• MeSH
• Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis MeSH
• Fusion Proteins, bcr-abl MeSH
• Drug Resistance, Neoplasm MeSH
• Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive diagnosis   MeSH
• DNA Fingerprinting MeSH
• Epigenesis, Genetic MeSH
• Imatinib Mesylate MeSH
• Precision Medicine MeSH
• DNA Methylation MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Predictive Value of Tests MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

We will create unique DNA and DNA methylation fingerprints in CML patients in different stages of the disease and responses to TKIs using AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Cluster analysis and analysis of principal components will divide patients to groups based on genetic and epigenetic background. We will evaluate the concordance of such clustering with data obtained from routine monitoring of known markers indicating prognosis and response to treatment in CML. AFLP profiling enables to identify new targets in DNA for new prognostic and diagnostic markers development. Project will enable to validate analyses (mutation detection in BCR-ABL kinase domain by HRM prescreening, WT1 and its main splicing variants gene expression, gene expression of imatinib influx and efflux transporters, the phosphorylation level of important proteins), which have been developed in our project IGA MZCR NR/8758-3 (2006-2008) “Early markers of resistance to imatinib in chronic myeloid leukemia“.

Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, exprese genů přenašečů imatinibu, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.

Doba řešení: 2010-2015

Obsahuje literaturu