• Klíčová slova
• projekt Enigma, software Floxgen,
• MeSH
• genetická terapie etika   MeSH
• genomika * etika   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• individualizovaná medicína trendy   MeSH
• lidé MeSH
• medicína založená na důkazech trendy   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   přístrojové vybavení   MeSH
• úhradový mechanismus MeSH
• umělá inteligence MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• novinové články MeSH
• rozhovory MeSH

• Klíčová slova
• molekulární psychiatrie,
• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• epidemiologie odpadních vod MeSH
• kongresy jako téma MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota genetika   MeSH
• molekulární biologie * trendy   MeSH
• nemoci dýchací soustavy epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• nukleové kyseliny analýza   MeSH
• RNA-viry patogenita   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Náhlá srdeční smrt (SCD) je u jedinců mladších 40 let velmi často způsobena dědičným kardiovaskulárním onemocněním. Identifikace těchto případů, provedení post mortem genetického vyšetření a kardiologického screeningového vyšetření přímých příbuzných jsou předpokladem k primární prevenci srdeční zástavy u pozůstalých. Cílem práce je analýza výsledků takového programu, který byl zaveden v České republice. Soubor a metodika: V období od 2016 do 2021 jsme v rámci grantového projektu řešili celkově 133 případů náhlého úmrtí, z nichž bylo podrobné kardiogenetické diagnostice podrobeno 115 úmrtí jedinců ve věku 0-59 let, celkem ze 110 rodin. Mrtví byli na základě pitevní diagnózy rozřazeni do kategorií dle typu kardiomyopatie (hypertrofická, dilatační nebo arytmogenní), kategorie bez nálezu strukturálního onemocnění srdce (SADS) nebo bez jasného pitevního nálezu (SUD/SUDI), případně náhlé úmrtí novorozence (SIDS) a akutní disekce velké cévy. Celkem 328 příbuzných bylo geneticky konzultováno a kardiologicky vyšetřeno. Po informovaném souhlasu následovala molekulární analýza metodou sekvenování nové generace (Sophia Genetics) celkem u 106 případů, kde byl k dispozici vhodný materiál pro analýzu. Výsledky: Anamnéza náhlého úmrtí či blízký příbuzný se srdečním selháním a/nebo komorovou arytmií byla zaznamenána v 33/115 případů (28,6 %) rodin. Velmi pravděpodobná nebo jistá molekulární příčina onemocnění (klasifikace 4 a 5) byla nalezena u 21/106 (19,8 %) v genech RYR2, KCNH2, KCNQ1, SCN5A, FLNC, GLA, TTN, TNNT2, RBM 20, MYBPC3, MYPN, FHL1, TGFBR1 a COL3A1. Záchyt příčinných variant kyseliny desoxyribonukleové (DNA) byl ve skupině náhlých úmrtí s předchozí rodinnou anamnézou 16/49 (32,6 %). Klinickým a genetickým vyšetřením bylo identifikováno 86/328 (26,2 %) příbuzných v riziku. Závěr: Multidisciplinární spolupráce spolu s centralizovanou molekulárně-genetickou diagnostikou umož- nila odhalit jistou molekulární příčinu SCD v 19,8 % případů. Významná část rodin měla pozitivní rodinnou anamnézu (28,6 %). Je možné tedy usoudit, že náhlé smrti by bylo možné zabránit provedením kaskádového rodinného screeningu až u jedné třetiny zemřelých.

Sudden cardiac death (SCD) in individuals younger than 40 years has a heritable cause in a significant subset of cases. Identification of SCD, postmortem genetic analysis along with the cardiological screening in first degree relatives represents an important tool for the primary prevention of cardiac arrest in victim's relatives and requires multicentric and multidisciplinary collaboration. Between 2016 and 2021 we dealt with totally 133 cases of sudden death, the complex cardiogenetic analysis was performed in 115 cases at the age of 0-59 years with post mortem diagnosis of cardiomyopathy, acute aortic dissection and cases without morphological finding explaining the cause of death (sudden arrhythmic death or sudden unexplained death). DNA was isolated from post mortem collected tissue samples or relative's blood and subjected to massively parallel sequencing (SophiaGenetics, Switzerland). Genetic counselling and cardiological examinations were carried out in 328 family members. Highly likely or certain molecular aetiology (i.e. based on presence of ACMG.net classification 4 to 5 variants) was disclosed in 19.8% of analysed cases in RYR2, KCNH2, KCNQ1, SCN5A, FLNC, GLA, TTN, TNNT2, RBM 20, MYBPC3, MYPN, FHL1, TGFBR1, and COL3A1 genes. With cardiogenetic screening we identified 83/328 (26.2%) relatives at risk of life threatening arrhythmias, who were offered individualised care. Conclusion: Our study with postmortem analysis could reveal a pathogenic DNA variant in 19.8% of cases and in 32.6% in cases with positive family history. A relevant number of studied victims had a positive family history, which indicates the importance of family cascade screening in patients with heart failure or malignant arrhythmias of unclear aetiology for primary prevention of sudden cardiac death.

• MeSH
• anamnéza statistika a číselné údaje   MeSH
• genetické testování * metody   přístrojové vybavení   MeSH
• kardiovaskulární nemoci diagnóza   epidemiologie   etiologie   genetika   klasifikace   prevence a kontrola   MeSH
• lidé MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• molekulární patologie metody   MeSH
• náhlá srdeční smrt * epidemiologie   etiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pitva metody   MeSH
• srdeční zástava diagnóza   epidemiologie   etiologie   genetika   klasifikace   prevence a kontrola   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

x

x

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární klasifikace   MeSH
• mikrobiální genetika metody   MeSH
• nanopórové sekvenování metody   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• sekvenování celého genomu klasifikace   metody   MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace   metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) represents a prototype disease in which TP53 gene defects lead to inferior prognosis. Here, we present two distinct methodologies which can be used to identify TP53 mutations in CLL patients; both protocols are primarily intended for research purposes. The functional analysis of separated alleles in yeast (FASAY) can be flexibly adapted to a variable number of samples and provides an immediate functional readout of identified mutations. Amplicon-based next-generation sequencing then allows for a high throughput and accurately detects subclonal TP53 variants (sensitivity <1% of mutated cells).

• MeSH
• alely MeSH
• chronická lymfatická leukemie krev   genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA přístrojové vybavení   metody   MeSH
• nádorové cirkulující buňky patologie   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• reportérové geny genetika   MeSH
• Saccharomyces cerevisiae genetika   MeSH
• transfekce přístrojové vybavení   metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování přístrojové vybavení   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Dne 30. října 2019 hostila posluchárna Onkologické kliniky FN Plzeň odborný seminář s názvem „Precizní medicína – další krok v onkologii“. Úvodu do problematiky se ujal prof. MUDr. Jindřich Fínek, Ph.D., MHA (Onkologická a radioterapeutická klinika LF UK a FN, Plzeň), který na počátku uvedl cíle precizní medicíny. Těmi je dosažení co nejlepšího možného klinického výsledku (nejenom v léčbě nádorů) za minimálního zatížení zdravých nenádorových tkání. Precizní medicína vyžaduje přizpůsobení léčby jednotlivci a jeho onkologickému onemocnění, a to na základě jedinečných molekulárních vlastností.

• Klíčová slova
• larotrectinib, NTRK,
• MeSH
• individualizovaná medicína * metody   trendy   MeSH
• lékařská onkologie * trendy   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   účinky léků   MeSH
• nádory slinných žláz diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• nádory diagnóza   farmakoterapie   genetika   terapie   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic diagnóza   genetika   MeSH
• pyrazoly aplikace a dávkování   MeSH
• pyrimidiny aplikace a dávkování   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• výsledek terapie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Metoda masivně paralelního sekvenování umožnila rychlejší a ekonomičtější výzkum v oblasti genomiky. Tato technologie umožňuje osekvenovat kompletní lidský genom za zlomek ceny i času v porovnání s doposud používanou Sangerovou metodou. Zavedení této techniky do oblasti onkologického výzkumu významně přispělo k molekulární charakterizaci nádorů a hlubšímu porozumění jejich evoluce. Pomocí masivně paralelního sekvenování byly identifikovány nové kauzální mutace, které jsou podstatou nádorových dědičných syndromů, porovnáním sekvenování DNA nádorové a příslušné zdravé tkáně byly odhaleny nové mutace a strukturní aberace u více než 15 rozdílných nádorových onemocnění. V tomto přehledu jsou uvedeny technické charakteristiky nejrozšířenějších sekvenačních platforem, krátce shrnuty jejich výhody a nevýhody a popsány možnosti uplatnění v klinické praxi.

Development of new sequencing methods allowed faster and more economical genomic research. With these technologies, it is now possible to determine the complete sequence of human genome in a short time period and at a relatively low cost. Introduction of next generation sequencing methods to cancer research provided a comprehensive molecular characterization of cancers and enabled deeper insights into tumor complexity, heterogeneity and evolution. Next generation technologies have been applied to identify new causal mutations in genes in hereditary cancer syndromes. More than 15 various tumor types have been already sequenced and compared to that of normal cells allowing identification of new cancer driving mutations and genome structural rearrangements. In this review, we describe technical characteristics of main next generation sequencing platforms, briefly overview their pros and cons and clinical perspective. Key words: high‑throughput nucleotide sequencing – genomics – mutations – cancer research – clinical application – personalized treatment This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 4. 2. 2014 Accepted: 1. 4. 2014

• Klíčová slova
• technologie masivně paralelního sekvenování, onkologický výzkum, Roche 454, SOLiD, single-molecule sekvenování, Solexa,
• MeSH
• genetické testování MeSH
• genom lidský MeSH
• genomika * metody   MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• lidé MeSH
• mutace * genetika   MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• sekvenční analýza RNA metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Sekvenování nové generace, nazývané také masivně paralelní sekvenování (MPS), je v současnosti nejrychleji se rozvíjející metodou molekulární genetiky, která přinese zlom v oblasti personalizované medicíny. V tomto přehledu stručně popisujeme hlavní typy MPS, kterými jsou celogenomová a exomová sekvenace, sekvenace transkriptomu a amplikonové sekvenování. Dále je uveden souhrn výhod, nevýhod a možných aplikací technologií nabízených v současnosti v České republice.

Next generation or massive parallel sequencing (MPS) is a rapidly advancing method in molecular genetics that will bring significant changes in the personalized medicine field. In this review we briefly describe major types of MPS, including whole-genome, -exome, -transcriptome and amplicon sequencing. We also present an overview of the advantages, drawbacks and possible applications of sequencing technologies available in the Czech Republic.

• Klíčová slova
• masivně paralelní sekvenování, amplikonové sekvenování, sekvenování nové generace,
• MeSH
• exom MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza DNA * ekonomika   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• sekvenční analýza RNA metody   MeSH
• transkriptom MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * ekonomika   metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH