The study focused on testing the quality of self-tests for HIV infections. Intended for professional public.

• MeSH
• pilotní projekty MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• řízení kvality MeSH
• samotestování MeSH
• testování na HIV metody   MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• dermatovenerologie
• NLK Publikační typ
• brožury

Vysokoškolská učebnice, která se zaměřuje na lékařskou mikrobiologii, zejména na diagnostiku.

• MeSH
• klinické lékařství MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiologie MeSH
• parazitologie MeSH

• Konspekt
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie
• učebnice vysokých škol

The introduction of next-generation sequencing (NGS) has allowed research of human microbiome. As was demonstrated in studies of the vaginal or gastrointestinal microbiome representation of certain phyla play an irreplaceable role in maintaining of optimal composition of the microbiome. Patients undergoing hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) are at risk of infectious complications, whose source is usually endogenous microbiota. In the late post-transplant period, patients are susceptible to infections caused by encapsulated pathogens as Streptococcus pneumoniae, which is the part of the commensal nasopharyngeal microflora. The change in the composition of nasopharyngeal microflora may contribute to the development of pneumococcal colonization. Using NGS the detailed composition and variability of nasopharyngeal microbiome in patients undergoing HSCT will be studied, as it is composition may be affected in these patients due to repeated exposure to the antibiotic and the absence of certain microbes may contribute to increased susceptibility to pneumococcal infections.

Zavedení metod označovaných jako next-generation sequencing (NGS) umožnilo detailní výzkum lidského mikrobiomu. Jak bylo prokázáno u mikrobiomu vaginálního či gastrointestinálního traktu, zastoupení určitých specifických bakteriálních druhů má nezastupitelnou úlohu v udržování optimálního složení daného mikrobiomu. Pacienti podstupující transplantaci krvetvorných buněk jsou ohroženi infekčními komplikacemi, jejichž zdrojem je obvykle endogenní mikroflóra. V pozdní post-transplantační periodě jsou pacienti vnímaví k infekcím vyvolaných opouzdřenými patogeny, zejména Streptococcus pneumoniae, které jsou součástí komenzální mikroflóry nazofaryngu. Změna ve složení nazofaryngeální mikroflóry může přispět k rozvoji kolonizace pneumokoky a následnému vzniku infekcí. Pomocí NGS bude studováno podrobné složení a variabilita nazofaryngeálního mikrobiomu u pacientů, kteří podstoupili transplantaci krvetvorných buněk, jejíž složení může být u těchto pacientů ovlivněno díky opakované expozici antibiotikům a absence určitých mikrobů může přispívat ke zvýšené vnímavosti k pneumokokovým nákazám.

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota MeSH
• nazofarynx mikrobiologie   MeSH
• pneumokokové infekce prevence a kontrola   MeSH
• počet mikrobiálních kolonií MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• příjemce transplantátu MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Antibiotic resistance is an emerging problem worldwide. The aim of the present project is the in vivo study of clinically important antibiotic resistance mechanisms in Enterobacteriaceae on clinically relevant model of sepsis (pig model) using MALDI-TOF mass spectrometry and Raman spectroscopy. Novel assays that should allow explanation of the behavior of beta-lactamases into the bacterial cell during an infection will be developed. These assays should help us to validate and set up proper interpretation criteria for susceptibility testing. In the project, successful clones carrying clinically important beta-lactam resistance mechanisms will be selected based on whole-genome sequencing data. Additionally, a proper infection model must be established, in order a sufficient number of bacteria to be obtained. Methods for proper fixation and transport of the bacteria will be developed and validated. Thus, these techniques will enable us to better understand the pathogenesis of beta-lactamase-producing bacteria.

V poslední době dochází k celosvětovému šíření antibiotické rezistence. Cílem předkládaného projektu je studium mechanizmů klinicky významné antibiotické rezistence enterobakterií pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Ramanovy spektroskopie na klinicky relevantním modelu sepse (prasečí model). Budou vyvinuty nové spektrometrické metody, které by měly napomoci k objasnění chování beta-laktamáz v bakteriální buňce během infekce. Tyto metody napomohou k ustavení vhodných interpretačních kritérií při vyšetření citlivosti na antibiotika. Běhemm řešení budou použity epidemicky úspěšné klony enterobakterií, které budou detailně charakterizovány pomocí celogenomové sekvenace. Zároveň bude vyvinut vhodný animální model, který umožní získat dostatečnou koncentraci bakterií v klinickém vzorku (např. peritonitida). Budou rovněž validovány metody fixace a transportu klinického materiálu do laboratoře tak, aby byly vhodné pro výše uvedené analýzy. Zmíněné techniky umožní lépe pochopit patogenezi infekcí způsobených bakteriemi produkujícími beta-laktamázy.

• MeSH
• beta-laktamasy MeSH
• gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie   MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiota MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• prasata MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• sepse mikrobiologie   MeSH
• spektrální analýza metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• farmacie a farmakologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dental caries, a chronic multifactorial disease, is a major oral health problem worldwide. Its etiology involves a complex interplay of microbial, genetic, biochemical, social, physical environmental, and health-influencing behavioral factors. The project is designed as a combination of prospective monitoring of selected cohort and a cross-sectional studies [children with caries vs. healthy controls or children with early childhood caries (ECC)], and in vitro studies addressing (i) in vitro cultivation of cariogenic bacterial strains in the presence of substrates with various cariogenic potential, (ii) their transriptome/metabolome analysis, (iii) multivariate analyses of clinical, biochemical, microbial, genetic and environmental factors, and (iv) education of mothers and children–behavioral intervention. Implementation of obtained knowledge might reduce costs on health care in connection with caries. The assessment of the individual risk could rationalize health care in terms of "personalized medicine" (particularly the disease diagnosis and prevention).

Zubní kaz je chronické multifaktoriální onemocnění, které postihuje značnou část světové populace. Jeho etiologie je komplexní a zahrnuje interakci mikrobiálních, genetických, biochemických, sociálních a behaviorálních faktorů. Projekt je koncipován jako kombinace prospektivního sledování vybrané kohorty a průřezových studií [dětí s kazem vs. zdravých kontrol nebo dětí s kazem raného dětství (ECC)] a in vitro studií, které se budou zabývat (i) in vitro kultivací kariogenních bakteriálních kmenů za přítomnosti substrátů s různým kariogenním potenciálem, (ii) analýzou jejich transkriptomu/metabolomu, (iii) multivariační analýzou klinických, biochemických, mikrobiálních, genetických faktorů a vlivů zevního prostředí a (iv) edukací matek dětí – behaviorální intervencí. Začlenění získaných poznatků do praxe by mohlo přispět k redukci nákladů na zdravotní péči související s léčbou kazu. Zhodnocení individuálního rizika rozvoje kazu by umožnilo přechod k “personalizované medicíně“ (zejména v rámci diagnostiky a prevence onemocnění).

• MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• biomedicínské technologie metody   MeSH
• dítě MeSH
• kariogenní látky škodlivé účinky   MeSH
• kohortové studie MeSH
• kultivační techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• metabolom MeSH
• metabolomika metody   MeSH
• průřezové studie MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• zdravotní výchova zubní metody   MeSH
• zubní kaz diagnóza   etiologie   prevence a kontrola   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Stomatologie
• NLK Obory
• zubní lékařství
• biomedicínské inženýrství
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is the causative agent of syphilis. More than 10 million of new syphilis cases are diagnosed annually. Two different typing systems were established for molecular characterization of TPA clinical isolates, however, their typing efficiency and discriminatory power was found to be highly variable. The aim of this project is to develop a new, highly effective molecular typing scheme preferentially targeting sequences encoding proteome differences, since they can be the cause of different clinical manifestation. The discrimination power of the new typing system will be assessed on genetically diverse clinical isolates and strains of different geographical origin. The knowledge of genetic differences of contemporary syphilis strains is essential due to continuing efforts of syphilis vaccine development. The new typing scheme will be applied on clinical samples from Czech Republic to obtain the information about variability and number of particular genotypes in the Czech Republic. Molecular data will be correlated with epidemiological data.

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původcem venerického onemocnění syfilis. Celosvětově je ročně diagnostikováno přes 10 milionů nových případů syfilis. S rozvojem genomiky došlo k vývoji dvou molekulárně-typizačních systémů pro charakterizaci klinických kmenů TPA, avšak jejich účinnost typování a rozlišovací schopnost značně kolísá. Cílem tohoto projektu je vytvořit nový, vysoce spolehlivý a účinný molekulární typovací systém, zaměřený na sekvence kódující proteomické rozdíly mezi TPA kmeny, které mohou být důvodem rozdílné klinické manifestace. Rozlišovací schopnost typovacího systému bude testována na geneticky odlišných klinických izolátech a vzorcích pocházejících z různých míst světa. Znalost genetické podstaty současných klinických kmenů TPA je zásadní i z hlediska pokračujících snah o vývoj vakcíny proti syfilis. Aplikace nového typovacího systému na klinické kmeny z České republiky přinese informace o odlišnosti a zastoupení jednotlivých genotypů TPA na našem území. Molekulární data budou korelována s dostupnými epidemiologickými údaji.

• MeSH
• lidé MeSH
• molekulární typizace metody   MeSH
• proteomika MeSH
• syfilis diagnóza   genetika   mikrobiologie   MeSH
• Treponema pallidum genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• bakteriologie
• dermatovenerologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The increasingly more prevalent bacterial resistance to antibiotics presents an important worldwide problem. Compounds of natural origin with a proven anti-bacterial effect may represent new resources in this area or serve as complimentary therapies utilized together with antibiotics. Certain compounds from hops, especially beta-bitter acids and xanthohumol possess strong inhibitory effects on Gram-positive (Staphylococcus aureus, including resistant variants such as MRSA) and anaerobic bacteria, namely Clostridium perfringens and C. difficile. Some of the other characteristics of these compounds, including their low solubility in water, low toxicity and low level of adsorption in the gastrointestinal tract (GIT), predispose them as useful tools for local infections of skin and GIT. Formulations containing these compounds, which will be developed and evaluated in this project, can thus represent much needed tools for a local therapy of infections caused by antibiotic-resistant strains of bacteria.

Vzrůstající rezistence bakterií na antibiotika představuje závažný problém. Látky rostlinného původu s prokázanými antimikrobními účinky mohou být novou cestou nebo doplňkem stávající antibiotické terapie. Látky obsažené v chmelu, zejména beta hořké kyseliny a xanthohumol mají výrazné inhibiční účinky na Gram pozitivní bakterie (Staphylococcus aureus včetně rezistentních forem MRSA) a anaerobní bakterie, zejména Clostridium perfringens a Clostridium difficile. Jejich další vlastnosti jako je nízká rozpustnost ve vodě, malá toxicita a nízký stupeň vstřebávání v gastrointestinálním traktu předpokládají využití při terapii lokálních infekcí zejména kožních a infekcí zažívacího traktu. Preparáty na bázi těchto látek, které budou vyvinuty a otestovány během projektu, mohou být využitelné pro lokální terapii infekcí měkkých tkání a pro prevenci, popřípadě terapii klostridiových infekcí, zejména enteroroxikózy způsobené toxigenními kmeny Clostridium difficile.

• MeSH
• anaerobní bakterie účinky léků   MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• antiinfekční látky terapeutické užití   MeSH
• Clostridioides difficile patogenita   účinky léků   MeSH
• grampozitivní bakterie účinky léků   MeSH
• Humulus MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí farmakoterapie   MeSH
• kyseliny terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• rostlinné extrakty terapeutické užití   MeSH
• vyvíjení léků MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• perzistentní infekce mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• tolerance léku MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Vysokoškolská učebnice, která se zaměřuje na lékařskou mikrobiologii.

• MeSH
• lékařství MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiologie MeSH
• parazitologie MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie
• učebnice vysokých škol

• MeSH
• mikrobiologické jevy * MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• parazitologie
• virologie
• bakteriologie