Pomocí molekulárně genetických metod lze prokázat infekční organismy virového, bakteriálního a houbového původu, stejně jako protozoa a parazitické červy. Molekulární metody detekují specifické úseky v sekvencích nukleových kyselin infekčních agens, a není tedy nutné zachování viability hledaných mikroorganismů. Proto je možné použít tyto metody i pro přímý průkaz infekčního agens z fixované tkáně, nejčastějšího dostupného materiálu v patologii. Tento krátký přehledový článek vychází z více než dvacetiletého fungování molekulárně mikrobiologického úseku v rámci patologie a naším cílem je přiblížit možnosti molekulárně genetické detekce infekčních organismů pro patologickou diagnostiku.
Using molecular methods, infectious organisms of viral, bacterial and fungal origin, as well as protozoa and helminths, can be detected. Molecular methods detect specific segments in the nucleic acid sequences of infectious agents and therefore do not require the maintenance of viability of the microorganisms of interest. Therefore, these methods can also be used for direct detection of infectious agents from fixed tissue, the most commonly available material in pathology. This short review article is based on more than 20 years of molecular microbiology within pathology and our aim is to present the possibilities of molecular detection of infectious organisms for pathological diagnosis.
- MeSH
- Molecular Diagnostic Techniques * classification methods MeSH
- Formaldehyde MeSH
- In Situ Hybridization methods MeSH
- Communicable Diseases * diagnosis etiology pathology MeSH
- Humans MeSH
- Microbiota genetics MeSH
- Nucleic Acids analysis isolation & purification MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods MeSH
- High-Throughput Nucleotide Sequencing methods MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Review MeSH
Příchod imunoterapie a cílené terapie radikálně změnil prognózu pacientů s pokročilým maligním melanomem, až 40 % pacientů se dnes dožívá dlouhodobé remise onemocnění. Zhruba u 50 % maligních melanomů se vyskytuje BRAF V600 mutace. Účinnost cílené léčby BRAF mutovaných melanomů byla zvýšena kombinovanou terapií inhibitory BRAF a inhibitory MEK za přijatelné toxicity. Avšak i u kombinace inhibitorů BRAF a inhibitorů MEK se bohužel rozvíjí sekundární rezistence. Nové strategie k překonání sekundární rezistence jsou předmětem řady klinických studií. Otázkou také zůstává vhodná sekvence léčby u BRAF V600 mutovaných maligních melanomů. Výsledky probíhajících srovnávacích studií umožní další optimalizaci léčby tohoto závažného onemocnění. Následující práce přináší přehled kombinované cílené terapie vemurafenibem a cobimetinibem v léčbě pokročilého BRAF V600 mutovaného maligního melanomu.
Immunotherapy and targeted therapy have radically changed prognosis of patients with advanced malignant melanoma. Nowadays up to 40 % of patients reach long term remission of disease. Around 50 % of malignant melanomas harbor BRAF V600 mutation. Combination of BRAF and MEK inhibitors in the treatment of BRAF V600 mutated melanomas has led to increased efficacy with acceptable toxicity of the treatment. Unfortunately, the secondary resistance develops to combination therapy too. New strategies to overcome the secondary resistance are subject of many clinical trials as well as appropriate sequence of treatment of BRAF V600 mutated melanoma. The results of ongoing clinical trials will hopefully lead to further optimizing of the treatment. This review summarizes the combination of vemurafenib and cobimetinib in the treatment of advanced BRAF V600 mutated malignant melanoma.
- MeSH
- Azetidines administration & dosage adverse effects therapeutic use MeSH
- Molecular Targeted Therapy * methods trends MeSH
- Combined Modality Therapy * methods trends MeSH
- Humans MeSH
- MAP Kinase Kinase 1 antagonists & inhibitors therapeutic use MeSH
- MAP Kinase Kinase Kinases antagonists & inhibitors therapeutic use MeSH
- Melanoma * diagnosis drug therapy genetics MeSH
- Meta-Analysis as Topic MeSH
- Piperidines administration & dosage therapeutic use MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods trends MeSH
- Proto-Oncogene Proteins B-raf genetics isolation & purification MeSH
- Statistics as Topic MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Review MeSH
Polymerasová řetězová reakce (PCR) je metoda používaná pro namnožení specifického úseku DNA. Pro své vlastnosti se stala tato technika oblíbenou a v praxi hojně používanou metodou. V současné době rozlišujeme tři generace PCR – tradiční PCR (I. generace), kvantitativní PCR s fluorescenční detekcí v reálném čase – qPCR (II. generace) a digitální PCR – dPCR (III. generace). dPCR je robustní a citlivá metoda, díky čemuž nachází uplatnění v mnoha oblastech jako je mikrobiologie, analýza potravin, onkologie apod. Využívá se především pro absolutní kvantifikaci a/nebo detekci vzácných cílů. Její výhodou je, v porovnání s qPCR, přesnější kvantifikace nezávislá na počtu amplifikačních cyklů a kalibrační křivce.
Polymerase chain reaction (PCR) is a technique used to amplify a specific DNA segment. For its qualities, this technique has become popular and widely used method in practise. Nowaday, we distinguish three generations of PCR – traditional PCR (1st Generation), quantitative PCR with fluorescence detection – qPCR (2nd generation) and digital PCR – dPCR (3rd generation). dPCR is robust and sensitive method, which is applied in many fields such as microbiology, food analysis, oncology, etc. It is mainly used for absolute quantification and / or detection of rare targets. Its advantage, in comparison to qPCR, is more precise quantification independent of the number of amplification cycles and the calibration curve.
- Keywords
- digitální PCR,
- MeSH
- DNA MeSH
- Real-Time Polymerase Chain Reaction MeSH
- Multiplex Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods MeSH
- Sensitivity and Specificity MeSH
- Nucleic Acid Amplification Techniques MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
Polymerázová řetězová reakce (PCR- polymerase chain reaction) je metoda rychlého a snadného zmnožení příslušného úseku DNA, která je založena na principu opakované replikace nukleových kyselin pomocí termostabilní polymerázy. Tato metoda má v oblasti molekulární biologie dodnes nezastupitelnou roli a představuje jednu ze základních metod analýzy DNA. V následujícím textu popisujeme základní principy PCR, její vyžití a význam zejména v oblasti patologie.
Polymerase chain reaction (PCR) is a technology used for quick and easy amplifying DNA sequences, which is based on the principle of enzymatic replication of the nucleic acids. This method has in the field of molecular biology an irreplaceable role and constitutes one of the basic methods for DNA analysis. In the following article we describe the basic principles of PCR, and its importance especially in the field of pathology.
- Keywords
- amplifikace nukleových kyselin, detekce amplikonu, primery,
- MeSH
- Electrophoresis, Gel, Two-Dimensional methods MeSH
- DNA Primers MeSH
- Real-Time Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Humans MeSH
- Pathology, Molecular MeSH
- Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Polymerase Chain Reaction * classification methods utilization MeSH
- Reverse Transcription MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
- Review MeSH
Zavedli jsme metodu detekce chromozomální DNA Treponema pallidum subsp. pallidum dvoukrokovou (nested) PCR reakcí, která amplifikuje část genu TP0319, kódujícího hypotetický membránový lipoprotein (gen tmpC). Vyšetřili jsme 138 sér od 111 dospělých pacientů v primárním, sekundárním, časně latentním a pozdně latentním stadiu a také pacientů s podezřením na syfilis. Chromozomální DNA T. p. pallidum se v séru dospělých pacientů nepodařilo detegovat. Při vyšetření 11 kožních a slizničních stěrů (7 genitálních, 4 faryngeálních) jsme nalezli 6 pozitivních od 3 pacientů ve stadiu primární a sekundární syfilis. Pozitivní byl rovněž jeden stěr pacienta s časnou kongenitální syfilis. Sekvenování DNA genů TP0136 a TP0548 z pozitivních vzorků prokázalo výskyt dvou kmenů sekvenčně identických s kmenem T. p. pallidum SS14 a dvou unikátních syfilitických kmenů, doposud u T. p. pallidum nepopsaných. U jednoho vyšetřovaného novorozence s pozitivním výsledkem vyšetření kožního vzorku jsme prokázali treponemální DNA také v séru a v cerebrospinálním moku. Pokroky v molekulární typizaci T. p. pallidum v klinickém materiálu přispějí k rozvoji epidemiologie syfilis a přinesou možnosti rozlišení mezi reinfekcí a reaktivací syfilitického procesu.
An in-house two-step nested PCR amplification targeting the tmpC gene (TP0319, encoding putative membrane lipoprotein) was used for detection of chromosomal DNA of Treponema pallidum subsp. pallidum in clinical specimens.We tested 138 blood serum samples from 111 adult patients with suspected, primary, secondary, early or late latent syphilis. T. p. pallidum DNA was not detected in any of the analyzed specimens. Out of 11 mucocutaneous swabs (7 genital and 4 pharyngeal), 6 collected from 3 patients with primary or secondary syphilis tested positive. One skin swab from a patient with early congenital syphilis was also positive as were his serum and cerebrospinal fluid samples. DNA sequencing of the genes TP0136 and TP0548 from the positive samples revealed two strains with DNA sequences identical to that of T. p. pallidum strain SS14 and two unique previously undescribed T. p. pallidum strains. The advances in molecular typing of T. p. pallidum in clinical specimens will be of relevance to the epidemiology of syphilis and will allow for clinical discrimination between reinfection and syphilitic reactivation.
- MeSH
- Molecular Diagnostic Techniques methods statistics & numerical data utilization MeSH
- Research Support as Topic MeSH
- Humans MeSH
- Specimen Handling classification methods statistics & numerical data MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods statistics & numerical data MeSH
- Base Sequence drug effects MeSH
- Bacterial Typing Techniques methods statistics & numerical data utilization MeSH
- Treponema pallidum genetics isolation & purification classification MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Female MeSH
- Publication type
- Comparative Study MeSH
- MeSH
- In Situ Hybridization methods utilization MeSH
- Skin Diseases, Infectious diagnosis MeSH
- Molecular Biology classification methods MeSH
- Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods MeSH
- Predictive Value of Tests MeSH
- Sexually Transmitted Diseases diagnosis etiology MeSH
- Publication type
- Review MeSH
- MeSH
- Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma diagnosis MeSH
- Child MeSH
- Fluorescence MeSH
- Genes, p16 genetics immunology MeSH
- Humans MeSH
- Polymerase Chain Reaction classification methods utilization MeSH
- Gene Expression Regulation, Neoplastic genetics immunology MeSH
- Neoplasm, Residual diagnosis MeSH
- Check Tag
- Child MeSH
- Humans MeSH