Severe childhood epilepsies are extremely heterogenous disorders. As much as 30% is monogenic and further 30% are supposed to be polygenic in origin. The project is a continuation of our previous successful grant AZV 15-33041, in which we implemented a massively parallel sequencing (MPS) gene panel for patients with epilepsy into clinical practice. We showed that MPS gene panel is able to explain the cause of the disease in 30% of patients. However, in the remaining patients, there should be further testing, namely by whole-exome (WES), whole-genome (WGS) and long read sequencing (LRS). We plan to examine about 200 of already selected patients with undiagnosed genetic cause of severe epilepsy by WES. In those patients in which WES is not able to explain the genetic cause, about 40 patients will be further selected for WGS and even for LRS. The focus of the project will be on the advanced data analysis with combined omics tools. We expect to obtain important clinical (better care) and scientific results (novel variants, novel gene-disease associations, new disease mechanisms).

Závažné dětské epilepsie jsou heterogenní skupinou onemocnění, velká část má genetický původ. Až 30% je monogenně podmíněných a u dalších asi 30% jde o polygenní dědičnost. Navrhovaný projekt je pokračováním úspěšného grantu AZV 15-33041, v rámci kterého jsme zavedli do praxe masivně paralelní sekvenování (MPS) panelem genů pro pacienty s epilepsií. Toto vyšetření objasnilo příčinu nemoci asi u 30% z nich. Ale pro dvě třetiny pacientů, u kterých MPS panelu genů neobjasnilo příčinu obtíží, je žádoucí doplnit další vyšetření - a to celoexomové (WES), celogenomové sekvenování (WGS) a long read sequencing (LRS). V projektu proto plánujeme vyšetřit asi 200 již vybraných pacientů s neobjasněnou příčinou epilepsie pomocí WES, a následně bude ze skupiny exom negativních pacientů vybráno asi 40, u kterých provedeme a vyhodnotíme WGS, u části také LRS. Důraz je kladen zejména na pokročilou analýzu dat s využitím kombinace omických nástrojů. Očekáváme, že získáme důležité výsledky - jak klinicky (lepší péče), tak vědecky (nové varianty, nové asociace gen-nemoc, nové mechanizmy) a publikačně.

Epilepsy genetics: To solve unsolvable cases with combined OMICs tools

Doba řešení: 2020-2023

Obsahuje literaturu