Rapid identification of pathogen and its resistance to antimicrobial drugs, and subsequent appropriate antimicrobial treatment are essential for correct patient outcomes. Conventional detection methods of bacterial resistance, such as disc diffusion, broth microdilution and automated instruments, are constantly widely used and primarily standardized. Nevertheless, the results cannot be obtained earlier than 48 h after receiving a sample, which may lead to prolonged use or overuse of broad-spectrum antibiotics. Hence, there is a drive to develop and introduce novel, faster, standardized, sensitive and specific methods with reliable results into routine microbiological laboratory practice. Recently developed matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has been introduced in recent years into laboratory practice, and methods based on microfluidics and microdroplets might be introduced in the near future. This review is focused on the methods and instruments in use both currently and in the foreseeable future, applicable to determine antimicrobial efficacy in clinical microbiology laboratories.
x
x
- Klíčová slova
- MALDI-TOF,
- MeSH
- antibiotická rezistence MeSH
- Bacteria izolace a purifikace MeSH
- diagnostické techniky urologické MeSH
- genetické techniky MeSH
- hematologické testy MeSH
- houby izolace a purifikace MeSH
- kvasinky izolace a purifikace MeSH
- meningitida bakteriální MeSH
- mikrobiologické techniky * trendy MeSH
- mikrobiologie trendy MeSH
- Mycobacterium izolace a purifikace MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * MeSH
Molecular cloning is based on isolation of a DNA sequence of interest to obtain multiple copies of it in vitro. Application of this technique has become an increasingly important tool in clinical microbiology due to its simplicity, cost effectiveness, rapidity, and reliability. This review entails the recent advances in molecular cloning and its application in the clinical microbiology in the context of polymicrobial infections, recombinant antigens, recombinant vaccines, diagnostic probes, antimicrobial peptides, and recombinant cytokines. Culture-based methods in polymicrobial infection have many limitation, which has been overcome by cloning techniques and provide gold standard technique. Recombinant antigens produced by cloning technique are now being used for screening of HIV, HCV, HBV, CMV, Treponema pallidum, and other clinical infectious agents. Recombinant vaccines for hepatitis B, cholera, influenza A, and other diseases also use recombinant antigens which have replaced the use of live vaccines and thus reduce the risk for adverse effects. Gene probes developed by gene cloning have many applications including in early diagnosis of hereditary diseases, forensic investigations, and routine diagnosis. Industrial application of this technology produces new antibiotics in the form of antimicrobial peptides and recombinant cytokines that can be used as therapeutic agents.
- MeSH
- laboratoře * pracovní síly trendy využití MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky trendy MeSH
- mikrobiologie * organizace a řízení pracovní síly trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- historické články MeSH
x
- Klíčová slova
- otisk, popálená plocha, mikroorganismus,
- MeSH
- Bacteria izolace a purifikace klasifikace patogenita růst a vývoj MeSH
- hojení ran fyziologie účinky léků MeSH
- infekce v ráně * imunologie klasifikace komplikace prevence a kontrola MeSH
- infekce MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody trendy využití MeSH
- popálení * mikrobiologie ošetřování terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Invazívní mykotické infekce představují závažnou infekční komplikaci imunokompromitovaných nemocných s nádorovým onemocněním. Ve srovnání s bakteriálními infekcemi je jejich výskyt jednoznačně méně častý, na druhou stranu incidence invazívních mykotických infekcí narůstá a morbidita a mortalita s nimi spojená je výrazně vyšší, než je tomu u infekcí bakteriálních. Přestože invazívní mykózy postihují celou skupinu nemocných s nádorovým onemocněním, je jejich výskyt u pacientů se solidními nádory spíše vzácný. Naopak velice časté jsou u nemocných s hematologickými malignitami, a to především je-li součástí léčebného režimu transplantace krvetvorné tkáně. Předcházející dvě desetiletí přinesly významné změny v epidemiologii invazívnich mykóz a během posledních několika málo let pak došlo i ke značným pokrokům v diagnostice a léčbě těchto velmi závažných infekcí.
- MeSH
- aspergilóza diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- beta-glukany diagnostické užití MeSH
- financování organizované MeSH
- imunosupresivní léčba škodlivé účinky využití MeSH
- kandidóza diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- lidé MeSH
- mannany diagnostické užití MeSH
- mikrobiologické techniky klasifikace trendy využití MeSH
- mykózy diagnóza epidemiologie klasifikace MeSH
- nádory komplikace terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Využívanie poznatkov molekulárnej biológie nie je v súeasnosti už len doménou výskumných a vývojových pracovísk, ale eoraz eastejšie sa aplikujú aj do mikrobiologickej praxe. Zavádzanie diagnostických metód založených na princípoch molekulárnej biológie do laboratórií klinickej mikrobiológie výrazne u3aheí a hlavne urýchli identifikáciu jednotlivých agens vo vyšetrovaných vzorkách. Tento fakt je ve3mi významný z h3adiska lieeby, ale aj zahájenia úeinných epidemiologických a bezpeenostných opatrení. Neraz sa stane že práve molekulárno-biologické metódy sú jediné, pomocou ktorých je možné dokázaś klinicky stanovenú diagnózu i tam, kde ostatné metódy dôkazu už zlyhali.
The application of knowledge of bacterial genetics is no longer a new issue and the domain of research and development centers, being increasingly applied in routine microbiological practice. The introduction of new diagnostic methods, based on principles of molecular biology, to the clinical microbiology laboratories has simplified the identification of etiological agents in examined samples. This fact is especially significant in relation to therapy and in the introduction of efficient epidemiological measures and safety precautions. Using molecular-biology methods it is possible to confirm clinical diagnoses, where other detection methods had failed.
- MeSH
- Bacillus anthracis patogenita MeSH
- Bordetella pertussis patogenita MeSH
- infekce bakteriemi rodu Bordetella diagnóza MeSH
- klinické laboratorní techniky metody využití MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody trendy využití MeSH
- molekulární biologie metody trendy MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- Toxoplasma patogenita MeSH
- toxoplazmóza diagnóza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl práce: Práce popisuje mikrobiologickou metodu kvantitativního vyšetření cévních katétrů pomocí hemokultivačního přístroje BacT/Alert. Aateriál a metody: Počet bakterií přítomných na povrchu cévního katétrů byl stanoven na základě detekčních časů pozitivity (TTD) hemokultivačních lahviček inokulovaných suspenzí bakterií vytřepaných z povrchu katétru. Výsledky: Novou metodou bylo vyšetřeno 348 cévních katétrů. U 26 (7,5 %) katétrů byl pozitivní výsledek kultivace. V 93,1 % byla zjištěna shoda výsledku mikrobiologického vyšetření katétrů s kUnickým stavem pacienta. Falešná pozitivita byla 1,1 % (4) a falešná negativita 5,7 % (20). Na základě klinických příznaků bylo diagnostikováno 42 případů katétrové sepse, u 22 (52,4 %) z nich bylo pozitivní mikrobiologické kvantitativní vyšetření cévního katétrů. Nejčastěji detekovaným patogenem byly koaguláza negativní stafylokoky. Závěr: Nová metoda je oproti stávajícím metodám jednodušší, rychlejší a je schopna detekovat nejčastější původce katétrových infekcí.
Material and Methods: The amount of bacteria present on the surface of the vascular catheters was determined based on the time to detection (TTD) in hemocultural vials inoculated with bacterial suspension stirred off the catheter surface. Results: A total number of 348 vascular catheters was examined with this new method. Positive cultures were detected in 26 (7.5 %) catheters. Accordance to the results of microbiological catheter examination with clinical condition of the patient was found in 93.1 %. False positivity occurred in 1.1 % (4) and false negativity in 5.7 % (20) of cases. On the basis of clinical symptoms 42 cases of catheter sepsis were diagnosed out of which 22 (52.4 %) positive microbiological quantitative examinations of vascular catheters were established. The most frequent pathogen was coagulase negative staphylococci. Conclusions: The new method, when compared with present methods, is simpler, faster and able to detect the most frequent agent of catheter infection.
