-
Je něco špatně v tomto záznamu ?
Fylogenetická a molekulární analýza virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI
[Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness]
Nagy A., Jiřincová H., Havlíčková M., Džupová O., Herrmannová K., Trojánek M., Kynčl J., Blechová Z., Marešová V.
Jazyk čeština Země Česko
Typ dokumentu práce podpořená grantem
Grantová podpora
NT12493
MZ0
CEP - Centrální evidence projektů
Digitální knihovna NLK
Plný text - Část
Číslo
Ročník
Zdroj
Zdroj
NLK
Medline Complete (EBSCOhost)
od 2011-02-01
- MeSH
- antivirové látky MeSH
- chřipka lidská * genetika komplikace terapie MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- dospělí MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- molekulární biologie MeSH
- mutace MeSH
- pandemie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- senioři MeSH
- statistika jako téma MeSH
- virová léková rezistence MeSH
- virus chřipky A, podtyp H1N1 * genetika izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR. Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy. V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B. Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb. Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir. U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu. Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny. Všechny kmeny se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir, nicméně v některých případech docházelo k selekci oseltamivir-rezistentních N1 subpopulací.
Aim: To perform phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness (ILI). Material and methods: The study set included 34 strains of the A/H1N1pdm influenza virus isolated in the Czech Republic in the epidemic season 2012/2013. The strains were analysed by partial or whole-genome sequencing. The genome segments were compared at the nucleotide and amino acid levels, absolute and percentage sequence identity were determined, and phylogenetic relations were identified. The last steps were the comparison of the H1 molecule with that of the most recent vaccine strain and identification of the genotypic structure and molecular markers linked to the pathogenicity and antiviral resistance. Results: Phylogenetic analysis of the H1 molecule suggested that all 34 A/H1N1pdm isolates from the 2012/2013 season in the Czech Republic should be assigned to H1 group 6 divided into sublineages 6A and 6B. The comparison of the known antigenic regions of the H1 molecule with those in the most recent vaccine strain revealed two stable changes in antigenic regions Sb and Ca1. Furthermore, sporadic mutations were identified in antigenic regions Ca2, Cb, and Sb. Genotyping revealed co-circulation of two related but clearly distiguishable genotypes of A/H1N1pdm. All isolates showed sensitivity to oseltamivir. One strain consisted of two N1 sub-populations, one oseltamivir sensitive and the other oseltamivir resistant, in nearly equimolar proportions. Conclusion: All A/H1N1pdm isolates from the epidemic season 2012/2013 in the Czech Republic formed a phenotypically uniform group. At the nucleotide level, the divergence was relatively more pronounced and H1 sublineages and discrete genotypes were possible to identify. H1 molecules were highly identical to those of the vaccine strain A/California/7/2009 (H1N1) which showed that the current vaccine was protective enough. All strains were sensitive to oseltamivir; however, the selection of oseltamivir resistant N1 subpopulations was observed.
2 lékařská fakulta Univerzita Karlova Praha 5Státní veterinární ústav Praha
3 lékařská fakulta Univerzita Karlova Praha
Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní zdravotní ústav Praha
Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness
- 000
- 00000naa a2200000 a 4500
- 001
- bmc14065667
- 003
- CZ-PrNML
- 005
- 20150121143736.0
- 007
- ta
- 008
- 140717s2014 xr d f 000 0|cze||
- 009
- AR
- 040 __
- $a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2
- 041 0_
- $a cze $b eng
- 044 __
- $a xr
- 100 1_
- $a Nagy, Alexander $7 xx0171094 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha; Státní veterinární ústav, Praha
- 245 10
- $a Fylogenetická a molekulární analýza virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI / $c Nagy A., Jiřincová H., Havlíčková M., Džupová O., Herrmannová K., Trojánek M., Kynčl J., Blechová Z., Marešová V.
- 246 31
- $a Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness
- 520 3_
- $a Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR. Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy. V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B. Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb. Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir. U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu. Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny. Všechny kmeny se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir, nicméně v některých případech docházelo k selekci oseltamivir-rezistentních N1 subpopulací.
- 520 9_
- $a Aim: To perform phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness (ILI). Material and methods: The study set included 34 strains of the A/H1N1pdm influenza virus isolated in the Czech Republic in the epidemic season 2012/2013. The strains were analysed by partial or whole-genome sequencing. The genome segments were compared at the nucleotide and amino acid levels, absolute and percentage sequence identity were determined, and phylogenetic relations were identified. The last steps were the comparison of the H1 molecule with that of the most recent vaccine strain and identification of the genotypic structure and molecular markers linked to the pathogenicity and antiviral resistance. Results: Phylogenetic analysis of the H1 molecule suggested that all 34 A/H1N1pdm isolates from the 2012/2013 season in the Czech Republic should be assigned to H1 group 6 divided into sublineages 6A and 6B. The comparison of the known antigenic regions of the H1 molecule with those in the most recent vaccine strain revealed two stable changes in antigenic regions Sb and Ca1. Furthermore, sporadic mutations were identified in antigenic regions Ca2, Cb, and Sb. Genotyping revealed co-circulation of two related but clearly distiguishable genotypes of A/H1N1pdm. All isolates showed sensitivity to oseltamivir. One strain consisted of two N1 sub-populations, one oseltamivir sensitive and the other oseltamivir resistant, in nearly equimolar proportions. Conclusion: All A/H1N1pdm isolates from the epidemic season 2012/2013 in the Czech Republic formed a phenotypically uniform group. At the nucleotide level, the divergence was relatively more pronounced and H1 sublineages and discrete genotypes were possible to identify. H1 molecules were highly identical to those of the vaccine strain A/California/7/2009 (H1N1) which showed that the current vaccine was protective enough. All strains were sensitive to oseltamivir; however, the selection of oseltamivir resistant N1 subpopulations was observed.
- 650 12
- $a virus chřipky A, podtyp H1N1 $x genetika $x izolace a purifikace $7 D053118
- 650 _2
- $a genotypizační techniky $7 D060005
- 650 _2
- $a pandemie $7 D058873
- 650 12
- $a chřipka lidská $x genetika $x komplikace $x terapie $7 D007251
- 650 _2
- $a DNA virů $x analýza $7 D004279
- 650 _2
- $a sekvenční analýza DNA $7 D017422
- 650 _2
- $a molekulární biologie $7 D008967
- 650 _2
- $a statistika jako téma $7 D013223
- 650 _2
- $a mladiství $7 D000293
- 650 _2
- $a dospělí $7 D000328
- 650 _2
- $a senioři $7 D000368
- 650 _2
- $a předškolní dítě $7 D002675
- 650 _2
- $a ženské pohlaví $7 D005260
- 650 _2
- $a lidé $7 D006801
- 650 _2
- $a mužské pohlaví $7 D008297
- 650 _2
- $a lidé středního věku $7 D008875
- 650 _2
- $a mladý dospělý $7 D055815
- 650 _2
- $a virová léková rezistence $7 D024882
- 650 _2
- $a antivirové látky $7 D000998
- 650 _2
- $a mutace $7 D009154
- 655 _2
- $a práce podpořená grantem $7 D013485
- 700 1_
- $a Jiřincová, Helena, $d 1963- $7 xx0101686 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha
- 700 1_
- $a Havlíčková, Martina, $d 1960-2019 $7 xx0060769 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha
- 700 1_
- $a Džupová, Olga $7 xx0080446 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 3. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze
- 700 1_
- $a Herrmannová, Kristýna $7 xx0171083 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
- 700 1_
- $a Trojánek, Milan $7 xx0171095 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
- 700 1_
- $a Kynčl, Jan $7 jn20001227249 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha; 3. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze
- 700 1_
- $a Blechová, Zuzana $7 xx0106736 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
- 700 1_
- $a Marešová, Vilma, $d 1943- $7 jn99240000677 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
- 773 0_
- $w MED00011002 $t Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x 1210-7913 $g Roč. 63, č. 2 (2014), s. 83-87
- 856 41
- $u https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2014-2-4/fylogeneticka-a-molekularni-analyza-viru-chripky-a-h1n1pdm-izolovanych-v-epidemicke-sezone-2012-2013-od-pacientu-hospitalizovanych-s-priznaky-ili-49174 $y plný text volně dostupný
- 910 __
- $a ABA008 $b A 981 $c 560 $y 4 $z 0
- 990 __
- $a 20140717 $b ABA008
- 991 __
- $a 20150121143925 $b ABA008
- 999 __
- $a ok $b bmc $g 1034256 $s 864438
- BAS __
- $a 3
- BAS __
- $a PreBMC
- BMC __
- $a 2014 $b 63 $c 2 $d 83-87 $i 1210-7913 $m Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x MED00011002 $y 95490
- GRA __
- $a NT12493 $p MZ0
- LZP __
- $c NLK183 $d 20140807 $b NLK118 $a Meditorial-20140717