Cílem projektu je vyvinutí molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace. Vytčené cíle budou dosaženy těmito postupy: sběr kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2017-2020; implementace molekulární identifikace a typizace (mPCR, rt-PCR) S. pneumoniae přímo z klinických vzorků u pacientů kultivačně negativních; molekulární charakterizace MLST (multilokusová sekvenační typizace), MLVA (multilokusová analýza tandemových repetic) a WGS (sekvenace celého genomu) vybraných kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2007-2020; analýza molekulárních charakteristik S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období před a po zavedení pneumokokové konjugované vakcíny do očkovacího schématu malých dětí; zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace.; The aim is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, the assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for strategy updating. The following steps will be used: collection of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period from 2017-2020; implementation of molecular typing (mPCR, rt-PCR) of S. pneumoniae directly from clinical specimens of culture-negative patients; molecular characterization by MLST (Multi Locus Sequence Typing), MLVA (Multi Locus Variable Analysis), WGS (Whole Genome Sequencing) of selected S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period 2007-2020; analysis of molecular characteristics of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the periods before and after introduction of pneumococcal conjugated vaccine into the immunization programme for young children; assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for its updating.

• MeSH
• hodnocení výsledků zdravotní péče MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• pneumokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace   MeSH
• surveillance populace MeSH
• tandemové repetitivní sekvence MeSH
• vakcinace MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• epidemiologie
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Publikace obsahuje kazuistiky, které se zaměřily na pneumokoková onemocnění u dětí. Určeno odborné veřejnosti.; Sborník klinických případů určený praktickým dětským lékařům, popisující závažnost pneukokových infekčních onemocnění.

• MeSH
• dítě MeSH
• pneumokoková meningitida MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH
• streptokokové infekce MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• pneumologie a ftizeologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie
• brožury

Pneumococcus je hlavním původcem pneumonie, meningitidy a bakterémie. Existence multirezistence k antibiotikům je významným problémem komplikujícím léčbu. Navzdory tomu, že pneumokokové konjugované vakcíny svým složením pokrývají většinu sérotypů sdružených s multirezistencí, celková prevalence antibiotické rezistence se po zavedení plošné vakcinace proti pneumokokům výrazně nesnížila. Mezi sérotypy, které mají v současnosti největší podíl na výskytu rezistence, patří sérotyp 19A. Analýza post-vakcinačních 19A izolátů prokázala jejich příbuznost s klonem Taiwan19F-14, který byl před začátkem plošné vakcinace sdružen se sérotypem 19F. Důvody nárůstu právě tohoto sérotypu nejsou přesně objasněny. V ČR se po zavedení očkování pomocí PCV10 a PCV13 v roce 2010 stal sérotyp 19A dominantním multirezistentním sérotypem, ačkoliv výskyt tohoto sérotypu byl v předchozím období pouze sporadický. Aplikace celogenomové sekvenace umožní detailní popis evoluce tohoto sérotypu a pomůže popsat faktory, které v konkurenci s dalšími nevakcinačními sérotypy umožnily propagaci tohoto sérotypu.; Pneumococcus is the major cause of pneumonia, meningitis and bacteremia. A major concern is the occurence of multidrug-resistant (MDR) pneumococci. As the pneumococcal conjugate vaccines target most of MDR serotypes, it was postulated that introduction of vaccination would reverse the success MDR pneumococci. However, the effect of vaccine use on relative prevalence of antibiotic resistance in pneumococci was not that impressive. The serotype 19A was found to be the most problematic. Analysis of post-vaccine MDR 19A isolates have identified their relatedness with Taiwan19F-14 clone which was initially associated with vaccine serotype 19F. The causal factors enhancing spread of 19A serotype remain unclear. In the Czech Republic, serotype 19A become one of the most MDR prevalent serotypes in post-vaccine era, however before beginning of routinne immunisation using PCV10 or PCV13 in 2010, the occurence of this serotype was rare. The use of whole genome sequencing allows a precise reconstruction of the emergence and diversification of the 19A serotype.

• MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• pneumokokové infekce MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• séroskupina MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH
• vakcíny konjugované MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

U pacientek s předčasným odtokem plodové vody bude ve vzorcích plodové vody odebrané transabdominální amniocentézou stanovena: a) bakteriální nálož genitálních mykoplazmat a Streptococcus agalactiae rozdílnými kvantifikačními technikami. b) intenzita intraamniální inflamatorní odpovědi na přítomnost bakterií v plodové vodě stanovením vybraných cytokinů, chemokinů a alarminů. Budou identifikovány “kritické” bakteriální nálože těchto mikroorganizmů v plodové vodě zodpovědné za rozvoj závažné intraamniální infekce a zánětu. Tento proces je zřejmě závislý na gestačním stáří, proto budou hodnoty stanoveny pro tři rozdílné periody těhotenství mezi 24.-36. týdnem gravidity. Klinické pozorování budou verifikována na experimentálním modelu vytvořeném z plodových obalů. Možnost klinického využití jednoduchého relativního kvantifikačního přístupu ke stanovení nálože genitálních mykoplazmat - threshold cycle (Ct) hodnoty z real-time PCR bude validována absolutní kvantifikací.; The sample of amniotic fluid will be retrieval by transabdominal amniocentesis. The bacterial load of genital mycoplasmas/Streptococcus agalactiae with different quantification approach along with intensity of intraamniotic inflammatory response to bacteria by a panel of cytokines, chemokines and alarmins will be determined. The “critical” values of microbial burden responsible for exhibition of intensive intraamniotic infection and inflammation will be proposed. These values will be described for three different periods of pregnancy. Clinical observations will be verified with using of amnio-chorion explant model. The efficacy of threshold cycle value of real time PCR will be validated by absolute quantification approach.

• MeSH
• amnion mikrobiologie   MeSH
• chorioamnionitida MeSH
• fyziologie bakterií MeSH
• histologie MeSH
• infekční komplikace v těhotenství MeSH
• interleukin-6 analýza   MeSH
• mykoplazmové infekce patofyziologie   MeSH
• nemoci novorozenců MeSH
• plodová voda mikrobiologie   MeSH
• předčasná porodní činnost MeSH
• předčasný odtok plodové vody MeSH
• Streptococcus agalactiae patogenita   MeSH
• těhotné ženy MeSH
• zralost orgánů plodu MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Anotace I. Studie se bude zabývat prenatální prevencí zubního kazu. Cílem bude určit nejdůležitější preventabilní faktory vzniku zubního kazu již prenatálně u těhotné ženy a během novorozeneckého a kojeneckého období. Anotace II. Soustředíme se na výskytStreptococcus mutans ve slině a zubním mikrobiálním plaku. Za tímto účelem vyšetříme skupinu žen s fyziologickým těhotenstvím, skupinu žen s rizikovým těhotenstvím a kontrolní skupinu netěhotných žen v produktivním věku. Anotace III Na přítomnost SM veslině budeme vyšetřovat novorozence žen našeho souboru a pak v 6 měsících a ve 12 měsících věku. Anotace IV Pozornost budeme věnovat novorozencům s velmi nízkou porodní hmotností, protože u těchto dětí je riziko vzniku orgánového či psychického handicapu, který pak v budoucnosti představuje velký problém při stomatologickém ošetřování.; Annotation I The study will concern in prenatal prevention of dental caries. The goal will be to determinate the most important preventable factors of dental caries in prenatel period in pregnant women and during neonatel and suckling period. AnnotationII We will concern in occurrence of Streptoccocus mutan in saliva and dental plaque.For this reason we will examine the group of females with physiological pregnancy, the group of females with risk prenancy and control group of non pregnant females in productive age. Annotation III We will examine occurrence of SM in saliva of newborn infants of females from our group in age 6 months and 12 months Annotation IV We will concentrate on newborns with very low birtg wight, because in these children is in future great risk of mental or physical handicap and problems during dental treatment.

• MeSH
• kojenec MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• novorozenec MeSH
• rizikové faktory MeSH
• rizikové těhotenství MeSH
• Streptococcus mutans MeSH
• těhotenství fyziologie   MeSH
• těhotné ženy MeSH
• zubní kaz diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• novorozenec MeSH
• těhotenství fyziologie   MeSH

• Konspekt
• Stomatologie
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• pediatrie
• zubní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

I. Analýza genotypu kmenů pneumokoků pomocí molekulárních typizačních metod a jejich zařazení do mezinárodně přístupné databáze. II. PCR identifikace determinant faktorů virulence, sortázy B, C a D. III. Studium distribuce genů sortázy jednotlivých sérotypů a genotypů pneumokoků - analýza zastoupení genů u kmenů izolovaných z různých klinických materiálů. IV. Rozšíření genů sortáz u kmenů pneumokoků se sníženou citlivostí k penicilinu, studium vlivu přítomnosti pilu pro rozvoj rezistence k antibiotikům.; I. Genotypic analysis of pneumococcal strains by molecular typing methods and their integration into the internationally accessible database. II. PCR identification of the virulence factor determinants, class B, C and D sortases. III. Study of the distribution of the sortase genes among pneumococcal serotypes and genotypes - analysis of the distribution of genes among strains isolated from various clinical specimens. IV. Prevalence of the sortase genes in pneumococcal strains with reduced penicillin susceptibility, study of the implication of the pilus in the development of resistance to antimicrobials.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• faktory virulence MeSH
• genotyp MeSH
• peptidyltransferasy MeSH
• rezistence na penicilin MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pneumoniae genetika   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• virologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Výsledky nově zavedené metody multilokusové sekvenační typizace pro kmeny Streptococcus agalactiae umožní porovnání výskytu hypervirulentních klonů v ČR a v zahraničí. Porovnání distribuce genů potenciálních faktorů virulence u invazivních a neinvazivních kmenů Streptococcus agalactiae přispěje k poznání mechanismů patogeneze. Dosavadní způsob detekce povrchových proteinů Streptococcus agalactiae není dostatečný. Nový způsob jejich detekce metodou PCR je přesnější. Detekce genů povrchových proteinovýchmarkerů přispěje k optimalizaci složení vakciny proti Streptococcus agalactiae.; The introduction of the method of multi-locus sequence typing for Streptococcus agalactiae shall render possible the comparison of Czech hyper-virulent clones with those from abroad. Knowledge of the distribution of genes of the potential factors of virulence in invasive and non-invasive Streptococcus agalactiae strains is essential for the identification of the mechanisms of pathogenesis. In view of the significance of surface proteins in S. agalactiae for vaccination, there is needed their diagnosticsof high quality that have not been rendered possible by the hitherto mode of detection. The detection of genes coding surface protein markers shall contribute to the optimization of the composition of the vaccine against S. agalactiae.

• MeSH
• faktory virulence MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• Streptococcus agalactiae genetika   MeSH
• streptokokové infekce farmakoterapie   MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• infekční lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Rozšíření spektra testů založených na fenotypových charakteristikách o průkaz genů virulence S.pneumoniae - lytA, ply a psaA pomocí PCR amplifikačních testů je v současnosti nutnou podmínkou přesného stanovení pneumokokové etiologie onemocnění. Bezchybnýprůkaz agens bude i východiskem pro zjištění incidence invazivních pneumokokových onemocnění (IPO); tento údaj na rozdíl od dalších evropských zemích v České republice (ČR) chybí. V návaznosti na naše výsledky obrážející zásadní časové rozdíly v distribuci sérotypů S. pneumoniae v ČR bude i nadále probíhat typizace kmenů u pacientů s IPO s cílem optimalizace očkování konjugovanou pneumokokovou vakcínou. Odlišné zastoupení sérotypů v řadě zemí Evropy včetně ČR vyžaduje další sledování a vzájemné porovnávání dat. Naše výsledky budou poskytovány do Evropských databází a přispějí k optimalizaci očkování touto vakcínou na mezinárodní úrovni.; Widening the range of phenotypic characteristics to include also PCR amplification tests for detection of S. pneumoniae virulence genes, i.e. lytA, ply and psaA, is prerequisite for unambiguous diagnosis of the pneumococcal etiology of diseases. Advanceddetection of the causative agent will be a point of departure for determining the incidence of invasive pneumococcal diseases (IPD); in contrast to other European countries, these data are missing in the Czech Republic (CR). Typing of strains from IPD patients will continue in order to extend our data showing substantial time and inter-state differences in S. pneumoniae serotype distribution and to optimize vaccination with the conjugated pneumococcal vaccine. To obtain the results of distribution comparable with the data in european countries and to provide them to the European database systems will be essential to optimize vaccination with this vaccine on the international level.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• faktory virulence MeSH
• incidence MeSH
• pneumokokové infekce diagnóza   etiologie   MeSH
• pneumokokové vakcíny MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• epidemiologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

V NRL pro streptokoky a enterokoky, jediné laboratoři v České republice provádějící typizaci kmenů S.pyogenes, bude zavedena genetická metoda - emm typizace. Nahradí pracnou a z hlediska typovatelnosti kmenů málo efektivní standardní metodu sérologickou.Metoda umožní sledování genotypů nezbytných pro vytvoření typově specifické vakcíny nové generace. Jednoznačně prokáže identitu či rozdílnost izolátů při řešení epidemiologických otázek. Emm typizace umožní porovnávat výsledky v mezinárodním měřítku.; The NRL for Streptococci and Enterococci, the only laboratory skilled in S. pyogenes typing in the Czech Republic, intends to implement the genotyping method - emm typing to replace the labour- intensive and much less effective standard serotyping methodThis method will be suitable for genotype monitoring as a prerequisite for development of the new generation of type specific vaccine. This method will allow unambiguous identification of identical or diverse isolates. Emm typing will provide results comparable at an international level.

• MeSH
• antigeny bakteriální MeSH
• genetické techniky MeSH
• mikrobiální genetika MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   MeSH
• streptokokové infekce MeSH
• streptokokové vakcíny MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• infekční lékařství
• histologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Fenotypová a genotypová analýza kmenů pneumokoků a streptokoků sk.A rezistentních k antibiotikům, posouzení vztahů mezi rezistotypem, sérotypem a genotypem. Označení lokalit s vysokou frekvencí výskytu rezistence. Mapa rezistentních klonů pneumokoků a streptokoků sk. A v ČR, posouzení dynamiky šíření rezistentních klonů v čase, zařazení multirezistentních klonů do mezinárodních klonů.; Phenotype and genotype analysis of pneumocovval and group A antibiotic-resistant strains, evaluation of relationships among resistotype, serotype and genotype. Identification of areas with a high incidence of certain resistotypes. Map of resistant clonesin the Czech Republic and assessment of their spread, categorization of multiresistant strains amongst international clones. Evaluation of antibiotic consumption and other factors on trends of resistance. Proposition for intervention leading to decreasethe risk of appearance and spread of resistance.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• buněčné klony MeSH
• genotyp MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH
• Streptococcus pyogenes MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• biologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR