Projekt zkoumá novou možnost časného záchytu progrese NSCLC na bázi molekulárně-genetické detekce hypermetylace. Analýzy jsou zaměřeny na vyšetření metylací u vybraných genů ve vzorcích tkání NSCLC pacientů, odebíraných během bronchoskopického vyšetření.Studie bude zahrnovat 150 pacientů, u metylačně pozitivních bude následně vyšetřována přítomnost metylace ve volné cirkulující nádorové DNA v průběhu 3 měsíčních cyklů sledování během léčby. Bude provedeno vyhodnocení využití metylace jako potenciálníhobiomarkeru NSCLC onemocnění. Současně bude provedena korelace výskytu metylace a klinických faktorů jako např. riziko časné progrese onemocnění, frekvence léčebné odpovědi na daný typ terapie.; This project investigates a new possibility for early detection of NSCLC progression based on methylation analysis. Testing is directed at methylation of specific genes in tumour tissue samples from NSCLC patients acquired during routine bronchoscopy examination. The study will include 150 patients, the methylation changes will subsequently be investigated also in circulating free tumor DNA at 3-month cycles during the therapy. The methylation will be evaluated as a potential biomarker for NSCLC. At thesame time the methylation will be correlated to clinical factors such as the risk of early disease progression, frequency of the therapy response, etc.

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• lokální recidiva nádoru MeSH
• metylace DNA MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic diagnóza   MeSH
• prognóza MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Úvod: Nemocní s pokročilými stadii zhoubných novotvarů mívají často zvýšené hladiny cirkulující volné DNA (cell-free DNA, cfDNA) v periferní krvi. Část cfDNA pocházející z tumoru představuje zdroj materiálu pro molekulární profilaci tumoru především za účelem predikce léčebné odpovědi biologické cílené léčby. Ve skupině nemocných s pokročilým NSCLC jsme s využitím detekce nádorově-specifických mutací sledovali výskyt nádorové složky cfDNA a v ní následně prováděli metylační vyšetření zaměřená na panel 30ti genů. Metodika: V souboru 107 NSCLC pacientů jsme v tumorózní tkáni vyšetřovali přítomnost somatické mutace EGFR nebo KRAS. U pacientů s nalezenou mutací byla vyšetřena přítomnost dané mutace v cfDNA získané z plazmy. U pozitivních vzorků bylo provedeno vyšetření DNA metylace v cfDNA. Výsledky: Z celkového počtu 107 pacientů ve studii byla některá z mutací EGFR nebo KRAS nalezena u 26 pacientů (14 x EGFR, 12 x KRAS). Z tohoto počtu byla přítomnost tumorové cfDNA detekována v plazmě 8 pacientů, u kterých bylo následně provedeno metylační vyšetření. U 7 cfDNA-pozitivních pacientů (7/8, 87 %) byla potvrzena shoda metylace v tumoru i v cfDNA u minimálně 3 ze sledované sady genů. Závěr: Přítomnosti cfDNA v plazmě pacientů s pokročilým NSCLC může být využita pro profilování primárního tumoru, a to jak pro neinvazivní vyšetřování genových mutací, tak i pro vyšetřování metylačních nádorových aberací majících význam pro biologické chování nemalobuněčného karcinomu.

Introduction: Patients in advanced stages of cancer often display elevated levels of circulating cell-free DNA (cfDNA) in peripheral blood. The part of cfDNA originating from a tumor represents a viable source of material for molecular profiling of the tumor, mainly in order to predict the biological response of targeted therapy. In a group of patients with advanced NSCLC, the frequency of tumor cfDNA was assessed by detecting tumor-specific gene mutations. The tumor cfDNA was subsequently subjected to methylation analysis using a panel of 30 genes. Methods: In a group of 107 NSCLC patients, primary tumor tissue was evaluated for the presence of somatic mutations in EGFR and KRAS genes. In mutation-positive patients, the presence of a particular mutation in cfDNA obtsdned from plasma was studied. The positive samples were subjected to analysis of DNA methylation in cfDNA. Results: Either of the EGFR or KRAS mutations was found in 26 out of the 107 patients (EGFR 14 x, KRAS 12 x). Of those, eight were found to have tumor cfDNA present in plasma. Subsequently, they underwent methylation tests. In 7 of these cfDNA-positive patients (87 %), methylation was found in both tumor and cfDNA in at least 3 of the observed set of genes. Conclusion: The presence cfDNA in plasma of patients with advanced NSCLC may be used for primary tumor protiling, for both non-invasive investigation of gene mutations and investigation of tumor methylation aberrations of relevance for the biological behaviour of non-small cell lung carcinoma.

• Klíčová slova
• mutace EGFR, mutace KRAS, cirkulující volná DNA, nemalobuněčný karcinom,
• MeSH
• biologická terapie metody   využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• geny erbB-1 genetika   MeSH
• geny ras genetika   MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA genetika   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic genetika   krev   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• epigeneze genetická genetika   účinky léků   MeSH
• financování organizované MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA genetika   účinky léků   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic genetika   klasifikace   MeSH
• prognóza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

BACKGROUND: DNA methylation is one of major factors in cancer progression. We observed multiple genes involved in cancer-related signaling and focused on patients with advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) and evaluated methylation in relation to various clinical parameters. PATIENTS AND METHODS: Thirty genes were examined in 121 NSCLC patients using the methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) method. Correlations to gender, smoking status, tumor subtype, disease stage and EGFR/KRAS mutation status were performed by chi-square test. RESULTS: 90% of tumors exhibited methylation of at least one gene. Most frequently methylated were cadherin-13 (CDH13), Ras associated domain-containing protein (RASSF1A), Wilms' tumor protein (WT1), adenomatous polyposis coli protein (APC), paired box protein Pax-5 (PAX5), estrogen receptor (ESR1), an inhibitor of cyclin-dependent kinase p15 (CDKN2B), paired box protein Pax-6 (PAX6), transcription factor GATA-5 (GATA5) and cell adhesion molecule 4 (IGSF4). Overall methylation (any gene) was increased in adenocarcinomas (p=0.0329), unrelated to gender or disease stage. Several genes exhibited variable methylation with gender (CDH13, p<0.001; GATA5, p=0.02; PAX6, p=0.01 and ESR1, p=0.03), smoking (CDH13, p=0.002), or epidermal growth factor receptor (EGFR) mutation status [Von Hippel-Lindau disease tumor supresor (VHL), p=0.001; CDKN2B, p=0.02; CDH13, p=0.02; APC, p=0.04 and ESR1, p=0.04]. CONCLUSION: Differences in gene methylation associated with gender, smoking and EGFR mutation suggest potential for prediction in relation to management of tyrosine kinase inhibitor therapy.

• MeSH
• dospělí MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• erbB receptory genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nádory plic genetika   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic genetika   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery * MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• lidé MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Epigenetické změny vyšetřované u nemalobuněčného karcinomu plic představují především metylace tumor-supresorových genů a modifikace histonů. Tyto změny mohou mít diagnostický i prognostický význam. Metodika a pacienti: Autoři na základě literární rešerše vyšetřovali hypermetylace genů CHFR, CDH13, RARB, APC, RASSF1A, CDKN2A(p16) a MGMT, které nejčastěji vykazují epigenetickou změnu u plicních tumorů. Metylační status byl analyzován v cytologických preparátech vzorků získaných při bronchoskopickém vyšetření metodikou MLPA. Vyšetřeny byly vzorky od pacientů s ověřenou diagnózou nemalobuněčného karcinomu plic. Sledovány byly vztahy mezi přítomností metylací na uvedených genech a pohlavím, typy a stadii nádorů a kuřáckým statusem. Ke statistickému zhodnocení byly použity kontingenční tabulky, χ2 test, Wilcoxonův nepárový test a Kruskal-Wallisův test. Výsledky: Do studie bylo zařazeno 154 nemocných s diagnózou NSCLC III. - IV. stadia, kteří byli indikováni k systémové léčbě, nebo k léčbě biologické. Závěr: Autoři prokázali dobrou výtěžnost a reprodukovatelnost metody MLPA při vyšetřování metylačního statusu některých tumor supresorových genů. Prokázali i významné rozdíly v metylačním stavu těchto genů v závislosti na pohlaví nemocných, morfologických typech nádorů a na kuřáckém statusu pacientů.

Epigenetic changes in non-small cell lung carcinoma (NSCLC) are mainly tumor suppressor gene methylation and histone modification. These changes may have both diagnostic and prognostic value. Methods and patients: Based on a literature search, the authors studied hypermethylation of the CHFR, CDH13, RARE, APC, RASSFIA, CDKN2A(pl6) and MGMT genes, most frequently showing changes in lung cancer. Methylation status was analyzed in cytological preparations of samples obtained by bronchoscopy using the MLPA method. The studied samples were from patients with a confirmed diagnosis of NSCLC. Relations between the presence of methylation on the above genes and sex, cancer type and stage and smoking status were studied. Statistical analysis was performed using contingency tables, chi-square test, Wilcoxon test and Kruskal-Wallis analysis. Results: The study comprised 154 patients diagnosed with stage III-W NSCLC indicated for systemic or biological therapy. Conclusion: The authors showed good yield and reproducibility of the MLPA method for assessing the methylation status of some tumor suppressor genes. They also revealed significant differences in the methylation status of these genes depending on the patients' sex, morphological types of tumors and smoking status.

• Klíčová slova
• epigenetika, tumor-supresorové geny,
• MeSH
• epigeneze genetická fyziologie   genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• kouření genetika   škodlivé účinky   MeSH
• lidé MeSH
• metylace MeSH
• nádorové supresorové proteiny analýza   diagnostické užití   genetika   MeSH
• nádory plic diagnóza   genetika   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic diagnóza   genetika   MeSH
• prognóza MeSH
• rozložení podle pohlaví MeSH
• stupeň závažnosti nemoci MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH