Coding region single nucleotide polymorphism in the barley low-pI, alpha-amylase gene Amy32b
Jazyk angličtina Země Německo Médium print-electronic
Typ dokumentu srovnávací studie, časopisecké články, práce podpořená grantem
- MeSH
- alfa-amylasy genetika MeSH
- DNA primery MeSH
- genetická variace * MeSH
- genotyp MeSH
- ječmen (rod) genetika MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika MeSH
- mapování chromozomů * MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- rostlinné geny genetika MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- sekvenční seřazení MeSH
- substituce aminokyselin genetika MeSH
- terminační kodon genetika MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- srovnávací studie MeSH
- Názvy látek
- alfa-amylasy MeSH
- DNA primery MeSH
- terminační kodon MeSH
Barley alpha-amylase variability influences the quality of barley grain in the brewing, feed and food industries. alpha-Amylase proteins are encoded by multigene families in cereals, and this study focused on the barley Amy32b gene. We identified coding region single nucleotide polymorphism (cSNP) and insertion/deletion variation in DNA sequences, which resulted in amino acid substitution and stop codon formation, respectively. The substitution affected the beta1 strand in domain C, whereas the stop codon removed the beta5 strand. Possible effects of these changes on the protein are discussed. A cSNP in the coding region of the Amy32b gene was used as a specific marker to map Amy32b loci on chromosome 7H.
Zobrazit více v PubMed
J Biol Chem. 1985 Mar 25;260(6):3731-8 PubMed
J Mol Biol. 2000 Sep 8;302(1):205-17 PubMed
Proc Natl Acad Sci U S A. 1992 Aug 15;89(16):7526-30 PubMed
Mamm Genome. 2001 Dec;12(12):930-2 PubMed
Structure. 2003 Aug;11(8):973-84 PubMed
Genetics. 2000 Dec;156(4):1997-2005 PubMed
Theor Appl Genet. 1998 Mar;96(3-4):376-84 PubMed
Plant Mol Biol. 1989 Jan;12(1):119-21 PubMed
Plant Mol Biol. 1995 Feb;27(4):835-45 PubMed
Theor Appl Genet. 2003 Dec;108(1):73-8 PubMed
J Biol Chem. 1983 Jul 10;258(13):8169-74 PubMed
Int Rev Cytol. 1991;126:49-88 PubMed
Plant Mol Biol. 1987 Jan;9(1):3-17 PubMed
Eur J Biochem. 2000 Feb;267(4):1019-29 PubMed
Nucleic Acids Res. 1987 Mar 25;15(6):2515-35 PubMed
J Biol Chem. 1984 Oct 10;259(19):12234-40 PubMed
