Odbor lekárskej mikrobiológie na Regionálnom úrade verejného zdravotníctva v Banskej Bystrici pracuje ako spádové virologické laboratórium pre stredoslovenský a v chrípkovej sezóne 2009/2010 aj pre východoslovenský región. Materiál a metódy: Vzorky (nazofaryngálne výtery a pitevné materiály) boli odoberané od sentinelových aj nesentinelových lekárov, od pacientov so suspektným chrípkovým ochorením. Vzorky boli vyšetrované rýchlotestom a následne RT-PCR metódou na diagnostiku chrípky A, resp. B. Na subtypizáciu pandemickej chrípky A/H1N1 bola použitá real-time PCR metóda. Výsledky: Od mája 2009 do júna 2010 laboratórium vyšetrilo 2497 vzoriek na prítomnosť vírusov chrípky A a B a predovšetkým na prítomnosť pandemickej chrípky A/H1N1. Z 589 vzoriek pozitívnych na chrípku A bolo 537 vzoriek subtypizovaných ako pandemická chrípka A/H1N1. Predstavuje to 21,5 % zo všetkých vyšetrených vzoriek a 91,2 % zo vzoriek pozitívnych na chrípku A. Záver: V chrípkovej sezóne 2009/2010 na strednom a východnom Slovensku jednoznačne dominovala nová pandemická chrípka A/H1N1. PCR metódy sa stali kľúčovými pri vyšetrovaní pacientov s podozrením na pandemickú chrípku v laboratóriu zapojenom do surveillance chrípky a chrípke podobných ochorení v SR.
The Department of Medical Microbiology of the Regional Authority of Public Health (RAPH) in Banská Bystrica serves as a catchment laboratory of virology for the Central Slovakia Region, and in the influenza season 2009/10, it also served as such for the East Slovakia Region. Material and methods: Specimens (nasopharyngeal swabs and post-mortem specimens) from patients with suspected influenza were obtained from both sentinel and non-sentinel physicians. The specimens were analyzed by a rapid test, followed by real-time PCR (RT-PCR) for influenza A or B diagnosis. RT-PCR subtyping for pandemic influenza A/H1N1 was performed. Results: From May 2009 to June 2010, 2497 specimens were analyzed for the presence of influenza A and B viruses and in particular for the presence of pandemic influenza A/H1N1 virus. As many as 537 of 589 influenza A-positive specimens, i.e. 21.5% of all specimens analyzed and 91.2% of influenza A-positive specimens, were subtyped as pandemic influenza A/H1N1. Conclusion: In the influenza season 2009/10, the new pandemic influenza A/H1N1 clearly predominated in Central and Eastern Slovakia. PCR tests have played a key role in diagnosing patients with suspected pandemic influenza in the laboratory participating in the surveillance of influenza and influenza-like illness in the Slovak Republic.
Pulzná elektroforéza (PFGE- Pulsed-Field Gel Electrophoresis) je metodika, ktorá slúži na delenie dlhých fragmentov DNA v elektrickom poli, ktoré má premenlivý charakter. V stálom elektrickom poh sa fragmenty DNA väčšie ako 50 kilobáz pohybujú rovnakou rýchlosťou a nedajú sa rozlíšiť. Pri pulznej elektroforéze sa smer elektrického poľa periodicky a rovnomerne mení a fragmenty DNA teda putujú nielen priamo, ale aj do strán a dochádza k ich lepšiemu rozdeleniu. Takto sa dajú rozlíšiť aj fragmenty o veľkosti niekoľkých megabáz. Pulzná elektroforéza sa využíva na mapovanie genómov vyšších aj nižších organizmov. Veľmi široké využitie má v mikrobiológii, kde sa používa na typizáciu kmeňov rozličných baktérií porovnávaním elektroforetických proffilov genómovej DNA poštiepenej reštrikčnou endonukleázou s nízkou frekvenciou štiepenia. Využíva sa pritom polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov. Mikroorganizmy rôzneho druhu samozrejme poskytnú rozdielne elektroforetické profily. Identické organizmy budú mať identické profily. Organizmy príbuzné ich majú podobné, ale nie identické. Tieto porovnania sa využívajú aj v epidemiologických štúdiách. Po PIGL analýze viacerých vzoriek sa porovnaním ich elektroforetických profilov dá rozhodnúť, či ochorenie vyvolal ten istý kmeň alebo nie. Toto môže byť veími nápomocné v hľadaní zdroja epidémie a sledovaní jej šírenia. Sledujú sa najmä mikroorganizmy dôležité z hľadiska nozokomiálnych nákaz a patogény vyskytujúce sa v potravinách. Takisto sa dá sledovať genetický vývoj mikroorganizmu - hlavné typy, ktoré kolujú v populácii, čo môže byť účinné aj pri prípravách vakcín.
Pulsed-field gel electrophoresis was developed for separating and analyzing of long DNA fragments in alternating electric field. In homogenous electric field, fragments longer than 50 kb run as a broad, unresolved band with high mobility. PFGE separated the DNA by periodicaly changing the direction of electric field. DNA molecules are moving „zig-zag´´ through the gel and they can be better separated. Fragments of several megabases can be resolved using this method. PFGE can be used for genome mapping of microorganisms as well as higher organisms. In microbiology, PFGE is a standard method for typization of bacteria. Comparision of electrophoresis profiles after digestion od DNA from bacterial isolates with restriction endonuclease is a very useful epidemiologists tool. Geneticaly identical organisms have the same PFGE profiles, different strains have different profiles. Related strains have also similar electrophoretic profiles. This enables to determine if the outbreaks are caused by the same strain of microorganism, to locate the source of outbreak and to monitor the spread of the microorganism. The most followed-up are nosocomial and the food-borne pathogens. PFGE can be also used for monitoring genetic evolution of the microorganism and the most prevalent types which circulate in population. This can be very useful for preparation of vaccines.
