Detail
Článek
Článek online
FT
Medvik - BMČ
  • Je něco špatně v tomto záznamu ?

Fylogenetická a molekulární analýza virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI
[Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with ­symptoms of influenza-like illness]

Nagy A., Jiřincová H., Havlíčková M., Džupová O., Herrmannová K., Trojánek M., Kynčl J., Blechová Z., Marešová V.

. 2014 ; 63 (2) : 83-87.

Jazyk čeština Země Česko

Typ dokumentu práce podpořená grantem

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/bmc14065667

Grantová podpora
NT12493 MZ0 CEP - Centrální evidence projektů

Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR. Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy. V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B. Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb. Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir. U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu. Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny. Všechny kmeny se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir, nicméně v některých případech docházelo k selekci oseltamivir-rezistentních N1 subpopulací.

Aim: To perform phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness (ILI). Material and methods: The study set included 34 strains of the A/H1N1pdm influenza virus isolated in the Czech Republic in the epidemic season 2012/2013. The strains were analysed by partial or whole-genome sequencing. The genome segments were compared at the nucleotide and amino acid levels, absolute and percentage sequence identity were determined, and phylogenetic relations were identified. The last steps were the comparison of the H1 molecule with that of the most recent vaccine strain and identification of the genotypic structure and molecular markers linked to the pathogenicity and antiviral resistance. Results: Phylogenetic analysis of the H1 molecule suggested that all 34 A/H1N1pdm isolates from the 2012/2013 season in the Czech Republic should be assigned to H1 group 6 divided into sublineages 6A and 6B. The comparison of the known antigenic regions of the H1 molecule with those in the most recent vaccine strain revealed two stable changes in antigenic regions Sb and Ca1. Furthermore, sporadic mutations were identified in antigenic regions Ca2, Cb, and Sb. Genotyping revealed co-circulation of two related but clearly distiguishable genotypes of A/H1N1pdm. All isolates showed sensitivity to oseltamivir. One strain consisted of two N1 sub-populations, one oseltamivir sensitive and the other oseltamivir resistant, in nearly equimolar proportions. Conclusion: All A/H1N1pdm isolates from the epidemic season 2012/2013 in the Czech Republic formed a phenotypically uniform group. At the nucleotide level, the divergence was relatively more pronounced and H1 sublineages and discrete genotypes were possible to identify. H1 molecules were highly identical to those of the vaccine strain A/California/7/2009 (H1N1) which showed that the current vaccine was protective enough. All strains were sensitive to oseltamivir; however, the selection of oseltamivir resistant N1 subpopulations was observed.

Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with ­symptoms of influenza-like illness

000      
00000naa a2200000 a 4500
001      
bmc14065667
003      
CZ-PrNML
005      
20150121143736.0
007      
ta
008      
140717s2014 xr d f 000 0|cze||
009      
AR
040    __
$a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2
041    0_
$a cze $b eng
044    __
$a xr
100    1_
$a Nagy, Alexander $7 xx0171094 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha; Státní veterinární ústav, Praha
245    10
$a Fylogenetická a molekulární analýza virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI / $c Nagy A., Jiřincová H., Havlíčková M., Džupová O., Herrmannová K., Trojánek M., Kynčl J., Blechová Z., Marešová V.
246    31
$a Phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with ­symptoms of influenza-like illness
520    3_
$a Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR. Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy. V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B. Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb. Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir. U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu. Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny. Všechny kmeny se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir, nicméně v některých případech docházelo k selekci oseltamivir-rezistentních N1 subpopulací.
520    9_
$a Aim: To perform phylogenetic and molecular analysis of A/H1N1pdm influenza viruses isolated in the epidemic season 2012/2013 from hospitalised patients with symptoms of influenza-like illness (ILI). Material and methods: The study set included 34 strains of the A/H1N1pdm influenza virus isolated in the Czech Republic in the epidemic season 2012/2013. The strains were analysed by partial or whole-genome sequencing. The genome segments were compared at the nucleotide and amino acid levels, absolute and percentage sequence identity were determined, and phylogenetic relations were identified. The last steps were the comparison of the H1 molecule with that of the most recent vaccine strain and identification of the genotypic structure and molecular markers linked to the pathogenicity and antiviral resistance. Results: Phylogenetic analysis of the H1 molecule suggested that all 34 A/H1N1pdm isolates from the 2012/2013 season in the Czech Republic should be assigned to H1 group 6 divided into sublineages 6A and 6B. The comparison of the known antigenic regions of the H1 molecule with those in the most recent vaccine strain revealed two stable changes in antigenic regions Sb and Ca1. Furthermore, sporadic mutations were identified in antigenic regions Ca2, Cb, and Sb. Genotyping revealed co-circulation of two related but clearly distiguishable genotypes of A/H1N1pdm. All isolates showed sensitivity to oseltamivir. One strain consisted of two N1 sub-populations, one oseltamivir sensitive and the other oseltamivir resistant, in nearly equimolar proportions. Conclusion: All A/H1N1pdm isolates from the epidemic season 2012/2013 in the Czech Republic formed a phenotypically uniform group. At the nucleotide level, the divergence was relatively more pronounced and H1 sublineages and discrete genotypes were possible to identify. H1 molecules were highly identical to those of the vaccine strain A/California/7/2009 (H1N1) which showed that the current vaccine was protective enough. All strains were sensitive to oseltamivir; however, the selection of oseltamivir resistant N1 subpopulations was observed.
650    12
$a virus chřipky A, podtyp H1N1 $x genetika $x izolace a purifikace $7 D053118
650    _2
$a genotypizační techniky $7 D060005
650    _2
$a pandemie $7 D058873
650    12
$a chřipka lidská $x genetika $x komplikace $x terapie $7 D007251
650    _2
$a DNA virů $x analýza $7 D004279
650    _2
$a sekvenční analýza DNA $7 D017422
650    _2
$a molekulární biologie $7 D008967
650    _2
$a statistika jako téma $7 D013223
650    _2
$a mladiství $7 D000293
650    _2
$a dospělí $7 D000328
650    _2
$a senioři $7 D000368
650    _2
$a předškolní dítě $7 D002675
650    _2
$a ženské pohlaví $7 D005260
650    _2
$a lidé $7 D006801
650    _2
$a mužské pohlaví $7 D008297
650    _2
$a lidé středního věku $7 D008875
650    _2
$a mladý dospělý $7 D055815
650    _2
$a virová léková rezistence $7 D024882
650    _2
$a antivirové látky $7 D000998
650    _2
$a mutace $7 D009154
655    _2
$a práce podpořená grantem $7 D013485
700    1_
$a Jiřincová, Helena, $d 1963- $7 xx0101686 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha
700    1_
$a Havlíčková, Martina, $d 1960-2019 $7 xx0060769 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha
700    1_
$a Džupová, Olga $7 xx0080446 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 3. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze
700    1_
$a Herrmannová, Kristýna $7 xx0171083 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
700    1_
$a Trojánek, Milan $7 xx0171095 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
700    1_
$a Kynčl, Jan $7 jn20001227249 $u Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní zdravotní ústav, Praha; 3. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze
700    1_
$a Blechová, Zuzana $7 xx0106736 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
700    1_
$a Marešová, Vilma, $d 1943- $7 jn99240000677 $u Klinika infekčních nemocí, Nemocnice Na Bulovce, Praha; 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze 5Státní veterinární ústav, Praha
773    0_
$w MED00011002 $t Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x 1210-7913 $g Roč. 63, č. 2 (2014), s. 83-87
856    41
$u https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2014-2-4/fylogeneticka-a-molekularni-analyza-viru-chripky-a-h1n1pdm-izolovanych-v-epidemicke-sezone-2012-2013-od-pacientu-hospitalizovanych-s-priznaky-ili-49174 $y plný text volně dostupný
910    __
$a ABA008 $b A 981 $c 560 $y 4 $z 0
990    __
$a 20140717 $b ABA008
991    __
$a 20150121143925 $b ABA008
999    __
$a ok $b bmc $g 1034256 $s 864438
BAS    __
$a 3
BAS    __
$a PreBMC
BMC    __
$a 2014 $b 63 $c 2 $d 83-87 $i 1210-7913 $m Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x MED00011002 $y 95490
GRA    __
$a NT12493 $p MZ0
LZP    __
$c NLK183 $d 20140807 $b NLK118 $a Meditorial-20140717

Najít záznam

Citační ukazatele

Nahrávání dat ...

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...