We implemented a prototype of a decision support system called SIR which has a form of a web-based classification service for diagnostic decision support. The system has the ability to select the most relevant variables and to learn a classification rule, which is guaranteed to be suitable also for high-dimensional measurements. The classification system can be useful for clinicians in primary care to support their decision-making tasks with relevant information extracted from any available clinical study. The implemented prototype was tested on a sample of patients in a cardiological study and performs an information extraction from a high-dimensional set containing both clinical and gene expression data.
pro podporu rozhodování ve forme internetové klasifikacní služby. Protože u systému na podporu rozhodování casto nejsou jednotlivé cásti analýzy dat vhodné pro vysoce dimenzionální data, je treba venovat zvláštní pozornost sofistikovanému výberu nejduležitejších promenných ješte pred ucením klasifikacního pravidla. Metody: Vytvorili jsme prototyp systému pro podporu diagnostického rozhodování s názvem SIR. Systém je schopen ze souboru vysoce dimenzionálních merení vybrat ty nejpodstatnejší promenné pomocí dopredné procedury pro optimalizaci rozhodovacího kritéria, což umožnuje vytvorit spolehlivé klasifikacní pravidlo. Výsledky: Vytvorený prototyp byl testován na vzorku pacientu z kardiologické studie. Prostrednictvím systému SIR byla extrahována informace z kardiologické klinické studie, obsahující jak klinická data, tak i data genových expresí. Úroven klasifikace byla hodnocena pomocí krížové validacní studie. Záver: Navržený klasifikacní systém muže na základe informací získaných z dostupné klinické studie být užitecný pro lékare v primární péci jako podpora v jejich rozhodovací úloze. Velmi vhodný je také pro analýzu vysoce dimenzionálních dat, napr. merení genových expresí.
Objectives: The aim of our work was to implement a prototype of a decision support system which has the form of a web-based classification service. Because the data analysis component of decision support systems often happens to be unsuitable for high-dimensional data, special attention must be paid to the sophisticated selection of the most relevant variables before learning the classification rule. Methods: We implemented a prototype of a diagnostic decision support system called SIR. The system has the ability to select the most relevant variables based on a set of high-dimensional measurements by means of a forward procedure optimizing a decision-making criterion. This allows to learn a reliable classification rule. Results: The implemented prototype was tested on a sample of patients involved in a cardiology study. We used SIR to perform an information extraction from a cardiological clinical study containing both clinical and gene expression data. The classification performance was evaluated by means of a cross validation study. Conclusions: The proposed classification system can be useful for clinicians in primary care to support their decision-making tasks with relevant information extracted from any available clinical study. It is especially suitable for analyzing high-dimensional data, e.g. gene expression measurements.
- MeSH
- diagnostické techniky kardiovaskulární * přístrojové vybavení statistika a číselné údaje trendy MeSH
- exprese genu MeSH
- kardiologie * metody přístrojové vybavení statistika a číselné údaje MeSH
- kardiovaskulární nemoci diagnóza klasifikace MeSH
- klinické zkoušky jako téma MeSH
- počítače * využití MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
The poster describes doctoral degree studies in biomedical informatics at Charles University in Prague. Particularly important in educational programmes and knowledge dissemination is the role of Internet. Therefore we also describe special activities concerned with the specific research at the First Faculty of Medicine of Charles University in Prague. These are selected tools for blended learning tools, ExaMe system and the role of the European Journal for Biomedical Informatics (EJBI), an official multilingual journal of EFMI, for Ph.D. student's cooperation and understanding the multidisciplinary field of biomedical informatics [1].
- MeSH
- lékařská informatika výchova MeSH
- počítačem řízená výuka metody MeSH
- software * MeSH
- studium vysokoškolské metody organizace a řízení MeSH
- vyučování organizace a řízení MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
