This paper focuses on wrapper-based feature selection for a 1-nearest neighbor classifier. We consider in particular the case of a small sample size with a few hundred instances, which is common in biomedical applications. We propose a technique for calculating the complete bootstrap for a 1-nearest-neighbor classifier (i.e., averaging over all desired test/train partitions of the data). The complete bootstrap and the complete cross-validation error estimate with lower variance are applied as novel selection criteria and are compared with the standard bootstrap and cross-validation in combination with three optimization techniques - sequential forward selection (SFS), binary particle swarm optimization (BPSO) and simplified social impact theory based optimization (SSITO). The experimental comparison based on ten datasets draws the following conclusions: for all three search methods examined here, the complete criteria are a significantly better choice than standard 2-fold cross-validation, 10-fold cross-validation and bootstrap with 50 trials irrespective of the selected output number of iterations. All the complete criterion-based 1NN wrappers with SFS search performed better than the widely-used FILTER and SIMBA methods. We also demonstrate the benefits and properties of our approaches on an important and novel real-world application of automatic detection of the subthalamic nucleus.

• MeSH
• teoretické modely MeSH
• velikost vzorku * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• validační studie MeSH

• Publikační typ
• abstrakty MeSH

Porucha intrauterinního růstu, která vede ke snížené porodní hmotnosti a/nebo porodní délce (SGA, small for gestational age), je spojena se závažnou perinatální morbiditou a mortalitou, malou tělesnou výškou v dětství a v dospělosti a zřejmě souvisí s častějším výskytem kardiovaskulárních onemocnění a diabetes mellitus 2. typu. Publikované údaje o četnosti dětí SGA se různí podle použitých kritérií SGA a metodiky a přesnosti určení gestačního věku. Cílem studie bylo analyzovat vliv metody stanovení gestačního věku na četnost dětí označených jako SGA v moravské větvi mezinárodní multicentrické studie ELSPAC (European Longitudinal study of Pregnancy and Childhood) a porovnat výsledky s mezinárodní referenční normou. Do studie bylo zahrnuto 7533 dětí narozených v Brně a v okrese Znojmo během16měsíců v letech 1991–1992. U 7341 z nich byla k dispozici většina potřebných dat. Prokázali jsme, že metodika stanovení gestačního věku zásadním způsobem ovlivňuje četnost SGA v populaci. Při stanovení gestačního věku podle sonografie byla četnost SGA 5,3 %, při výpočtu z termínu poslední menstruace 6,8 %, podle hlášeného gestačního věku (uvedeného v dotazníku) 13,8 %. Porodní délka a hmotnost dětí z projektu ELSPAC byly porovnány s mezinárodní referenční normou podle Lawrence z roku 1989. Porodní hmotnost a délka dětí narozených ve 34.–36. týdnu těhotenství byla analogická, ale hodnoty ve 37. až 42. týdnu těhotenství byly u dětí z populace ELSPAC významně nižší. Vzhledem k menšímu rozsahu souboru ELSPAC doporučujeme nadále používat mezinárodní referenční normy podle Lawrence, ale pro interpretaci individuálních hodnot využívat stanovení gestačního věku podle sonografie nebo podle termínu poslední menstruace.

Intrauterine growth restriction that results in lower birth weight and/or birth length (SGA, small for gestational age) is linked to increased risk of perinatal morbidity andmortality, short stature in childhood and adulthood andmay increase risk of cardiovascular diseases and type 2 diabetes. Published data on the frequency of newborns assigned as SGA vary according to SGA definition and to the method and accuracy of gestational age estimation. We aimed to analyze the impact of methodology of gestational age estimation on frequency of SGA in children of the Moravian branch of the internationalmulticentre study ELSPAC (European Longitudinal Study of Pregnancy and Childhood) and to compare the results with international reference values. The study included 7533 children born in the city of Brno and in the Znojmo district within 16months in 1991–1992. Majority of essential data were available in 7341 of them. We proved that method of estimation of gestational age substantially modifies the population frequency of SGA, ranging from 5.3% in ultrasound method and 6.8% in estimation according to last menstrual period up to 13.8% according to reported data (as given in the questionnaire). Birth weights and birth lengths of children in the ELSPAC study were compared with international reference data according to Lawrence (1989). Whereas similar results were found at gestational ages 34–36 weeks, values at gestational ages 37–42 weeks were significantly lower in the ELSPAC population. Due to a smaller sample size of the ELSPAC cohort, we recommend using the international reference normative data in clinical praxis, however interpretation of individual values should be based on estimation of gestational age according to ultrasound or last menstrual period.

• Klíčová slova
• intrauterinní růstová retardace, porodní délka,
• MeSH
• financování organizované MeSH
• gestační stáří MeSH
• hypotrofický novorozenec MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• lidé MeSH
• menstruace fyziologie   MeSH
• novorozenec MeSH
• porodní hmotnost MeSH
• porodnictví metody   MeSH
• referenční standardy MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• růstová retardace plodu diagnóza   MeSH
• tělesná výška MeSH
• ultrasonografie prenatální metody   využití   MeSH
• výsledek těhotenství MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH

• MeSH
• gravitace MeSH
• laboratorní zvířata MeSH
• odběr biologického vzorku přístrojové vybavení   MeSH
• zdravotnické prostředky MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH

• MeSH
• centrifugace MeSH
• radioimunoanalýza přístrojové vybavení   MeSH

Former authors claimed that, due to parasites' aggregated distribution, small samples underestimate the true population mean abundance. Here we show that this claim is false or true, depending on what is meant by 'underestimate' or, mathematically speaking, how we define 'bias'. The 'how often' and 'on average' views lead to different conclusions because sample mean abundance itself exhibits an aggregated distribution: most often it falls slightly below the true population mean, while sometimes greatly exceeds it. Since the several small negative deviations are compensated by a few greater positive ones, the average of sample means approximates the true population mean.

• MeSH
• lidé MeSH
• parazitární nemoci parazitologie   MeSH
• paraziti růst a vývoj   MeSH
• parazitologie metody   MeSH
• velikost vzorku MeSH
• zkreslení výsledků (epidemiologie) MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl: Transplantace tenkého střeva je ustálená léčebná metoda pro pacienty se selháním tenkého střeva. Cílem studie bylo zvládnout chirurgickou techniku, optimalizovat imunosupresivní režimy, diagnostikovat akutní celulární rejekci štěpu na základě celulárních a humorálních ukazatelů. Metody: Celkem jsme provedli 43 transplantací na praseti. První – chirurgická část experimentu byla zaměřena na zvládnutí dvou základních způsobů cévní anastomózy – napojením štěpu na mezenteriální řečiště (skupina n1 = 18) a napojení štěpu na aortu a dolní dutou žílu (skupina n2 = 25). Druhá část experimentu byla zaměřena na hodnocení rejekčních změn při odlišných způsobech imunosuprese. K hodnocení byla použita pouze zvířata, která nezemřela z důvodu technického selhání nebo interních příčin (n= 24). Zvířata byla rozdělena do čtyř skupin (A (n = 3) – autotransplantace, bez imunosuprese; B (n = 7) a C (n = 8) – allotransplantace s imunosupresí tacrolimem resp. v kombinaci se sirolimem; D (n = 6) – allotransplantace bez imunosuprese. Diagnostika rejekce byla provedena histologickým vyšetřením z biopsie štěpu. Jako neinvazivní humorální ukazatel poškození štěpu jsme vyšetřovali hladinu plazmatického citrulinu. Výsledky: Při hodnocení techniky transplantace došlo v první skupině k technickým komplikacím u 12 (67 %) zvířat, ve druhé pouze u 3 (12 %). Při hodnocení rejekčních změn bylo nejdelší přežívání dosaženo u autotransplantací, nejmenší u allotransplantací bez imunosuprese. V obou léčených skupinách jsme významný rozdíl v délce přežívání nezaznamenali (p < 0,05). Ve skupině C byl nižší počet celulárních rejekcí oproti skupinám B a D. Závěry: Experiment umožnil zvládnutí techniky odběru a následné transplantace s menším množstvím chirurgických komplikací v případě vaskulární drenáže do centrálního řečiště. V rámci imunosupresivních režimů jsme nezaznamenali významnější rozdíl při použití monoterapie tacrolimem oproti kombinaci se sirolimem. Histologické hodnocení je zlatým standardem diagnostiky celulární rejekce. Stanovení hladiny plazmatického citrulinu nemá pro bezprostřední hodnocení rejekce význam.

Aim: Transplantation of the small intestine is a standard treatment method in patients with small intestinal failures. The aim of this study was to master the surgical technique, optimalize immunosuppression regimes, diagnose acute cellular graft rejection based on cellular and humoral indicators. Methods: The authors performed a total of 43 transplantation procedures in pigs. The first, surgical part of the experiment was aimed at mastering two principal methods of vascular anastomosis– firstly, connecting the graft with mesenteric vessels (Group n1 = 18) and secondly, connecting the graft with the aorta and the inferior vena cava (Group n2 = 25). The second part of the experiment included assessment of rejection changes in various immunosuppression regimes. Only animals who did not die because of a technical failure of the procedure or due to internal reasons (n=24) were assessed. The study animals were assigned to four groups (A (n = 3) – autotransplantation, without immunosuppresion; B (n = 7) and C (n = 8) – allotransplantation with immunosuppression using tacrolimus, resp. in a combination with sirolimus; D (n = 6) – allotransplantation without immunosuppression. Rejection was diagnosed based on histological examination of the grafts@ biopsy samples. Plasmatic citruline was used as a non- invasive humoral indicator of the graft impairment. Results: Procedural complications were observed in 12 (67%) study animals from the first group, and in 3 (12%) animals from the second group. In the assessment of rejection changes, the longest survival was observed with autotransplantations, the shortest survival period was shown with allotransplantations without immunosuppression. No significant survival differences were demonstrated between the both treated groups. (p < 0.05). Group C showed lower rates of cellular rejections, compared to Group B and D. Conclusion: During the experiment, the authors managed to master the graft collection, as well as the transplantation technique. Lower rates of surgical complications were observed when the graft was supplied by the central vascular system. No significant differencies were observed between the tacrolimus monoterapy regimen and the combination therapy with sirolimus. Histological examination is the golden standard for the cellular rejection diagnostics. Plasmatic citruline has no signifiance in the rejection assessment.

• MeSH
• imunosupresiva aplikace a dávkování   MeSH
• inbrední kmeny zvířat MeSH
• odběr tkání a orgánů MeSH
• prasata MeSH
• rejekce štěpu diagnóza   patologie   MeSH
• tenké střevo transplantace   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH

Cílem práce bylo vypracovat metodiku imunohistochemické diagnostiky kostních mikrometastáz a tento postup použít u operovaných nemocných s nemalobuněčnou formou plieni rakoviny. Pomocí koktejlu cytokeratinových směsí a jednotlivých cytokeratinů se stanoví imunohistochemický profil primárního plicního ložiska. Kostní mikrometastázy se hodnotí z kostní dřeně odebraného žeberního segmentiji. Bylo vyšetřeno celkem 30 kostních dření. Pro další vyhodnocení zůstalo ve skupině 17 nemocných. Izolované segmejity se zřetelnou pozitivitou cytokeratinů byly pozorovány ve 4 případech. Výtěžnost kostní dřeně ze žeberního segmentuje velmi dobrá. První výsledky jsou povzbudivé pro další výzkumnou práci.

The objective was to elaborate a method of immunohistochemical diagnosis of bone micromatastases and to apply this procedure in operated patients with the non-small cell form of lung cancer. By means of a cocktail of cytokeratin mixtures and individual cytokeratins the immunohistochemical profile of the primary pulmonary focus is assessed. Bone micrometastases are evaluated from the bone marrow of a sampled costal segment. A total of 30 bone marrow samples were examined. For further evaluation 17 patients remained in the group. Isolated segments with a marked positivity of cytokeratins were observed in four instances. The yield of bone marrow from costal segment is very good. The initial results are encouraging for further research.

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• nádory plic komplikace   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic komplikace   MeSH
• vyšetřování kostní dřeně MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

BACKGROUND: Oncopanel genomic testing, which identifies important somatic variants, is increasingly common in medical practice and especially in clinical trials. Currently, there is a paucity of reliable genomic reference samples having a suitably large number of pre-identified variants for properly assessing oncopanel assay analytical quality and performance. The FDA-led Sequencing and Quality Control Phase 2 (SEQC2) consortium analyze ten diverse cancer cell lines individually and their pool, termed Sample A, to develop a reference sample with suitably large numbers of coding positions with known (variant) positives and negatives for properly evaluating oncopanel analytical performance. RESULTS: In reference Sample A, we identify more than 40,000 variants down to 1% allele frequency with more than 25,000 variants having less than 20% allele frequency with 1653 variants in COSMIC-related genes. This is 5-100× more than existing commercially available samples. We also identify an unprecedented number of negative positions in coding regions, allowing statistical rigor in assessing limit-of-detection, sensitivity, and precision. Over 300 loci are randomly selected and independently verified via droplet digital PCR with 100% concordance. Agilent normal reference Sample B can be admixed with Sample A to create new samples with a similar number of known variants at much lower allele frequency than what exists in Sample A natively, including known variants having allele frequency of 0.02%, a range suitable for assessing liquid biopsy panels. CONCLUSION: These new reference samples and their admixtures provide superior capability for performing oncopanel quality control, analytical accuracy, and validation for small to large oncopanels and liquid biopsy assays.

• MeSH
• alely * MeSH
• frekvence genu * MeSH
• genetická heterogenita MeSH
• genetická variace * MeSH
• genetické testování metody   normy   MeSH
• genomika metody   normy   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery * MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nádory diagnóza   genetika   MeSH
• průběh práce MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Pľúcne karcinómy (LC) sú histologicky a molekulárne heterogénne ochorenia, ktoré dominujú v počte novodiagnostikovaných onkologických ochorení. Diagnostika LC v poslednej dekáde pokročila najmä v molekulárnej typizácii nádorovej proliferácie a následnej cielenej molekulárnej terapii (CMT) tyrozín-kinázovými inhibítormi (TKI). TKI- terapia je však účinná len pre úzku podskupinu LC, prevažne adenokarcinómov, typicky s aktivačnými mutáciami v intracelulárnej doméne receptoru pre epidermálny rastový faktor (EGFR). Selekcia pacientov vhodných na CMT štandardne prebieha na základe bioptického vyšetrenia. Alternatívou k bioptickým vzorkám sú materiály získané metódou bronchiálnych sterov (BS), ktorých odber a následnú molekulárnu analýzu opisujeme v tejto študii. Po cytomorfologickej charakterizácii získaného náteru, kontrole celularity a zastúpenia nádorových buniek sme na somatické aktivačné EGFR mutácie pomocou kvantitatívnej PCR vyšetrili 149 pacientov, z ktorých sme 19 (12,78 %) odporučili na EGFR-TKI terapiu. Najčastejšou EGFR mutáciou boli delečné mutácie v exóne 19. Optimalizácia vstupných parametrov cytologických odberov a izolovanej genomickej gDNA umožnila 100% úspešnosť EGFR analýz. V tejto štúdii predstavujeme metodiku na vyšetrenie mutačného statusu EGFR z BS, ktorá je spoľahlivá a spĺňa všetky kritéria rutinnej molekulárnej diagnostiky. Multidisciplinárny prístup EGFR genotypizácie klinicky relevantných somatických mutácii z BS umožňuje rozšírenie spektra pacientov s nemalobunkovým karcinómom pľúc, vhodných na CMT.

Lung cancer (LC) is a histologically and molecularly heterogeneous disease accounting for a large proportion of newly diagnosed oncological conditions. In the last decade, the diagnosis of LC has advanced considerably, especially molecular typing of tumor proliferation and subsequent targeted biological therapy (TBT) using tyrosine kinase inhibitors (TKIs). However, TKI therapy is effective for only a small LC subgroup, mainly adenocarcinomas, typically with activating mutations in the intiacellular domain of the epidermal growth factor receptor (EGFR). Selection of patients suitable for TBT is mostiy guided by biopsy examination. An alternative to biopsy samples is material obtained by bronchial brushing (BB). The sampling procedure and subsequent molecular testing is described in this study. Following the cytomorphological examination of the samples and assessment of cellularity and the proportion of tumor cells, we screened 149 patients for somatic activating EGFR mutations using quantitative PCR. Of those, 19 (12.78 %) were indicated for EGFR TKI therapy. The most prevalent EGFR mutations were exon 19 deletions. Optimization of the entry parameters in cytology samples and the isolated genomic DNA resulted in a 100% success rate of EGFR analysis. The study describes a method for assessing EGFR mutation status from BB samples that is reliable and meets all criteria of routine molecular diagnosis. The implemented multidisciplinary approach to EGFR genotyping of clinically relev£int somatic mutations using BB samples may extend the range of patients cohort eligible for TBT.

• MeSH
• biopsie metody   využití   MeSH
• bronchoskopie metody   využití   MeSH
• diagnostické techniky molekulární * využití   MeSH
• dospělí MeSH
• erbB receptory analýza   genetika   MeSH
• genetické testování využití   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutační analýza DNA využití   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic * diagnóza   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH