The proposed one health approach project is the sentinel testing survey of the occurrence of Enterobacteriaceae with plasmid-mediated transferable resistance to colistin ( a reserve antibiotic used in human medicine but also in the veterinary sector) in hospitalised patients and travellers, livestock, retail meat and in the environment.

Projekt je sentinelovou studií zaměřenou na vyhledávání Enterobacteriaceae s přenositelnou na plazmid vázanou rezistencí ke kolistinu (rezervnímu antibiotiku v humánní medicíně avšak antibiotiku používaném i ve veterinárním sektoru) u hospitalizovaných pacientů a cestovatelů, potravinových zvířat a jejich mase a v prostředí.

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• Enterobacteriaceae účinky léků   MeSH
• kolistin MeSH
• plazmidy MeSH
• sentinelová surveillance MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• epidemiologie
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Growing incidence of Gram-negative bacteria resistant to drugs of last resort, carbapenems and colistin, represents one of the major issues of current medicine. Until recently, these bacteria were associated mainly with hospitalized patients, however, their spreading among animals and in the environment is being increasingly reported over last years. The project is focused on the evaluation of sources and transmission pathways of Enterobacteriace carrying plasmid-mediated genes for resistance to colistin and carbapenems in humans, food-producing animals, food, the environment and wildlife in the Czech Republic. Selective cultivation of resistant isolates will be followed by complex molecular-epidemiological typing, whole-genome sequencing and comparative plasmid analysis. The role of food chain and the environment as secondary reservoirs of clinically relevant resistance mechanisms and risks for public health will be determined. Factors favouring their selection and maintenance in human and non-human sources will be evaluated, and interventions to limit their spread will be proposed.

Rostoucí incidence gramnegativních bakterií rezistentních k antibiotikům poslední volby, karbapenemům a kolistinu, představuje jeden z nejzávažnějších problémů současné medicíny. Do nedávna byly tyto rezistentní bakterie nacházeny zejména u hospitalizovaných pacientů, v posledních letech je však pozorováno jejich šíření mezi zvířaty a v prostředí. Projekt je zaměřen na sledování zdrojů a cest šíření plazmidově kódované rezistence ke karbapenemům a kolistinu u Enterobacteriaceae z člověka, potravinových zvířat, potravin, prostředí a volně žijících živočichů v České republice. Selektivní kultivace rezistentních izolátů bude doplněna komplexní molekulárně-epidemiologickou typizací, celogenomovým sekvenováním a komparativní analýzou plazmidů. Bude zhodnocen význam potravinového řetězce a prostředí jako sekundárních zdrojů bakterií s klinicky významnými mechanizmy rezistence a rizika pro veřejné zdraví. Budou studovány faktory přispívající k jejich selekci a udržování v humánních i nehumánních zdrojích a navržena opatření k omezení jejich šíření.

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bioznečištění MeSH
• Enterobacteriaceae účinky léků   MeSH
• karbapenemy MeSH
• kolistin MeSH
• One Health MeSH
• plazmidy MeSH
• rizikové faktory MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• environmentální vědy
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Vancomycin-resistant enterococci (VRE) pose a serious problem in medicine but are also encountered in some domestic animals (especially the chicken). Our recent findings have shown that these enterococci get into the environment and colonize synanthropic wild birds. The extent of colonization, sources and ways of the spread of VRE will be studied by this project in a defined area of Central Moravia over at least three years. Isolates obtained from humans, foods, animals and the environment will be characterized by phenotypic properties and DNA analyses. The measure will be proposed to prevent the spread of VRE in humans, foods, animals and the environment. The project also includes the analysis of the occurrence of antibiotics and heavy metals in wastewater and surface water.

Vankomycin-rezistentní enterokoky (VRE) představují významný medicínský problém, s jejich výskytem se ale setkáváme také u některých domácích zvířat (zejména kur domácí). Podle našich recentních poznatků se tyto enterokoky dostávají také do přírodního prostředí a kolonizují synantropní volně žijící ptáky. Rozsah kolonizace, zdroje a cesty šíření VRE budou studovány v rámci tohoto projektu v definované oblasti střední Moravy v minimálně tříleté časové perspektivě. Jednotlivé izoláty z lidí, potravin, zvířat a prostředí budou charakterizovány fenotypovými vlastnostmi a analýzami DNA. Budou navržena opatření k zamezení šíření VRE v humánní populaci, potravinách, u zvířat a v prostředí. Projekt také zahrnuje analýzu výskytu reziduí antibiotik a těžkých kovů v odpadních a povrchových vodách.

• MeSH
• cesta šíření infekce MeSH
• enterokoky rezistentní vůči vankomycinu MeSH
• epidemiologické monitorování MeSH
• fenotyp MeSH
• monitorování životního prostředí MeSH
• One Health MeSH
• rezistence na vankomycin MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• vystavení vlivu životního prostředí MeSH
• znečištění životního prostředí MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• epidemiologie
• environmentální vědy
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) is the causative agent of syphilis. More than 10 million of new syphilis cases are diagnosed annually. Two different typing systems were established for molecular characterization of TPA clinical isolates, however, their typing efficiency and discriminatory power was found to be highly variable. The aim of this project is to develop a new, highly effective molecular typing scheme preferentially targeting sequences encoding proteome differences, since they can be the cause of different clinical manifestation. The discrimination power of the new typing system will be assessed on genetically diverse clinical isolates and strains of different geographical origin. The knowledge of genetic differences of contemporary syphilis strains is essential due to continuing efforts of syphilis vaccine development. The new typing scheme will be applied on clinical samples from Czech Republic to obtain the information about variability and number of particular genotypes in the Czech Republic. Molecular data will be correlated with epidemiological data.

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je původcem venerického onemocnění syfilis. Celosvětově je ročně diagnostikováno přes 10 milionů nových případů syfilis. S rozvojem genomiky došlo k vývoji dvou molekulárně-typizačních systémů pro charakterizaci klinických kmenů TPA, avšak jejich účinnost typování a rozlišovací schopnost značně kolísá. Cílem tohoto projektu je vytvořit nový, vysoce spolehlivý a účinný molekulární typovací systém, zaměřený na sekvence kódující proteomické rozdíly mezi TPA kmeny, které mohou být důvodem rozdílné klinické manifestace. Rozlišovací schopnost typovacího systému bude testována na geneticky odlišných klinických izolátech a vzorcích pocházejících z různých míst světa. Znalost genetické podstaty současných klinických kmenů TPA je zásadní i z hlediska pokračujících snah o vývoj vakcíny proti syfilis. Aplikace nového typovacího systému na klinické kmeny z České republiky přinese informace o odlišnosti a zastoupení jednotlivých genotypů TPA na našem území. Molekulární data budou korelována s dostupnými epidemiologickými údaji.

• MeSH
• lidé MeSH
• molekulární typizace metody   MeSH
• proteomika MeSH
• syfilis diagnóza   genetika   mikrobiologie   MeSH
• Treponema pallidum genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• bakteriologie
• dermatovenerologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The etiopathogenesis of ulcerative colitis (UC) is not fully understood. One of the theories of UC pathogenesis represents a pathological response of mucosal immunity to intestinal microbiota. Potential therapeutic procedure how to affect this fact is the faecal bacteriotherapy (FB). Review of the literature on FB suggests great potential as the treatment for UC, but no prospective controlled study has been published yet and published data are controversial. The first objective of the project is to compare the administration of FB enema with mesalazine enema for inducing remission in patients with active left-sided UC in the form of a prospective, randomized, controlled study. The second objective is to observe changes in the intestinal microbiota during and after FB focusing on bacterial DNA sequencing to identify the bacterial species which are responsible for the effect of the FB.

Etiopatogeneze ulcerózní kolitidy (UC) není dosud plně objasněna. Jednou z teorií vzniku UC představuje patologická reakce slizniční imunity na střevní mikrobiální flóru. Možným terapeutickým postupem jak tuto skutečnost ovlivnit je aplikace fekální bacterioterapie (FB). Publikovaná data o FB naznačují velký potenciál při léčbě UC, ale zatím nebyla publikována žádná prospektivní kontrolovaná studie na toto téma a dosud publikované výsledky jsou rozporuplné. Prvním cílem projektu je srovnat podávání klyzmatu FB s klyzmatem mesalazinu k navození remise u pacientů s aktivní levostrannou UC ve formě prospektivní, randomizované a kontrolované studie. Druhým cílem je pozorování změn střevní mikroflóry během a po FB se zaměřením na sekvenaci bakteriální DNA k identifikaci bakteriálních druhů, které jsou zodpovědné za efekt FB.

• MeSH
• DNA bakterií MeSH
• fekální transplantace metody   MeSH
• indukce remise MeSH
• klyzma MeSH
• lidé MeSH
• mesalamin terapeutické užití   MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• ulcerózní kolitida mikrobiologie   terapie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• hodnocení ekvivalence MeSH
• srovnávací studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Bakteriální perzistence vůči antibiotikům znamená odolnost malé části bakteriální populace vůči účinkům antibiotik. Od bakteriální rezistence se liší tím, že není podmíněna přítomností genů rezistence, ale vzniká v bakteriální populaci spontánně nebo indukovaně. Ambicí přehledné monografie je poskytnout základní informace o fenoménu bakteriální perzistence vůči antibiotikům zejména mikrobiologům, infekcionistům, ale i jiným odborníkům, kteří používají antimikrobiální látky.

• Klíčová slova
• Ostatní lékařské obory,
• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• bakteriální infekce farmakoterapie   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH

• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• bakteriologie

Publikace přináší přehled základních informací o bakteriální perzistenci vůči antibiotikům. Určeno odborné veřejnosti.

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• bakteriální infekce farmakoterapie   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• bakteriologie

• MeSH
• mikrobiologické jevy * MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• parazitologie
• virologie
• bakteriologie

Publikace se zaměřuje na různé mikroorganismy, zejména bakterie. Určeno dětem.

• MeSH
• Bacteria MeSH
• mikrobiologické jevy MeSH
• mikrobiologie životního prostředí MeSH
• přenos infekční nemoci MeSH
• Publikační typ
• knižní ilustrace MeSH
• populární práce MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• Literatura pro děti a mládež (naučná)
• NLK Obory
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• literatura pro děti a mládež

The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• Burkholderia cenocepacia MeSH
• cystická fibróza MeSH
• genom MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia terapie   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• transkriptom MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR