-
Je něco špatně v tomto záznamu ?
Testování DHPLC analýzy pro detekci mutací u hemofilie A
[Evaluation of DHPLC analysis for mutation detection in haemophilia A]
David Habart, Z. Kleibl, I. Hrachovinová
Jazyk čeština, angličtina Země Česko
Grantová podpora
NM7615
MZ0
CEP - Centrální evidence projektů
- MeSH
- denaturace nukleových kyselin MeSH
- faktor VIII genetika MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hemofilie A genetika MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- vysokoúčinná kapalinová chromatografie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Východisko. Hemofilie A je jednou z nejčastějších vrozených krvácivých poruch. Znalost molekulární příčiny onemocnění je využívána při genetickém poradenství a pomáhá odhadnout riziko závažné komplikace standardní léčby (inhibitor faktoru VIII). Deficit faktoru VIII je způsoben širokým spektrem mutací. Pouze inverze s místy zlomu v intronech 22, respektive 1 se vyskytují častěji. Ostatní mutace je nutno hledat v celém rozsahu 26 exonů kódujících 9 kb mRNA a v přilehlých nekódujících sekvencích. Cílem práce bylo metodicky zajistit urychlení genotypizace hemofilických rodin v České republice využitím analýzy amplikonů jednotlivých exonů genu faktoru VIII pomocí denaturační vysokotlaké kapalinové chromatografie. Metody a výsledky. Citlivost metody jsme ověřovali na panelu vzorků DNA se 49 dříve charakterizovanými různými sekvenčními variantami genu faktoru VIII, celkem ve 21 exonech. Všechny testované sekvenční změny byly snadno detekovány. Testování příbuzných ukázalo velmi dobrou reprodukovatelnost jednotlivých elučních profilů. Navíc se podařilo detekovat kauzální mutace u 4 z 5 zjevně nepříbuzných hemofilických rodin, u kterých nebyla předchozí analýza metodou multiplexní CSGE úspěšná. Závěry. Zavedená metoda významně urychlí genotypizaci rodin s hemofilií A v České republice.
Background. Haemophilia A is one of the most prevalent inherited bleeding disorders. Causal mutations in the factor VIII gene are detected to facilitate the genetic counselling and to estimate the risk of serious complication associated with standard treatment (factor VIII inhibitor). Wide range of mutations located across the entire length of the factor VIII gene underlies the factor VIII deficiency of variable severity. The only two common recurrent mutations in the factor VIII gene are intron 22 and intron 1 inversions. In the remaining cases it is necessary to screen all 26 exons encoding 9kb mRNA together with adjacent nonncoding sequences. In order to speed up genotyping in haemophilia A families in the Czech Republic we evaluated DHPLC-based screening technique. Methods and Results.We tested sensitivity of the analysis on a panel of DNA samples containing 49 different sequence variations distributed over 21 exons. All the genetic alterations were readily detected. Analysis of family members has shown good reproducibility of the respective elution patterns. DHPLC analysis detected mutations in 4 out of 5 samples from apparently unrelated haemophilia patients, where previously applied multiplex CSGE was not successful. Conclusions. Establishing of DHPLC analysis will substantially speed up the genotyping of haemophilia A families in the Czech Republic
Evaluation of DHPLC analysis for mutation detection in haemophilia A
Testování DHPLC analýzy pro detekci mutací u hemofilie A = Evaluation of DHPLC analysis for mutation detection in haemophilia A /
Lit. 25
- 000
- 00000naa a2200000 a 4500
- 001
- bmc06010119
- 003
- CZ-PrNML
- 005
- 20130725102247.0
- 008
- 061005s2006 xr u cze||
- 009
- AR
- 035 __
- $a (PubMed)16836003
- 040 __
- $a ABA008 $b cze $c ABA008 $d ABA008 $e AACR2
- 041 0_
- $a cze $a eng
- 044 __
- $a xr
- 100 1_
- $a Habart, David $4 aut $7 xx0035016
- 245 10
- $a Testování DHPLC analýzy pro detekci mutací u hemofilie A = $b Evaluation of DHPLC analysis for mutation detection in haemophilia A / $c David Habart, Z. Kleibl, I. Hrachovinová
- 246 11
- $a Evaluation of DHPLC analysis for mutation detection in haemophilia A
- 314 __
- $a Ústav hematologie a krevní transfuze, Praha 2, CZ
- 504 __
- $a Lit. 25
- 520 3_
- $a Východisko. Hemofilie A je jednou z nejčastějších vrozených krvácivých poruch. Znalost molekulární příčiny onemocnění je využívána při genetickém poradenství a pomáhá odhadnout riziko závažné komplikace standardní léčby (inhibitor faktoru VIII). Deficit faktoru VIII je způsoben širokým spektrem mutací. Pouze inverze s místy zlomu v intronech 22, respektive 1 se vyskytují častěji. Ostatní mutace je nutno hledat v celém rozsahu 26 exonů kódujících 9 kb mRNA a v přilehlých nekódujících sekvencích. Cílem práce bylo metodicky zajistit urychlení genotypizace hemofilických rodin v České republice využitím analýzy amplikonů jednotlivých exonů genu faktoru VIII pomocí denaturační vysokotlaké kapalinové chromatografie. Metody a výsledky. Citlivost metody jsme ověřovali na panelu vzorků DNA se 49 dříve charakterizovanými různými sekvenčními variantami genu faktoru VIII, celkem ve 21 exonech. Všechny testované sekvenční změny byly snadno detekovány. Testování příbuzných ukázalo velmi dobrou reprodukovatelnost jednotlivých elučních profilů. Navíc se podařilo detekovat kauzální mutace u 4 z 5 zjevně nepříbuzných hemofilických rodin, u kterých nebyla předchozí analýza metodou multiplexní CSGE úspěšná. Závěry. Zavedená metoda významně urychlí genotypizaci rodin s hemofilií A v České republice.
- 520 9_
- $a Background. Haemophilia A is one of the most prevalent inherited bleeding disorders. Causal mutations in the factor VIII gene are detected to facilitate the genetic counselling and to estimate the risk of serious complication associated with standard treatment (factor VIII inhibitor). Wide range of mutations located across the entire length of the factor VIII gene underlies the factor VIII deficiency of variable severity. The only two common recurrent mutations in the factor VIII gene are intron 22 and intron 1 inversions. In the remaining cases it is necessary to screen all 26 exons encoding 9kb mRNA together with adjacent nonncoding sequences. In order to speed up genotyping in haemophilia A families in the Czech Republic we evaluated DHPLC-based screening technique. Methods and Results.We tested sensitivity of the analysis on a panel of DNA samples containing 49 different sequence variations distributed over 21 exons. All the genetic alterations were readily detected. Analysis of family members has shown good reproducibility of the respective elution patterns. DHPLC analysis detected mutations in 4 out of 5 samples from apparently unrelated haemophilia patients, where previously applied multiplex CSGE was not successful. Conclusions. Establishing of DHPLC analysis will substantially speed up the genotyping of haemophilia A families in the Czech Republic
- 650 _2
- $a hemofilie A $x genetika $7 D006467
- 650 _2
- $a mutační analýza DNA $7 D004252
- 650 _2
- $a vysokoúčinná kapalinová chromatografie $7 D002851
- 650 _2
- $a denaturace nukleových kyselin $7 D009691
- 650 _2
- $a polymerázová řetězová reakce $7 D016133
- 650 _2
- $a senzitivita a specificita $7 D012680
- 650 _2
- $a faktor VIII $x genetika $7 D005169
- 650 _2
- $a finanční podpora výzkumu jako téma $7 D012109
- 650 _2
- $a lidé $7 D006801
- 700 1_
- $a Kleibl, Zdeněk, $d 1969- $4 aut $7 jo2003183974
- 700 1_
- $a Hrachovinová, Ingrid $4 aut $7 xx0059976
- 773 0_
- $w MED00010976 $t Časopis lékařů českých $g Roč. 145, č. 6 (2006), s. 484-487 $x 0008-7335
- 856 41
- $y plný text volně přístupný $u https://www.prolekare.cz/casopisy/casopis-lekaru-ceskych/2006-6/testovani-dhplc-analyzy-pro-detekci-mutaci-u-hemofilie-a-3100
- 910 __
- $a ABA008 $b B 1 $c 1068 $y 0
- 913 __
- $a CZ $b NH7615 Česko. Ministerstvo zdravotnictví. Interní grantová agentura
- 990 __
- $a 20061011 $b ABA008
- 991 __
- $a 20130725102738 $b ABA008
- BAS __
- $a 3
- BMC __
- $a 2006 $b Roč. 145 $c č. 6 $d s. 484-487 $i 0008-7335 $m Časopis lékařů českých $x MED00010976
- GRA __
- $a NM7615 $p MZ0
- LZP __
- $b přidání abstraktu