Cieľ: Cieľom štúdie bolo popísať výskyt HIV-1 subtypov a HIV-1 kmeňov rezistentných na antiretrovírusovú liečbu (ART) u HIV pozitívnych osôb novo diagnostikovaných na Slovensku v rokoch 2019–2021. Materiál a metódy: Študijnú skupinu tvorilo 184 HIV pozitívnych naivných pacientov novo diagnostikovaných na Slovensku v rokoch 2019–2021. Vírusová HIV-1 RNA bola izolovaná z plazmy pomocou QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN, Nemecko). Pre RT-PCR a sekvenovanie oblasti HIV pol sme použili interné postupy podľa protokolu ANRS AC11 pre RT (reverzná transkriptáza), PRO (proteáza) a IN (integráza) (ANRS AC11 Resistance Study Group, 2015). Analýzu sekvencií sme uskutočnili pomocou softvéru Sequencing Analysis Software v5.3 (Applied Biosystems®). HIV sekvencie boli manuálne upravené pomocou BioEdit (verzia 7.2.5), porovnané s konsenzuálnymi HIV-1 sekvenciami v Los Alamos Sequence Database (URL 2), zarovnané pomocou CLUSTAL W (Labarga et al., 2007) a softvérových balíkov BioEdit (verzia 7.2 .5) (Hall, 1999). Na vyhodnotenie sekvencie sme použili algoritmus HIVDB (verzia 9.0) Stanfordskej databázy HIV liekovej rezistencie (URL 1.). Na analýzu HIV-1 subtypov sme použili nástroj REGA HIV-1 Subtyping Tool (De Oliviera et al., 2005) a fylogenetickú analýzu sme vypracovali pomocou programu MEGA X (Kumar et al., 2018). Výsledky: Fylogenetickú analýzu sme vykonali zo vzoriek 184 osôb, kde sme odhalili najrozšírenejší subtyp B (129/184, 70,11 %) prevládajúci v populácii u mužov, ktorí majú sex s mužmi (MSM) (96/129 74,42 %). Čo sa týka non-B subtypov (55/184, 29,89 %), najrozšírenejší bol subtyp A (48/184, 26,09 %) v porovnaní so subtypom F (F1) (3; 1,63 %), C (1; 0,54 %) a cirkulujúcimi rekombinantnými formami CRF02_AG (2; 1,09 %), CRF01_AE (1; 0,54 %). U 9,24 % (17/184) vzoriek sme zistili prítomnosť 25 mutácií asociovaných s HIV rezistenciou na ART, z toho 7,07 % (13/184) na inhibítory reverznej transkriptázy, 1,66 % (3/181) na inhibítory proteázy a 1,32 % (2/151) na inhibítory integrázy. Okrem toho u 1,63 % (3/184) pacientov bola prítomná viactriedna rezistencia. Mutácie asociované s rezistenciou HIV na ART sa našli u 9,30 % osôb infikovaných podtypom B. Záver: Naša štúdia potvrdila pretrvávajúci najvyšší výskyt subtypu B s mierne klesajúcou tendenciou v porovnaní s minulými rokmi. Detekcia mutácií vytvárajúcich rezistenciu HIV na ART podčiarkuje potrebu testovania rezistencie u naivných pacientov ešte pred začatím ART na Slovensku.

Aim: The aim of the study was to describe the prevalence of HIV-1 subtypes and HIV-1 strains resistant to antiretroviral therapy (ART) in HIV-positive persons newly diagnosed in Slovakia in 2019–2021. Materials and Methods: The study group consisted of 184 HIV-positive na?ve patients newly diagnosed in Slovakia from 2019 to 2021. The viral HIV-1 RNA was isolated from plasma by the QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN, Germany). For RT-PCR and sequencing of the HIV pol region, in-house procedures were used according to the ANRS AC11 protocol for RT (reverse transcriptase), PRO (protease), and IN (integrase) [ANRS AC11 Resistance Study Group, 2015]. Analysis of sequences was performed using Sequencing Analysis Software v5.3 (Applied Biosystems®). HIV sequences were manually edited using BioEdit (version 7.2.5), compared with consensus HIV-1 sequences in the Los Alamos Sequence Database (URL 2), aligned using CLUSTAL W [Labarga et al., 2007] and BioEdit software packages (version 7.2 .5) [Hall, 1999]. HIVDB Algorithm (version 9.0) of the Stanford HIV Drug resistance database (URL 1.) was used for sequence evaluation. For HIV-1 subtype analysis, the REGA HIV-1 Subtyping Tool [De Oliviera et al., 2005] and phylogenetic analysis MEGA X [Kumar et al., 2018] were used. Results: Phylogenetic analyses performed in samples of 184 persons revealed the most prevalent subtype B (129/184, 70.11%), detected to the greatest extent in the population of men who have sex with men (MSM) (96/129 74.42%). Concerning non-B subtypes (55/184, 29.89%), subtype A was found with the highest prevalence (48/184, 26.09%) compared to subtype F (F1) (3; 1.63%), C (1; 0.54%) and circulating recombinant forms CRF02_AG (2; 1.09%), CRF01_AE (1; 0.54%). In 9.24% (17/184) of samples, 25 mutations clinically relevant and associated with HIV resistance ART were detected, of which 7.07% (13/184) to reverse transcriptase inhibitors, 1.66% (3/181) to protease inhibitors and 1.32% (2/151) to integrase inhibitors. In addition, multiclass resistance was present in 1.63% (3/184) of patients. Mutations associated with HIV resistance to ART were found in 9.30 % of persons infected with subtype B. Conclusion: Our study confirmed ongoing highest prevalence of subtype B with a slightly decreasing trend compared to last years. Detection of mutations causing HIV resistance to ART underlines the need for resistance testing in na?ve patients even before the initiation of ART in Slovakia.

Department of Laboratory Investigation Methods in Healthcare Faculty of Health Sciences and Social Work The University of Trnava Trnava

National Reference Centre for HIV AIDS Prevention Slovak Medical University Bratislava

Distribúcia HIV-1 subtypov a rezistencie na ART u HIV-infikovaných osôb na Slovensku (2019-2021)

000      

00000naa a2200000 a 4500

001      

bmc24001727

003      

CZ-PrNML

005      

20240228184521.0

007      

ta

008      

240123s2023 xr d f 000 0|eng||

009      

AR

040    __

$a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2

041    0_

$a eng $b slo

044    __

$a xr

100    1_

$a Kovářová, Alexandra $u Department of Laboratory Investigation Methods in Healthcare, Faculty of Health Sciences and Social Work, The University of Trnava, Trnava $u National Reference Centre for HIV/AIDS Prevention, Slovak Medical University, Bratislava $7 _AN119308

245    10

$a HIV-1 subtypes distribution and resistance to ART in HIV-infected persons in Slovakia (2019-2021) / $c A. Kovářová, D. Valkovičová Staneková, M. Hábeková, M. Takáčová

246    31

$a Distribúcia HIV-1 subtypov a rezistencie na ART u HIV-infikovaných osôb na Slovensku (2019-2021)

520    3_

$a Cieľ: Cieľom štúdie bolo popísať výskyt HIV-1 subtypov a HIV-1 kmeňov rezistentných na antiretrovírusovú liečbu (ART) u HIV pozitívnych osôb novo diagnostikovaných na Slovensku v rokoch 2019–2021. Materiál a metódy: Študijnú skupinu tvorilo 184 HIV pozitívnych naivných pacientov novo diagnostikovaných na Slovensku v rokoch 2019–2021. Vírusová HIV-1 RNA bola izolovaná z plazmy pomocou QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN, Nemecko). Pre RT-PCR a sekvenovanie oblasti HIV pol sme použili interné postupy podľa protokolu ANRS AC11 pre RT (reverzná transkriptáza), PRO (proteáza) a IN (integráza) (ANRS AC11 Resistance Study Group, 2015). Analýzu sekvencií sme uskutočnili pomocou softvéru Sequencing Analysis Software v5.3 (Applied Biosystems®). HIV sekvencie boli manuálne upravené pomocou BioEdit (verzia 7.2.5), porovnané s konsenzuálnymi HIV-1 sekvenciami v Los Alamos Sequence Database (URL 2), zarovnané pomocou CLUSTAL W (Labarga et al., 2007) a softvérových balíkov BioEdit (verzia 7.2 .5) (Hall, 1999). Na vyhodnotenie sekvencie sme použili algoritmus HIVDB (verzia 9.0) Stanfordskej databázy HIV liekovej rezistencie (URL 1.). Na analýzu HIV-1 subtypov sme použili nástroj REGA HIV-1 Subtyping Tool (De Oliviera et al., 2005) a fylogenetickú analýzu sme vypracovali pomocou programu MEGA X (Kumar et al., 2018). Výsledky: Fylogenetickú analýzu sme vykonali zo vzoriek 184 osôb, kde sme odhalili najrozšírenejší subtyp B (129/184, 70,11 %) prevládajúci v populácii u mužov, ktorí majú sex s mužmi (MSM) (96/129 74,42 %). Čo sa týka non-B subtypov (55/184, 29,89 %), najrozšírenejší bol subtyp A (48/184, 26,09 %) v porovnaní so subtypom F (F1) (3; 1,63 %), C (1; 0,54 %) a cirkulujúcimi rekombinantnými formami CRF02_AG (2; 1,09 %), CRF01_AE (1; 0,54 %). U 9,24 % (17/184) vzoriek sme zistili prítomnosť 25 mutácií asociovaných s HIV rezistenciou na ART, z toho 7,07 % (13/184) na inhibítory reverznej transkriptázy, 1,66 % (3/181) na inhibítory proteázy a 1,32 % (2/151) na inhibítory integrázy. Okrem toho u 1,63 % (3/184) pacientov bola prítomná viactriedna rezistencia. Mutácie asociované s rezistenciou HIV na ART sa našli u 9,30 % osôb infikovaných podtypom B. Záver: Naša štúdia potvrdila pretrvávajúci najvyšší výskyt subtypu B s mierne klesajúcou tendenciou v porovnaní s minulými rokmi. Detekcia mutácií vytvárajúcich rezistenciu HIV na ART podčiarkuje potrebu testovania rezistencie u naivných pacientov ešte pred začatím ART na Slovensku.

520    9_

$a Aim: The aim of the study was to describe the prevalence of HIV-1 subtypes and HIV-1 strains resistant to antiretroviral therapy (ART) in HIV-positive persons newly diagnosed in Slovakia in 2019–2021. Materials and Methods: The study group consisted of 184 HIV-positive na?ve patients newly diagnosed in Slovakia from 2019 to 2021. The viral HIV-1 RNA was isolated from plasma by the QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN, Germany). For RT-PCR and sequencing of the HIV pol region, in-house procedures were used according to the ANRS AC11 protocol for RT (reverse transcriptase), PRO (protease), and IN (integrase) [ANRS AC11 Resistance Study Group, 2015]. Analysis of sequences was performed using Sequencing Analysis Software v5.3 (Applied Biosystems®). HIV sequences were manually edited using BioEdit (version 7.2.5), compared with consensus HIV-1 sequences in the Los Alamos Sequence Database (URL 2), aligned using CLUSTAL W [Labarga et al., 2007] and BioEdit software packages (version 7.2 .5) [Hall, 1999]. HIVDB Algorithm (version 9.0) of the Stanford HIV Drug resistance database (URL 1.) was used for sequence evaluation. For HIV-1 subtype analysis, the REGA HIV-1 Subtyping Tool [De Oliviera et al., 2005] and phylogenetic analysis MEGA X [Kumar et al., 2018] were used. Results: Phylogenetic analyses performed in samples of 184 persons revealed the most prevalent subtype B (129/184, 70.11%), detected to the greatest extent in the population of men who have sex with men (MSM) (96/129 74.42%). Concerning non-B subtypes (55/184, 29.89%), subtype A was found with the highest prevalence (48/184, 26.09%) compared to subtype F (F1) (3; 1.63%), C (1; 0.54%) and circulating recombinant forms CRF02_AG (2; 1.09%), CRF01_AE (1; 0.54%). In 9.24% (17/184) of samples, 25 mutations clinically relevant and associated with HIV resistance ART were detected, of which 7.07% (13/184) to reverse transcriptase inhibitors, 1.66% (3/181) to protease inhibitors and 1.32% (2/151) to integrase inhibitors. In addition, multiclass resistance was present in 1.63% (3/184) of patients. Mutations associated with HIV resistance to ART were found in 9.30 % of persons infected with subtype B. Conclusion: Our study confirmed ongoing highest prevalence of subtype B with a slightly decreasing trend compared to last years. Detection of mutations causing HIV resistance to ART underlines the need for resistance testing in na?ve patients even before the initiation of ART in Slovakia.

650    17

$a HIV infekce $x epidemiologie $x farmakoterapie $x přenos $7 D015658 $2 czmesh

650    _7

$a HIV-1 $x genetika $x účinky léků $7 D015497 $2 czmesh

650    _7

$a genotyp $7 D005838 $2 czmesh

650    _7

$a mutace $x genetika $7 D009154 $2 czmesh

650    _7

$a virová léková rezistence $7 D024882 $2 czmesh

650    _7

$a genetické techniky $7 D005821 $2 czmesh

650    _7

$a antiretrovirové látky $x terapeutické užití $7 D044966 $2 czmesh

650    _7

$a lidé $7 D006801 $2 czmesh

650    _7

$a klinická studie jako téma $7 D000068456 $2 czmesh

651    _7

$a Slovenská republika $x epidemiologie $7 D018154 $2 czmesh

700    1_

$a Valkovičová Staneková, Danica $u National Reference Centre for HIV/AIDS Prevention, Slovak Medical University, Bratislava $7 _AN119309

700    1_

$a Hábeková, Monika $u National Reference Centre for HIV/AIDS Prevention, Slovak Medical University, Bratislava $7 xx0063426

700    1_

$a Takáčová, Mária $u National Reference Centre for HIV/AIDS Prevention, Slovak Medical University, Bratislava $7 _AN081822

773    0_

$w MED00011002 $t Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x 1210-7913 $g Roč. 72, č. 4 (2023), s. 203-212

856    41

$u https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2023-4-20/distribucia-hiv-1-subtypov-a-rezistencie-na-art-u-hiv-infikovanych-osob-na-slovensku-2019-2021-136195 $y plný text volně dostupný

910    __

$a ABA008 $b A 981 $c 560 $y p $z 0

990    __

$a 20240123 $b ABA008

991    __

$a 20240228184515 $b ABA008

999    __

$a ok $b bmc $g 2054512 $s 1211428

BAS    __

$a 3

BAS    __

$a PreBMC

BMC    __

$a 2023 $b 72 $c 4 $d 203-212 $i 1210-7913 $m Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x MED00011002 $y 136195

LZP    __

$c NLK183 $d 20240228 $b NLK111 $a Meditorial-20240123