The introduction of next-generation sequencing (NGS) has allowed research of human microbiome. As was demonstrated in studies of the vaginal or gastrointestinal microbiome representation of certain phyla play an irreplaceable role in maintaining of optimal composition of the microbiome. Patients undergoing hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) are at risk of infectious complications, whose source is usually endogenous microbiota. In the late post-transplant period, patients are susceptible to infections caused by encapsulated pathogens as Streptococcus pneumoniae, which is the part of the commensal nasopharyngeal microflora. The change in the composition of nasopharyngeal microflora may contribute to the development of pneumococcal colonization. Using NGS the detailed composition and variability of nasopharyngeal microbiome in patients undergoing HSCT will be studied, as it is composition may be affected in these patients due to repeated exposure to the antibiotic and the absence of certain microbes may contribute to increased susceptibility to pneumococcal infections.

Zavedení metod označovaných jako next-generation sequencing (NGS) umožnilo detailní výzkum lidského mikrobiomu. Jak bylo prokázáno u mikrobiomu vaginálního či gastrointestinálního traktu, zastoupení určitých specifických bakteriálních druhů má nezastupitelnou úlohu v udržování optimálního složení daného mikrobiomu. Pacienti podstupující transplantaci krvetvorných buněk jsou ohroženi infekčními komplikacemi, jejichž zdrojem je obvykle endogenní mikroflóra. V pozdní post-transplantační periodě jsou pacienti vnímaví k infekcím vyvolaných opouzdřenými patogeny, zejména Streptococcus pneumoniae, které jsou součástí komenzální mikroflóry nazofaryngu. Změna ve složení nazofaryngeální mikroflóry může přispět k rozvoji kolonizace pneumokoky a následnému vzniku infekcí. Pomocí NGS bude studováno podrobné složení a variabilita nazofaryngeálního mikrobiomu u pacientů, kteří podstoupili transplantaci krvetvorných buněk, jejíž složení může být u těchto pacientů ovlivněno díky opakované expozici antibiotikům a absence určitých mikrobů může přispívat ke zvýšené vnímavosti k pneumokokovým nákazám.

Variability and composition of nasopharyngeal microbiota in receiving hematopoietic stem cell transplantation

Doba řešení: 2017-2020

Obsahuje literaturu