The genetic basis of autism is best described by the model of multiple rare variants of strong effect. The goal of the project is to identify these defects. About 100 selected unrelated patients will be tested for microdeletions and microduplications (CNVs) using SNP arrays. The findings will be assessed bioinformatically and interesting aberrations will be confirmed and their inheritance independently tested (using MLPA, FISH, array CGH etc.). In about 15-20 unrelated patients exomes will be sequenced using next-generation sequencing. Both analyses will yield, after filtering-out of common polymorphism, two types of variants: 1) clinically usable variants associated with autism (their genotype-phenotype correlation will contribute to the understanding of the effects of these rare variants); and 2) variants of unclear significance, which will be prioritised and further studied - these variants will not be clinically usable, but some of them might point to yet unknown genes playing a role in autism.

Genetickou podstatu autismu dnes nejlépe vystihuje model mnoha vzácných variant se silným účinkem. Předmětem projektu je hledání těchto genetických defektů. U zhruba 100 vybraných nepříbuzných pacientů bude provedena analýza mikrodelecí a mikroduplikací (CNV) na SNP arrayích. Nálezy budou bioinformaticky posouzeny a potenciálně zajímavé aberace budou ověřeny a jejich dědičnost bude stanovena nezávislými metodami (MLPA, FISH, array CGH apod.). U 15-20 vybraných nepříbuzných pacientů budou sekvenovány exomy metodami next-generation sequencing. Oba typy analýz poskytnou po odfiltrování běžných polymorfismů dva typy variant: 1) varianty již asociované s autismem, které budou v dané rodině klinicky využitelné, a korelace genotypu s fenotypem přispěje k poznání důsledků těchto vzácných variant, a 2) varianty s nejasným významem, které budou prioritizovány a dále studovány, nebudou bezprostředně klinicky využitelné, ale některé z nich budou moci poukázat na dosud neodhalené geny účastnící se rozvoje autismu.

• MeSH
• Cytogenetic Analysis MeSH
• Exome genetics   MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH
• Autism Spectrum Disorder genetics   MeSH
• Pedigree MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis MeSH
• DNA Copy Number Variations MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The restless legs syndrome (RLS) is a neurological disease marked by compulsion to perform extremity movements, often accompanied by unpleasant feelings. The symptom becomes manifest at rest, in the evening and during the night, thus causing disorders ofsleep. Whilst most cases are idiopathic, RLS may also occur in acquired forms associated with a variety of neurological disorders such as iron deficiency, end-stage renal disease, multiple sclerosis and pregnancy, which thus represent secondary causes of RLS. Recently association cases control studies in the idiopathic RLS detected common intronic genetic variants of smaller effect in 4 genes. This project is aimed to investigate impact of these variants in well clinically documented secondary RLS cases in cooperation with other European centers. The study is designed as a genetic association study comparing patients contrasting in presence or absence of RLS symptoms and by genotyping single nucleotide polymorphisms (SNP).

Syndrom neklidných nohou (restless legs syndrome RLS) je neurologické onemocnění charakterizované nutkáním pohybovat končetinami, převážně dolními, zpravidla provázeným nepříjemnými pocity. Obtíže se objevují v klidu a ve večerních a nočních hodinách, čímž způsobují poruchu usínání a zhoršují kvalitu života postižených pacientu. Ve většině případů je RLS idiopatický, ale existuje i sekundární forma RLS, kterou mohou způsobovat stavy jako sideropenie, renální selhání, roztroušená skleróza nebo těhotenství. V poslední době byly pomocí asociačních studií odhaleny 4 nekódující genetické varianty vykazující vliv na idiopatický syndrom neklidných nohou. Cílem této studie je v rámci mezinárodní spolupráce objasnit význam těchto genetických variant v dobře klinicky definovaném souboru pacientu se sekundárním RLS. Vlastní analýza probíhá porovnáním skupin pacientů lišících se přítomností příznaků RLS pomocí asociační studie s jednonukleotidovými polymorfismy (SNP).

• MeSH
• Kidney Failure, Chronic MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Precision Medicine MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH
• Quality of Life MeSH
• Medication Therapy Management MeSH
• Prevalence MeSH
• Multiple Sclerosis MeSH
• Restless Legs Syndrome diagnosis   genetics   MeSH
• Pregnancy MeSH
• Check Tag
• Pregnancy MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• neurologie
• biologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project implementation should serve as a valuable source of a wide range of anamnestic, clinical, metabolic as well as genetic information about diabetics and their normoglycemic offspring and controls whose analysis will contribute to better understanding of the pathogenesis of DM2, gestational diabetes, as well as metabolic syndrome. Project could bring also original results regarding the role of copy number variants studied in selected genes in the impairment of glucose tolerance, or the evaluation of neurosteroid levels during OGTT etc.

Realizace projektu má sloužit jako zdroj široké škály informací anamnestických, klinických, metabolických i genetických u diabetiků, ale i jejich normoglykemických potomků a kontrol, jejichž analýza přispěje k lepšímu pochopení patogeneze DM2, gestačníhodiabetu, příp. metabolického syndromu. Velikost souborů a zejména velice detailní charakterizace probandů nám umožňuje reagovat na aktuální výsledky celogenomových scanů z čipových technologií. Jejich výsledky je totiž třeba potvrzovat na jiných etnikách a hledat širší patofyziologické souvislosti mezi detekovanými genetickými variantami a fenotypickými projevy, případně studovat interakce s vnějšími faktory apod.. Proto klademe důraz na důkladnou charakterizaci jedinců a snažíme se o jejich semilongitudinální sledování ? takový soubor je cenný a může být i součástí mezinárodních projektů. Navrhovaný projekt může přinést i řadu zcela originálních výsledků, např. co se týče variability CNVs, či zhodnocení neurosteroidů během OGTT apod.

• MeSH
• Genome-Wide Association Study MeSH
• Diabetes Mellitus, Type 2 genetics   physiopathology   MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Diabetes, Gestational genetics   physiopathology   MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• diabetologie
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Keywords
• Hematologie, Učebnice,
• MeSH
• Hematology MeSH
• Publication type
• Textbook MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• hematologie a transfuzní lékařství
• vnitřní lékařství

HNF1B is a transcription factor which plays a key role in ontogenesis and regulates the expression of numerous genes involved in cell cycle modulation. Epigenetic changes and mutations of HNF1B (TCF2) are involved in the tumorigenesis of certain tumors. Immuno-histochemically, these changes can be associated with the loss or overexpression of the HNF1B protein. The protein exists in several isoforms, whose number and precise characterization are presently not exactly known. Genome-wide association studies have found an association of certain single nucleotide polymorphisms with an increased or conversely decreased incidence of certain solid tumors, such as carcinomas of the prostate and endometrium. However, overall knowledge of the epigenetic and genetic changes of HNF1B and their relation to neoplasms is very limited. In our work we want to build on our previous project focused on the problematics of HNF-1B in female genital tract tumors, and extend the analysis to other types of solid tumors of this and other areas, in which HNF1B involvement in carcinogenesis can be expected.

HNF-1B je transkripční faktor, který hraje klíčovou roli při ontogenezi a reguluje expresi četných genů podílejících se na modulaci buněčného cyklu. Epigenetické změny a mutace HNF-1B (TCF2) se podílí na vzniku některých nádorů a na imunohistochemické úrovni se tyto změny mohou projevit ztrátou nebo zvýšenou expresí proteinu HNF-1ß. Protein se vyskytuje ve více izoformách, jejichž počet a přesná charakterizace však v současné době nejsou přesně známé. Celogenomové asociační studie prokázaly souvislost některých jednonukleotidových polymorfismů se zvýšenou či naopak sníženou incidencí některých solidních nádorů, jako jsou například karcinomy prostaty a endometria. Celkové znalosti týkající se epigenetických a zejména genetických změn HNF1B a jejich vztahu k nádorovým onemocněním jsou však velmi limitované. V naší práci chceme navázat na náš předchozí projekt zabývající se problematikou HNF1B u nádorů ženského genitálu a rozšířit analýzu na další typy solidních epitelových nádorů této a jiných oblastí, u kterých lze účast HNF1B v procesu karcinogeneze očekávat.

• MeSH
• Epigenesis, Genetic MeSH
• Gene Expression MeSH
• Hepatocyte Nuclear Factor 1-beta genetics   MeSH
• Immunohistochemistry methods   MeSH
• Humans MeSH
• Neoplasms genetics   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The project is aimed at studying genetic component of selected complications of pregnancy that are associated with hyperhomocysteinemia. We will employ linkage and linkage disequilibrium approach for analyzing 10 genes involved in homocysteine metabolismWe will colect genomic DNA samples from following number of patients and - 5 family members of each patient: - 150 with preeclampsia, - 300 with orofacial clefts and - 150 with neural tube defects. We will also analyze - 30 families with multiple patientWe will analyze total of - 20- 50 loci in the 10 genes in each of the projected 4, 000 individual genomic DNA samples using mostly single nucleotide polymorphisms and DNA microarray technology. The linkage and linkage disequilibirum analyzes will be usedto determined whether the selected allelic variants, and whether any of the studied genes are associated with preeclampsia, neural tube defects and orofacial clefts.

Projekt je zaměřený na studium genetických faktorů u vybraných komplikací těhotenství, které jsou provázené hyperhomocysteinemií. V projektu budeme analyzovat 10 genů zodpovědných za metabolismus homocysteinu metodami vazebné analýzy. Od každého pacientaa jeho -5 rodinných příslušníků zajistíme vzorky genomové DNA takto. 150 žen s preeklampsií, 300 pacientů s orofaciálním rozštěpem a 150 pacientů s defektem neurální trubice. Dále vyšetříme - 30 rodin s několika postiženými jedinci. V 10 genech budeme ukaždého z očekávaného počtu 4000 jedinců vyšetřovat - 20-50 markerů a polymorfismů, většinou budeme analyzovat bodové polymorfismy a využijeme techniku DNA čipu. Získaná data vyhodnotíme technikami vazebné analýzy a analýzy vazebné nerovnováhy, cílem analýz bude zjistit, zda se vyšetřované geny a jejich alelické varianty podílejí na vzniku preeklampsie, rozštěpů nervové trubice a orofaciálních rozštěpů.

• MeSH
• Neural Tube Defects MeSH
• Genetic Linkage MeSH
• Hyperhomocysteinemia MeSH
• Pregnancy Complications MeSH
• Pre-Eclampsia MeSH
• Cleft Palate MeSH
• Cleft Lip MeSH

• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• gynekologie a porodnictví
• gynekologie a porodnictví
• pediatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• Neoplasms, Experimental MeSH
• Clinical Laboratory Techniques MeSH
• Clinical Trials as Topic MeSH
• Medical Oncology MeSH
• Publication type
• Collected Work MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie

Germline mutations in susceptibility genes predispose to approx. 10% of all breast cancer (BC) cases, but genetic factors cause much higher fraction of all BC cases. Recently, many rare single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in genome-wide association studies (GWAS). These SNPs each account for a very low of risk, but when many risk variants are considered collectively, their predictive power is much greater. A combination of particular SNPs in an individual lead to their cumulative effect increasing the BC risk. Genotyping of these loci enables a calculation of polygenic risk score (PRS) for modification and individualization BC risk estimates. We will evaluate of a clinical utility of PRS for a stratification of BC risk in healthy carriers of mutation in predisposition genes, which could facilitate to assess a proper management and timing of preventive steps decreasing the BC risk. Another result is an estimation of a clinical value of PRS determination as an independent factor influencing risk of BC development in general population of women in the Czech Republic.

Zárodečné mutace v predispozičních genech se podílejí na vzniku přibližně 10% všech karcinomů prsu, ale podíl genetických faktorů na vzniku onemocnění je vyšší. V posledních letech byla díky celogenomovým asociačním (GWAS) studiím identifikována skupina častých jednonukleotidových polymorfismů (SNPs), které individuálně velmi málo, avšak signifikantně, modifikují riziko vzniku karcinomu prsu. Výskyt konkrétních SNP u jedince vede k jejich aditivnímu účinku na riziko vzniku karcinomu prsu. Genotypizace polymorfních lokusů umožňuje riziko onemocnění kvantifikovat a na základě tzv. skóre polygenního rizika (PRS) stratifikovat. Výsledkem studie bude zhodnocení klinického využití stanovení PRS pro stratifikaci rizika vzniku karcinomu prsu u nosiček mutací v predispozičních genech bez nádorového onemocnění, které by umožnilo určení vhodného postupu a načasování preventivních opatření snižujících riziko vzniku onemocnění. Sekundárním cílem je zhodnocení výpovědní hodnoty stanovení PRS jako nezávislého faktoru ovlivňujícího riziko vzniku karcinomu prsu v obecné populaci žen v ČR.

• Keywords
• breast cancer, karcinom prsu, stratifikace rizika, risk stratification, PRS-polygenic risk score, PRS-polygenic risk score,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Human Reproductive and Prenatal Genetics covers the field of human reproductive and prenatal genetics and presents the latest material from a detailed molecular, cellular and translational perspective. This book aims to be among the largest and most useful references available. Considering its timeliness and potential international impact, this all-inclusive and authoritative work is ideal for researchers, students, and clinicians worldwide.

• MeSH
• Reproductive Techniques, Assisted MeSH
• Gametogenesis genetics   MeSH
• Infertility MeSH
• Genitalia embryology   MeSH
• Preimplantation Diagnosis methods   MeSH
• Publication type
• Handbook MeSH

• Conspectus
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• reprodukční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• embryologie a teratologie
• NML Publication type
• kolektivní monografie