The increasing interest in exploring the human genome and identifying genetic risk factors contributing to the susceptibility to and outcome of diseases has supported the rapid development of genome-wide techniques. However, the large amount of obtained data requires extensive bioinformatics analysis. In this work, we established an approach combining amplified fragment length polymorphism (AFLP), AFLP in silico and next generation sequencing (NGS) methods to map the malignant genome of patients with chronic myeloid leukemia. We compared the unique DNA fingerprints of patients generated by the AFLP technique approach with those of healthy donors to identify AFLP markers associated with the disease and/or the response to treatment with imatinib, a tyrosine kinase inhibitor. Among the statistically significant AFLP markers selected for NGS analysis and virtual fingerprinting, we identified the sequences of three fragments in the region of DNA repeat element OldhAT1, LINE L1M7, LTR MER90, and satellite ALR/Alpha among repetitive elements, which may indicate a role of these non-coding repetitive sequences in hematological malignancy. SNPs leading to the presence/absence of these fragments were confirmed by Sanger sequencing. When evaluating the results of AFLP analysis for some fragments, we faced the frequently discussed size homoplasy, resulting in co-migration of non-identical AFLP fragments that may originate from an insertion/deletion, SNP, somatic mutation anywhere in the genome, or combination thereof. The AFLP-AFLP in silico-NGS procedure represents a smart alternative to microarrays and relatively expensive and bioinformatically challenging whole-genome sequencing to detect the association of variable regions of the human genome with diseases.

• MeSH
• analýza polymorfismu délky amplifikovaných restrikčních fragmentů metody   MeSH
• chronická myeloidní leukemie farmakoterapie   genetika   MeSH
• DNA fingerprinting metody   MeSH
• DNA nádorová genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• genom lidský MeSH
• imatinib mesylát terapeutické užití   MeSH
• inhibitory proteinkinas terapeutické užití   MeSH
• kohortové studie MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• počítačová simulace MeSH
• protinádorové látky terapeutické užití   MeSH
• repetitivní sekvence nukleových kyselin * MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Názvy látek
• DNA nádorová MeSH
• imatinib mesylát MeSH
• inhibitory proteinkinas MeSH
• protinádorové látky MeSH