The advancement in molecular techniques has been attributed to the quality and significance of cancer research. Pancreatic cancer (PC) is one of the rare cancers with aggressive behavior and a high mortality rate. The asymptomatic nature of the disease until its advanced stage has resulted in late diagnosis as well as poor prognosis. The heterogeneous character of PC has complicated cancer development and progression studies. The analysis of bulk tissues of the disease was insufficient to understand the disease, hence, the introduction of the single-cell separating technique aided researchers to decipher more about the specific cell population of tumors. This review gives an overview of the Laser Capture Microdissection (LCM) technique, one of the single-cell separation methods used in PC research.

• MeSH
• duktální karcinom slinivky břišní * patologie   MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce MeSH
• lidé MeSH
• nádory slinivky břišní * patologie   MeSH
• pankreas patologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

Přestože se spektrum biomarkerů užívaných v onkologii neustále rozšiřuje, zůstává stanovení morfologie nádorů rozhodujícím kritériem diagnostiky. U karcinomů prsu bylo nedávno zjištěno, že stupeň diferenciace je provázen změnami exprese miRNA. Není však nic známo o tom, zda popsané změny souvisí se změnou morfologie a zda mají individuální nebo obecný charakter. Cílem navrhovaného projektu je použít zatím unikátní přístup a srovnat expresní profil miRNA z různých částí téhož nádoru s rozdílnou morfologickou charakteristikou i nádorů se stejnou morfologií od různých pacientek a zároveň zjistit, zda je možné tyto specifické miRNA detekovat v krvi. Pro řešení navrhujeme použít mikrodisekční metody izolace buněk z parafínových bloků TNBC a mikročipovou analýzu miRNA. Tkáňové a sérové hladiny vybraných miRNA budou sledovány pomocí qPCR v rozšířeném validačním souboru a jejich funkce bude studována pomocí experimentů na buněčných liniích. Projekt by mohl přispět k odhalení nových principů řídících morfogenezi v nádorech a rovněž k identifikaci nových diagnostických a prognostických znaků.; Although the spectrum of cancer biomarkers is constantly expanding, determining the morphology is a decisive criterion for diagnosis. Recent research in breast cancer has shown that the degree of differentiation is accompanied by changes in miRNA expression. However, nothing is known about relationship between the described changes and tumor morphology or whether these changes have an individual or general character. We suggest to compare the miRNA expression profiles from different parts of the same tumor which have different morphology as well as tumors with the same morphology from different patients and analyse whether specific miRNAs are released into blood. Microdissection of cells from paraffin blocks of TNBC and miRNA microarray analysis will be used. Tissue and serum levels of selected miRNAs will be monitored by qPCR in an extended validation set and their functions will be studied by experiments on cell lines. The project could contribute to the discovery of new principles governing morphogenesis in tumors as well as identify novel diagnostic and prognostic markers.

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• exprese genu MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• mikrodisekce MeSH
• morfogeneze MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Molecular assessment of renal allografts has already been suggested in antibody-mediated rejection (ABMR), but little is known about the gene transcript patterns in particular renal compartments. We used laser capture microdissection coupled with quantitative RT-PCR to distinguish the transcript patterns in the glomeruli and tubulointerstitium of kidney allografts in sensitized retransplant recipients at high risk of ABMR. The expressions of 13 genes were quantified in biopsies with acute active ABMR, chronic active ABMR, acute tubular necrosis (ATN), and normal findings. The transcripts were either compartment specific (TGFB1 in the glomeruli and HAVCR1 and IGHG1 in the tubulointerstitium), ABMR specific (GNLY), or follow-up specific (CXCL10 and CX3CR1). The transcriptional profiles of early acute ABMR shared similarities with ATN. The transcripts of CXCL10 and TGFB1 increased in the glomeruli in both acute ABMR and chronic active ABMR. Chronic active ABMR was associated with the upregulation of most genes (SH2D1B, CX3CR1, IGHG1, MS4A1, C5, CD46, and TGFB1) in the tubulointerstitium. In this study, we show distinct gene expression patterns in specific renal compartments reflecting cellular infiltration observed by conventional histology. In comparison with active ABMR, chronic active ABMR is associated with increased transcripts of tubulointerstitial origin.

• MeSH
• biopsie MeSH
• chronická nemoc MeSH
• dospělí MeSH
• glomerulus imunologie   metabolismus   patologie   MeSH
• HLA antigeny imunologie   MeSH
• isoprotilátky imunologie   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce MeSH
• ledviny imunologie   metabolismus   patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• rejekce štěpu genetika   imunologie   metabolismus   patologie   MeSH
• senioři MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• transkriptom * MeSH
• transplantace ledvin škodlivé účinky   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH

Eudiplozoon nipponicum (Goto, 1891) is a hematophagous monogenean ectoparasite which inhabits the gills of the common carp (Cyprinus carpio). Heavy infestation can lead to anemia and in conjunction with secondary bacterial infections cause poor health and eventual death of the host. This study is based on an innovative approach to protein localization which has never been used in parasitology before. Using laser capture microdissection, we dissected particular areas of the parasite body without contaminating the samples by surrounding tissue and in combination with analysis by mass spectrometry obtained tissue-specific proteomes of tegument, intestine, and parenchyma of our model organism, E. nipponicum. We successfully verified the presence of certain functional proteins (e.g. cathepsin L) in tissues where their presence was expected (intestine) and confirmed that there were no traces of these proteins in other tissues (tegument and parenchyma). Additionally, we identified a total of 2,059 proteins, including 72 peptidases and 33 peptidase inhibitors. As expected, the greatest variety was found in the intestine and the lowest variety in the parenchyma. Our results are significant on two levels. Firstly, we demonstrated that one can localize all proteins in one analysis and without using laboratory animals (antibodies for immunolocalization of single proteins). Secondly, this study offers the first complex proteomic data on not only the E. nipponicum but within the whole class of Monogenea, which was from this point of view until recently neglected.

• MeSH
• kapři parazitologie   MeSH
• kathepsiny analýza   metabolismus   MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce MeSH
• parenchymatická tkáň metabolismus   MeSH
• ploštěnci metabolismus   MeSH
• proteasy analýza   metabolismus   MeSH
• proteom analýza   MeSH
• proteomika metody   MeSH
• střevní sliznice metabolismus   MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• vysokoúčinná kapalinová chromatografie MeSH
• žábry parazitologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

The dentin-enamel junction (DEJ) is the border where two different mineralized structures - enamel and dentin - meet. The protein-rich DEJ, together with the inner enamel region of mature teeth, is known to exhibit higher fracture toughness and crack growth resistance than bulk phase enamel. However, an explanation for this behavior has been hampered by the lack of compositional information for the DEJ and the adjacent enamel organic matrix (EOM). We studied proteomes of the DEJ and EOM of healthy human molars and compared them with dentin and enamel proteomes from the same teeth. These tissues were cut out of tooth sections by laser capture microdissection, proteins were extracted and cleaved by trypsin, then processed by liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry to analyze the proteome profiles of these tissues. This study identified 46 proteins in DEJ and EOM. The proteins identified have a variety of functions, including calcium ion-binding, formation of extracellular matrix, formation of cytoskeleton, cytoskeletal protein binding, cell adhesion, and transport. Collagens were identified as the most dominant proteins. Tissue-specific proteins, such as ameloblastin and amelogenin, were also detected. Our findings reveal new insight into proteomics of DEJ and EOM, highly mineralized tissues that are obviously difficult to analyze.

• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• dentin * MeSH
• lidé MeSH
• mikrodisekce MeSH
• moláry * MeSH
• proteiny metabolismus   MeSH
• proteom analýza   MeSH
• proteomika metody   MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• zubní sklovina * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• diabetes mellitus * MeSH
• elektivní chirurgické výkony MeSH
• fúze páteře klasifikace   metody   MeSH
• krční obratle patofyziologie   MeSH
• laminektomie klasifikace   metody   MeSH
• lidé MeSH
• medicína založená na důkazech MeSH
• mikrodisekce klasifikace   metody   MeSH
• nemoci míchy * diagnóza   etiologie   chirurgie   MeSH
• neurodegenerativní nemoci diagnóza   etiologie   chirurgie   MeSH
• ortopedické výkony * klasifikace   metody   MeSH
• perioperační období MeSH
• rizikové faktory MeSH
• statistika jako téma MeSH
• výsledky a postupy - zhodnocení (zdravotní péče) MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

We applied qPCR to compare relative telomere length in terminal villi microdissected from term control placentas and placentas of patients suffering from type 1 diabetes. Significant differences were not found in the relative T/S ratios between placental groups or between the diabetic placentas affected and those not affected with chorangiosis. We hypothesize that there is no relationship between decreased placental proliferative ability in maternal diabetes type 1 and telomere shortening.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu patofyziologie   MeSH
• dospělí MeSH
• homeostáza telomer * MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• placenta fyziologie   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• těhotenství MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• DNA * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• endopeptidasa K MeSH
• histocytologické preparační techniky * metody   MeSH
• karcinom z renálních buněk MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce * metody   MeSH
• lidé MeSH
• odběr biologického vzorku MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• uchovávání tkání MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

AIMS: Polymorphous low-grade adenocarcinoma (PLGA) is the second most common intra-oral salivary gland malignancy. The vast majority of PLGAs harbour a PRKD1 E710D hot-spot somatic mutation or somatic rearrangements of PRKD1, PRKD2 or PRKD3. Given the kinase domain homology among PRKD1, PRKD2 and PRKD3, we sought to define whether PLGAs lacking PRKD1 somatic mutations or PRKD gene family rearrangements would be driven by somatic mutations affecting the kinase domains of PRKD2 or PRKD3. METHODS AND RESULTS: DNA was extracted from eight microdissected PLGAs lacking PRKD1 somatic mutations or PRKD gene family rearrangements. Samples were thoroughly centrally reviewed, microdissected and subjected to Sanger sequencing of the kinase domains of the PRKD2 and PRKD3 genes. None of the PLGAs lacking PRKD1 somatic mutations or PRKD gene family rearrangements harboured somatic mutations in the kinase domains of the PRKD2 or PRKD3 genes. CONCLUSION: PLGAs lacking PRKD1 somatic mutations or PRKD gene family rearrangements are unlikely to harbour somatic mutations in the kinase domains of PRKD2 or PRKD3. Further studies are warranted to define the driver genetic events in this subgroup of PLGAs.

• MeSH
• adenokarcinom diagnóza   enzymologie   genetika   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• genová přestavba MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrodisekce MeSH
• mutace MeSH
• nádory slinných žláz diagnóza   enzymologie   genetika   patologie   MeSH
• proteinkinasa C genetika   MeSH
• proteinové domény MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sekvenční seřazení MeSH
• senioři MeSH
• slinné žlázy patologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• laserová záchytná mikrodisekce * dějiny   metody   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH