Účel štúdie: Cieľom práce je sumarizovať a zhodnotiť vývoj epidemiologickej situácie a výskytu invazívnych pneumokokových ochorení (IPO) na Slovensku v rokoch 1997–2015, v súvislosti s postupným vývojom surveillance IPO. Metódy: Analýza epidemiologickej situácie týkajúcej sa IPO v rokoch 1997–2015 a laboratórnych výsledkov vyšetrení kmeňov S. pneumoniae, izolovaných z invazívnych pneumokokových ochorení, v dvoch časových obdobiach, 2008–2010 a 2011–2015, na Slovensku. V rokoch 2008–2010 bol v sieti laboratórií HPL stanovený sérotyp u invazívnych bakteriálnych izolátov pochádzajúcich od 51 pacientov (quellung reakcia). Za obdobie rokov 2011-2015 bolo v NRC diagnostikovaných 317 bakteriálnych izolátov resp. biologických materiálov (latexová aglutinácia, quellung reakcia, multiplex PCR). Výsledky: Najvyššia incidencia IPO bola v rokoch 1997–2015 zaznamenaná v kategóriách 0-ročných detí, 1–4-ročných detí a osôb nad 65 rokov. Invazívne kmene S. pneumoniae boli najčastejšie izolované z hemokultúry a likvoru. Najčastejšími kauzálnymi sérotypmi IPO v rokoch 2008–2010 a 2011–2015 boli sérotypy 3, 19A, 14 a 7F, ktoré sú potenciálne preventabilné 13- resp. 23-valentnou vakcínou. Závery: Priemerná incidencia IPO na Slovensku za roky 2011–2015 predstavuje 1,25/100 000 a je stále ovplyvnená podhlásenosťou. Priebežné a nepretržité sledovanie kauzálnych sérotypov spôsobujúcich IPO aj naďalej zostáva nevyhnutnosťou.
Aim of the study: The aim of the study is to summarize epidemiological situation and to evaluate surveillance progress of invasive pneumococcal diseases (IPD) in Slovakia during the time period 1997–2015. Methods: The analysis of epidemiological situation regarding IPD in years 1997–2015 and results of laboratory testing of S. pneumoniae strains isolated from invasive pneumococcal diseases in years 2008–2010 and 2011–2015 in Slovakia. HPL laboratories network determined serotypes of invasive bacterial isolates from 51 patients (quellung reaction) during 2008–2010. NRC diagnosed 317 bacterial isolates respectively biological materials (latex agglutination, quellung reaction, multiplex PCR) during 2011–2015. Results: The highest IPD incidence in years 1997–2015 was noted in age groups of 0 year children, 1–4 year children and persons over 65 years. Invasive S. pneumoniae strains were most commonly isolated from hemoculture and CSF. The most frequent causal serotypes of IPD in 2008–2015 were 3, 19A, 14 and 7F. Conclusions: Average IPD incidence in Slovakia in years 2011-2015 represents 1.25/100 000 and still is influenced by underreporting. Ongoing and continuous monitoring of causal ser otypes causing IPD remains necessary.
Cieľ: Monitoring prítomnosti Streptococcus pneumoniae v nosohltane osôb rôznych vekových skupín v Banskej Bystrici, Slovensko, predovšetkým v detských kolektívoch. Porovnanie výskytu pneumokokov pred a po vakcinácii heptavalentnou konjugovanou vakcínou. Sérotypizácia izolovaných pneumokokov a genetická typizácia pulznou elektroforézou. Metódy: Na detekciu S. pneumoniae vo výteroch z nosohltana bola použitá klasická kultivácia na krvnom agare. Sérotypizácia pneumokokov bola robená pomocou štandardnej Quellungovej reakcie. Detekcia DNA S. pneumoniae bola vykonávaná použitím komerčnej PCR diagnostickej súpravy. Pulzná elektroforéza bola robená modifikovaným postupom podľa viacerých zdrojov. Výsledky: Výskyt pneumokokov klesá a stráca na význame so stúpajúcim vekom. V kolektívoch najmladších detí je relatívne vysoká premorenosť a podobnosť vyskytujúcich sa pneumokokov, čo potvrdzuje ich prenos medzi deťmi navzájom. Po zaočkovaní došlo k zmene v zastúpení jednotlivých sérotypov pneumokoka s výskytom menej nebezpečných sérotypov, aj keď celkový záchyt nebol relevatne nižší. Záver: Monitoring výskytu a typov S. pneumoniae v populácii je dôležitý z hľadiska variability tohto organizmu s ohľadom na možné zmeny v dôsledku očkovania.
Backround: The aim of the present study was to monitor the nasopharyngeal presence of Streptococcus pneumoniae in different age groups ps (especially children) in Banska Bystrica, Slovakia. The purpose of this screening was to determine the prevalence of different serotypes and to follow up the presence of pneumococcus in these children after the vaccination with heptavalent protein-conjugate vaccine. A contribution of molecular biology techniques was the detection of S. pneumoniae DNA by PCR and also the typisation and comparision of pneumococcal strains by pulsed-field gel electrophoresis. Methods: S. pneumoniae in nasopharyngeal swabs was detected by cultivation on blood agar plates. Serotypisation was performed by standard Quellung reaction. The comercial diagnostic kit was used for PCR detection of S. pneumoniae DNA. Pulsed-field electrophoresis was performed by modified scheme according to literature. Results: The incidence of pneumococcus is decreasing and less significant with the increasing age. Among yougest children is relatively high prevalence of pneumococci and the relatedness of isolated strains is high as well. After the vaccination, the less invasive serotypes were detected, although the overal incidence of S. pneumoniae was similar. Conclusions: The monitoring of S. pneumoniae in population is important according to variability of this bacteria with respect to possible changes in pneumococcal types as a consequence of vaccination
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- infekce získané v komunitě mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- nazofarynx mikrobiologie MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- pneumokokové infekce epidemiologie prevence a kontrola MeSH
- pneumokokové vakcíny terapeutické užití MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prevalence MeSH
- pulzní gelová elektroforéza metody MeSH
- senioři MeSH
- séroepidemiologické studie MeSH
- sérotypizace metody MeSH
- školy MeSH
- Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace patogenita růst a vývoj MeSH
- zařízení denní péče pro děti MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
Many severe diseases of the respiratory tract lead to hospitalisation. These diseases are often caused by viral infections and may cause increased mortality. The most common viral pathogens involved in these cases, which are also associated with significant morbidity and mortality during the influenza seasons are influenza viruses. Rapid differential diagnosis of influenza viruses is therefore of great importance. Classical diagnosis of these viruses involves virus cultures. Of the rapid diagnostic methodologies which have been developed are RT-PCR, multiplex PCR, real-time PCR. In the present study we have monitored clinical samples from patients of different age groups from selected regions in Slovakia and compared the effectiveness of the classical and molecular biological diagnostic methods. The molecular biological methods proved to be rapid, accurate and effective. Application of these techniques in diagnosis of the respiratory illnesses should help in the prevention, therapy and disease control.
Pulzná elektroforéza (PFGE- Pulsed-Field Gel Electrophoresis) je metodika, ktorá slúži na delenie dlhých fragmentov DNA v elektrickom poli, ktoré má premenlivý charakter. V stálom elektrickom poh sa fragmenty DNA väčšie ako 50 kilobáz pohybujú rovnakou rýchlosťou a nedajú sa rozlíšiť. Pri pulznej elektroforéze sa smer elektrického poľa periodicky a rovnomerne mení a fragmenty DNA teda putujú nielen priamo, ale aj do strán a dochádza k ich lepšiemu rozdeleniu. Takto sa dajú rozlíšiť aj fragmenty o veľkosti niekoľkých megabáz. Pulzná elektroforéza sa využíva na mapovanie genómov vyšších aj nižších organizmov. Veľmi široké využitie má v mikrobiológii, kde sa používa na typizáciu kmeňov rozličných baktérií porovnávaním elektroforetických proffilov genómovej DNA poštiepenej reštrikčnou endonukleázou s nízkou frekvenciou štiepenia. Využíva sa pritom polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov. Mikroorganizmy rôzneho druhu samozrejme poskytnú rozdielne elektroforetické profily. Identické organizmy budú mať identické profily. Organizmy príbuzné ich majú podobné, ale nie identické. Tieto porovnania sa využívajú aj v epidemiologických štúdiách. Po PIGL analýze viacerých vzoriek sa porovnaním ich elektroforetických profilov dá rozhodnúť, či ochorenie vyvolal ten istý kmeň alebo nie. Toto môže byť veími nápomocné v hľadaní zdroja epidémie a sledovaní jej šírenia. Sledujú sa najmä mikroorganizmy dôležité z hľadiska nozokomiálnych nákaz a patogény vyskytujúce sa v potravinách. Takisto sa dá sledovať genetický vývoj mikroorganizmu - hlavné typy, ktoré kolujú v populácii, čo môže byť účinné aj pri prípravách vakcín.
Pulsed-field gel electrophoresis was developed for separating and analyzing of long DNA fragments in alternating electric field. In homogenous electric field, fragments longer than 50 kb run as a broad, unresolved band with high mobility. PFGE separated the DNA by periodicaly changing the direction of electric field. DNA molecules are moving „zig-zag´´ through the gel and they can be better separated. Fragments of several megabases can be resolved using this method. PFGE can be used for genome mapping of microorganisms as well as higher organisms. In microbiology, PFGE is a standard method for typization of bacteria. Comparision of electrophoresis profiles after digestion od DNA from bacterial isolates with restriction endonuclease is a very useful epidemiologists tool. Geneticaly identical organisms have the same PFGE profiles, different strains have different profiles. Related strains have also similar electrophoretic profiles. This enables to determine if the outbreaks are caused by the same strain of microorganism, to locate the source of outbreak and to monitor the spread of the microorganism. The most followed-up are nosocomial and the food-borne pathogens. PFGE can be also used for monitoring genetic evolution of the microorganism and the most prevalent types which circulate in population. This can be very useful for preparation of vaccines.
