Cíl: Klonální analýza metodou multilokusové sekvenční typizace (MLST) rozsáhlého souboru kmenů Haemophilus influenzae izolovaných z invazivního i neinvazivního onemocnění v České republice v letech 2001–2009. Materiál a metody: Metodou MLST bylo testováno 207 kmenů H. influenzae, z toho bylo 153 H. influenzae b (Hib), 2 H. influenzae e, 2 H. influenzae f a 50 neopouzdřených H. influenzae (HiNT). Výsledky: Při charakterizaci 153 Hib bylo zjištěno, že 73 % kmenů vykazuje sekvenční typ (ST) ST-6 a 15 % příbuzný ST-83. Další sekvenční typy byly zjištěny jen ojediněle (ST-92, ST-95, ST-108, ST-190, ST-326). Bylo zjištěno 5 nových ST (ST-663 až ST-667). Všechny ST zjištěné u Hib náležely do klonálního komplexu cc6. Metodou MLST bylo testováno 12 kmenů izolovaných z klinického materiálu u skutečného selhání Hib vakcíny: 9 kmenů vykazovalo ST-6, 2 kmeny ST-83 a jeden kmen ST-190. Izoláty H. influenzae e vykazovaly ST-18 a izoláty H. influenzae f vykazovaly ST-124. Jeden kmen HiNT izolovaný z likvoru vykazoval ST-6 typický pro Hib. U tohoto kmenu se zřejmě jedná o Hib, který ztratil schopnost tvořit pouzdro. Charakterizace dalších 49 testovaných kmenů HiNT vykazovalo 37 různých ST, nejčastěji zastoupený byl ST-276 (4 kmeny), ST-556 (3 kmeny), další ST se vyskytovaly jen ojediněle. Bylo zjištěno 9 nových ST (ST-668 až ST-676). Sekvenční typy H. influenzae non-b jsou heterogenní a nenáleží do klonálního komplexu cc6. Závěr: Populace českých izolátů Hib je velmi homogenní a všech 12 zjištěných ST náleží do jediného klonálního komplexu cc6. Sekvenční typ ST-6 je u Hib centrálním genotypem komplexu definovaného pomocí MLST a lze ho nazvat klonálním komplexem cc6. Zjištěné příbuzné varianty centrálního ST-6 jsou jednolokusovými variantami v rámci komplexu cc6 (ST-83, ST-92, ST-95, ST-108, ST-190, ST-326, ST-663 až ST-667). U všech případů selhání vakcíny byl zjištěn klonální komplex cc6. Populace H. influenzae non-b je velmi heterogenní a žádný z 39 zjištěných ST nenáleží do klonálního komplexu cc6.

Objective: Multilocus sequence typing (MLST)-based clonal analysis of a large set of Haemophilus influenzae strains isolated from both invasive and non-invasive cases in the Czech Republic in 2001–2009. Material and methods: A total of 207 H. influenzae strains, i. e. 153 H. influenzae b (Hib) strains, 2 H. influenzae e strains, 2 H. influenzae f strains and 50 non-capsulated H. influenzae (HiNT) strains, were tested by the MLST method. Results: MLST classified 73% of 153 Hib strains to sequence type (ST) ST-6 and 15% of them to related ST-83. Other sequence types were uncommon (ST-92, ST-95, ST-108, ST-190 and ST-326). Five new STs were found (ST-663 to ST-667). All STs observed in Hib strains belonged to clonal complex cc6. Of 12 strains isolated from clinical specimens of actual Hib vaccine failure cases, nine were classified by MLST into ST-6, two into ST-83 and one into ST-190. The H. influenzae type e isolates were of ST-18 while H. influenzae type f isolates belonged to ST-124. A HiNT strain isolated from the cerebrospinal fluid was of ST-6, typical of Hib, and may be a Hib strain that lost the capsule-forming ability. Characterization of other 49 HiNT strains revealed 37 different STs, with ST-276 being the most common (4 strains), followed by ST-556 (3 strains); other STs were only found sporadically. Nine new STs were identified (ST-668 to ST-676). STs of H. influenzae non-b are heterogeneous and do not belong to complex cc6. Conclusion: The population of the Czech Hib isolates is highly homogeneous and all 12 STs detected are members of the same clonal complex, cc6. ST-6 is the central genotype in Hib strains of MLST complex cc6. The detected ST-6 single-locus variants are from clonal complex cc6 (ST-83, ST-92, ST-95, ST-108, ST-190, ST-326, ST-663 to ST-667). Clonal complex cc6 was found in all vaccine failure cases. The population of H. influenzae non-b is highly heterogeneous and none of the 39 STs found matches clonal complex cc6.

Národní referenční laboratoř pro hemofilové nákazy Oddělení vzdušných bakteriálních nákaz Státní zdravotní ústav Praha

Sequence characterization of Haemophilus influenzae isolates in the Czech Republic in 2001–2009

Lit.: 23