I. Genotypic analysis of pneumococcal strains by molecular typing methods and their integration into the internationally accessible database. II. PCR identification of the virulence factor determinants, class B, C and D sortases. III. Study of the distribution of the sortase genes among pneumococcal serotypes and genotypes - analysis of the distribution of genes among strains isolated from various clinical specimens. IV. Prevalence of the sortase genes in pneumococcal strains with reduced penicillin susceptibility, study of the implication of the pilus in the development of resistance to antimicrobials.

I. Analýza genotypu kmenů pneumokoků pomocí molekulárních typizačních metod a jejich zařazení do mezinárodně přístupné databáze. II. PCR identifikace determinant faktorů virulence, sortázy B, C a D. III. Studium distribuce genů sortázy jednotlivých sérotypů a genotypů pneumokoků - analýza zastoupení genů u kmenů izolovaných z různých klinických materiálů. IV. Rozšíření genů sortáz u kmenů pneumokoků se sníženou citlivostí k penicilinu, studium vlivu přítomnosti pilu pro rozvoj rezistence k antibiotikům.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• faktory virulence MeSH
• genotyp MeSH
• peptidyltransferasy MeSH
• rezistence na penicilin MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pneumoniae genetika   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• virologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The introduction of the method of multi-locus sequence typing for Streptococcus agalactiae shall render possible the comparison of Czech hyper-virulent clones with those from abroad. Knowledge of the distribution of genes of the potential factors of virulence in invasive and non-invasive Streptococcus agalactiae strains is essential for the identification of the mechanisms of pathogenesis. In view of the significance of surface proteins in S. agalactiae for vaccination, there is needed their diagnosticsof high quality that have not been rendered possible by the hitherto mode of detection. The detection of genes coding surface protein markers shall contribute to the optimization of the composition of the vaccine against S. agalactiae.

Výsledky nově zavedené metody multilokusové sekvenační typizace pro kmeny Streptococcus agalactiae umožní porovnání výskytu hypervirulentních klonů v ČR a v zahraničí. Porovnání distribuce genů potenciálních faktorů virulence u invazivních a neinvazivních kmenů Streptococcus agalactiae přispěje k poznání mechanismů patogeneze. Dosavadní způsob detekce povrchových proteinů Streptococcus agalactiae není dostatečný. Nový způsob jejich detekce metodou PCR je přesnější. Detekce genů povrchových proteinovýchmarkerů přispěje k optimalizaci složení vakciny proti Streptococcus agalactiae.

• MeSH
• faktory virulence MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• Streptococcus agalactiae genetika   MeSH
• streptokokové infekce farmakoterapie   MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• infekční lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

To determine the prevalence of HPV types in severe genital and head and neck HPV associated lesions preceding routine HPV vaccination To determine the prevalence of HPV specific antibodies in sera of individuals collected for seroepidemiological surveys,healthy blood donors and patients with HPV-associated lesions preceding routine HPV vaccination

Před započetím vakcinace proti HPV zjistit prevalenci HPV typů v závažných lézích genitálního traktu a dutiny ústní a krku asociovaných s HPV Před započetím vakcinace proti HPV zjistit prevalenci HPV specifických protilátek v sérech náhodně vybraných zdravých jedinců, sbíraných pro účely sérologických přehledů, dárců krve a pacientů s lézemi asociovanými s HPV

• MeSH
• DNA sondy HPV MeSH
• hybridizace nukleových kyselin metody   MeSH
• lidský papilomavirus 16 MeSH
• lidský papilomavirus 18 MeSH
• prevalence MeSH
• sérotypizace MeSH
• vakcíny proti papilomavirům MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• gynekologie a porodnictví
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The NRL for Streptococci and Enterococci, the only laboratory skilled in S. pyogenes typing in the Czech Republic, intends to implement the genotyping method - emm typing to replace the labour- intensive and much less effective standard serotyping methodThis method will be suitable for genotype monitoring as a prerequisite for development of the new generation of type specific vaccine. This method will allow unambiguous identification of identical or diverse isolates. Emm typing will provide results comparable at an international level.

V NRL pro streptokoky a enterokoky, jediné laboratoři v České republice provádějící typizaci kmenů S.pyogenes, bude zavedena genetická metoda - emm typizace. Nahradí pracnou a z hlediska typovatelnosti kmenů málo efektivní standardní metodu sérologickou.Metoda umožní sledování genotypů nezbytných pro vytvoření typově specifické vakcíny nové generace. Jednoznačně prokáže identitu či rozdílnost izolátů při řešení epidemiologických otázek. Emm typizace umožní porovnávat výsledky v mezinárodním měřítku.

• MeSH
• antigeny bakteriální MeSH
• genetické techniky MeSH
• mikrobiální genetika MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   MeSH
• streptokokové infekce MeSH
• streptokokové vakcíny MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• infekční lékařství
• histologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Examination of "blank" HLA class I alleles - using DNA sequencing and flow cytometry to determine their frequency and to analyze HLA molecule expression on cell surface - in the healthy Czech population and in patients awaiting organ transplantation.

Vyšetření "blank" alel HLA I.třídy ve zdravé české populaci a u pacientů před transplantací orgánů s použitím metodik sekvenování DNA a průtokové cytometrie za účelem stanovení jejich frekvence a nalýzy exprese molekul HLA na povrchu buněk.

• MeSH
• alely MeSH
• DNA primery MeSH
• HLA antigeny MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• sérotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• alergologie a imunologie
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Phenotype and genotype analysis of pneumocovval and group A antibiotic-resistant strains, evaluation of relationships among resistotype, serotype and genotype. Identification of areas with a high incidence of certain resistotypes. Map of resistant clonesin the Czech Republic and assessment of their spread, categorization of multiresistant strains amongst international clones. Evaluation of antibiotic consumption and other factors on trends of resistance. Proposition for intervention leading to decreasethe risk of appearance and spread of resistance.

Fenotypová a genotypová analýza kmenů pneumokoků a streptokoků sk.A rezistentních k antibiotikům, posouzení vztahů mezi rezistotypem, sérotypem a genotypem. Označení lokalit s vysokou frekvencí výskytu rezistence. Mapa rezistentních klonů pneumokoků a streptokoků sk. A v ČR, posouzení dynamiky šíření rezistentních klonů v čase, zařazení multirezistentních klonů do mezinárodních klonů.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• buněčné klony MeSH
• genotyp MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH
• Streptococcus pyogenes MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• biologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The introduction of a suitable system of STM subtyping will enable a more detailed identification of strains for epidemiological purposes. In selected localities clinical isolates will be collected, accompanied with sheets of epidemiological investigatioStrains will be screened using selected typing methods and will be analysed together with epidemiological data.

Zavedení vhodného systému subtypizace STM umožní detailnější identifikaci kmenů pro epidemiologické účely. Ve sledovaných lokalitách bude prováděn sběr klinických izolátů doprovázených listy epidemiologického šetření. Kmeny budou vyšetřeny vybranými typizačními metodami a společně s epidemiologickými daty analyzovány.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• Salmonella typhimurium patogenita   MeSH
• salmonelóza epidemiologie   MeSH
• sérotypizace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• epidemiologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

To obtain the own nation-wide microbiological, epidemiological and molecular genetics data on Streptococcus agalactiae, lacking so far in the Czech Republic, is prerequisite for implementation of a programme of prevention of sepsis and meningitis. Basedon these data a strategy will be formulated and recommended to reduce the incidence of S.agalactiae infections in neonates.

Uskutečnění dosud chybějícího programu prevence novorozeneckých sepsí a meningitid v České republice vyvolaných Streptococcus agalactiae je podmíněno zjištěním vlastních mikrobiologických, epidemiologických a molekulárně-genetických dat. Na jejich podkladě bude formulován a doporučen postup, který povede ke snížení incidence výše uvedených infekcí.

• MeSH
• nemoci novorozenců mikrobiologie   MeSH
• novorozenec MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• Streptococcus agalactiae epidemiologie   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• streptokokové infekce MeSH
• Check Tag
• novorozenec MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• perinatologie a neonatologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Human Leukocyte Antigen (HLA) Class I typing at the level of DNA using a method based on polymorphic system amplification (PCR-SSP, -ARMS) in donors and recipients in organ and bone marrow transplantation.

Typizace lidských leukocytárních antigenů HLA I.třídy na DNA úrovni pomocí metody založené na amplifikaci polymorfního systému (PCR-SSP,-ARMS) u dárců a příjemců pro transplantace orgánů i kostní dřený.

• MeSH
• DNA izolace a purifikace   analýza   MeSH
• HLA antigeny MeSH
• polymerázová řetězová reakce využití   metody   MeSH
• sérotypizace MeSH
• transplantační imunologie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• transplantologie
• alergologie a imunologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Development of new biochemical methods for the detection of HLA claas I molecules.Application of complete peptide libraries in analyses of HLA epitopes.Clinical impact on bone transplantation.

Rozpracování nových biochemických metod pro studium molekul HLA I. třídy. Využití kompletních peptidových knihoven pro analysu epitopů HLA glykoproteinů. Klinický význam získaných poznatků zejména pro transplantaci kostní dřený

• MeSH
• DNA analýza   MeSH
• HLA antigeny MeSH
• monoklonální protilátky MeSH
• polymerázová řetězová reakce využití   metody   MeSH
• sérotypizace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• alergologie a imunologie
• biologie
• chemie, klinická chemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR