NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, detekovala prvé 3 pozitivní případy v ČR 1. 3. 2020, Tyto 3 pozitivní případy byly odeslány ke konfirmaci do EU referenční laboratoře Charité v Berlíně, přesto ještě před oficiální konfirmací pozitivity, byla parciální sekvenací S genu potvrzena pozitivita přímo v la-boratoři. Shodou okolností právě u prvého záchytu jsme dokázali ve spolupráci s SVU Praha získat první českou celogenomovou sekvenci, která byla již 12. 3. 2020 přijata do databáze GISAID. Kmen se zařadil do skupiny „clade“ G, stejně jako další dva osekvenované materiály. Do této klády patří nejen většina italských záchytů viru, ale také většina záchytů z Evropy. Další 2 celogenomové sekvence byly získány v Charité a lze řící, že vyjma několika krátkých úseků, kde je čtení pro Oxford Nanopore technologii obtížné, jsou všechny 3 sekvence shodné, přestože se jedná o 3 nezávislé vstupy.Současně byla NRL úspěšná v izolaci 3 kmenů viru na VERO buňkách. V současnosti je v NRL prováděna především přímá laboratorní diagnostika nového pandemického viru SARS-CoV-2, doposud vyšetřila více než 4 000 pacientů.
The National Reference Laboratory for Influenza and Non-Influenza Viral Diseases (NRL) detected the first three COVID-19 cases in the Czech Republic on 1 March 2020. Their results were referred for confirmation to the EU reference laboratory Charité in Berlin. Before obtaining the official results, the NRL confirmed the COVID-19 positivity by partial S gene sequencing. Coincidentally, in collaboration with the State Veterinary Institute Prague, the first Czech whole genome sequence was obtained for the first virus detected and was submitted to the GISAID database on 12 March 2020. The strain was assigned to clade G, similarly to the other two strains sequenced. Clade G groups not only most Italian but also most European strains. The other two whole genome sequences were obtained from Charité. It can be stated that except for short nucleotide motifs, which are difficult to read by the Oxford Nanopore technology, all three sequences are identical although originating from three different inputs.The NRL also successfully isolated three strains of the virus on VERO cells. At present, the NRL performs mainly direct diagnosis of the new pandemic virus SARS-CoV-2. Over 4 000 patients have been tested to date by the NRL.
- MeSH
- Betacoronavirus * genetika izolace a purifikace MeSH
- koronavirové infekce diagnóza epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- sekvenování celého genomu * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR. Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy. V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B. Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb. Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir. U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu. Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny. Všechny kmeny se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir, nicméně v některých případech docházelo k selekci oseltamivir-rezistentních N1 subpopulací.
Aim: To perform phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness (ILI). Material and methods: The study set included 34 strains of the A/H1N1pdm influenza virus isolated in the Czech Republic in the epidemic season 2012/2013. The strains were analysed by partial or whole-genome sequencing. The genome segments were compared at the nucleotide and amino acid levels, absolute and percentage sequence identity were determined, and phylogenetic relations were identified. The last steps were the comparison of the H1 molecule with that of the most recent vaccine strain and identification of the genotypic structure and molecular markers linked to the pathogenicity and antiviral resistance. Results: Phylogenetic analysis of the H1 molecule suggested that all 34 A/H1N1pdm isolates from the 2012/2013 season in the Czech Republic should be assigned to H1 group 6 divided into sublineages 6A and 6B. The comparison of the known antigenic regions of the H1 molecule with those in the most recent vaccine strain revealed two stable changes in antigenic regions Sb and Ca1. Furthermore, sporadic mutations were identified in antigenic regions Ca2, Cb, and Sb. Genotyping revealed co-circulation of two related but clearly distiguishable genotypes of A/H1N1pdm. All isolates showed sensitivity to oseltamivir. One strain consisted of two N1 sub-populations, one oseltamivir sensitive and the other oseltamivir resistant, in nearly equimolar proportions. Conclusion: All A/H1N1pdm isolates from the epidemic season 2012/2013 in the Czech Republic formed a phenotypically uniform group. At the nucleotide level, the divergence was relatively more pronounced and H1 sublineages and discrete genotypes were possible to identify. H1 molecules were highly identical to those of the vaccine strain A/California/7/2009 (H1N1) which showed that the current vaccine was protective enough. All strains were sensitive to oseltamivir; however, the selection of oseltamivir resistant N1 subpopulations was observed.
- MeSH
- antivirové látky MeSH
- chřipka lidská * genetika komplikace terapie MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- dospělí MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- molekulární biologie MeSH
- mutace MeSH
- pandemie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- senioři MeSH
- statistika jako téma MeSH
- virová léková rezistence MeSH
- virus chřipky A, podtyp H1N1 * genetika izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Vzteklina, infekční choroba s tisíciletou historií, je i v současné době obávanou zoonózou. Je celosvětově rozšířena a každoroční počet lidských obětí přesahuje 50 000. Původce choroby je neurotropní virus patřící do čeledi Rhabdoviridae, rodu Lyssavirus. Hlavními vektory vztekliny jsou v různých geografických oblastech různé druhy volně žijících i domácích masožravců. Také netopýři včetně upírů hrají důležitou roli v epidemiologii vztekliny. Vzteklina se přenáší kontaminací rány infekční slinou nakaženého zvířete. Nejčastější délka inkubační doby bývá v rozmezí 3–8 týdnů, ale i několik měsíců. Po dosažení CNS se virus v neuronech masivně množí a následně vylučuje ve slinných žlázách. Hlavním vektorem a rezervoárem vztekliny v Evropě je liška obecná. Pomocí orální vakcinace lišek byla vzteklina úspěšně eliminována v zemích západní a střední Evropy. Vysoká incidence přetrvává v Pobaltí, v oblasti východní Evropy a na Balkáně. V ČR byl poslední výskyt vztekliny zaznamenán u lišky v roce 2002 a od roku 2003 je území našeho státu vztekliny terestriálních zvířat prosté. Vzteklina netopýrů se vyskytuje sporadicky. Poslední případ byl registrován v roce 2005.
Rabies - a communicable disease with a thousand year history remains a horrible zoonotic infection presently. Rabies has a global reach and causes 50,000 human deaths yearly. The etiologic agent is a neurotropic virus belonging to the family Rhabdoviridae, genus Lyssavirus. Various species of wild and domestic carnivores are the most important vectors in different geographical regions. Also bats including vampire bats play an important role in rabies epidemiology. Rabies is spread through the contamination of wounds by the infectious saliva of an infected animal. The most common incubation period varies from 3 to 8 weeks, but can be up to several months. The virus multiplies massively in neurons after reaching CNS (central nervous system) and subsequently is excreted by salivary glands. Red fox is the principal vector and reservoir of rabies in Europe. Rabies has been eliminated in many central and western European countries by oral vaccination of foxes. Incidence remains high in the Baltics, nearby eastern countries and some Balkan regions. The last case of fox rabies was registered in the Czech Republic in 2002. The Czech Republic has been rabies free of rabies in terrestrial animals since 2003. Rabies in bats occurres sporadically. The last case was detected in 2005.
- MeSH
- Echinococcus MeSH
- lišky MeSH
- prevalence MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
