Východiska: Přestože je bevacizumab prvním biologickým léčivem schváleným pro léčbu metastatického kolorektálního karcinomu (mCRC), neexistuje žádný zavedený DNA biomarker, který by zlepšil jeho účinnost a personalizoval léčbu. Materiál a metody: Sledováno bylo 30 pacientů s mCRC na terapii bevacizumabem (15 s dobrou odpovědí a 15 se špatnou odpovědí) z Fakultní nemocnice Olomouc. Pro analýzu variací v počtu kopií genů (copy number variation – CNV) byly použity vzorky FFPE a OncoScan FFPE Assay Kit, který zachycuje přibližně 900 nádorových genů. Výsledky: Ve skupině dobře reagujících pacientů bylo jako potenciálně významné pozitivní prediktivní nádorové biomarkery léčby bevacizumabem identifikováno 102 genů (klasifikovaných jako ATPázy, typ AAA, neuronální přenos signálu, regulace transkripce a domény typu PH superior). Ve špatně reagující skupině bylo identifikováno 74 potenciálně negativních prediktivních genů (klasifikovaných jako galektiny, signální dráha Jak-STAT, kaskáda MAPK, diferenciace a doména asociovaná s F-boxem). Závěr: V pilotní studii jsme našli slibné biomarkery variace počtu kopií odpovědi na bevacizumab v FFPE vzorcích nádorů pacientů s mCRC. Validační fáze by měla být zaměřena zejména na geny spojené s angiogenezí (AGRN, MAPK8, ARHGAP22, LGALS13, LGALS4, ZFP36 a MYC), tumorigenezí (DVL1) a proliferací tumoru (IFNL1, IFNL2, IFNL3, MAP3K10 a MAP4K1).
Background: Despite bevacizumab being the first biological agent approved for the treatment of metastatic colorectal cancer (mCRC), there is not any established DNA biomarker to improve its efficacy and personalize the treatment. Materials and methods: Thirty patients with mCRC on bevacizumab therapy (15 with a good response and 15 with a poor response) from the University Hospital Olomouc were followed. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples were used for copy number variation (CNV) analysis using the OncoScan FFPE Assay Kit in order to capture approx. 900 tumor genes. Results: In the group of good responding patients, 102 genes (classified as ATPases, type AAA, neuronal signal transmission, regulation of transcription, and superior domain PH type), potentially significant positive predictive tumor biomarkers of bevacizumab treatment, were found. In the poorly responding group, 74 potentially negative predictive genes (classified as galectines, Jak-STAT signalling pathway, MAPK cascade, differentiation, and F-box associated domain) were identified. Conclusion: In the pilot study, we found promising copy number variation biomarkers of bevacizumab response in FFPE samples of mCRC patients. The validation phase should be focused especially on the genes associated with angiogenesis (AGRN, MAPK8, ARHGAP22, LGALS13, LGALS4, ZFP36, and MYC), tumorigenesis (DVL1), and tumor proliferation (IFNL1, IFNL2, IFNL3, MAP3K10, and MAP4K1).
- MeSH
- bevacizumab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- kolorektální nádory * diagnóza farmakoterapie genetika patologie MeSH
- lidé MeSH
- metastázy nádorů farmakoterapie MeSH
- mutační analýza DNA metody MeSH
- nádorové biomarkery analýza genetika MeSH
- pilotní projekty MeSH
- protinádorové látky imunologicky aktivní aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl: Cílem této práce je ukázat technické možnosti volumetrického hodnocení objemu rezidua a zhodnotit vliv přesně definovaného objemu reziduálního nádoru na celkové přežívání (overall survival; OS) u pacientů s glioblastomem (GBM). Soubor a metodika: Retrospektivně byli vybráni dospělí pacienti, kteří podstoupili resekční výkon GBM ve FN Olomouc mezi roky 2012 a 2016. Pacienti byli podrobeni pravidelným klinickým a MR kontrolám každé 3 měsíce. Do studie byly zahrnuty časné pooperační snímky MR. U každého pacienta bylo provedeno segmentování nádorového procesu s následným vytvořením 3D modelu objemu nádoru, což umožnilo výpočet jeho objemu před i po operaci. Výsledky: Výsledky retrospektivní analýzy zahrnovaly 50 pacientů. Naše práce ukázala signifikantní prodloužení OS pouze u skupiny bez postkontrastně se sytícího rezidua (medián OS = 16,1 vs. 6,3 měsíce). Pacienti s kombinací radikální resekce a onkoterapie v Stuppově režimu dosáhli dalšího prodloužení OS s průměrem 19,6 měsíce a mediánem 14 měsíců. Závěr: Naše práce popisuje postup výpočtu objemu pooperačního rezidua GBM s využitím snadno dostupného softwaru. Na základě zjištění této studie bylo dosaženo signifikantně lepších léčebných výsledků u pacientů s úplným odstraněním postkontrastně se sytící části GBM doplněným o co nejradikálnější resekci postkontrastně se nesytící části nádoru.
Aim: The aim of this study is to demonstrate the technical feasibility of volumetric assessment of residual tumor volume and to evaluate the effect of a precisely defined residual tumor volume on overall survival (OS) in patients with glioblastoma (GBM). Materials and methods: Adult patients who underwent surgical resection for GBM in the University Hospital Olomouc from 2012 to 2016 were selected retrospectively. Patients attended regular clinical and MRI follow-up every three months. Early postoperative MRI scans were used in the study. In each patient, tumor segmentation was performed followed by creating a 3D model of tumor volume, which allowed the calculation of its volume both before and after surgery. Results: Results of 50 patients were available for a retrospective analysis. Our study showed a significant prolongation of OS only in the group with no contrast-enhancing residue (median OS = 16.1 vs. 6.3 months) Patients with a combination of radical resection and oncological treatment with the Stupp protocol achieved further prolongation of OS with a mean of 19.6 months and a median of 14 months. Conclusion: Our paper describes the process of calculating the volume of the postoperative residual component of GBM using easily available software. According to the study findings, significantly better therapy results were achieved in patients with complete removal of the contrast-enhancing GBM component, supplemented by the most possible radical resection of the contrast non-enhancing components of the tumor.
- Klíčová slova
- pooperační reziduum,
- MeSH
- analýza přežití MeSH
- gliosarkom * MeSH
- lidé MeSH
- pooperační období MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- reziduální nádor * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
UNLABELLED: Human age estimation from trace samples may give important leads early in a police investigation by contributing to the description of the perpetrator. Several molecular biomarkers are available for the estimation of chronological age, and currently, DNA methylation patterns are the most promising. In this study, a QIAGEN age protocol for age estimation was tested by five forensic genetic laboratories. The assay comprised bisulfite treatment of the extracted DNA, amplification of five CpG loci (in the genes of ELOVL2, C1orf132, TRIM59, KLF14, and FHL2), and sequencing of the amplicons using the PyroMark Q48 platform. Blood samples from 49 individuals with ages ranging from 18 to 64 years as well as negative and methylation controls were analyzed. An existing age estimation model was applied to display a mean absolute deviation of 3.62 years within the reference data set. KEY POINTS: Age determination as an intelligence tool during investigations can be a powerful tool in forensic genetics.In this study, five laboratories ran 49 samples and obtained a mean absolute deviation of 3.62 years.Five markers were analyzed on a PyroMark Q48 platform.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
As a link between a stable genome and a dynamic environment, epigenetics is a promising tool for mapping age-related changes in human DNA. Methylated cytosine changes at specific loci are generally less studied in sperm DNA than in somatic cell DNA. Age-related methylation changes can be connected to various reproductive health problems and multiple disorders in offspring. In addition, they can be helpful in forensic fields, where testing of specific loci in semen samples found at sexual assault crime scenes can predict a perpetrator's age and narrow down the police investigation. This review focuses on age-related methylation changes in sperm. It covers the biological role of methylation, methylation testing techniques and the implications of methylation changes in forensics and clinical practice.
- MeSH
- DNA metabolismus MeSH
- epigeneze genetická MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA * MeSH
- sperma * MeSH
- spermie metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- přehledy MeSH
OBJECTIVE: Crohn's disease (CD) can be associated with a wide range of extraintestinal manifestations (EIMs), including neurological ones. Published studies differ in their conclusions about the epidemiology and etiopathogenesis of neurological EIMs. The aims of this study were to demonstrate the presence and find risk factors of peripheral (somatic and autonomic) neuropathy patients with severe CD on anti-TNFα biological therapy. MATERIAL AND METHODS: A clinical examination focusing on detection of peripheral sensor-motor nervous dysfunction (including Sudoscan) and examination of autonomic nervous system dysfunction (using Ewing ́s battery tests and spectral analysis) together with laboratory tests and collection of demographic data followed by administration of questionnaires were performed on a total of 30 neurologically asymptomatic outpatients with severe CD on anti-TNFα biological therapy. RESULTS: Peripheral sensor-motor nervous function via clinical neurological examination was pathological in 36.7% and Sudoscan in 33.3% of cases. Statistically significant associations between vibration perception test and age, CD and biological therapy duration, body mass index and Crohn's Disease Activity Index were proved while statistically significant associations between temperature perception test and age and BMI were proved as well. Additionally, a decrease of total protein in a patient ́s serum below the physiological cut-off in the 6 months prior to measurement was associated with a pathological result of a Sudoscan. Cardiovascular autonomic neuropathy based on Ewing ́s battery tests was present in 56.7% of patients, no statistically significant risk factors were found. Our peripheral neuropathy questionnaire correlated with the results of the Sudoscan test and some tests of the clinical examination of peripheral sensor-motor nervous function (discriminatory contact perception test, temperature perception test). CONCLUSIONS: This study demonstrated a relatively high prevalence of peripheral (especially autonomic) neuropathy and verified some risk factors for the development of peripheral somatic neuropathy in asymptomatic patients with severe form of CD on anti-TNFα biological therapy.
- MeSH
- autonomní nervový systém MeSH
- biologická terapie MeSH
- Crohnova nemoc * farmakoterapie epidemiologie komplikace MeSH
- lidé MeSH
- nemoci autonomního nervového systému * MeSH
- nemoci periferního nervového systému * MeSH
- TNF-alfa terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (clonal hematopoiesis of indeterminate potential; CHIP) nástává během stárnutí lidského organizmu postupnou kumulací somatických a potenciálně preleukemických mutací v hematopoetických kmenových buňkách. Tyto mutace se vyskytují v genech, které mimo jiné hrají důležitou roli v regulaci zánětu. Riziko hematologické malignity u nositelů CHIP mutací je relativně nízké. U těchto pacientů se však vyskytuje 40% riziko celkové mortality způsobené vyšším výskytem infarktu myokardu a CMP. Ačkoli v současnosti přibývají důkazy o vztahu mezi CHIP, zánětem a kardiovaskulárními chorobami, vztah mezi CHIP a CMP dosud nebyl zcela objasněn. Cílem tohoto přehledného referátu je poukázat na aktuální a potenciálně klinicky relevatní problematiku, která je nepochybně výchozí pro další výzkum.
Clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) occurs during human aging through the progressive accumulation of somatic and potentially preleukemic mutations in hematopoietic stem cells. These mutations occur in genes that, among other things, play an important role in the regulation of inflammation. The risk of hematological malignancy in carriers of CHIP mutations is relatively low. However, these patients have a 40% risk of all-cause mortality due to a higher incidence of myocardial infarction and stroke. Although there is recent evidence of a relationship between CHIP, inflammation and cardiovascular diseases, the relationship between CHIP and stroke has not yet been fully elucidated. The aim of this review is to highlight a timely and potentially clinically relevant issue that is undoubtedly a starting point for further research.
- MeSH
- ateroskleróza etiologie genetika komplikace MeSH
- cévní mozková příhoda * etiologie genetika komplikace MeSH
- kardiovaskulární nemoci etiologie genetika komplikace MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- klonální hematopoéza * genetika MeSH
- lidé MeSH
- modely nemocí na zvířatech MeSH
- rizikové faktory kardiovaskulárních chorob MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
PURPOSE: Fecal immunochemical test (FIT) once a year or colonoscopy once in 10 years is the option approved for colorectal cancer (CRC) screening for asymptomatic individuals aged ≥ 50 years in the Czech Republic. We analyzed participation in the screening program to determine possible improvements. METHODS: In this observational cross-sectional study, data were collected from 4044 randomly chosen individuals from the Czech population (1866 men, 2178 women) aged ≥ 50 years by questionnaires. Individuals who underwent colonoscopy within the last 10 years or/and FIT within the last 2 years were classified as participants in the screening. RESULTS: 1050 individuals underwent FIT, 464 colonoscopy, and 558 underwent both. Adjusted for age, gender, and education, a higher chance of participation in the screening was observed in groups of non-smokers (OR = 1.25; CI 1.05-1.48), ex-smokers (OR = 1.51; CI 1.26-1.83), consuming smoked meat products less than once a week (OR = 1.26; CI 1.09-1.45), practicing physical activity at least once a week (OR = 1.25; CI 1.03-1.51), hospitalized in the past 12 months (OR = 1.73; CI 1.47-2.05), or consulting a general practitioner (GP) in the past 12 months (OR = 2.26; CI 1.87-2.74). The chance of participation of individuals having a risk factor for CRC (obesity, smoking, diabetes, low physical activity, alcohol drinking) was not higher compared to those without the risk factors. CONCLUSION: Individuals with a tendency to a healthy lifestyle or being in recent contact with the healthcare system by various means, mainly visiting a GP, had a higher participation in the screening for CRC. Among groups with an increased risk for CRC, higher participation was not shown.
- MeSH
- časná detekce nádoru * MeSH
- kolonoskopie MeSH
- kolorektální nádory * diagnóza epidemiologie prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- plošný screening MeSH
- průřezové studie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- pozorovací studie MeSH
Gangliogliom je vzácným primárním nádorem mozku. Predilekčně se vyskytuje supratentoriálně, v temporálním laloku (> 70 %). Nejčastějším klinickým projevem jsou farmakorezistentní epileptické záchvaty. Jeho vzácná, anaplastická, forma je definována histologickými známkami anaplazie v gliální složce nádoru. Pacientka s gangliogliomem WHO grade 1 podstoupila na našem pracovišti několik operačních výkonů pro postupnou progresi základního onemocnění. Z histologických vyšetření je patrný vývoj nádoru a jeho zvrat v anaplastickou formu (WHO grade 3), jehož chování odpovídalo glioblastomu IDH wild-type. Současné molekulárně-genetické profilování nádorů mozku je základem pro lepší predikci biologického a klinického chování nádoru a potažmo stanovení strategie jejich sledování a léčby.
Ganglioglioma is a rare primary brain tumor. It is commonly located supratentorialy, in the temporal lobe (>70%). The main clinical manifestation is a drug-resistant epileptic seizures. A rare, anaplastic, form is considered based on histological anaplastic signs of the glial component. Our patient with WHO grade 1 ganglioglioma underwent several surgeries for the gradual neoplasm progression. The histological examination shows the tumor development and its gradual up-grading into an anaplastic form (WHO grade 3), of which biology corresponded with the IDH wild-type glioblastoma. Current molecular-genetic tumor profiling is underpinnings for predilection of the biologic and clinic behavior and also for the assessment of follow-up and treatment strategy.
- Klíčová slova
- upgrading nádoru,
- MeSH
- gangliogliom * diagnóza patofyziologie terapie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádory mozku diagnóza patofyziologie terapie MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
