Projekt zkoumá alteraci a expresi genů VEGF-C/D a jejich význam pro neolymfangiogenezu, lymfogenní metastázování a prognózu karcinomů slinných žláz. V retrospektivní studii bude hodnoceno 100 tumorů, jejichž chirurgická léčba byla spojena s disekcí krčních uzlin. Alterace a exprese VEGF-C/D genů v primárních lézích bude korelována s denzitou nádorových lymfatických cév, stanovenou protilátkou D2-40. Všechny výše uvedené parametry pak budou statistickými metodami porovnány s histopatologickým stavem krčních uzlin, vznikem lokoregionálních recidiv a s přežíváním. Očekáváme, že projekt potvrdí korelaci alterace a exprese genů VEGF-C/D s novotvorbou lymfatických cév, s výskytem uzlinových metastáz a s horší prognózou.; The project deals with the VEGF-C/D gene alteration and oncoprotein expression and its significance for lymphangionegenesis, lymphatic metastases and prognosis of salivary carcinomas. In a retrospective study 100 tumors, that had been treated surgically along with the lymph nodes, will be enrolled. VEGF-C/D gene alteration and oncoprotein expression in primary lesions will be correlated with tumor stromal lymphatic vessel microdensity, detected by D2-40 antibody, selectively marking lymphatic endothelial cells. All the above parameters will be statistically correlated with the histopathological status of lymph nodes, locoregional recurrence and survival rates. The project is expected to confirm the relationship between VEGF-C/D gene and oncoprotein expression and lymphangioneogenesis, nodal metastases and prognosis of salivary carcinomas.

• MeSH
• karcinom MeSH
• lymfatické uzliny MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• nádory slinných žláz diagnóza   terapie   MeSH
• patologická angiogeneze MeSH
• prognóza MeSH
• vaskulární endoteliální růstový faktor C analýza   MeSH
• vaskulární endoteliální růstový faktor D analýza   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• otorinolaryngologie
• onkologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Studie Brookeova-Spieglerova syndromu povede ke stanovení přesného klinicko-patologického spektra, korelace mezi genotypem a fenotypem a k určení genetických, poprvé i epigenetických mechanismů tohoto onemocnění, které zatím nebyly detailně zkoumány.; A study of Brooke-Spiegler syndrome to establish its detailed clinicopathologic presentation, phenotype-genotype correlations and to investigate the underlying genetic and epigenetic mechanisms; the latter have never been studied before systematically.

• MeSH
• adenoidně cystický karcinom diagnóza   MeSH
• akrospirom MeSH
• bazocelulární karcinom MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• CpG ostrůvky MeSH
• dědičné nádorové syndromy MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• karcinom kožních adnex diagnóza   MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové supresorové proteiny MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• dermatovenerologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

AIMS/BACKGROUND: Johanson-Blizzard syndrome (JBS) is a rare autosomal recessive disease caused by pathogenic variants in the UBR1 gene. JBS is usually suspected based on characteristic anomalies, but only genetic testing provides a definitive diagnosis. Since most variants are inherited from the parents, we aimed to identify the causal variants in a Czech proband with clinically suspected JBS and perform segregation analysis. METHODS: A proband with clinically suspected JBS underwent clinical exome sequencing (CES). Sanger sequencing was used for the validation, characterization, and segregation of variants in the family. The variants were also characterized using quantitative real-time PCR (qPCR) and in silico analysis. RESULTS: Using CES in the proband, we identified two novel causal variants in the UBR1 gene, c.3482A>C and c.3509+6T>C. Although the variants were found in trans, neither was detected in the parents. Sanger sequencing of the cDNA revealed that the novel variant c.3509+6T>C caused activation of the non-canonical GC donor splice site. The inclusion of 70 bp of the intronic sequence generated a frameshift and a premature termination codon leading to nonsense-mediated decay, as detected by qPCR. In silico protein structural analysis showed that the novel missense variant c.3482A>C in the zinc-stabilized domain RING-H2 altered a highly conserved zinc-coordinating histidine by proline. CONCLUSION: To the best of our knowledge, we report the first molecular confirmation of JBS in the Czech Republic and the first identification of two de novo causal variants in two alleles. Our findings also expand the spectrum of pathogenic variants in the UBR1 gene.

• MeSH
• anální atrézie * genetika   MeSH
• ektodermální dysplazie * genetika   MeSH
• hypotyreóza * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• malabsorpční syndromy * genetika   MeSH
• mentální retardace * genetika   MeSH
• nemoci slinivky břišní * genetika   MeSH
• nos * abnormality   abnormality   MeSH
• percepční nedoslýchavost * genetika   MeSH
• poruchy růstu * genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• sekvenování exomu MeSH
• ubikvitinligasy * genetika   MeSH
• žlučové kameny * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

Cíl: Molekulární klasifikace endometriálních karcinomů (EK) dělí tyto tumory do čtyř distinktních skupin definovaných genetickým pozadím. Vzhledem k prokázanému klinickému významu se genetické vyšetření EK stává nedílnou součástí dia gnostického postupu. Doporučený dia gnostický algoritmus zahrnuje molekulárně genetický průkaz mutace genu POLE, přičemž všechny další potřebné parametry se vyšetřují pouze imunohistochemicky. Cílem této studie je sdílet naše zkušenosti s molekulární klasifikací EK, která je na našem pracovišti prováděna pomocí imunohistochemie a následně sekvenování nové generace (NGS). Metodika: Do studie byly zařazeny všechny EK dia gnostikované na Šiklově ústavu patologie ve FN Plzeň a v Bioptické laboratoři, s. r. o., od roku 2020 do současnosti. Všechny EK byly prospektivně vyšetřeny nejprve imunohistochemicky (MMR proteiny, p53) a následně molekulárně geneticky pomocí NGS za použití „customizovaného Gyncore panelu“ (zahrnujícího geny POLE, POLD1, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2, TP53, PTEN, ARID1A, PIK3CA, PIK3R1, CTNNB1, KRAS, NRAS, BRCA1, BRCA2, BCOR, ERBB2), na jehož základě byly rozčleněny do čtyř molekulárně distinktních skupin [POLE mutované EK (typ 1), hypermutované (MMR deficientní, typ 2), EK bez specifického molekulárního profilu (NSMP, typ 3) a TP53 mutované („copy number high“, typ 4) ]. Výsledky: Soubor zahrnuje celkem 270 molekulárně klasifikovaných EK. Osmnáct případů (6,6 %) bylo klasifikováno jako POLE mutované, 85 případů (31,5 %) jako hypermutované (MMR deficientní), 137 případů (50,7 %) jako EK bez specifického molekulárního profilu, 30 případů (11,1 %) jako TP53 mutované. Dvanáct případů (4,4 %) bylo zařazeno jako „multiple classifier“. Skupina NSMP se často vyznačovala mnohočetnými genetickými alteracemi, přičemž nejčastější byla mutace genu PTEN (44 % v rámci NSMP), následovaly PIK3CA (30 %), ARID1A (21 %) a KRAS (9 %). Závěr: Molekulární klasifikace EK pomocí metody NGS umožňuje v porovnání s doporučeným dia gnostickým algoritmem spolehlivější klasifikaci EK do jednotlivých molekulárních skupin. Kromě toho dovoluje NGS vyšetření odkrýt komplexní genetické pozadí jednotlivých EK, což má význam zvláště v rámci skupiny „bez specifického molekulárního profilu“, kde jsou tato data podkladem pro výzkum léčebných schémat s příslibem cílené terapie tohoto typu nádorů.

Objective: Molecular classification of endometrial carcinomas (EC) divides these neoplasms into four distinct subgroups defined by a molecular background. Given its proven clinical significance, genetic examination is becoming an integral component of the diagnostic procedure. Recommended diagnostic algorithms comprise molecular genetic testing of the POLE gene, whereas the remaining parameters are examined solely by immunohistochemistry. The aim of this study is to share our experiences with the molecular classification of EC, which has been conducted using immunohistochemistry and next-generation sequencing (NGS) at our department. Methods: This study includes all cases of EC diagnosed at Šikl's Department of Pathology and Biopticka Laboratory Ltd. from 2020 to the present. All ECs were prospectively examined by immunohistochemistry (MMR, p53), fol lowed by NGS examination using a customized Gyncore panel (including genes POLE, POLD1, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2, TP53, PTEN, ARID1A, PIK3CA, PIK3R1, CTNNB1, KRAS, NRAS, BRCA1, BRCA2, BCOR, ERBB2), based on which the ECs were classified into four molecularly distinct groups [POLE mutated EC (type 1), hypermutated (MMR deficient, type 2), EC with no specific molecular profile (type 3), and TP53 mutated (“copy number high”, type 4)]. Results: The cohort comprised a total of 270 molecularly classified ECs. Eighteen cases (6.6%) were classified as POLE mutated EC, 85 cases (31.5%) as hypermutated EC (MMR deficient), 137 cases (50.7%) as EC of no specific molecular profile, and 30 cases (11.1%) as TP53 mutated EC. Twelve cases (4.4%) were classified as “multiple classifier” endometrial carcinoma. ECs of no specific molecular profile showed multiple genetic alterations, with the most common mutations being PTEN (44% within the group of NSMP), fol lowed by PIK3CA (30%), ARID1A (21%), and KRAS (9%). Conclusion: In comparison with recommended diagnostic algorithms, NGS provides a more reliable classification of EC into particular molecular subgroups. Furthermore, NGS reveals the complex molecular genetic background in individual ECs, which is especially significant within ECs with no specific molecular profile. These data can serve as a springboard for the research of therapeutic programs committed to targeted therapy in this type of tumor.

• MeSH
• imunohistochemie klasifikace   metody   MeSH
• klasifikace metody   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární patologie metody   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory endometria * diagnóza   genetika   klasifikace   patologie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Onemocnění covid-19 způsobené koronavirem těžkého akutního respiračního syndromu 2 (SARS-CoV-2) představuje i nadále globální zdravotnický problém. Od vypuknutí pandemie počátkem roku 2020 byla hlášena řada případů onemocnění gravidních žen, u nichž tato infekce vedla k závažným komplikacím vč. předčasného porodu, potratu, intrauterinní růstové restrikce či nitroděložního odumření plodu. Z výsledků současných studií vyplývá, že obávaný transplacentární přenos infekce z matky na plod je spíše výjimečnou událostí a že uvedené komplikace vznikají spíše v důsledku poškození placentární tkáně. V tomto článku popisujeme dva případy tzv. SARS-CoV-2 placentitidy se zvláštním přihlédnutím k morfologii a diferenciální diagnóze této nově definované jednotky.

Covid-19 disease caused by severe acute respiratory syndrome 2 coronavirus (SARS-CoV-2) continues to be a global public health problem. Since the pandemic outbreak in early 2020, a number of cases have been reported in pregnant women whose infection has led to severe complications including preterm birth, miscarriage, intrauterine growth restriction or intrauterine fetal demise. The results of the current studies suggest that the transplacental transmission of infection from mother to fetus is a rare event and that the complications listed above are more likely due to damage of placental tissue. In this article, we describe two cases of SARS-CoV-2 placentitis with special consideration to the morphology and differential diagnosis of this newly defined entity.

• MeSH
• COVID-19 * diagnóza   komplikace   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• infekční komplikace v těhotenství diagnóza   etiologie   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci placenty * diagnóza   patologie   MeSH
• placenta anatomie a histologie   patologie   MeSH
• samovolný potrat diagnóza   etiologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Léčba pomocí tyrosinkinázových inhibitorů (TKI) patří mezi zavedené standardy u pacientů s tzv. častými mutacemi genu pro epidermální růstový faktor (EGFR) – tj. bodová mutace vedoucí k aminokyselinové záměně L858R (dle stávající nomenklatury p. (Leu858Arg)) a delece na exonu 19 – generalizovaného nemalobuněčného plicního karcinomu (NSCLC). Nicméně pro ostatní (tzv. vzácné) EGFR mutace je situace ohledně účinnost EGFR-TKI u NSCLC v řadě případů nejistá. Naše kazuistika, popisující případ pacientky se vzácnou krátkou duplikací (dříve inzercí) genu EGFR na exonu 19, potvrzuje v předchozí literatuře uváděný možný pozitivní účinek při léčbě afatinibem. Dále pak popisujeme poměrně vzácnou příčinu rezistence na tuto léčbu – bodovou mutaci v genu NRAS c.35G>A, p.(Gly12Asp) (dle starší nomenklatury G12D), prokázanou metodou sekvenování nové generace (NGS) z cirkulující nádorové DNA (ctDNA) z krevního odběru. I přes probíhající výzkum není zatím bohužel znám spolehlivý TKI cílící na tuto mutaci.

• MeSH
• adenokarcinom plic * patologie   terapie   MeSH
• afatinib aplikace a dávkování   farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• geny erbB-1 genetika   MeSH
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Základem diagnostiky endometriálního karcinomu je histopatologická morfologie. Bokhman v roce 1983 položil základ klasickému dělení endometriálního karcinomu na dvě poměrně široké skupiny nádorů rozdílných v patogenezi. Tato klasifikace splňuje didaktický účel, poskytuje snadnou orientaci pro epidemiologická data, avšak není vhodná ke stratifikaci pacientek. Toto dělení v sobě nese široký překryv klinických, patologických i molekulárních vlastností tumorů. The Cancer Genome Atlas (TCGA) projekt řadí endometriální tumory do čtyř skupin na základě molekulárně genetických vlastností. Integrace histopatologického nálezu spolu s molekulární klasifikací se jeví jako nejlepší přístup pro hodnocení každého jednotlivého nádoru.

The basis for the diagnosis of endometrial carcinoma is histopathological morphology. Since 1983 we used Bokhman classic division of endometrial cancer on two relatively wide groups of tumors different in pathogenesis. This classification meets the didactic purpose, provides easy orientation for epidemiological data, but is not suitable for patient stratification. This division is carried out wide overlap of clinical, pathological and molecular tumor features. The Cancer Genome Atlas (TCGA) project classifies endometrial tumors into four groups based on molecular genetic features. Integration of the histopathological findings along with molecular classification appears to be the best approach for evaluating each individual tumor.

Cíl: Hlavním cílem článku je přehledně informovat odbornou veřejnost o podobě nově implementované molekulární klasifikace endometriálního karcinomu do praxe. Metodika: Souhrn aktuálních poznatků, doporučení a nových postupů týkajících se molekulárně genetického vyšetřování tkání pacientek s endometriálním karcinomem. Výsledky: Endometriální karcinom je v současnosti diagnostikován na základě histopatologické morfologie. Dle klasického Bokhmanova dělení rozeznáváme dvě poměrně široké skupiny nádorů rozdílných v patogenezi. Typ I – estrogen-dependentní nádory, klinicky zpravidla indolentní, a typ II – non-endometrioidní nádory, klinicky agresivní, bez závislosti na stimulaci estrogeny. Tato klasifikace splňuje didaktický účel, poskytuje snadnou orientaci pro epidemiologická data, avšak není vhodná ke stratifikaci vzhledem k prolínání klinických, patologických i molekulárních vlastností. Projekt Genomový atlas nádorů řadí endometriální tumory do čtyř skupin na základě molekulárně genetických vlastností. Závěr: Integrace histopatologického nálezu spolu s molekulární klasifikací se jeví jako nejlepší přístup pro hodnocení každého jednotlivého nádoru. Dosáhneme tím ideální stratifikace pacientek pro léčebná schémata.

Objective: The main objective of the article is to clearly inform healthcare professionals about the newly implemented molecular classification of endometrial cancer into practice. Methods: Summary of current knowledge, recommendations and new procedures relating to molecular genetic examination of the tissues of patients with endometrial carcinoma. Results: Endometrial cancer is currently diagnosed on the base of histopathological morphology. According to the classical Bokhman division, we distinguish between two relatively wide groups of tumors which are different in pathogenesis: type I – estrogen-dependent tumors, clinically usually indolent, and type II – non-endometroid tumors, clinically aggressive, without dependence on estrogen stimulation. This classification fulfills a didactic purpose and provides easy orientation for epidemiological data, but is not suitable for stratification due to the overlap of clinical, pathological and molecular features. The Cancer Genome Atlas project classifies endometrial tumors into 4 groups based on molecular genetic features. Conclusion: Integration of the histopathological findings along with molecular classification appears to be the best approach for evaluating each individual tumor. This will help to achieve the ideal stratification of patients for treatment regimens.

• Klíčová slova
• molekulární klasifikace, projekt Genomový atlas nádorů, POLE mutace,
• MeSH
• endometroidní karcinom * genetika   klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory endometria genetika   klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH