The aim is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, the assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for strategy updating. The following steps will be used: collection of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period from 2017-2020; implementation of molecular typing (mPCR, rt-PCR) of S. pneumoniae directly from clinical specimens of culture-negative patients; molecular characterization by MLST (Multi Locus Sequence Typing), MLVA (Multi Locus Variable Analysis), WGS (Whole Genome Sequencing) of selected S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period 2007-2020; analysis of molecular characteristics of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the periods before and after introduction of pneumococcal conjugated vaccine into the immunization programme for young children; assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for its updating.

Cílem projektu je vyvinutí molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace. Vytčené cíle budou dosaženy těmito postupy: sběr kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2017-2020; implementace molekulární identifikace a typizace (mPCR, rt-PCR) S. pneumoniae přímo z klinických vzorků u pacientů kultivačně negativních; molekulární charakterizace MLST (multilokusová sekvenační typizace), MLVA (multilokusová analýza tandemových repetic) a WGS (sekvenace celého genomu) vybraných kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2007-2020; analýza molekulárních charakteristik S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období před a po zavedení pneumokokové konjugované vakcíny do očkovacího schématu malých dětí; zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace.

• MeSH
• Outcome Assessment, Health Care MeSH
• Molecular Epidemiology MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Pneumococcal Infections epidemiology   microbiology   prevention & control   MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Whole Genome Sequencing MeSH
• Practice Guidelines as Topic MeSH
• Streptococcus pneumoniae isolation & purification   MeSH
• Population Surveillance MeSH
• Tandem Repeat Sequences MeSH
• Vaccination MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• epidemiologie
• preventivní medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The project consists in a conclusive prospective study of performance of MALDI-TOF spectrometry and High Resolution Melting Analysis of PCR-products (PCR-HRMA) in species identification, and MALDI-TOF and McRAPD in strain typing, compared to reference techniques (16S rDNA sequencing and MLST). For species identification purposes, a commercial MALDI-TOF approach and a published PCR-HRMA approach will be tested. For typing, MALDI-TOF and McRAPD will be tested in Haemophilus influenzae strains. This testing will be performed on bacterial isolates recovered from sputum samples of patients suffering Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD), Bronchiectasis (BE), and Cystic Fibrosis (CF). Accuracy and reproducibility will be determined for identification techniques and power of resolution for typing techniques. Based on evaluation of clinical data, the true contributing potential of the techniques to improve clinical management will also be estimated.

Předmětem projektu je průkazná prospektivní studie výkonnosti MALDI-TOF spektrometrie a analýzy tání produktů PCR-amplifikace s vysokým rozlišením (PCR-HRMA) resp. analýzy tání produktů RAPD (McRAPD) v identifikaci resp. typizaci patogenů ve srovnání s referenčními technikami (16S rDNA sekvenování, resp. MLST). Pro druhovou identifikaci bude otestován komerční MALDI-TOF přístup a již zavedený PCR-HRMA přístup. Pro typizaci bude otestován MALDI-TOF přístup a McRAPD přístup u kmenů Haemophilus influenzae. Testování bude prováděno na izolátech ze sputa pacientů trpících chronickou obstrukční plicní nemocí (CHOPN), bronchiektáziemi (BE) a cystickou fibrózou (CF). Pro identifikační techniky bude vypočtena přesnost a reprodukovatelnost a pro typizační techniky rozlišovací schopnost. Na základě klinických dat bude odhadnut potenciál skutečného přínosu testovaných technik pro klinickou péči o pacienty.

• MeSH
• Bronchiectasis MeSH
• Pulmonary Disease, Chronic Obstructive MeSH
• Cystic Fibrosis MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Blood-Borne Pathogens MeSH
• Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization MeSH
• Random Amplified Polymorphic DNA Technique MeSH
• Bacterial Typing Techniques MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• pneumologie a ftizeologie
• infekční lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Campylobacteriosis is the most frequent alimentary bacterial zoonosis in Europe. A detailed epidemiological analysis of potential sources of infection in the Czech Republic has not been performed as yet. The aims are to define the actual threat to human population from Campylobacter spp. from selected foods and young domestic animals, characterize the sources and ways of transmission, epidemiological relations and extent of antibiotic resistance of this significant pathogen. To determine potential prevention and possibly treatment of Campylobacter infections. To asses the potential use of MALDI-TOF MS for isolate subtyping in epidemiological studies. The effectiveness of MALDI-TOF MS will be compared with the PFGE and MLST. The prevalence of Campylobacter spp. will be studied in poultry, pork offal, raw milk and rectal swabs obtained from puppies and kittens. The isolates will be typed using MALDI-TOF as well as PFGE and MLST. Susceptibility to antibiotic will be determined by the microdilution method

Kampylobakterióza je nejčastější alimentární bakteriální zoonóza v Evropě. Detailní epidemiologická analýza potencionálních zdrojů infekce v ČR nebyla doposud řešena. Cílem projektu je definovat reálnou míru ohrožení lidské populace kampylobaktery z vybraných potravin a od mláďat domácích zvířat, charakterizovat nejdůležitější zdroje, možnosti přenosu, epidemické souvislosti a rozsah antibiotické rezistence tohoto významného patogena. Stanovit možnosti prevence a případné léčby kampylobakterových infekcí. Projekt plánuje posoudit možnosti využití metody MALDI-TOF MS pro subtypizaci izolátů v rámci epidemických studií. Účinnost metody MALDI-TOF MS bude porovnána se standardními metodami PFGE a MLST. Bude sledována prevalence kampylobakterů u chlazené a mražené drůbeže, vepřových vnitřností, syrového mléka, rektálních výtěrů štěňat a koťat. Izoláty budou typizovány současně MALDI-TOF, PFGE a MLST. Citlivost k antibiotikům bude určena kvantitativně mikrodiluční metodou.

• MeSH
• Bacterial Infections MeSH
• Drug Resistance, Bacterial MeSH
• beta-Lactamases MeSH
• Campylobacter coli MeSH
• Campylobacter jejuni MeSH
• Pets MeSH
• Epidemiologic Methods MeSH
• Gastrointestinal Diseases microbiology   MeSH
• Mass Spectrometry MeSH
• Campylobacter Infections MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Foodborne Diseases MeSH
• Electrophoresis, Gel, Pulsed-Field MeSH
• Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization MeSH
• Disease Reservoirs MeSH
• Zoonoses MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství
• bakteriologie
• epidemiologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Toxigenic Cd is currently a significant nosocomial pathogen. Globally, the incidence and severity of infections caused by these bacteria has been growing in recent years, while the situation has worsened in some regions of the CR as well. However, complete data on the current situation are not available. The project is focused on the collection of clinically significant Cd and their molecular analysis using PCR ribotyping and MLVA. Expected to test at least 200 strains of Cd. Sensitivity of the antibiotics of choice - metronidazole,vancomycin and fidaxomicin will be determined. It is expected that bacterial cultures will be obtained by means of cooperation with at least ten hospital laboratories from different locations. The obtained data will serve to acquire a overview of the current epidemiological situation and they will also contribute to an effective therapy and control of the disease in our country. The project can serve as a model for a strategy of monitoring this problem in the future.

Toxigenní Clostridium difficile (Cd) je významný nozokomiální patogen současnosti. Incidence a závažnost infekcí vyvolaných touto bakterií v posledních letech globálně narůstá. K výraznému zhoršení situace dochází i v řadě regionů v ČR. Ucelená data o aktuální situaci ale nejsou k dispozici. Projekt se zaměřuje na sběr klinicky významných izolátů Cd a jejich molekulární analýzu s využitím PCR ribotypizace a MLVA. Předpokládá se vyšetření minimálně 200 kmenů Cd. U všech kmenů bude dále stanovena citlivost k antibiotikům volby- metronidazolu, vankomycinu případně fidaxomicinu. Při získávání bakteriálních kultur a základních informací se předpokládá se spolupráce s minimálně deseti nemocničními laboratořemi z různých lokalit. Získaná data budou sloužit k získání reprezentativního přehledu o aktuální epidemiologické situaci a přispějí k efektivní terapii a kontrole závažné infekce na našem území. Projekt může sloužit jako model pro strategii sledování tohoto problému i v budoucnosti.

• MeSH
• Drug Resistance, Bacterial MeSH
• Clostridioides difficile drug effects   MeSH
• Epidemiology MeSH
• Cross Infection MeSH
• Microbial Sensitivity Tests MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Ribotyping MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• biologie
• epidemiologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

B. pertussis isolates from 1964-2015 obtained from CR will be analysed by the following molecular methods: multilocus variable-number tandem-repeat analysis, sequencing of the ptxA/C, prnA and fim genes, and multilocus sequence typing. The study set will include 190 isolates of B. pertussis. The data will be used for analysing clonal and antigenic shifts in BP following the countrywide vaccination with the whole-cell and later with acellular pertussis vaccines in the period 1964-2015. The project is expected to answer the question whether there are new lines of B. pertussis in CR, which have the ability to spread in the vaccinated population. If so, the results of the study would be served as a basis for the draft update of vaccination strategies in CR. The fifty-year span study design is significant worldwide. The providing of B. pertussis molecular characteristics to the international databases will be relevant to the development of a novel more efficient vaccine against pertussis

V navrhovaném projektu budou izoláty B. pertussis z celé ČR z období 1964-2015 studovány molekulárními metodami: multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) a sekvenací genů ptxA, prnA, fim, promotoru ptxP, a vybrané izoláty metodou multilocus sequence typing (MLST). Předpokládaná velikost studovaného souboru je 190 izolátů B. pertussis. Bude sledováno, zda v ČR došlo ke genetickému a antigennímu posunu B. pertussis v průběhu plošného očkování celobuněčnou a později acelulární vakcínou v období 1964-2015. Projekt by měl zodpovědět otázku, zda se v ČR objevují nové linie B. pertussis, které mají schopnost šířit se i v proočkované populaci. V kladném případě by výsledky studie sloužily jako podklad pro návrh aktualizace vakcinační strategie v ČR. Pokrytí padesátiletého období je významné i z mezinárodního hlediska. Poskytnutí molekulárních charakteristik B. pertussis do mezinárodních databází rozšíří poznatky potřebné k vývoji nové účinnější vakcíny proti pertusi.

• MeSH
• Bordetella pertussis genetics   MeSH
• Virulence Factors, Bordetella analysis   MeSH
• Bordetella Infections MeSH
• Molecular Biology MeSH
• Molecular Epidemiology MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Whooping Cough MeSH
• Pertussis Vaccine MeSH
• Vaccination MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• biologie
• infekční lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR