x

x

• MeSH
• kontrola infekčních nemocí MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce * epidemiologie   mortalita   MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• sérotypizace MeSH
• surveillance populace MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• tabulky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.

Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.

• MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace klasifikace   metody   MeSH
• pneumokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu * metody   normy   MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky typizace bakterií klasifikace   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

The clinical consequences of toxoplasmosis are greatly dependent on the Toxoplasma gondii strain causing the infection. To better understand its epidemiology and design appropriate control strategies, it is important to determine the strain present in infected animals. Serotyping methods are based on the detection of antibodies that react against segments of antigenic proteins presenting strain-specific polymorphic variations, offering a cost-effective, sensitive, and non-invasive alternative to genotyping techniques. Herein, we evaluated the applicability of a panel of peptides previously characterized in mice and humans to serotype sheep and pigs. To this end, we used 51 serum samples from experimentally infected ewes (32 type II and 19 type III), 20 sheep samples from naturally infected sheep where the causative strain was genotyped (18 type II and 2 type III), and 40 serum samples from experimentally infected pigs (22 type II and 18 type III). Our ELISA test results showed that a combination of GRA peptide homologous pairs can discriminate infections caused by type II and III strains of T. gondii in sheep and pigs. Namely, the GRA3-I/III-43 vs. GRA3-II-43, GRA6-I/III-213 vs. GRA6-II-214 and GRA6-III-44 vs. GRA6-II-44 ratios showed a statistically significant predominance of the respective strain-type peptide in sheep, while in pigs, in addition to these three peptide pairs, GRA7-II-224 vs. GRA7-III-224 also showed promising results. Notably, the GRA6-44 pair, which was previously deemed inefficient in mice and humans, showed a high prediction capacity, especially in sheep. By contrast, GRA5-38 peptides failed to correctly predict the strain type in most sheep and pig samples, underpinning the notion that individual standardization is needed for each animal species. Finally, we recommend analyzing for each animal at least 2 samples taken at different time points to confirm the obtained results.

• MeSH
• antigeny protozoální * genetika   imunologie   MeSH
• ELISA metody   MeSH
• genotyp MeSH
• nemoci ovcí * parazitologie   diagnóza   MeSH
• nemoci prasat * parazitologie   diagnóza   MeSH
• ovce MeSH
• peptidy imunologie   MeSH
• prasata MeSH
• protilátky protozoální krev   MeSH
• sérotypizace * metody   MeSH
• toxoplazmóza zvířat * diagnóza   parazitologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BK virus (BKPyV) is a causative agent of BKPyV-associated nephropathy and graft rejections in kidney transplant patients. It establishes persistent infection in the kidneys, which can lead to reactivation in an immunosuppressed state or transmission to kidney recipients. Complications in the case of donor-derived infections can be caused by differences between the four known BKPyV subtypes, as prior infection with one subtype does not guarantee protection against de novo infection with other subtypes. The recipient and donor pretransplant serotyping is not routinely performed since simple ELISA tests employing antigens derived from the major viral capsid protein 1 (VP1) are hindered by the high cross-reactivity of anti-VP1 antibodies against all subtypes. Identifying subtype-specific epitopes in VP1 could lead to the design of specific antigens and the improvement of serodiagnostics for kidney transplantation. We aimed to study the surface residues responsible for the interactions with the subtype-specific antibodies by focusing on the DE and EF loops of VP1, which have only a small number of distinct amino acid differences between the most common subtypes, BKPyV-I and BKPyV-IV. We designed two mutant virus-like particles (VLPs): we introduced BKPyV-I characteristic amino acid residues (either H139N in the DE loop or D175E and I178V changes in the EF loop) into the base sequence of a BKPyV-IV VP1. This way, we created BKPyV-IV mutant VLPs with the sequence of either the BKPyV-I DE loop or the BKPyV-I EF loop. These mutants were then used as competing antigens in an antigen competition assay with a panel of patient sera, and changes in antibody reactivity were assessed by ELISA. We found that the changes introduced into the BKPyV-IV VP1 EF loop restrict antibody recognition in most samples and that converting the BKPyV-IV DE loop into its BKPyV-I equivalent attracts anti-VP1 BKPyV-I antibodies. Although our results did not lead to the discovery of a subtype-specific epitope on the VP1, they suggested that the arrangement of the EF loop in VP1 might dictate the mode of interaction between virus and anti-VP1 antibodies in general and that the interactions between the antibodies and the viral capsid might be very complex. Consequently, an antigen competition assay as an assay to distinguish between BKPyV serotypes might prove difficult to interpret.

• MeSH
• ELISA MeSH
• ledviny MeSH
• lidé MeSH
• nemoci ledvin * MeSH
• sérotypizace MeSH
• transplantace ledvin * MeSH
• virus BK * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

V roce 2021 bylo do surveillance databáze v České republice (ČR) zařazeno celkem 264 případů invazivního pneumokokového onemocnění (IPO). Přestože hlášení IPO případů zaznamenalo vzrůst v zimě 2021, je ovlivnění pandemií covid-19 zřejmé i v roce 2021. Celková nemocnost IPO v roce 2021 dosáhla hodnoty 2,5/100 000 obyvatel (v roce 2020 – 2,3/100 000 obyvatel). Věkově specifická nemocnost u dětí pod jeden rok věku byla 0,9/100000 obyvatel – tj. 1 případ IPO (v roce 2020 – 4,5/100000 obyvatel, tj. 5 případů IPO) a ve věkové skupině 1–4 roky se dostala na hodnotu 2,6/100000 obyvatel – tj. 12 případů IPO (v roce 2020 – 1,8/100000 obyvatel, tj. 8 případů IPO). Nejvíce případů IPO opět zůstává ve věkové skupině 65 let a starší s absolutním počtem 140 IPO a s nemocností 6,6/100 000 obyvatel (v roce 2020 – 119 IPO – 5,6/100000 obyvatel). Počet případů IPO u očkovaných pneumokokovými vakcínami byl 14, děti 0–4 roky: 6 případů IPO, 5–39 let: 1 případ IPO, 65 let věku a více: 7 případů IPO. Celková smrtnost IPO v roce 2021 byla 18,2% (v roce 2020 – 17%). Bylo hlášeno 48 úmrtí v souvislosti s průkazem pneumokoka v primárně sterilním klinickém materiálu. Nejvyšší smrtnost byla ve věkové skupině 65+ (32 úmrtí na IPO). Není evidováno žádné úmrtí ve věkových kategoriích 0–39 roků. Z 264 případů IPO bylo zasláno do Národní referenční laboratoře pro streptokokové nákazy (NRL/STR) k typizaci 259 izolátů Streptococcus pneumoniae (98 %). Sérotypy 3, 8, 19A a 6C byly v roce 2021 zastoupeny nejčastěji.

In 2021, altogether 264 cases of invasive pneumococcal disease (IPD) were entered in the surveillance database of the Czech Republic (CR). Despite the increase in IPD observed in winter 2021, the impact of COVID-19 continues to be evident also in 2021. The overall incidence of IPD was 2.5/100 000 population (compared to 2.3/100 000 in 2020). The age-specific incidence rates reached 0.9/100 000 in children under 1 year of age, i.e. 1 IPD case, compared to 4.5 /100 000 in 2020, i.e. five cases of IPD, and 2.6/100 000 in children aged 1 to 4 years, i.e. 12 cases, compared to 1.8/100 000 in 2020, i.e. eight cases of IPD. The most afflicted age group was 65 years and over, with an absolute number of 140 cases, i.e. 6.6/100 000, in comparison to 119 cases, i.e. 5.6/100 000, in 2020. Fourteen cases of IPD occurred in persons previously vaccinated with pneumococcal vaccines, six of whom were children aged 0–4 years, one was from the age group 5–39 years, and seven were 65 years and over. The overall case fatality rate was 18.2% in 2021 in comparison to 17% in 2020. Forty-eight reported deaths were associated with the detection of pneumococci in clinical specimens from normally sterile body sites. The highest case fatality rate was recorded in the age group 65 years and over (32 deaths due to IPD). No fatal case was recorded in the age groups 0–39 years. Two hundred and fifty-nine isolates of Streptococcus pneumoniae (98 %) from 264 cases of IPD were referred to the National Reference Laboratory for Streptococcal Infections for typing. The most commonly identified serotypes in 2021 were 3, 8, 19A, and 6C.

• MeSH
• kolaterální senzitivita MeSH
• lidé MeSH
• morbidita MeSH
• pneumokokové infekce * epidemiologie   mortalita   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• vakcinace MeSH
• věkové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl práce: Zhodnocení stavu a změny trendů ve výskytu invazivních onemocnění způsobených Haemophilus influenzae v České republice (ČR) v letech 1999–2020 s ohledem na zavedení očkování dětí proti H. influenzae sérotypu b (Hib) v roce 2001. Charakterizace kmenů multilokusovou sekvenční typizací (MLST) a hledání korelací mezi sérotypy, sekvenčními typy a skupinami pacientů či klinickými projevy onemocnění. Materiál a metody: Analyzováno bylo 623 invazivních kmenů H. influenzae zachycených v rámci surveillance invazivního hemofilového onemocnění v ČR. Pro všechny kmeny byly určeny biotypy na základě fenotypového projevu a sérotypy pomocí sklíčkové aglutinace se specifickými antiséry a-f. U 383 kmenů ze sbírky Národní referenční laboratoře pro hemofilové nákazy (NRL HEM) získaných v rámci surveillance v ČR byla provedena MLST s určením sekvenčních typů (ST). Pro analýzy byl dataset doplněn z databáze PubMLST 5 kmeny sérotypů vyskytujících se v ČR výjimečně nebo vůbec. Kalkulace podobnosti kmenů na základě MLST a dat o kmenu (sérotyp, biotyp, ST) a pacientovi (diagnóza, pohlaví, věk) byla provedena v programu BioNumerics 7.6. Výsledky: Po zavedení očkování proti Hib v roce 2001 došlo v následujících letech k dramatickému poklesu invazivních Hib onemocnění o více než 90 %. V letech 1999-2020 bylo v ČR zaznamenáno celkem 623 invazivních onemocnění způsobených H. influenzae, v posledních letech se jednalo o cca 20 invazivních onemocnění ročně. V současnosti jsou v ČR dominantní skupinou kmenů způsobující hemofilové invazivní onemocnění neopouzdřené kmeny (HiNT) následované kmeny sérotypů Hif a Hie. Nejběžnější manifestací hemofilového invazivního onemocnění byla před zavedením očkování meningitida, nyní je to sepse. Analyzovány byly sekvenční typy 383 kmenů ze sbírky NRL HEM získaných v rámci surveillance v ČR. Výsledky ukázaly vysokou klonálnost opouzdřených kmenů a diverzitu HiNT, což odpovídá i výsledkům jiných studií. Analýza podobnosti kmenů neukázala žádné prokazatelné vztahy mezi věkem pacientů či klinickou manifestací a sérotypy a konkrétními ST. Závěr: Z hlediska invazivních hemofilových onemocnění došlo k dramatické změně v důsledku očkování proti Hib po roce 2001, kdy došlo ke snížení onemocnění způsobených Hib z desítek na jednotky případů ročně. V posledních 10 letech je situace v ČR stabilní bez výrazných změn v počtech případů či v zastoupení sérotypů a odpovídá situaci v ostatních zemích Evropské unie. Pro sledování dalšího vývoje je žádoucí pokračovat v NRL HEM v surveillance invazivních onemocnění způsobených H. influenzae včetně molekulárně-biologické charakterizace kmenů. MLST je metoda umožňující charakterizaci kmenů na základě alelických variant vybraných housekeeping genů, avšak neumožňuje spojit konkrétní sekvenční typy H. influenzae se skupinami pacientů na základě věku, pohlaví či klinických projevů. V budoucnu by mohlo být možné identifikovat závislost onemocnění na konkrétních skupinách kmenů pomocí celogenomové sekvenace.

Aim: To assess the trends and changes in the incidence of invasive disease caused by Haemophilus influenzae in the Czech Republic (CR) between 1999 and 2020 with regard to the introduction of childhood vaccination against H. influenzae serotype b (Hib) in 2001. Characterization of strains by multilocus sequence typing (MLST) and search for correlations between serotypes, sequence types, and patient groups or clinical manifestations of the disease. Material and methods: A total of 623 invasive H. influenzae strains from surveillance of invasive Haemophilus disease in the Czech Republic were analysed. All strains were biotyped based on phenotypic characteristics and serotyped using slide agglutination with specific a-f antisera. Three hundred and eighty-three strains from the collection of the National Reference Laboratory for Haemophilus Infections (NRL HEM) originating from surveillance in the CR were analysed by MLST and assigned to sequence types (ST). For analyses, the dataset was supplemented with five strains from the PubMLST database of serotypes rarely or not at all found in the CR. Similarity calculations based on MLST and strain (serotype, biotype, ST) and patient (diagnosis, sex, age) data were performed in BioNumerics 7.6. Results: After the introduction of Hib vaccination in 2001, a dramatic decline of more than 90% was observed in invasive Hib disease over the following years. Between 1999 and 2020, a total of 623 cases of invasive disease caused by H. influenzae were recorded in the CR, with about 20 cases reported annually in recent years. At present, the dominant agents causing Haemophilus invasive disease in the CR are non-enveloped strains (HiNT) followed by strains of Hif and Hie serotypes. The most common manifestation of Haemophilus invasive disease in the pre-vaccination era was meningitis, while now it is sepsis. Sequence types of 383 strains from the NRL HEM collection originating from surveillance in the CR were analysed. The results showed high clonality of the encapsulated strains and diversity of HiNT strains, which is consistent with the results of others. Strain similarity analysis showed no demonstrable relationships between patient age or clinical manifestation and serotype and ST. Conclusion: In invasive Haemophilus disease, there has been a dramatic change as a result of Hib vaccination after 2001, with a reduction of cases caused by Hib from tens to units annually. In the last decade, the situation in the CR has been stable with no significant changes in the number of cases or in the representation of causative serotypes and is in line with the reports from other EU countries. In order to monitor further developments, it is desirable that the NRL HEM should continue the surveillance of invasive disease caused by H. influenzae, including molecular biological characteristics of strains. MLST allows the characterisation of strains based on allelic variants of selected housekeeping genes, but it does not allow the association of specific H. influenzae sequence types with patient age, sex or clinical manifestations. In the future, whole genome sequencing could be a useful tool for determining the correlation between the disease and specific strains.

• MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• Haemophilus influenzae * izolace a purifikace   MeSH
• hemofilové infekce * epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• lidé MeSH
• sérotypizace MeSH
• surveillance populace MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cíl práce: Cílem studie bylo určit genetickou rozmanitost humánních izolátů získaných v letech 2016–2020 z klinických laboratoří z různých lokalit České republiky (ČR) s ohledem na možné epidemické souvislosti a virulenci Listeria monocytogenes za využití dat celogenomového sekvenování. Metody: Ve studii byl použit soubor 102 humánních izolátů L. monocytogenes, u kterých byl určen sérotyp sklíčkovou aglutinací v kombinaci s multiplex PCR sérotypizací. Retrospektivně bylo provedeno celogenomové sekvenování a na základě získaných dat byla posouzena klonální příbuznost testovaných kmenů a přítomnost genů virulence pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. Výsledky: V období let 2016–2020 bylo celkem charakterizováno 102 humánních izolátů L. monocytogenes, což činí 65 % ze všech hlášených případů listerióz registrovaných ve sledovaném období v ČR v systémech ISIN/EPIDAT. Dominantní zastoupení měl sérotyp 1/2a (57 %), následoval sérotyp 4b (30 %) a jen ojediněle byly detekovány kmeny sérotypu 1/2b (12 %) a 1/2c (1 %). Na základě analýzy celogenomových dat byly kmeny zařazeny k 26 klonálním komplexům a 27 sekvenačním typům. Porovnáním cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) byly detekovány čtyři klastry o více jak třech kmenech vykazující vysokou příbuznost (rozdíly do 10 alel) s možnou epidemickou souvislostí. U všech kmenů byla potvrzena přítomnost klíčových genů virulence. Pouze u tří kmenů (sérotypu 1/2a, 1/2b a 1/2c) byla detekována bodová mutace v genu inlA spojovaná s expresí zkráceného proteinu internalinu A, který je zapojený do mechanismu přestupu L. monocytogenes intestinální bariérou. Závěr: Molekulární epidemiologie založená na celogenomovém sekvenování představuje účinný nástroj ke studiu populační struktury kmenů L. monocytogenes. V této studii byla zjištěna vysoká heterogenita humánních kmenů L. monocytogenes, zejména u v České republice dominantního sérotypu 1/2a. Bylo identifikováno několik klastrů s možnou epidemickou souvislostí, jejichž výskyt bude dále sledován.

Study aim: To determine the genetic diversity of human isolates of Listeria monocytogenes obtained in 2016–2020 from clinical laboratories in various locations of the Czech Republic with a focus on their possible epidemic links and virulence using whole genome sequencing data. Methods: A total of 102 human L. monocytogenes isolates, serotyped by slide agglutination in combination with multiplex PCR serotyping, were used in this study. Whole genome sequencing was performed retrospectively, and based on the obtained data, the clonal relatedness of the tested strains and the presence of virulence genes were assessed using the Ridom SeqSphere+ software. Results: In 2016-2020, 102 human isolates of L. monocytogenes were characterized, which represented 65% of all cases of listeriosis reported to the ISIN/EPIDAT systems in the Czech Republic in the monitored period. Serotype 1/2a (57%) was dominant, followed by serotype 4b (30%). Strains of serotype 1/2b (12%) and 1/2c (1%) were rarely detected. Based on the analysis of whole genome sequencing data, the strains were assigned to 26 clonal complexes and 27 sequence types. The cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) analysis revealed four clusters of more than three strains, showing high relatedness (differences up to 10 alleles) with a possible epidemic link. The presence of all key virulence genes was confirmed in all strains. Only three strains (of serotypes 1/2a, 1/2b, and 1/2c) carried a point mutation in the inlA gene responsible for the expression of truncated internalin A protein, which is involved in the mechanism of intestinal barrier crossing by L. monocytogenes. Conclusion: Molecular epidemiology based on whole genome sequencing is an effective tool to study the population structure of L. monocytogenes strains. This study found high heterogeneity of human L. monocytogenes strains, especially for serotype 1/2a, dominant in the Czech Republic. Several clusters with a possible epidemic link have been identified, and their occurrence will be further monitored.

• MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• genetická variace MeSH
• lidé MeSH
• Listeria monocytogenes * genetika   MeSH
• listeriové infekce * epidemiologie   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• sérotypizace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Leptospiróza je onemocnění způsobené spirochétami rodu Leptospira, které je celosvětově rozšířené. Člověk se může infikovat přes půdu nebo vodu kontaminovanou močí rezervoárových hostitelů. Mezi projevy leptospirózy patří často nespecifické příznaky podobné chřipkovému onemocnění ale v 5–10 % případů může docházet k vážnému průběhu onemocnění s multiorgánovým selháváním. Diagnostika leptospirózy probíhá nepřímo pomocí sérologických metod nebo přímo pomocí kultivace nebo polymerázové řetězové reakce (PCR). Celosvětově nejpoužívanější je sérologická metoda MAT (mikroskopický aglutinační test). V NRL pro leptospiry využíváme k diagnostice leptospirové infekce metody MAT, PCR i kultivaci. V loňském roce jsme potvrdili celkem 15 pozitivních vzorků, z toho 10 pomocí MAT a 5 pomocí PCR. Celkový záchyt leptospirózy na celém území ČR za rok 2021 byl 31 pozitivních případů, což je lehce nadprůměrný výskyt onemocnění. Nejčastějším infikujícím sérotypem v letech 2001–2018 byla L. grippotyphosa.

Leptospirosis is a disease caused by spirochetes of the genus Leptospira, which is widespread worldwide. Humans can become infected through soil or water contaminated with the urine of reservoir hosts. The manifestations of leptospirosis often include non-specific flu-like symptoms, but in 5–10% of cases, a serious course of the disease with multi-organ failure may occur. Leptospirosis is diagnosed indirectly using serological methods or directly using culture-based method or polymerase chain reaction (PCR). The most used worldwide is the MAT (microscopic agglutination test) serological method. In the National Reference Laboratory for Leptospira, to diagnose leptospiral infections we use MAT, PCR as well as culture-based methods. Last year, we confirmed a total of 15 positive samples, 10 of them by MAT and 5 by PCR. The total detection of leptospirosis in the entire territory of the Czech Republic for the year 2021 was 31 positive cases, which is a slightly above-average incidence of the disease. The most common infecting serotype in 2001–2018 was L. grippotyphosa.

• MeSH
• aglutinační testy metody   MeSH
• incidence MeSH
• Leptospira klasifikace   patogenita   MeSH
• leptospiróza * diagnóza   epidemiologie   přenos   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• sérotypizace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce * epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• sérotypizace MeSH
• surveillance populace MeSH
• věkové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl práce: Cílem předkládané studie bylo analyzovat epidemiologické a klinické charakteristiky invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) u dospělých pacientů v období před a po zavedení očkování dětí konjugovanými vakcínami v České republice. Materiál a metody: Do retrospektivní observační sentinelové studie byli zařazeni dospělí pacienti s IPO (kultivační průkaz S. pneumoniae z primárně sterilního materiálu) hospitalizovaní v Nemocnici Na Bulovce v letech 2000–2019. Výsledky: Ve studijním období bylo diagnostikováno celkem 304 případů onemocnění s věkovým mediánem 58 let (IQR 43-73) a zastoupením mužů a žen 1,49 : 1. Nejčastější klinickou formu představovaly bakteriemické pneumonie (185 případů; 60,9 %) a purulentní meningitidy (90; 29,6 %). Intenzivní péči vyžadovalo 157/293 pacientů (53,6 %) a 77 nemocných onemocnění podlehlo (25,3 %). Sérotyp byl určen u 292 izolátů (96,0 %) a nejčastěji byly prokázány sérotypy 3 (38; 12,5 %), 4 (28; 9,2 %), 7F (24; 7,9 %), 8 (21; 6,9 %) a 1 (18; 5,9 %). Klinické i epidemiologické charakteristiky infekcí vyvolaných nejčastějšími sérotypy se odlišovaly, přičemž onemocnění vyvolaná sérotypem 3 postihovala starší rizikové pacienty, častěji vyžadovala poskytnutí intenzivní péče a měla vyšší smrtnost. Zastoupení sérotypů, které nejsou obsažené ve 13valentní konjugované vakcíně, vzrostlo z 28,8 % (19/66) v letech 2000–2004 na 54,8 % (40/73) v období 2015–2019 (p = 0,001). Závěry: Studie prokázala, že infekce vyvolané nejčastějšími sérotypy se odlišují nejen svými epidemiologickými charakteristikami, ale i klinickým průběhem a smrtností. Ve sledovaném období došlo k významnému nárůstu IPO vyvolaných sérotypy, které nejsou zařazeny v 13valentní konjugované vakcíně, což limituje dostupné možnosti prevence u pacientů dospělého věku.

Objective: The aim of this study was to analyse epidemiological and clinical characteristics of invasive pneumococcal disease (IPD) in adults before and after the introduction of the general childhood conjugate pneumococcal vaccination programme in the Czech Republic. Material and Methods: The retrospective observational sentinel study included adults with IPD admitted to the Na Bulovce Hospital in Prague from 1/2000 through 12/2019. A case of IPD was defined as isolation of Streptococcus pneumoniae from a primarily sterile site. Results: A total of 304 IPD cases were diagnosed during the study period, with a male to female ratio of 1.49:1 and age median of 58 years (IQR 43-73). The most prevalent clinical forms were bacteraemic pneumonia (185 cases; 60.9%) and purulent meningitis (90; 29.6%). A total of 157/293 patients (53.6%) required intensive care, and the case fatality rate was 25.3% (n = 77). The serotype was determined in 292 (96.0%) isolates, the most prevalent being serotypes 3 (38; 12.5%), 4 (28; 9.2%), 7F (24; 7.9%), 8 (21; 6.9%), and 1 (18; 5.9%). Both clinical and epidemiological characteristics of IPD caused by the most prevalent serotypes differed considerably. Patients diagnosed with serotype 3 were older, more frequently required intensive care, and showed higher mortality. The proportion of IPD caused by non-PCV13 serotypes increased from 28.8% (19/66) in 2000-2005 to 54.8% (40/70) in 2015-2019 (p = 0.001). Conclusion: The study demonstrated that invasive diseases caused by the most prevalent pneumococcal serotypes differ in their epidemiological and clinical characteristics and case fatality rate. During the study period, there was a significant increase in IPD caused by non-PCV 13 serotypes, limiting the effect of vaccination in adults.

• MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce * diagnóza   epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• pozorovací studie jako téma MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH