The aim is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, the assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for strategy updating. The following steps will be used: collection of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period from 2017-2020; implementation of molecular typing (mPCR, rt-PCR) of S. pneumoniae directly from clinical specimens of culture-negative patients; molecular characterization by MLST (Multi Locus Sequence Typing), MLVA (Multi Locus Variable Analysis), WGS (Whole Genome Sequencing) of selected S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period 2007-2020; analysis of molecular characteristics of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the periods before and after introduction of pneumococcal conjugated vaccine into the immunization programme for young children; assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for its updating.

Cílem projektu je vyvinutí molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace. Vytčené cíle budou dosaženy těmito postupy: sběr kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2017-2020; implementace molekulární identifikace a typizace (mPCR, rt-PCR) S. pneumoniae přímo z klinických vzorků u pacientů kultivačně negativních; molekulární charakterizace MLST (multilokusová sekvenační typizace), MLVA (multilokusová analýza tandemových repetic) a WGS (sekvenace celého genomu) vybraných kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2007-2020; analýza molekulárních charakteristik S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období před a po zavedení pneumokokové konjugované vakcíny do očkovacího schématu malých dětí; zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace.

• MeSH
• hodnocení výsledků zdravotní péče MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• pneumokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace   MeSH
• surveillance populace MeSH
• tandemové repetitivní sekvence MeSH
• vakcinace MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• epidemiologie
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dental caries, a chronic multifactorial disease, is a major oral health problem worldwide. Its etiology involves a complex interplay of microbial, genetic, biochemical, social, physical environmental, and health-influencing behavioral factors. The project is designed as a combination of prospective monitoring of selected cohort and a cross-sectional studies [children with caries vs. healthy controls or children with early childhood caries (ECC)], and in vitro studies addressing (i) in vitro cultivation of cariogenic bacterial strains in the presence of substrates with various cariogenic potential, (ii) their transriptome/metabolome analysis, (iii) multivariate analyses of clinical, biochemical, microbial, genetic and environmental factors, and (iv) education of mothers and children–behavioral intervention. Implementation of obtained knowledge might reduce costs on health care in connection with caries. The assessment of the individual risk could rationalize health care in terms of "personalized medicine" (particularly the disease diagnosis and prevention).

Zubní kaz je chronické multifaktoriální onemocnění, které postihuje značnou část světové populace. Jeho etiologie je komplexní a zahrnuje interakci mikrobiálních, genetických, biochemických, sociálních a behaviorálních faktorů. Projekt je koncipován jako kombinace prospektivního sledování vybrané kohorty a průřezových studií [dětí s kazem vs. zdravých kontrol nebo dětí s kazem raného dětství (ECC)] a in vitro studií, které se budou zabývat (i) in vitro kultivací kariogenních bakteriálních kmenů za přítomnosti substrátů s různým kariogenním potenciálem, (ii) analýzou jejich transkriptomu/metabolomu, (iii) multivariační analýzou klinických, biochemických, mikrobiálních, genetických faktorů a vlivů zevního prostředí a (iv) edukací matek dětí – behaviorální intervencí. Začlenění získaných poznatků do praxe by mohlo přispět k redukci nákladů na zdravotní péči související s léčbou kazu. Zhodnocení individuálního rizika rozvoje kazu by umožnilo přechod k “personalizované medicíně“ (zejména v rámci diagnostiky a prevence onemocnění).

• MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• biomedicínské technologie metody   MeSH
• dítě MeSH
• kariogenní látky škodlivé účinky   MeSH
• kohortové studie MeSH
• kultivační techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• metabolom MeSH
• metabolomika metody   MeSH
• průřezové studie MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• zdravotní výchova zubní metody   MeSH
• zubní kaz diagnóza   etiologie   prevence a kontrola   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Stomatologie
• NLK Obory
• zubní lékařství
• biomedicínské inženýrství
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• perzistentní infekce mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• tolerance léku MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is the causative agent of syphilis. More than 10 million of new syphilis cases are diagnosed annually. Two different typing systems were established for molecular characterization of TPA clinical isolates, however, their typing efficiency and discriminatory power was found to be highly variable. The aim of this project is to develop a new, highly effective molecular typing scheme preferentially targeting sequences encoding proteome differences, since they can be the cause of different clinical manifestation. The discrimination power of the new typing system will be assessed on genetically diverse clinical isolates and strains of different geographical origin. The knowledge of genetic differences of contemporary syphilis strains is essential due to continuing efforts of syphilis vaccine development. The new typing scheme will be applied on clinical samples from Czech Republic to obtain the information about variability and number of particular genotypes in the Czech Republic. Molecular data will be correlated with epidemiological data.

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původcem venerického onemocnění syfilis. Celosvětově je ročně diagnostikováno přes 10 milionů nových případů syfilis. S rozvojem genomiky došlo k vývoji dvou molekulárně-typizačních systémů pro charakterizaci klinických kmenů TPA, avšak jejich účinnost typování a rozlišovací schopnost značně kolísá. Cílem tohoto projektu je vytvořit nový, vysoce spolehlivý a účinný molekulární typovací systém, zaměřený na sekvence kódující proteomické rozdíly mezi TPA kmeny, které mohou být důvodem rozdílné klinické manifestace. Rozlišovací schopnost typovacího systému bude testována na geneticky odlišných klinických izolátech a vzorcích pocházejících z různých míst světa. Znalost genetické podstaty současných klinických kmenů TPA je zásadní i z hlediska pokračujících snah o vývoj vakcíny proti syfilis. Aplikace nového typovacího systému na klinické kmeny z České republiky přinese informace o odlišnosti a zastoupení jednotlivých genotypů TPA na našem území. Molekulární data budou korelována s dostupnými epidemiologickými údaji.

• MeSH
• lidé MeSH
• molekulární typizace metody   MeSH
• proteomika MeSH
• syfilis diagnóza   genetika   mikrobiologie   MeSH
• Treponema pallidum genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• bakteriologie
• dermatovenerologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Preterm prelabor rupture of membranes (PPROM) is complicated in approximately 30% by microbial invasion of the amniotic cavity that leads to the development of intraamniotic inflammation followed by histological chorioamnionitis. An optimal management of PPROM is dependent on knowledge about the presence or absence of intraamniotic infection. Unfortunately, only the evaluation of an invasive sample of amniotic fluid can provide this information. Our recent study has shown the association between cervical microbiota and intraamniotic infection. The presence of Lactobacillus crispatus as dominant bacteria in the cervical fluid was associated with the absence of intraamniotic infection. Vice versa, the presence of either Gardnerella vaginalis or Sneathia sanguinegens as dominant bacteria was associated with a higher risk of intraamniotic infection in women with PPROM. Main aim of the project is a validation of these findings by simple method – real time PCR. This approach can optimize and individualize management of PPROM.

Předčasný odtok plodové vody před 37. týdnem těhotenství je v zhruba 30% komplikován mikrobiální invazí do amniální dutiny která vede k rozvoji intraamniální infekce. Potvrzení či vyloučení intraamniální infekce je zásadní informací determinující optimální management pacientek s předčasným odtokem plodové vody. V současné době jsme schopni potvrdit či vyloučit intraamniální infekci pouze invazivním vyšetřením plodové vody. Naše recentní studie ukázala vztah mezi cervikální mikrobiotou a výskytem intraamniální infekcí. Přítomnost Lactobacillus crispatus jako dominantní bakterie v cervikální tekutině u pacientek s předčasným odtokem plodové vody byla spjato s nepřítomností intraamniální infekce. Naopak, pokud jsou dominantními bakteriemi v cervikální tekutině Sneathia sanguinegens či Gardnerella vaginalis, riziko intraamniální infekce je vysoké. Hlavním cílem grantu je ověřit vztah mezi přítomností tří dominantních bakterií v cervikální tekutině a intraamniální infekcí pomocí specifického real-time PCR. Tento přístup by umožnil optimalizovat a individualizovat management PPROM.

• MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• cervix uteri MeSH
• Gardnerella vaginalis MeSH
• infekční komplikace v těhotenství diagnóza   MeSH
• Lactobacillus crispatus MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota MeSH
• předčasný odtok plodové vody MeSH
• předčasný porod MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• infekční lékařství
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Listeriosis outbreak investigation is more difficult than other foodborne diseases investigation, mainly because longer incubation period of the disease, the small number of cases, a large geographical dispersion of patients and complicated communication with affected persons and their families in the search for a vehicle of infection. Technologies based on genetic analysis used for strain characteristics are essential epidemiological tool in the prevention and control of listeriosis. Both standard and new laboratory techniques for enhanced surveillance and outbreak detection will be implemented. New methodological approach will strengthen cooperation with other European countries in the field of molecular epidemiology and inter-laboratory data exchange.

Šetření epidemií listerióz je obtížnější než šetření ostatních alimentárních onemocnění, a to zejména kvůli delší inkubační době onemocnění, nízkému počtu případů, velkému geografickému rozptýlení nemocných a komplikované komunikaci s postiženými a jejich příbuznými při hledání vehikula infekce. Technologie založené na analýze genetických charakteristik kmenů jsou zásadním epidemiologickým nástrojem v oblasti prevence a kontroly listerióz. V rámci projektu budou k typizaci kmenů používány jak standardní, tak i nové laboratorní techniky. Tento nový metodologický přístup umožní zefektivnění práce epidemiologů v ČR a posílí spolupráci s ostatními evropskými zeměmi v oblasti molekulární epidemiologie a inter-laboratorní výměny dat.

• MeSH
• epidemie MeSH
• lidé MeSH
• Listeria monocytogenes genetika   izolace a purifikace   MeSH
• listeriové infekce epidemiologie   genetika   mikrobiologie   MeSH
• molekulární epidemiologie metody   MeSH
• molekulární typizace metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• epidemiologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Směrnice, které se zaměřují na bezpečnost kosmetických výrobků a antimikrobiální ochranu jejich balení.

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• bakteriologické techniky normy   MeSH
• balení výrobků normy   MeSH
• kosmetické přípravky izolace a purifikace   normy   MeSH
• Publikační typ
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Metrologie. Standardizace
• NLK Obory
• estetická medicína
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie

Směrnice, které se zaměřují na bezpečnost kosmetických výrobků a vyšetřování přítomnosti plísní a kvasinek v nich.

• MeSH
• bakteriologické techniky normy   MeSH
• houby izolace a purifikace   MeSH
• kosmetické přípravky izolace a purifikace   normy   MeSH
• kvasinky izolace a purifikace   MeSH
• Publikační typ
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Metrologie. Standardizace
• NLK Obory
• estetická medicína
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie

Směrnice, které se zaměřují na bezpečnost kosmetických výrobků a vyšetřování přítomnosti mikroorganismů v nich.

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• bakteriologické techniky normy   MeSH
• kosmetické přípravky izolace a purifikace   normy   MeSH
• Publikační typ
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Metrologie. Standardizace
• NLK Obory
• estetická medicína
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie

Směrnice, které se zaměřují na bezpečnost kosmetických výrobků a vyšetřování přítomnosti mikroorganismů v nich.

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• bakteriologické techniky normy   MeSH
• bezpečnost vybavení normy   MeSH
• kosmetické přípravky izolace a purifikace   normy   MeSH
• sterilizace MeSH
• Publikační typ
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Metrologie. Standardizace
• NLK Obory
• estetická medicína
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie