Navrhovaný projekt se primárně zaměřuje na studium exprese, mutace a epigenetických změn HNF-1ß v některých karcinomech ženského genitálu. Studie bude prováděna na bioptických vzorcích vyšetřených a archivovaných na našem pracovišti. Tato tkáň se odebírá v rámci diagnostických nebo terapeutických zákroků a je vyšetřena v rutinním bioptickém provozu, ať už v minulých letech (v období 2006-2012), nebo v průběhu studie. Celkem se bude jednat o 250-300 vzorků od 220-250 pacientek. Zařazení vzorků do studie je podmíněno podepsáním informovaného souhlasu. Vzorky budou anonymní a v rámci studie nebude možná identifikace jednotlivých pacientek. Metodika bude ve všech případech zahrnovat imunohistochemickou analýzu exprese proteinu. Ve vybraných případech bude provedena analýza real-time PCR s metyl-profilujícími primery ke zjištění metylačního stavu genu. Detekce mutací genu HNF-1ß bude provedena asi u 120 případů vybraných nádorů metodou sekvenační analýzy.; The primary objective of the project is to studying of HNF-1 beta expression, mutation and epigenetic changes in some carcinomas of female genital tract. This study will be performed using analysis of archival tissue samples bioptically examined in our department, either in the past during the years 2006-2012, or during the study (2013-2015). Including of the samples in the study is subject to obtaining of informed consent. Total number of samples examined is supposed to be 250-300 (from 220-250 patients). All samples will be anonymised. Methodology includes in all cases immunohistochemical analysis of protein expression. In selected cases, Real-Time PCR analysis will be performed with methyl-profiler primers for analyzing the DNA methylation status of CpG islands. Detection of mutation HNF-1 beta gene will be performed by sequenation analysis.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• gynekologická onemocnění diagnóza   genetika   MeSH
• hepatocytární jaderný faktor 1-beta analýza   MeSH
• imunohistochemie MeSH
• metylace MeSH
• mutace MeSH
• nádory ženských pohlavních orgánů diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   využití   MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Projekt řeší molekulární biologii ovariálních karcinomů ve vztahu k odpovědi na léčbu. 1)Zhodnocení genových polymorfismů ABCB1,ABCC1,GST, proteinů Pgp, MRP1-kódovaných těmito geny, chemorezistence/chemosensitivity in vitro (MTT test) u pacientek diagnostikovaných 2013-2015 a retrospektivně u pacientek s již stanoveným Pgp, MRP1, MTT testem 2006-2009 ve vztahu k PFS a OS. 2) Stanovení genových polymorfismů interleukinu 8, genové exprese endoglinu,FGF,angiopoetinu a proangiogenních faktorů(VEGF,TGF?,TGFß,bFGF) v závislosti na odpovědi a typu primární léčby u pacientek diagnostikovaných 2013-2015 a retrospektivně z ovariální nádorové tkáně zamražené 2006-2009. 3) Zhodnocení kardiotoxicity paklitaxel+karboplatina versus paklitaxel+karboplatina+bevacizumab (EKG,TK,ECHOsrdce,markery kardiotoxicity NTproBNP,cTnT,cTnI,CKMB,MYO,hFABP,GPBB) a její vztah k chemorezistenci a genovým polymorfismům. Projekt umožní molekulárně biologickou predikci odpovědi na léčbu u pacientek s karcinomem ovaria.; This project is intent on assesment of molecular biology markers useful in prediction of therapeutic response in ovarian cancer patients by:1)Determination of ABCB1, ABCC1, GST polymorphisms, resistance proteins Pgp, MRP1, in vitro drug resistance/sensitivity and evaluation of their correlation with medical outcome (PFS, OS, side effects). 2) Assay of polymorphisms of the Interleukin-8 gene, endoglin, FGF, angiopoetin gene expression, pro-angiogenesis markers (VEGF,TGF?,TGFß,bFGF) and their correlation with kind of primary farmacotherapy and medical outcome (PFS, OS).3) Analysis of cardiotoxicity of standard primary chemotherapy (Paclitaxel + Carboplatin) versus primary therapy (Paclitaxel + Carboplatin + Bevacizumab) by ECG, blood pressure, ECHO, markers of cardiotoxicity (NT-proBNP,cTnT,cTnI,CKMB,MYO,h-FABP,GPBB) and their correlation with genetic polymophisms and drug resistance. This project support molecular biology prediction of the therapeutic response in ovarian cancer patients.

• MeSH
• ABC transportéry analýza   MeSH
• analýza přežití MeSH
• bevacizumab škodlivé účinky   MeSH
• chemorezistence MeSH
• cytotoxické testy imunologické MeSH
• echokardiografie MeSH
• ELISA metody   využití   MeSH
• fibroblastový růstový faktor 2 analýza   MeSH
• glutathion-S-transferasa fí analýza   MeSH
• kalgranulin B analýza   MeSH
• karboplatina škodlivé účinky   MeSH
• karcinom farmakoterapie   MeSH
• kardiotoxicita MeSH
• molekulární biologie MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory vaječníků farmakoterapie   MeSH
• nežádoucí účinky léčiv MeSH
• P-glykoproteiny analýza   MeSH
• paclitaxel škodlivé účinky   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• proteiny spojené s mnohočetnou rezistencí k lékům analýza   MeSH
• protokoly protinádorové kombinované chemoterapie MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru analýza   MeSH
• transformující růstový faktor alfa analýza   MeSH
• transformující růstový faktor beta analýza   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Diamondova-Blackfanova anémie (DBA) je vzácná vrozená aplazie erytropoézy. Etiologie byla částečně objasněna teprve v posledních letech. U 40-50% pacientů byly nalezeny mutace genů pro ribosomální proteiny (RP). Etiologie nemoci u ostatních pacientů neníjasná. Nejnověji je intenzivně zkoumán možný vliv změn exprese proteinu p53. Prognóza pacientů s těžkou anémií je nejistá, léčebné možnosti omezené. Bude vytvořena databáze pacientů s DBA v České republice, vyšetřeny základní charakteristiky anémie. Budou zkoumány SNP genů pro NQO1 a MDM2 pomocí PCR technik a sekvenování, exprese genů pro proteiny p53, p21, hTERT pomocí mnohobarevné průtokové cytometrie. U pacientů bez dosud známé mutace bude analyzována přítomnost mutací genů pro RP a jiné proteiny proteosyntetického aparátu metodou vysokokapacitního sekvenování. Smyslem projektu je identifikace patogenetických mechanizmů nemoci, upřesnění diagnostiky, hledání nových léčebných možností s cílem zlepšení kvality života pacientů a prognózy onemocnění.; Diamond-Blackfan anaemia (DBA) is a rare inherited erythroid aplasia. The etiology was only partly elucidated in 1999 with the discovery of mutated ribosomal protein (RP) S19. DBA is the first known hematological disease caused by ribosomal protein mutations. Recent studies have found a relation between mutations in ribosomal protein genes and the tumor suppressor p53 stability that may be important in DBA pathogenesis. In the cohort of 30 paediatric DBA patients haematological and biochemical indiciesof anaemia will be assessed. Mutations of RP genes and proteins involved in ribosomal biogenesis, single nucleotide polymorphisms of NQO1 and MDM2 protein by sequencing and PCR method and expression of p53, p51 and hTERT using the method of flow cytometry wiill be examined with the aim to determine their influence on the disease etiology and phenotype. The aim of the project is identification of pathogenetic mechanism and creation of new diagnostic and treatment algorithms for DBA.

• MeSH
• časná diagnóza MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• Diamondova-Blackfanova anemie diagnóza   terapie   MeSH
• exprese genu MeSH
• geny p53 MeSH
• iniciace translace peptidového řetězce MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• kvalita života MeSH
• mutace MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• prognóza MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• registrace MeSH
• ribozomální proteiny MeSH
• vrozené, dědičné a novorozenecké nemoci a abnormality prevence a kontrola   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   využití   MeSH
• imunohistochemie metody   využití   MeSH
• inhibitory proteinkinas aplikace a dávkování   farmakokinetika   terapeutické užití   MeSH
• klinické protokoly MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic farmakoterapie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• pyrazoly terapeutické užití   MeSH
• pyridiny terapeutické užití   MeSH
• translokace genetická MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmakoterapie
• onkologie
• pneumologie a ftizeologie
• NLK Publikační typ
• studie

Neoadjuvantní chemoterapie je považována za standardní péči u lokálního karcinomu prsu v pokročilém stádiu. Nicméně, asi u 20% pacientek není tato klinická léčba úspěšná a prediktivní faktory odpovědi na léčbu u nich nebyly dosud definovány. Tato studieje navržena za účelem zhodnocení významu biologických markerů v odhadnutí odezvy a prognózy u pacientek ve II. a III. stupni karcinomu prsu, léčených kombinací taxanu a anthracyclinu. Pro splnění tohoto cíle budou hodnoceny exprese regulátorů proliferacenádorových buněk (ER, PR, BCL-2, HER-2, CD40, NQO-1, p21 a EGFR), cílových struktur cytostatik (MDR1, pregnanový X receptor, microtubule-associated protein tau a Topoisomeráza IIa) a regulačních chemokinů (např. RANTES, IL-8, MCP-1) před zahájením, v průběhu a po ukončení neoadjuvantní terapie nejen na úrovni proteinu, ale také mRNA. Molekulární hodnoty budou porovnány s výsledky klinických a biochemických vyšetření, což umožní potenciální předpověď patologické kompletní odezvy (pCR).; Neoadjuvant chemotherapy has been considered the standard care in locally advanced breast cancer. About 20% of the patients do not benefit from this clinical treatment, and predictive factors of response were not defined yet. This study was designed to evaluate the importance of biological markers to predict response and prognosis in stage II and III breast cancer patients treated with taxane and anthracycline combination as neoadjuvant setting. To fulfill this goal, the expression of tumor cell cycle/proliferation regulators (ER, PR, BCL-2, HER-2, CD40, NQO-1, p21 and EGFR), cytostatic agent?s targets (MDR1, pregnane X receptor, microtubule-associated protein tau, and Topoisomerase IIa), and regulatory chemokines (e.g. RANTES, IL-8, MCP-1) will be evaluated before initiation, during the course, and after finishing of neoadjuvant therapy at protein and mRNA level. Data will be compared with clinical and biochemical examinations to allow potential prediction of pathologic complete response (pCR).

• MeSH
• management farmakoterapie MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory prsu diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• neoadjuvantní terapie metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• referenční standardy MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

I. Analýza fenotypu a genotypu kmenů MRSA pomocí molekulárních typizačních metod, identifikace epidemických klonů MRSA prevalujících v ČR a jejich zařazení do mezinárodně přístupné databáze. II. PCR identifikace determinant antibiotické rezistence, typizace mecA elementu s ohledem na jeho vliv na šíření rezistence. III. Sledování dynamiky šíření a distribuce jednotlivých epidemických klonů MRSA v čase, posouzení vlivu těchto změn na nárůst incidence kmenů MRSA v ČR. IV. Získání specifických podkladů proobjektivní kvantitativní a kvalitativní hodnocení významu MRSA v našich podmínkách s přímým vztahem k účinné a nákladově efektivní prevenci.; I. Analysis of phenotypes and genotypes of MRSA strains using molecular typing methods, identification of epidemic MRSA clones prevalent in the Czech Rep. and assesment of revealed clones to the international portable database. II. PCR identification ofgenes coding resistance to the antibiotics, mecA typing regarding an impact of mecA type on spread of resistance. III. Tracing of spread and distribution of revealed EMRSA clones during a time period, assesment of influence of changes in the prevalence of specific clones on increase of incidence of MRSA strains in the Czech Republic. IV. Comprehensive evaluation of strain and host related factors concerning MRSA infections regarding an direct impact on an effective preventive measures applied in the Czech Rep.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• genotypizační techniky využití   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí ekonomika   epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce využití   MeSH
• rezistence na methicilin MeSH
• stafylokokové infekce epidemiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• farmacie a farmakologie
• veřejné zdravotnictví
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Za dobu trvání projektu bude podrobeno typizaci pomocí metod RAPD a PFGE zhruba 1000 klinických izolátů Pseudomonas aeruginosa získaných od 110 pacientů s cystickou fibrózou (CF) a cca 700 izolátů komplexu Burkholderia cepacia od 80 nemocných CF. Následná analýza výsledků typizace stanoví, zdali je naše populace pacientů s CF v ohrožení epidemického šíření infekce, a určí míru a charakter protiepidemických opatření v centru CF. Vybrané klinické vzorky budou též testovány metodou MLST k jednoznačné identifikaci kmene a upravená metoda MLST bude použita pro typizaci vzorků, u nichž se pozitivita nedaří potvrdit kultivačně. Druhá část projektu bude věnována porovnání genomu mezi epidemickými a nepřenosnými kmeny (na DNA čipech), která upřesní, jaké geny mohou být asociovány se schopností bakterií šířit se v populaci, a dovolí navrhnout PCR k detekci konkrétních kmenů.; Over the project period, approximately 1000 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa recovered from 110 patients with cystic fibrosis (CF) and ca 700 isolates of Burkholderia cepacia complex from 80 CF patients will be genotyped by using RAPD and PFGEmethods. A subsequent analysis of typing results will reveal if our CF population is at risk of epidemic outbreak and will determine an extent and character of infection control measures to be applied in the CF centre. Selected clinical samples will bealso tested by MLST to get unambiguous strain identification and the modified MLST method will be used for typing of positive samples which are negative by culture. Second part of the project will be dedicated to the genome comparison between epidemic and non-transmissible strains (on DNA arrays) and will indicate what genes are associated with the bacterial capability of spreading within a population. Microarray analysis will lead to designing a PCR for epidemic strain detection.

• MeSH
• Burkholderia cepacia komplex MeSH
• cystická fibróza MeSH
• kontrola infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• epidemiologie
• pneumologie a ftizeologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Individuální volba postupu léčby hluboké infekce kloubní náhrady na základě schopnosti bakteriálního agens formovat biofilm. V případě, že agens nemá schopnost formovat biofilm angtibiotika mohou snáze dosáhnout povrchu implantátu. Jednodobá reimplantacemá obecně horší výsledky při sanaci infekce, ale výrazně lepší funkční, dlouhodobé výsledky než dvoudobá reimplantace.Rychle stanovení agens za pomoci multiplexní a kvantitativní PCR umožní racionální terapii jak chirurgickou tak i antimikrobiální.Biofilm zajišťuje ochrannou bariéru patogena proti účinkům imunitního systému a antibiotik.; The individual vote of step by step therapy of deep infection of joint substitution on ability of a bacterial agens to form a biofilm. In the case that agens has not the ability to form a biofilm antibiotics can easily reach the upper part of an implant.One-reimplantation has in common worth results with treatment of infection but more better functional long term results than the two-stage reimplantation. On case when agent is not biofilm producer we supposed better results with one-stage procedure.Theindividual approach is necessary in indicated cases get clearly simpler and for an patient less sophisticated manner of treatment an optimal result with treatment of infection joint replacement.The developing of biofilm is a main problem in treatment ofendoprothesis infection.Detection of biofilm producers is important before strating treatment.

• MeSH
• infekce spojené s protézou komplikace   MeSH
• infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• protézy kloubů MeSH
• replantace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• transplantologie
• infekční lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Cílem projektu je stanovit úlohu čtyř nejvíce diskutovaných kandidátních genů (connexin 37, inhibitor tkáňového aktivátoru 1, stromelysin-1 a lymfotoxin alfa) na výskyt a komplikace akutních koronárních syndromů v české populaci. Sledované kandidátní geny budou stanoveny u pacientů s akutním koronárním syndromem (n=2000-2500) a u reprezentativního vzorku české populace. Úloha těchto kandidátních genů bude hodnocena jednak průřezově, jednak prospektivně po 12měsíčním sledování. Navrhovaná studie by mělastanovit vliv genetické determinace na výskyt a komplikace koronárních příhod ve vysoce rizikové české populaci na rozsáhlém a neselektovaném vzorku pacientů s koronárními syndromy.; The aim of the study is to assess the association of four mostly discussed candidate genes (connexin 37, plasminogen activator inhibitor -1, stromelysin-1 and lymfotoxin-alfa) with acute coronary syndroms and their sequales. Candidate genes under study will be evaluated in 2000-2500 patients with acute coronary syndromes admitted to Coronary Care unites and in the representative sample of the Czech population (n=2600)in cross-sectional study and in prospective study. This project should evaluate the effect of genetical determination on the incidence of acute coronary syndromes and their acute and late complications.

• MeSH
• akutní nemoc MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• infarkt myokardu genetika   MeSH
• inhibitor aktivátoru plazminogenu 1 analýza   MeSH
• konexiny analýza   MeSH
• koronární nemoc genetika   komplikace   MeSH
• lymfotoxin-alfa analýza   MeSH
• matrixová metaloproteinasa 3 analýza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• populace genetika   MeSH
• prospektivní studie MeSH
• průřezové studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• biologie
• kardiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Cílem projektu je studovat úlohu hormonů produkovaných tukovou tkání při vzniku a rozvoji inzulínové rezistence různé etiologie. V rámci projektu by také měly být identifikovány a podrobněji charakterizovány další dosud nestudované hormonální působky produkované adipocyty potenciálně ovlivňující inzulínovou senzitivitu.; The aim of the project is to study the role of adipose tissue-derived hormones in the development of insulin resistance of various etiology. New adipose tissue-derived factors with potential influence on insulin sensitivity shall be identified and characterized during the project.

• MeSH
• adiponektin MeSH
• adipozita MeSH
• inzulinová rezistence MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• resistin MeSH
• tuková tkáň MeSH

• Konspekt
• Fyziologie člověka a srovnávací fyziologie
• NLK Obory
• endokrinologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR