Zvyšující se výskyt antibiotických rezistencí patří k závažným problémům 21.století. Výskyt bakteriálních kmenů rezistentních k antibiotikům následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí nebo pro prevenci jejich výskytu, např. v chirurgii. Čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec patří k ohniskům, kde nejčastěji dochází ke vzniku či šíření nových i stávajících kmenů bakterií rezistentních k antibiotikům a genů rezistence k antibiotikům. Ke stanovení antibiotických rezistencí se v laboratořích standardně používají fenotypové kultivační metody, které jsou však náročné na čas i práci a částečně i přesnou interpretaci výsledků. Z tohoto důvodu jsou hledány rychlejší alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům nebo přímo genů rezistence k antibiotikům. Příkladem alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům je například použití fenotypové metody využívající hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s průletovým analyzátorem pro stanovení producentů beta-laktamas. Zrychlení a zároveň větší přesnost detekce poskytují genotypové metody. Pomocí polymerasové řetězové reakce lze přímo detekovat a kvantifikovat geny rezistence k antibiotikům. Pro další zrychlení a vyšší specifitu detekce amplikonů z PCR lze použít mikročipy. Metody masivního paralelního sekvenování poskytují ucelenou informaci o rezistomu daného prostředí. Umožňují sekvenovat DNA amplikony či jednotlivé molekuly DNA pro detekci determinant antibiotické rezistence. Metody masivního paralelního sekvenování mají potenciál nahradit konvenční charakterizaci patogenů a umožňují detekci všech mikroorganismů ve vzorku (včetně obtížně kultivovatelných či nekultivovatelných mikroorganismů).

The increasing occurrence of antibiotic resistance is one of the major problems of the 21st century. The occurrence of bacterial strains resistant to antibiotics subsequently narrows the spectrum of suitable antibiotics usable for the treatment of common bacterial infections or for the prevention of their occurrence, e.g., in surgery. Wastewater treatment plants, hospitals, and also the food chain belong to the hotspots, where the emergence and spread of new or existing strains of antibiotic resistant bacteria and antibiotic resistance genes occur most frequently. Phenotypic culture methods are routinely used in laboratories to determine antibiotic resistance, but they are laborious and time-consuming and the interpretation of exact results is also difficult. For this reason, faster alternatives for the detection of antibiotic resistant bacteria or even antibiotic resistance genes are sought. Such an example of an alternative method for the detection of antibiotic resistant bacteria is the use of the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry phenotypic method to identify the beta-lactamase producers. Genotype methods provide faster analysis and, at the same time, more accurate detection. Antibiotic resistance genes can be directly detected and quantified by polymerase chain reaction. Microarrays can be used to further speed up and increase the specificity of PCR amplicons detection. Massive parallel methods provide comprehensive information on the resistoma of the specific environment. They facilitate sequencing of individual DNA molecules or amplicons to detect determinants of antibiotic resistance. Massive parallel methods have the potential to replace conventional pathogen characterization and allow the detection of all microorganisms in a sample (including difficult-to-cultivate or noncultivable microorganisms).

• MeSH
• antibiotická rezistence * genetika   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   MeSH
• mikrobiologické techniky * klasifikace   metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Ciele: Analýza prenatálnych vzoriek za obdobie 2015–2020. Porovnanie miery detekcie klinicky relevantných variant cytogenetickou analýzou karyotypu a cytogenomickými metódami MLPA (Multiplex Ligation-Depent Probe Amplification) a mikročipmi (CMA – chromosomal microarray). Súbor a metodika: Analyzovaných bolo 1 029 prenatálnych vzoriek cytogenetickým hodnotením karyotypu (n = 1 029), cytogenomickými metódami MLPA (n = 144) a CMA (n = 111). Všetky nebalansované zmeny boli potvrdené metódou MLPA alebo CMA. Výsledky: Z analyzovaného súboru plodov, po odčítaní aneuploidií – 107 (10,40 %, n = 1 029), bolo analýzou karyotypu zachytených 22 štruktúrnych aberácií (2,39 %, n = 922) – deväť nebalansovaných zmien (0,98 %), 10 balansovaných zmien (1,08 %), jeden prípad nejasnej mozaiky (0,09 %), jeden prípad prítomnosti marker chromozómu (0,09 %) a jeden prípad diskordancie pohlavia (0,09 %). U 255 vzoriek s fyziologickým karyotypom indikovaných k cytogenomickému vyšetreniu bolo zachytených celkom osem (7,21 %, n = 111) patologických variant metódou CMA. Metódou MLPA bolo z týchto ôsmich patogénnych variant zachytených päť (3,47 %, n = 144). Celkový záchyt patogénnych variant metódami MLPA a CMA vrátane konfirmačných vyšetrení patologického karyotypu je 14 (5,14 %) a 17 (6,25 %) (n = 272). Záchyt patologických variant v skupine s izolovanými poruchami bol nižší než v skupine s mnohopočetnými poruchami (5,08 vs. 21,42 %). Záver: Potvrdila sa vyššia úspešnosť záchytu patologických variant so zmenou v počte kópií, metódou CMA než MLPA.

Objective: Analysis of prenatal samples from 2015 to 2020. Comparison detection rates of clinically relevant variants by cytogenetic karyotype analysis and cytogenomic MLPA (Multiplex Ligation-Depent Probe Amplification) and microarray methods (CMA – chromosomal microarray). Material and method: 1,029 prenatal samples were analyzed by cytogenetic karyotyping (N = 1,029), cytogenomic methods – MLPA (N = 144) and CMA (N = 111). All unbalanced changes were confirmed by MLPA or CMA. Results: From the analyzed set of fetuses, after subtraction of aneuploidies – 107 (10.40%, N = 1,029), 22 structural aberrations (2.39%, N = 922) – nine unbalanced changes (0.98%), 10 balanced changes (1.08%), one case of unclear mosaicism (0.09%), one case of presence of a marker chromosome (0.09%) and one case of sex discordance (0.09%) – were detected by karyotype analysis. A total of eight (7.21%, N = 111) pathological variants were detected by CMA in 255 samples with physiological karyotype indicated for cytogenomic examination. Five (3.47%, N = 144) of eight pathogenic variants were detected by MLPA method. The total capture of pathogenic variants by MLPA and CMA methods was 14 (5.14%) and 17 (6.25%) (N = 272), including confirmatory pathological karyotype testing. Detection of pathological variants in the isolated disorders group was lower than in the multiple disorders group (5.08 vs. 21.42%). Conclusion: A higher success rate for the detection of pathological copy number variation variants by the microarray method than by the MLPA method was confirmed.

• MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza metody   MeSH
• mozaicismus MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• plod MeSH
• prenatální diagnóza * MeSH
• těhotenství MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• vrozené vady * diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Nová WHO klasifikace nádorů CNS se do značné míry opírá o molekulární diagnostiku, bez které již nelze některé jednotky prakticky diagnostikovat. Snažíme se ukázat racionální přístup k diagnostice nádorů CNS, který se opírá o konvenční molekulární metody jako je RT-PCR, Sangerovo sekvenování, MLPA, rozšířené o sekvenování nové generace (NGS) a metylační SNP array.

The new WHO classification of CNS tumors is largely based on molecular diagnostic. Without molecular methods some entities can no longer be diagnosed. We are trying to show a rational approach to the CNS tumors diagnostics, which is based on conventional molecular methods such as RT-PCR, Sanger sequencing, MLPA, extended by the next generation sequencing (NGS) and methylation SNP array.

• MeSH
• gliom diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• nádory centrálního nervového systému * diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• předškolní dítě MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Programmed death ligand 1 (PD-L1) immunohistochemistry (IHC) is accepted as a predictive biomarker for the selection of immune checkpoint inhibitors. We evaluated the staining quality and estimation of the tumor proportion score (TPS) in non-small-cell lung cancer during two external quality assessment (EQA) schemes by the European Society of Pathology. Participants received two tissue micro-arrays with three (2017) and four (2018) cases for PD-L1 IHC and a positive tonsil control, for staining by their routine protocol. After the participants returned stained slides to the EQA coordination center, three pathologists assessed each slide and awarded an expert staining score from 1 to 5 points based on the staining concordance. Expert scores significantly (p < 0.01) improved between EQA schemes from 3.8 (n = 67) to 4.3 (n = 74) on 5 points. Participants used 32 different protocols: the majority applied the 22C3 (56.7%) (Dako), SP263 (19.1%) (Ventana), and E1L3N (Cell Signaling) (7.1%) clones. Staining artifacts consisted mainly of very weak or weak antigen demonstration (63.0%) or excessive background staining (19.8%). Participants using CE-IVD kits reached a higher score compared with those using laboratory-developed tests (LDTs) (p < 0.05), mainly attributed to a better concordance of SP263. The TPS was under- and over-estimated in 20/423 (4.7%) and 24/423 (5.7%) cases, respectively, correlating to a lower expert score. Additional research is needed on the concordance of less common protocols, and on reasons for lower LDT concordance. Laboratories should carefully validate all test methods and regularly verify their performance. EQA participation should focus on both staining concordance and interpretation of PD-L1 IHC.

• MeSH
• antigeny CD274 analýza   antagonisté a inhibitory   MeSH
• artefakty MeSH
• čipová analýza tkání MeSH
• imunohistochemie * MeSH
• inhibitory kontrolních bodů terapeutické užití   MeSH
• klinické rozhodování MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery analýza   antagonisté a inhibitory   MeSH
• nádory plic farmakoterapie   imunologie   patologie   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic farmakoterapie   imunologie   patologie   MeSH
• odchylka pozorovatele MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• testování odbornosti laboratoří MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

Androgen deprivation therapy (ADT) remains a key approach in the treatment of prostate cancer (PCa). However, PCa inevitably relapses and becomes ADT resistant. Besides androgens, there is evidence that thyroid hormone thyroxine (T4) and its active form 3,5,3'-triiodo-L-thyronine (T3) are involved in the progression of PCa. Epidemiologic evidences show a higher incidence of PCa in men with elevated thyroid hormone levels. The thyroid hormone binding protein μ-Crystallin (CRYM) mediates intracellular thyroid hormone action by sequestering T3 and blocks its binding to cognate receptors (TRα/TRβ) in target tissues. We show in our study that low CRYM expression levels in PCa patients are associated with early biochemical recurrence and poor prognosis. Moreover, we found a disease stage-specific expression of CRYM in PCa. CRYM counteracted thyroid and androgen signaling and blocked intracellular choline uptake. CRYM inversely correlated with [18F]fluoromethylcholine (FMC) levels in positron emission tomography/magnetic resonance imaging of PCa patients. Our data suggest CRYM as a novel antagonist of T3- and androgen-mediated signaling in PCa. The role of CRYM could therefore be an essential control mechanism for the prevention of aggressive PCa growth.

• MeSH
• androgenní receptory genetika   metabolismus   MeSH
• buňky PC-3 MeSH
• cholin aplikace a dávkování   analogy a deriváty   MeSH
• čipová analýza tkání MeSH
• down regulace * MeSH
• kohortové studie MeSH
• krystaliny genetika   metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• metabolomika MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nádory prostaty diagnostické zobrazování   genetika   metabolismus   patologie   MeSH
• PET/CT MeSH
• prognóza MeSH
• receptory thyreoidních hormonů genetika   MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• sekvenční analýza RNA MeSH
• signální transdukce * MeSH
• staging nádorů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• trijodthyronin antagonisté a inhibitory   metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND/AIM: The treatment of advanced clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is based on stratification of patients according to prognosis (favorable, intermediate, and poor). The aim of the study was to improve prognostication by biomarkers involved in angiogenesis. PATIENTS AND METHODS: The study group consisted of 20 patients who underwent surgery for ccRCC. Gene expression analysis was peformed on a set of matched (primary tumor, metastasis, n=20+20) FFPE tissue samples. An additional analysis was done on expression data of 606 patients obtained from the TCGA Kidney Clear Cell Carcinoma (KIRC) database. Quantitative estimation of mRNA of selected genes (TaqMan human Angiogenesis Array, 97 genes) was performed by a real-time RT-PCR method with TaqMan® arrays. RESULTS: Using the Cox regression model, 4 genes (PDGFB, FGF4, EPHB2 and BAI1) were identified whose expression was related to progression-free interval (PFI). Further analysis using the Kaplan Meier method conclusively revealed the relationship of BAI1 expression to prognosis (both datasets). Patients with higher BAI1 expression had significantly shorter PFI and overall survival. CONCLUSION: We showed that tumor tissue BAI1 expression level is a prognostic marker in ccRCC. Therefore, this gene might be involved in a prognostic panel to improve scoring systems on which the management of metastatic ccRCC patients is based.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• angiogenní proteiny genetika   MeSH
• karcinom z renálních buněk genetika   mortalita   chirurgie   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery genetika   MeSH
• nádory ledvin genetika   mortalita   chirurgie   MeSH
• prognóza MeSH
• receptory spřažené s G-proteiny genetika   MeSH
• regresní analýza MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• upregulace * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

The presence or absence of autoantibodies against citrullinated proteins (ACPAs) distinguishes two main groups of rheumatoid arthritis (RA) patients with different etiologies, prognoses, disease severities, and, presumably, disease pathogenesis. The heterogeneous responses of RA patients to various biologics, even among ACPA-positive patients, emphasize the need for further stratification of the patients. We used high-density protein array technology for fingerprinting of ACPA reactivity. Identification of the proteome recognized by ACPAs may be a step to stratify RA patients according to immune reactivity. Pooled plasma samples from 10 anti-CCP-negative and 15 anti-CCP-positive RA patients were assessed for ACPA content using a modified protein microarray containing 1631 different natively folded proteins citrullinated in situ by protein arginine deiminases (PADs) 2 and PAD4. IgG antibodies from anti-CCP-positive RA plasma showed high-intensity binding to 87 proteins citrullinated by PAD2 and 99 proteins citrullinated by PAD4 without binding significantly to the corresponding native proteins. Curiously, the binding of IgG antibodies in anti-CCP-negative plasma was also enhanced by PAD2- and PAD4-mediated citrullination of 29 and 26 proteins, respectively. For only four proteins, significantly more ACPA binding occurred after citrullination with PAD2 compared to citrullination with PAD4, while the opposite was true for one protein. We demonstrate that PAD2 and PAD4 are equally efficient in generating citrullinated autoantigens recognized by ACPAs. Patterns of proteins recognized by ACPAs may serve as a future diagnostic tool for further subtyping of RA patients.

• MeSH
• autoantigeny krev   imunologie   MeSH
• biologické markery krev   MeSH
• čipová analýza proteinů MeSH
• citrulin metabolismus   MeSH
• citrulinace MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• peptidylarginindeiminasa typu 2 metabolismus   MeSH
• peptidylarginindeiminasa typu 4 metabolismus   MeSH
• protilátky proti citrulinovaným peptidům imunologie   MeSH
• revmatoidní artritida imunologie   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• vysokoúčinná kapalinová chromatografie MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND: Donor -specific HLA antibody (DSA) is present in many kidney transplant patients whose biopsies are classified as no rejection (NR). We explored whether in some NR kidneys DSA has subtle effects not currently being recognized. METHODS: We used microarrays to examine the relationship between standard-of-care DSA and rejection-related transcript increases in 1679 kidney transplant indication biopsies in the INTERCOMEX study (ClinicalTrials.gov NCT01299168), focusing on biopsies classified as NR by automatically assigned archetypal clustering. DSA testing results were available for 835 NR biopsies and were positive in 271 (32%). RESULTS: DSA positivity in NR biopsies was associated with mildly increased expression of antibody-mediated rejection (ABMR)-related transcripts, particularly IFNG-inducible and NK cell transcripts. We developed a machine learning DSA probability (DSAProb) classifier based on transcript expression in biopsies from DSA-positive versus DSA-negative patients, assigning scores using 10-fold cross-validation. This DSAProb classifier was very similar to a previously described "ABMR probability" classifier trained on histologic ABMR in transcript associations and prediction of molecular or histologic ABMR. Plotting the biopsies using Uniform Manifold Approximation and Projection revealed a gradient of increasing molecular ABMR-like transcript expression in NR biopsies, associated with increased DSA (P<2 × 10-16). In biopsies with no molecular or histologic rejection, increased DSAProb or ABMR probability scores were associated with increased risk of kidney failure over 3 years. CONCLUSIONS: Many biopsies currently considered to have no molecular or histologic rejection have mild increases in expression of ABMR-related transcripts, associated with increasing frequency of DSA. Thus, mild molecular ABMR-related pathology is more common than previously realized.

• MeSH
• analýza hlavních komponent MeSH
• analýza přežití MeSH
• biopsie MeSH
• čipová analýza tkání MeSH
• dárci tkání * MeSH
• exprese genu MeSH
• falešně negativní reakce MeSH
• genetická transkripce MeSH
• HLA antigeny imunologie   MeSH
• isoprotilátky imunologie   MeSH
• ledviny patologie   MeSH
• přežívání štěpu MeSH
• prospektivní studie MeSH
• rejekce štěpu genetika   MeSH
• specificita protilátek MeSH
• transplantace ledvin * MeSH
• transplantáty patologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cyanobacteria synthesize type IV pili, which are known to be essential for motility, adhesion and natural competence. They consist of long flexible fibers that are primarily composed of the major pilin PilA1 in Synechocystis sp. PCC 6803. In addition, Synechocystis encodes less abundant pilin-like proteins, which are known as minor pilins. In this study, we show that the minor pilin PilA5 is essential for natural transformation but is dispensable for motility and flocculation. In contrast, a set of minor pilins encoded by the pilA9-slr2019 transcriptional unit are necessary for motility but are dispensable for natural transformation. Neither pilA5-pilA6 nor pilA9-slr2019 are essential for pilus assembly as mutant strains showed type IV pili on the cell surface. Three further gene products with similarity to PilX-like minor pilins have a function in flocculation of Synechocystis. The results of our study indicate that different minor pilins facilitate distinct pilus functions. Further, our microarray analysis demonstrated that the transcription levels of the minor pilin genes change in response to surface contact. A total of 122 genes were determined to have altered transcription between planktonic and surface growth, including several plasmid genes which are involved exopolysaccharide synthesis and the formation of bloom-like aggregates.

• MeSH
• bakteriální fimbrie fyziologie   MeSH
• bakteriální proteiny fyziologie   MeSH
• fyziologie bakterií * MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• proteiny fimbrií fyziologie   MeSH
• regulace genové exprese u bakterií MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sekvenční delece MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• Synechocystis fyziologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Surface plasmon resonance imaging biosensors have a number of advantages that make them superior to other analytical methods. These include the possibility of label-free detection, speed and high sensitivity to low protein concentrations. The aim of this study was to create and analyze biochips, with the help of which it is possible to test cystatin C in patient urine samples and compare the results with the one-time traditional ELISA method. The main advantage of the surface plasmon resonance imaging method is the possibility of repeated measurements over a long period of time in accordance with clinical practice. The surface of the biochip was spotted with anticystatin C and a negative control of mouse IgG at a ratio of 1:1. The aforementioned biochip was first verified using standard tests and then with patient samples, which clearly confirmed the required sensitivity even for very low concentrations of cystatin C.

• MeSH
• biosenzitivní techniky * MeSH
• cystatin C analýza   moč   MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• myši MeSH
• povrchová plasmonová rezonance * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• myši MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH