Experimental Setup and Data Analysis Considerations for DNA- and RNA-SIP Experiments in the Omics Era
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
- Klíčová slova
- Amplicon sequencing, DNA-SIP, Network analysis, Omics, RNA-SIP,
- MeSH
- analýza dat MeSH
- bakteriální RNA chemie MeSH
- deuterium analýza MeSH
- DNA bakterií chemie MeSH
- DNA metabolismus MeSH
- izotopové značení metody MeSH
- izotopy dusíku analýza MeSH
- izotopy kyslíku analýza MeSH
- izotopy uhlíku analýza MeSH
- RNA metabolismus MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Názvy látek
- bakteriální RNA MeSH
- deuterium MeSH
- DNA bakterií MeSH
- DNA MeSH
- izotopy dusíku MeSH
- izotopy kyslíku MeSH
- izotopy uhlíku MeSH
- RNA MeSH
Careful and thoughtful experimental design is crucial to the success of any SIP experiment. This chapter discusses the essential aspects of designing a SIP experiment, focusing primarily on DNA- and RNA-SIP. The design aspects discussed here begin with considerations for carrying out the incubation, such as, the effect of choosing different stable isotopes and target biomolecules, to what degree should a labeled substrate be enriched, what concentration to use, and how long should the incubation take. Then tips and pitfalls in the technical execution of SIP are listed, including how much nucleic acids should be loaded, how many fractions to collect, and what centrifuge rotor to use. Lastly, a brief overview of the current methods for analyzing SIP data is presented, focusing on high-throughput amplicon sequencing, together with a discussion on how the choice of analysis method might affect the experimental design.
Citace poskytuje Crossref.org
