Projekt má za cíl prostudovat současnou epidemiologii dermatofytických infekcí na území České republiky. Výsledky studie budou mít přímý dopad v oblasti prevence, diagnostiky a terapie nejběžnějších fungálních onemocnění člověka, kterými jsou právě dermatofytózy. Pilotní epidemiologická studie probíhající na našem území od roku 2011 přinesla řadu výsledků, na které navrhovaný projekt navazuje. Projekt umožní pokračování a rozšíření započaté práce, získání přesnějších dat a také uskutečnění dílčích cílů projektu, kterými jsou monitoring nových a nově se objevujících infekcí na našem území, testování citlivostí k antimykotikům u vybraných druhových komplexů, zpracování taxonomických studií s popisy nových lidských patogenů a tvorbu nových identifikačních manuálů. Populačně genetická a fylogeografická studie druhu Arthroderma benhamiae umožní poznat původ tohoto nově se šířícího patogenu. V rámci zlepšení identifikačních postupů bude vytvořena volně dostupná databáze MALDI-TOF profilů.; The project aims to study the current epidemiology of dermatophyte infections in the Czech Republic. Its results will have a direct impact on the prevention, diagnosis and treatment of the most common fungal infections in humans. A pilot epidemiological study that has been running in our country since 2011 revealed a number of interesting results on which this project is based. The grant support would allow the continuation and expansion of the ongoing work, obtaining more accurate data and meet the other objectives of the project. These are monitoring of new and re-emerging infections, antifungal susceptibility testing of selected species, preparation of updated manuals for identification of dermatophytes and taxonomic studies with descriptions of new human pathogenic fungi. Population genetics and phytogeography study of Arthroderma benhamiae will enable trace origin of this emerging pathogen. The free available MALDI-TOF database, providing choice of cheap and rapid identification, will be developed based on the local isolates.

• MeSH
• antifungální látky terapeutické užití   MeSH
• Arthrodermataceae patogenita   účinky léků   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• pilotní projekty MeSH
• ribozomální DNA MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
• tinea diagnóza   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• zoonózy mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• dermatovenerologie
• infekční lékařství
• epidemiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Zavedení diagnostiky invazivní aspergilózy pomocí amplifikace specifických úseků DNA aspergilů uhnízděnou (nested) polymerázovou řetězovou reakcí a její využití při monitorování úspěšnosti léčby kvantitativním hodnocením přítomnosti DNA v krvi pacientů.Srovnání diagnostické hodnoty metody PCR s detekci aspergilového galaktomananu a ß-(1,3)-D-glukanu v séru, s kultivačním záchytem aspergilů a imunohistochemickým vyšetřením vzorků tkání. Stanovení optimálního schématu pro rychlou diagnostiku aspergilózy.Epidemiologické sledování ovzduší na pokojích s rizikovými pacienty a zjištění frekvence výskytu aspergilů. Hodnocení příbuznosti izolátů z ovzduší a od pacientů metodou molekulární genetiky a ověření míry přenosu infekce vzdušnou cestou.; Molecular-genetic diagnostics of invasive aspergillosis using nested PCR for specific amplification of Aspergillus DNA. Monitoring of Aspergillus DNA in blood using quantitative PCR to evalute therapy efficiency. Determination of PCR specifity and sensitivity in comparison with (1) serological detection of Aspergillus galactomannan antigen and beta- (1,3)-glucan, (2) cultivation and (3) immunohistochemical examination of tissue samples. Monitopring of Aspergillus presence in the environment of neutropenic patients and evaluation of possible relatedeness between the isolates from patients with proven invasive aspergillosis and from their environment.

• MeSH
• aspergilóza krev   diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• epidemiologické faktory MeSH
• imunohistochemie MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• mikrobiální genetika MeSH
• neutropenie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• infekční lékařství
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• epidemiologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Isoláty kvasinek rodu Candida z klinického materiáli budou identifikovány typizovány a testovány na produkci sekretovaných proteas. Oddsova metoda bude modifikována pro účely rychlého monitoringu sekrece proteas kandidami. Budou navrženy, syntetizovány atestovány inhibitory proteas sekretovaných kandidami. Bude testován vliv inhibitorů na purifikované proteasy i na rostoucí kulturu kandid.; Candida isolates from routine clinical screening will be identified, typed by RAPD and screened for secreted proteinase production. Odds method will be modified for rapid monitoring of proteinase secretion by Candida cultures. Inhibitors of Candida secreted proteinases will be designed and tested in vitro with purified enzymes using spectrophotometric assay. Effect of these inhibitors on growing Candida cultures will be examined using modified Odds method.

• MeSH
• Candida enzymologie   MeSH
• inhibitory proteas MeSH
• oportunní infekce MeSH
• technika náhodné amplifikace polymorfní DNA MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Rychlá a včasná PCR detekce zejména hemotogenně diseminovaných kandidóz u imunodeficitních pacientů, testování citlivosti k antimykotikům, molekulárně-genetická typizace (RAPD a PFGE) a korelace výsledků typizace s klinickými a epidemiologickými údaji.; Early and fast PCR detection of yeast bloodstream infections in immunocompromised patients particularly, antifungal susceptibility testing, molecular typing (RAPD, PFGE) and correlation of typing results with characteristics significant therapy.

• MeSH
• DNA fungální MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   MeSH
• kandidóza diagnóza   MeSH
• oportunní infekce diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Projekt se týká vývoje polymikrobiální vakcíny určené k léčbě chronických a recidivujících záměrů poševní sliznice. Nový preparát bude preklinicky testován a dále terapeuticky ověřen na souboru pacientek s chronickou vaginální mykózou.

• MeSH
• kandidóza vulvovaginální dietoterapie   MeSH
• kombinované vakcíny MeSH
• vakcinace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• parazitologie
• gynekologie a porodnictví
• gynekologie a porodnictví
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• aplikace intravaginální MeSH
• bakteriální vaginóza * diagnóza   etiologie   farmakoterapie   MeSH
• lidé MeSH
• probiotika terapeutické užití   MeSH
• vaginální stěr MeSH
• vaginální výtok MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Identification of filamentous fungi based on morphological features is the most available approach used in clinical mycology laboratories. However, MALDI-TOF mass spectrometry is currently invaluable for identification of microorganisms because of its rapidity, simplicity, and accuracy. This study aimed to find the optimal way of identifying filamentous fungi using MALDI-TOF MS.The sample comprised 193 isolates of filamentous fungi. The identification started with morphological assessment. Then isolates were identified using MALDI-TOF MS, both directly from culture and following culture in liquid media with extraction. Subsequently, identification of 20 selected isolates was compared by sequencing of the benA gene, ITS1-5,8-ITS2, and D1-D2 LSU regions.Based on morphological criteria, 17 genera of fungi were identified. With MALDI-TOF MS performed directly from culture, nine isolates were identified to the genus level and 184 to the species level, with a total of 75 species being noted. With the MALDI-TOF MS extraction method, 190 isolates were identified to the species level, with 43 species being noted. The rates of agreement between identification using morphology and the MALDI-TOF MS direct method were 58.55% at the genus level and 22.24% at the species level. The rates of agreement between identification using morphology and the MALDI-TOF MS extraction method were 84.97% at the genus level and 46.11% at the species level. Using sequencing, 87.5% agreement was found for identification with the MALDI-TOF MS extraction method, as compared with only 43.75% for the direct method.The results suggest that the optimal approach to identification of filamentous fungi is a combination of morphological features and MALDI-TOF MS using the extraction method.

• MeSH
• Arthrodermataceae * genetika   MeSH
• diagnostické testy rutinní MeSH
• houby genetika   MeSH
• kultivační média MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• antifungální látky terapeutické užití   MeSH
• kandidóza vulvovaginální * terapie   MeSH
• lidé MeSH
• management nemoci MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Tento návrh doporučeného postupu laboratorní diagnostiky dermatomykóz byl vypracován na základě odborné diskuze členů Pracovní skupiny pro mykologii Společnosti pro lékařskou mikrobiologii České lékařské společnosti JEP (PSM SLM ČLS JEP). Vychází z dokumentu „Doporučený postup laboratorní diagnostiky dermatomykóz“ zveřejněného na webových stránkách SLM ČLS JEP 23. 6. 2020 k všeobecné odborné diskuzi. Dosud byly pokyny v této oblasti mykologické laboratorní diagnostiky omezeny pouze na informace v příručkách a neexistoval žádný ucelený a systematický dokument na uvedené téma. Tuto mezeru se členové PSM SLM ČLS JEP snažili zaplnit, a vzniklo tak doporučení, pokrývající všechny části dermatomykologické laboratorní problematiky, od způsobu získání kvalitní anamnézy, správného postupu při odběru vzorků, jejich vyšetřování konvenčními mikroskopickými a kultivačními technikami, až po interpretaci získaných výsledků. Do této základní osnovy byly začleněny informace o diagnostickém potenciálu nových, moderních technologií, zejména molekulárně genetických metod a hmotnostní spektrometrie. Nedávno došlo k vypracování standardní evropské metodiky pro testování citlivosti dermatofytů k antimykotikům, proto byla i tato problematika do doporučení zahrnuta. Je samozřejmě počítáno s budoucí periodickou revizí tohoto dokumentu na základě nových poznatků.

This draft of guidelines for the laboratory diagnosis of dermatomycoses was developed based on discussion among members of the Czech Society for Medical Microbiology Working Group on Mycology. The document Guidelines for the Laboratory Diagnosis of Dermatomycoses was published for discussion on the Czech Society for Medical Microbiology website on 23 March 2020. Until recently, recommendations concerning this area of laboratory diagnosis in mycology were only limited to information in manuals and no comprehensive and systematic document concerning these issues was available. In an effort to fill the gap, members of the working group developed recommendations covering various laboratory aspects of mycology, from obtaining a proper history, to adequate sampling techniques, sample analyses using conventional microscopy and culture techniques, to interpretation of results. Additional information was on the diagnostic potential of novel, modern technology, in particular molecular genetic methods and mass spectrometry. The recently developed European standards for testing the susceptibility of dermatophytes to antifungals were also included in the recommendations. The document will be regularly updated based on new findings.

• MeSH
• antifungální látky aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• Candida albicans patogenita   MeSH
• flukonazol aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• kandidóza vulvovaginální diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• klotrimazol aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• mykózy * diagnóza   etiologie   farmakoterapie   MeSH