NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, detekovala prvé 3 pozitivní případy v ČR 1. 3. 2020, Tyto 3 pozitivní případy byly odeslány ke konfirmaci do EU referenční laboratoře Charité v Berlíně, přesto ještě před oficiální konfirmací pozitivity, byla parciální sekvenací S genu potvrzena pozitivita přímo v la-boratoři. Shodou okolností právě u prvého záchytu jsme dokázali ve spolupráci s SVU Praha získat první českou celogenomovou sekvenci, která byla již 12. 3. 2020 přijata do databáze GISAID. Kmen se zařadil do skupiny „clade“ G, stejně jako další dva osekvenované materiály. Do této klády patří nejen většina italských záchytů viru, ale také většina záchytů z Evropy. Další 2 celogenomové sekvence byly získány v Charité a lze řící, že vyjma několika krátkých úseků, kde je čtení pro Oxford Nanopore technologii obtížné, jsou všechny 3 sekvence shodné, přestože se jedná o 3 nezávislé vstupy.Současně byla NRL úspěšná v izolaci 3 kmenů viru na VERO buňkách. V současnosti je v NRL prováděna především přímá laboratorní diagnostika nového pandemického viru SARS-CoV-2, doposud vyšetřila více než 4 000 pacientů.

The National Reference Laboratory for Influenza and Non-Influenza Viral Diseases (NRL) detected the first three COVID-19 cases in the Czech Republic on 1 March 2020. Their results were referred for confirmation to the EU reference laboratory Charité in Berlin. Before obtaining the official results, the NRL confirmed the COVID-19 positivity by partial S gene sequencing. Coincidentally, in collaboration with the State Veterinary Institute Prague, the first Czech whole genome sequence was obtained for the first virus detected and was submitted to the GISAID database on 12 March 2020. The strain was assigned to clade G, similarly to the other two strains sequenced. Clade G groups not only most Italian but also most European strains. The other two whole genome sequences were obtained from Charité. It can be stated that except for short nucleotide motifs, which are difficult to read by the Oxford Nanopore technology, all three sequences are identical although originating from three different inputs.The NRL also successfully isolated three strains of the virus on VERO cells. At present, the NRL performs mainly direct diagnosis of the new pandemic virus SARS-CoV-2. Over 4 000 patients have been tested to date by the NRL.

NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnení CEM SZÚ

NRL pro herpetické viry CEM SZÚ

NRL pro průkaz infekčních agens elektronovou mikroskopií CEM SZÚ

Státní veterinární ústav Praha

SARS-CoV-2 whole genome sequences and live virus cultures from the first Czech COVID-19 positive patients