Hereditary angioedema due to C1 inhibitor deficiency (C1-INH-HAE) is a rare and life-threatening condition characterized by recurrent localized edema. We conducted a systematic screening of SERPING1 defects in a cohort of 207 Czech patients from 85 families with C1-INH-HAE. Our workflow involved a combined strategy of sequencing extended to UTR and deep intronic regions, advanced in silico prediction tools, and mRNA-based functional assays. This approach allowed us to detect a causal variant in all families except one and to identify a total of 56 different variants, including 5 novel variants that are likely to be causal. We further investigated the functional impact of two splicing variants, namely c.550 + 3A > C and c.686-7C > G using minigene assays and RT-PCR mRNA analysis. Notably, our cohort showed a considerably higher proportion of detected splicing variants compared to other central European populations and the LOVD database. Moreover, our findings revealed a significant association between HAE type 1 missense variants and a delayed HAE onset when compared to null variants. We also observed a significant correlation between the presence of the SERPING1 variant c.-21 T > C in the trans position to causal variants and the frequency of attacks per year, disease onset, as well as Clinical severity score. Overall, our study provides new insights into the genetic landscape of C1-INH-HAE in the Czech population, including the identification of novel variants and a better understanding of genotype-phenotype correlations. Our findings also highlight the importance of comprehensive screening strategies and functional analyses in improving the C1-INH-HAE diagnosis and management.
- MeSH
- hereditární angioedémy * diagnóza epidemiologie genetika MeSH
- inhibiční protein komplementu C1 * genetika MeSH
- lidé MeSH
- messenger RNA MeSH
- sestřih RNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
PURPOSE: Hereditary angioedema (HAE) is a rare autosomal dominant life-threatening disease characterized by low levels of C1 inhibitor (type I HAE) or normal levels of ineffective C1 inhibitor (type II HAE), typically occurring as a consequence of a SERPING1 mutation. In some cases, a causal mutation remains undetected after using a standard molecular genetic analysis. RESULTS: Here we show a long methodological way to the final discovery of c.1029 + 384A > G, a novel deep intronic mutation in intron 6 which is responsible for HAE type I in a large family and has not been identified by a conventional diagnostic approach. This mutation results in de novo donor splice site creation and subsequent pseudoexon inclusion, the mechanism firstly described to occur in SERPING1 in this study. We additionally discovered that the proximal part of intron 6 is a region potentially prone to pseudoexon-activating mutations, since natural alternative exons and additional cryptic sites occur therein. Indeed, we confirmed the existence of at least two different alternative exons in this region not described previously. CONCLUSIONS: In conclusion, our results suggest that detecting aberrant transcripts, which are often low abundant because of nonsense-mediated decay, requires a modified methodological approach. We suggest SERPING1 intron 6 sequencing and/or tailored mRNA analysis to be routinely used in HAE patients with no mutation identified in the coding sequence.
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- exony genetika MeSH
- hereditární angioedém, typy I a II genetika MeSH
- inhibiční protein komplementu C1 genetika MeSH
- introny genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- místa sestřihu RNA genetika MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mutace genetika MeSH
- mutační analýza DNA metody MeSH
- rodokmen MeSH
- senioři MeSH
- splicing proteinů genetika MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Souhrn: Prezentujeme kazuistiku pacienta se somatickou retardací a abnormálním vzhledem vlasů, který trpěl opakovanými epizodami vodnatého hlenovitého průjmu, postihem jaterních funkcí a neprospíváním. U pacienta byly pozorovány těžké průběhy infekcí včetně hepatitidy neznámého původu komplikované selháním jater ve 4 měsících, bronchopneumonie ve 4 letech a septického šoku ve věku 8 let. Ezofagogastroduodenoskopie a koloskopie byly provedeny ve 4 letech, k vyloučení zánětlivého onemocnění střev (IBD). Histologicky však byly patrné pouze známky nespecifické kolitidy. Imunologické vyšetření odhalilo snížený počet naivních CD4+ lymfocytů a sníženou T-lymfoproliferativní odpověď na mitogeny. K vyšetření vzorku DNA pacienta bylo použito masivní paralelní sekvenování (nazývané také sekvenování nové generace, next generation sequencing -NGS) zaměřené na panel genů souvisejících s primárními imunodeficiencemi. NGS analýza odhalila dvě heterozygotní varianty v genu TTC37. Nonsense varianta p.Arg1201* a missense varianta p.Leu1505Ser v exonu 34, resp. 42, byly vyhodnoceny jako patogenní na základě predikce in silico a jejich vzácného výskytu v obecné populaci. Vzhledem k tomu, že obě mutace již byly popsány u pacientů s trichohepatoenterickým syndromem (THES) a klinické známky u našeho pacienta byly v souladu s touto dia gnózou, považujeme naše zjištění za příčinné. THES je v dětství často život ohrožujícím onemocněním, zejména u pacientů, u kterých se rozvine onemocnění jater nebo trpí závažným průběhem infekčních onemocnění. THES může mít podobný klinický obraz jako zánětlivé onemocnění střev s velmi časným začátkem (very early-onset inflammatory bowel disease - VEO-IBD) a je často do této skupiny přiřazován. IBD jsou obecně považována za polygenní onemocnění, nicméně u některých dětí s VEO-IBD je známo, že jejich onemocnění má monogenní etiologii, tak jako je tomu u THES. Cílený NGS je účinným nástrojem pro jednoznačné stanovení diagnózy u pacientů s VEO-IBD.
Summary: We report a patient with somatic retardation and woolly hair appearance who suffered from recurring episodes of watery mucous diarrhea, impaired liver functions, and failure to thrive. He manifested with severe infection courses, including hepatitis of unknown origin complicated by liver failure at 4 months, bronchopneumonia at 4 years, and life-threatening sepsis with septic shock at 8 years of age. Esophagogastroduodenoscopy and colonoscopy were performed at 4 years to rule out inflammatory bowel disease (IBD), and only signs of nonspecific colitis were evident. Immunology workup revealed slight reduction in CD4+ naive subsets and impaired T cell response to mitogens. Massive parallel sequencing (also termed next-generation sequencing - NGS) targeting a panel of primary immunodeficiency-related genes was used to examine the patient's DNA. NGS analysis revealed two heterozygous variants in the TTC37 gene. Nonsense p.Arg1201* and missense p.Leu1505Ser variants in exons 34 and 42, respectively, were evaluated as pathogenic based on in silico predictions, their rare occurrence in the general population, and the fact that both mutations had already been described in patients with trichohepatoenteric syndrome (THES). As clinical features in our patient were in accordance with this diagnosis, we consider our findings as causative. THES could be a life-threatening condition, particularly in children who develop liver disease or severe infection courses. THES can have a similar clinical presentation as does very early-onset inflammatory bowel disease (VEO-IBD) and is often assigned to this group. Although IBD is generally regarded as a polygenic disease, some children with VEO-IBD are known also to have diseases with monogenic etiologies, as in THES. Targeted NGS is an efficient tool for establishing an accurate dia gnosis in VEO-IBD patients.
- Klíčová slova
- trichohepatoenterický syndrom,
- MeSH
- dítě MeSH
- idiopatické střevní záněty diagnóza MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- výsledek terapie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování * metody MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- autoimunitní lymfoproliferativní syndrom * enzymologie genetika patologie MeSH
- idiopatické střevní záněty * enzymologie genetika patologie MeSH
- kaspasa 8 * genetika metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- missense mutace * MeSH
- mladiství MeSH
- primární imunodeficience * enzymologie genetika patologie MeSH
- substituce aminokyselin MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- dopisy MeSH
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Běžná variabilní imunodeficience je tvořena heterogenní skupinou onemocnění představující klinicky významnou protilátkovou imunodeficienci. Granulomatózní forma onemocnění s postižením plic ve formě granulomatózně-lymfocytární intersticiální plicní nemoci patří mezi závažné komplikace. V článku prezentujeme případ mladé ženy se závažným postižením plic a splenomegalií provázenou pancytopenií. Léčba rituximabem v monoterapii v dávce 375 mg/m2/infuzi 4 týdny za sebou zopakovaná po 6 měsících vedla k významnému zlepšení nejen klinického stavu, ale i morfologického a funkčního nálezu plic, zmírnění pancytopenie, významné redukci hodnoty alkalické fosfatázy a vymizení granulomů ve slezině. Léčba byla dobře tolerována a nebyla provázena žádnými nežádoucími účinky. Námi prezentovaný případ ukazuje na možnou efektivitu a bezpečnost podání rituximabu v monoterapii u pacientů s komplikovanou formou běžné variabilní imunodeficience.
Successful rituximab treatment of granulomatous/lymphocytic interstitial lung disease in common variable immunodeficiency Common variable immunodeficiency, a heterogeneous group of diseases, represents a clinically relevant form of antibody immunodeficiency. Granulomatous/lymphocytic interstitial lung disease is among the most serious complications. A case report is presented of a young women with granulomatous/lymphocytic interstitial lung disease and splenomegaly accompanied by pancytopenia. Intravenous rituximab treatment in monotherapy (at a weekly dose of 375 mg/m2 for four consecutive weeks, repeated six months later) not only led to a significant improvement in clinical symptoms but also to positive morphological and functional lung changes, mitigation of pancytopenia, considerable reduction of alkaline phosphatase level, and disappearance of splenic granulomas. The treatment was well tolerated without any side effects. The case report presented suggests possible efficacy and safety of rituximab monotherapy in patients with a complicated form of common variable immunodeficiency.
- MeSH
- antiflogistika MeSH
- biopsie MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- dospělí MeSH
- imunoglobuliny aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- imunologické faktory MeSH
- intersticiální plicní nemoci * diagnóza farmakoterapie patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- pancytopenie MeSH
- plíce anatomie a histologie MeSH
- pneumonie MeSH
- prednison aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- rituximab * aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- splenomegalie diagnóza patologie MeSH
- syndromy imunologické nedostatečnosti diagnóza MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Mutations and deletions of the tumor suppressor TP53 gene are the most frequent genetic alterations detected in human tumors, though they are rather less frequent in lymphomas. However, acquisition of the TP53 mutation was demonstrated to be one of the characteristic markers in mantle cell lymphoma (MCL) and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and prognostic value of the TP53 status has been recognized for these diseases. We present the complex analysis of the TP53 aberrations in 57 cases of MCL and 131 cases of DLBCL. The TP53 status was determined by functional analyses in yeast (FASAY) followed by cDNA and gDNA sequencing. The level of the p53 protein was assessed by immunoblotting and loss of the TP53-specific locus 17p13.3 was detected by FISH. Altogether, we detected 13 TP53 mutations among MCL cases (22.8%) and 29 TP53 mutations in 26 from 131 DLBCL cases (19.8%). The ratio of missense TP53 mutations was 76.9% in MCL and 82.8% in DLBCL. The frequency of TP53 locus deletion was rather low in both diseases, reaching 9.3% in MCL and 15.3% in DLBCL. The presence of TP53 mutation was associated with shorter overall survival (OS) and progression-free survival (PFS) in MCL. Among DLBCL cases, the TP53 mutations shortened both OS and PFS of patients treated with R-CHOP (rituximab, cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine and prednisone) and decreased both OS and PFS of patients with secondary DLBCL disease.
- MeSH
- cyklofosfamid aplikace a dávkování MeSH
- difúzní velkobuněčný B-lymfom farmakoterapie genetika patologie MeSH
- dospělí MeSH
- doxorubicin aplikace a dávkování MeSH
- Kaplanův-Meierův odhad MeSH
- kvasinky genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lymfom z plášťových buněk farmakoterapie genetika patologie MeSH
- mutace MeSH
- nádorový supresorový protein p53 genetika MeSH
- prednison aplikace a dávkování MeSH
- přežití po terapii bez příznaků nemoci MeSH
- prognóza * MeSH
- regulace genové exprese u nádorů účinky léků MeSH
- rituximab aplikace a dávkování MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- vinkristin aplikace a dávkování MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Both variants affecting splice sites and those in splicing regulatory elements (SREs) can impair pre-mRNA splicing, eventually leading to severe diseases. Despite the availability of many prediction tools, prognosis of splicing affection is not trivial, especially when SREs are involved. Here, we present data on 92 in silico-/55 minigene-analysed variants detected in genes responsible for the primary immunodeficiencies development (namely BTK, CD40LG, IL2RG, SERPING1, STAT3, and WAS). Of 20 splicing-affecting variants, 16 affected splice site while 4 disrupted potential SRE. The presence or absence of splicing defects was confirmed in 30 of 32 blood-derived patients' RNAs. Testing prediction tools performance, splice site disruptions and creations were reliably predicted in contrast to SRE-affecting variants for which just ESRseq, ΔHZEI-scores and EX-SKIP predictions showed promising results. Next, we found an interesting pattern in cryptic splice site predictions. These results might help PID-diagnosticians and geneticists cope with potential splicing-affecting variants.
- MeSH
- buňky Hep G2 MeSH
- dítě MeSH
- exony MeSH
- HeLa buňky MeSH
- kojenec MeSH
- komplement C1 - inaktivátory genetika MeSH
- lidé MeSH
- messenger RNA genetika MeSH
- mutace MeSH
- předškolní dítě MeSH
- protein Wiskottova-Aldrichova syndromu genetika MeSH
- receptory interleukinů - společná gama-podjednotka genetika MeSH
- rekombinantní fúzní proteiny genetika MeSH
- sestřih RNA * MeSH
- syndromy imunologické nedostatečnosti genetika MeSH
- transkripční faktor STAT3 genetika MeSH
- tyrosinkinasy genetika MeSH
- U937 buňky MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- předškolní dítě MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
