-
Je něco špatně v tomto záznamu ?
A microarray for screening the variability of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer in Pseudomonas syringae
O. Lenz, P. Beran, J. Fousek, I. Mráz,
Jazyk angličtina Země Nizozemsko
Typ dokumentu hodnotící studie, časopisecké články, práce podpořená grantem
- MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- fylogeneze MeSH
- genetická variace MeSH
- mezerníky ribozomální DNA genetika MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- nemoci rostlin mikrobiologie MeSH
- Pseudomonas syringae klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- RNA ribozomální 23S genetika MeSH
- rostliny mikrobiologie MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody MeSH
- sekvenční seřazení MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
The 16S-23S ribosomal internal transcribed spacer (ITS1) is often used as a subspecies or strain-specific molecular marker for various kinds of bacteria. However, the presence of different copies of ITS1 within a single genome has been reported. Such mosaicism may influence correct typing of many bacteria and therefore knowledge about exact configuration of this region in a particular genome is essential. In order to screen the variability of ITS1 among and within Pseudomonas syringae genomes, an oligonucleotide microarray targeting different configurations of ITS1 was developed. The microarray revealed seven distinct variants in 13 pathovars tested and detected mosaicism within the genomes of P. syringae pv. coronafaciens, pisi, syringae and tabaci. In addition, the findings presented here challenge the using of rRNA analysis for pathovar and strain determination.
Citace poskytuje Crossref.org
- 000
- 00000naa a2200000 a 4500
- 001
- bmc12025717
- 003
- CZ-PrNML
- 005
- 20121207125912.0
- 007
- ta
- 008
- 120817e20100512ne f 000 0#eng||
- 009
- AR
- 024 7_
- $a 10.1016/j.mimet.2010.05.004 $2 doi
- 035 __
- $a (PubMed)20470837
- 040 __
- $a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2
- 041 0_
- $a eng
- 044 __
- $a ne
- 100 1_
- $a Lenz, O $u Biology Centre of the Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., Institute of Plant Molecular Biology, Branisovská 31/1160, 370 05 Ceské Budejovice, Czech Republic. lenz@umbr.cas.cz
- 245 12
- $a A microarray for screening the variability of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer in Pseudomonas syringae / $c O. Lenz, P. Beran, J. Fousek, I. Mráz,
- 520 9_
- $a The 16S-23S ribosomal internal transcribed spacer (ITS1) is often used as a subspecies or strain-specific molecular marker for various kinds of bacteria. However, the presence of different copies of ITS1 within a single genome has been reported. Such mosaicism may influence correct typing of many bacteria and therefore knowledge about exact configuration of this region in a particular genome is essential. In order to screen the variability of ITS1 among and within Pseudomonas syringae genomes, an oligonucleotide microarray targeting different configurations of ITS1 was developed. The microarray revealed seven distinct variants in 13 pathovars tested and detected mosaicism within the genomes of P. syringae pv. coronafaciens, pisi, syringae and tabaci. In addition, the findings presented here challenge the using of rRNA analysis for pathovar and strain determination.
- 650 _2
- $a techniky typizace bakterií $7 D015373
- 650 _2
- $a sekvence nukleotidů $7 D001483
- 650 _2
- $a DNA bakterií $x genetika $7 D004269
- 650 _2
- $a mezerníky ribozomální DNA $x genetika $7 D021903
- 650 _2
- $a genetická variace $7 D014644
- 650 _2
- $a molekulární sekvence - údaje $7 D008969
- 650 _2
- $a sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů $x metody $7 D020411
- 650 _2
- $a fylogeneze $7 D010802
- 650 _2
- $a nemoci rostlin $x mikrobiologie $7 D010935
- 650 _2
- $a rostliny $x mikrobiologie $7 D010944
- 650 _2
- $a Pseudomonas syringae $x klasifikace $x genetika $x izolace a purifikace $7 D044224
- 650 _2
- $a RNA ribozomální 16S $x genetika $7 D012336
- 650 _2
- $a RNA ribozomální 23S $x genetika $7 D012338
- 650 _2
- $a sekvenční seřazení $7 D016415
- 655 _2
- $a hodnotící studie $7 D023362
- 655 _2
- $a časopisecké články $7 D016428
- 655 _2
- $a práce podpořená grantem $7 D013485
- 700 1_
- $a Beran, P
- 700 1_
- $a Fousek, J
- 700 1_
- $a Mráz, I
- 773 0_
- $w MED00002803 $t Journal of microbiological methods $x 1872-8359 $g Roč. 82, č. 1 (20100512), s. 90-4
- 856 41
- $u https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20470837 $y Pubmed
- 910 __
- $a ABA008 $b sig $c sign $y m
- 990 __
- $a 20120817 $b ABA008
- 991 __
- $a 20121207125946 $b ABA008
- 999 __
- $a ok $b bmc $g 947759 $s 783063
- BAS __
- $a 3
- BAS __
- $a PreBMC
- BMC __
- $a 2010 $b 82 $c 1 $d 90-4 $e 20100512 $i 1872-8359 $m Journal of microbiological methods $n J Microbiol Methods $x MED00002803
- LZP __
- $a Pubmed-20120817/10/03
