Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.; The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

Activity of novel compounds against Burkholderia cenocepacia: a study of genome and transcriptome in respect to bacterial evolution in the human host

Doba řešení: 2015-2018

Obsahuje literaturu