Cíl: Zhodnotit různé segmentační programy pro segmentováníjater z MR snímků. Metodika: U sedmi zdravých dobrovolnic (průměrný věk 38,2± 5,5 let, BMI = 28, 6 ± 8,3 kg/m2) bez známého jaterního čicholestatického onemocnění byla provedena tři MR vyšetření - před zahájenímhladovění, po 48 hodinách hladovění a po následné dvoudenní sacharidovérealimentaci. Játra byla segmentována sedmi (polo)automatickými metodami vprogramech 3D Slicer, LiverLab, ITK-SNAP, Myrian a MedSeg a porovnána vůčireferenční manuální segmentaci. Výsledky: Všechny použité metody pro stanovení objemu jater prokázaly dobroupřesnost. Vnitrotřídní koeficienty konzistence i shody byly nad 0,95.Nejlepšího variačního koeficientu (CV) dosáhla segmentace modulemTotalSegmentator z nabídky programu 3D Slicer. Modul TotalSegmentator dosáhl inejlepší přesnosti v rámci individuálního hodnocení efektu dietní intervence,kde byl průměrný CV pod 10 % (ostatní metody měly CV mezi 10-20 %). Závěr: Program 3D Slicer lze považovat za nejlepší zevšech testovaných programů pro segmentace jater z MR snímků z hlediskadostupnosti, přesnosti a rychlosti. V základních úkonech, jako je segmentaceorgánů, dokáže konkurovat i komerčnímu programu. Lze s ním s dobrou přesnostísledovat i změny objemu jater při krátkodobých dietních intervencích.

Aim: To evaluate various segmentation software for liver segmentation from MR images. Method: Three MR examinations were performed on seven healthy volunteers (average age 38.2 ± 5.5 years, BMI = 28.6 ± 8.3 kg/m2 ) without known liver or cholestatic diseases – before initiating fasting, after 48 hours of fasting, and after subsequent two-day carbohydrate realimentation. The livers were segmented using seven (semi)automatic methods of software 3D Slicer, LiverLab, ITK- SNAP, Myrian and MedSeg and compared to the reference manual segmentation. Results: All methods used for liver volume determination showed good accuracy. Intraclass coefficients of consistency and agreement were above 0.95. The TotalSegmentator module in the 3D Slicer program achieved the best coefficient of variation (CV), and also demon- strated the highest accuracy in the individual assessment of the dietary intervention effect, with an average CV below 10% (other methods ranged from 10–20%)

Centrum experimentální medicíny Institut klinické a experimentální medicíny Praha

Oddělení výpočetní tomografie magnetické rezonance a klinické a experimentální spektroskopie Pracoviště zobrazovacích metod Institut klinické a experimentální medicíny Praha

Ústav patofyziologie 3 LF UK Praha

Accuracy and efficiency of semi- automatic segmentation programs for liver volume determination from MR images

Citace poskytuje Crossref.org

Literatura