emm jsou pyrogenní exotoxiny, které se považují za superantigeny. V Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy byly nově zavedeny bioinformatické nástroje pro zpracování dat z celogenomové sekvenace S. pyogenes. Použitím programu SRST2 a platformy BV-BRC byla analyzována WGS data 10 kmenů S. pyogenes izolovaných od pacientů s invazivním onemocněním a byly stanoveny emm typy, sekvenční typy a profily genů kódujících superantigeny. K sestavení sekvencí genomů z krátkých čtení byla zvolena assembly pipeline Unicycler s de novo assemblerem SPAdes.
Keywords: Clinical Laboratory Techniques; Superantigens; klinické laboratorní techniky; lidé; Whole Genome Sequencing; Streptococcus pyogenes; Humans; klinická studie jako téma; superantigeny; sekvenování celého genomu; Clinical Studies as Topic