The project is aimed at members of genus Rotavirus groups A, B, and C (RVA, RVB and RVC) which are an important cause of gastroenteritis worldwide. In the Czech Republic, the rotavirus diagnostics is directed to RVA antigen in stools; the prevalence of RVB and RVC in children and adult patients is unknown. RVC was described as an aetiological agent of diarrhoea in several European countries and RVB is commonly diagnosed in Asia as a cause of adult gastroenteritis. Increased migration, aging of population, and documented zoonotic potential of rotaviruses substantiate the need for research in this field. Especially endangered groups of population are socioeconomically segregated subpopulations and immigrants from developing countries. The goal of the project is to carry out an epidemiological study in different age groups of population and assess the distribution of circulating genotypes based on the sequence and phylogenetic analyses including next-generation sequencing. Next the PCR-based diagnostic method will be developed for detection of all rotavirus groups present in populati...

Projekt se zaměřuje na rotaviry skupin A, B a C (RVA, RVB a RVC), které patří celosvětově k významným původcům gastroenteritid dětí i dospělých. V České republice je běžně prováděna diagnostika RVA antigenu ve vzorcích stolice, nicméně prevalence RVB a RVC u dětských i dospělých pacientů není známá. RVC byl prokázán jako původce gastroenteritid v některých evropských zemích a RVB je běžně diagnostikován v Asii jako původce průjmů dospělých. Zvýšená migrace obyvatelstva, prokázaný zoonotický potenciál rotavirů a stárnutí populace odůvodňují potřebu výzkumu v této oblasti. Ohroženy jsou zejména sociálně slabé skupiny obyvatelstva se sníženými hygienickými standardy včetně imigrantů z rozvojových zemí. Cílem projektu bude provést epidemiologickou studii u různých věkových skupin obyvatelstva a na základě sekvenční a fylogenetické analýzy s použitím celogenomového sekvenování stanovit zastoupení cirkulujících genotypů. Na základě získaných údajů bude vyvinuta diagnostická metoda založená na PCR, která umožní detekci všech skupin humánních rotavirů, jejichž výskyt lze v populaci očekáv...

• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• fylogeneze MeSH
• gastroenteritida etiologie   virologie   MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• rotavirové infekce virologie   MeSH
• Rotavirus izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• virologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

An unusual reassortant rotavirus A (RVA) strain was isolated during RVA surveillance in two previously hospitalized children in 2018. G/P typing revealed uncommon G9P[4] genotypes, so the strains were further characterized by Illumina next-generation sequencing. Whole-genome typing showed that the two strains had a DS-1-like backbone except for NSP2: G9-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N1-T2-E2-H2. The two strains shared 99.9-100% nucleotide sequence identity in all genes.

• MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom virový MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• rotavirové infekce virologie   MeSH
• Rotavirus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Group A Rotaviruses (RVA) are the leading cause of acute gastroenteritis in children and a major cause of childhood mortality in low-income countries. RVAs are mostly host-specific, but interspecies transmission and reassortment between human and animal RVAs significantly contribute to their genetic diversity. We investigated the VP7 and VP4 genotypes of RVA isolated from 225 stool specimens collected from Czech patients with gastroenteritis during 2016-2019. The most abundant genotypes were G1P[8] (42.7%), G3P[8] (11.1%), G9P[8] (9.8%), G2P[4] (4.4%), G4P[8] (1.3%), G12P[8] (1.3%), and, surprisingly, G8P[8] (9.3%). Sequence analysis of G8P[8] strains revealed the highest nucleotide similarity of all Czech G8 sequences to the G8P[8] rotavirus strains that were isolated in Vietnam in 2014/2015. The whole-genome backbone of the Czech G8 strains was determined with the use of next-generation sequencing as DS-1-like. Phylogenetic analysis of all segments clustered the Czech isolates with RVA strains that were formerly described in Southeast Asia, which had emerged following genetic reassortment between bovine and human RVAs. This is the first time that bovine-human DS1-like G8P[8] strains were detected at a high rate in human patients in Central Europe. Whether the emergence of this unusual genotype reflects the establishment of a new RVA strain in the population requires the continuous monitoring of rotavirus epidemiology.

• MeSH
• antigeny virové genetika   MeSH
• feces virologie   MeSH
• fylogeneze MeSH
• gastroenteritida epidemiologie   virologie   MeSH
• genom virový genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• prevalence MeSH
• reassortantní viry genetika   izolace a purifikace   MeSH
• RNA virová genetika   MeSH
• rotavirové infekce epidemiologie   virologie   MeSH
• Rotavirus genetika   izolace a purifikace   MeSH
• skot MeSH
• virové plášťové proteiny genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• genotyp MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• rotavirové infekce * diagnóza   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Rotavirus izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• epidemiologické faktory MeSH
• feces virologie   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom virový MeSH
• genotypizační techniky metody   MeSH
• klinické chemické testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• prasata virologie   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• Rotavirus * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• virové zoonózy * epidemiologie   přenos   virologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl práce: Cílem tohoto sdělení je prezentovat výsledky dvou komerčně dostupných souprav určených pro rutinní detekci rotaviru A v lidské stolici ve srovnání s komerčně dostupným kvantifikačním reverzně transkripčním PCR (RT-qPCR) testem a vlastním RT-qPCR testem. Materiál a metody: Celkem bylo vyšetřeno všemi čtyřmi metodami 749 vzorků stolice získaných ze čtyř diagnostických laboratoří v průběhu období od března 2016 do června 2017. U jedné třetiny vyšetřených pacientů byla uvedena diagnóza související s postižením gastrointestinálního traktu, zbytek vyšetřených vzorků byl odebrán od pacientů s jinými základními diagnózami. Vzorky byly vyšetřeny metodou enzymatické imunoanalýzy (EIA) (RIDASCREEN® Rotavirus) a rychlým imunochromatografickým testem (RDT) (IMMUNOQUICK® No-Rot-Adeno). Jako referenční metoda byl použit RT-qPCR test (Primerdesign™ Genesig® Kit), který byl také srovnán s vlastním RT-qPCR testem připraveným v naší laboratoři. U referenčního RT-qPCR testu byly vzorky s pozitivním signálem reakce v 28. a vyšším cyklu (Ct ≥ 28) hodnoceny jako negativní, aby byly do srovnání citlivosti metod zahrnuty pouze vzorky klinicky relevantní. Výsledky: U obou rutinních diagnostických testů byla stanovena citlivost (EIA - 84,2 %, RDT - 82,5 %) a také specificita (EIA - 97,8 %, RDT - 96,4 %). Prediktivní hodnota pozitivního testu byla 87,3 % pro EIA a 80,3 % pro RDT. Prediktivní hodnota negativního testu byla vypočítána jako 97,2 % pro EIA a 96,8 % pro RDT. Počet pozitivních vzorků zjištěných referenčním RT--qPCR testem s vlastní stanovenou hladinou cut-off byl 15,2 % (n = 114). Srovnání vlastního RT-qPCR testu a referenčního RT--qPCR testu ukázalo velmi dobrou shodu výsledků - citlivost vlastního testu byla 100 % a specificita 99,7 %. Závěry: Metoda RT-qPCR je pro sledování výskytu rotavirové gastroenteritidy citlivější metodou než rutinně používané testy EIA a RDT. Tyto dva testy ve srovnání s referenční metodou vykázaly velmi dobrou specificitu. Test EIA byl však ve všech sledovaných parametrech funkčnosti vyhodnocen lépe než RDT.

Objective: The aim of this study was to compare results of two commercially available kits used for routine detection of Rotavirus A in human stool samples with results of commercial quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR) test and in-house RT-qPCR. Material and methods: In total, 749 stool samples were screen-ed with the use of four different methods. The samples were collected from four diagnostic laboratories from March 2016 to June 2017. Diagnose of gastrointestinal disorders was stated in one third of tested patients, the rest of samples was collected from patients with other primary diagnose. The samples were tested with the enzymatic immunoassay (EIA) (RIDASCREEN® Rotavirus) and with rapid diagnostic immunochromatographic test (RDT) (IMMUNOQUICK® No-Rot-Adeno). As a reference method a commercial RT-qPCR test was used (Primerdesign™ Genesig® Kit) and it was compared with in-house RT-qPCR test prepared in our laboratory. The samples which in the reference RT-qPCR gave positive signal of reaction in cycle 28 or higher (Ct ≥ 28) were assessed as negatives in order to include only samples with some clinical relevance into sensitivity determination. Results: Diagnostic sensitivity was assessed as 84.2% for EIA and 82.5% for RDT. The specificity of those tests was calculated as 97.8% for EIA and 96.4% for RDT. The performance of both diagnostic tests describing their positive predictive value was determined to be 87.3% for EIA and 80.3% for RDT. Negative predictive value was calculated to be 97.2% for EIA and 96.8% for RDT. Proportion of RVA-positive samples determined with the reference RT-qPCR test with our own cut-off level was 15.2% (n=114). Comparisons of the in-house and reference RT-qPCR tests showed very good agreement of results. The sensitivity of the in-house test was 100% and its specificity 99.7%. Conclusions: RT-qPCR is more sensitive for surveillance of rotavirus gastroenteritis than routinely used EIA or RDT methods. The specificity of both evaluated tests was very high. However, EIA was in all performance parameters assessed better than RDT.

• MeSH
• chromatografie afinitní MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• gastroenteritida diagnóza   MeSH
• imunoanalýza MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• Rotavirus * izolace a purifikace   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Population of wild boar is increasing in the whole Europe, the animals migrate close to human habitats which greatly increases the possibility of natural transmission between domestic animals or humans and wild boars. The aim of the study was to estimate in population of free-living wild boar in the Czech Republic the prevalence of enteric viral pathogens, namely rotavirus groups A and C (RVA and RVC), porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), and members of family Coronaviridae (transmissible gastroenteritis virus - TGEV, porcine epidemic diarrhea virus - PEDV, porcine respiratory coronavirus - PRCV, and porcine hemagglutination encephalomyelitis virus - PHEV) and Picornaviridae,(teschovirus A - PTV, sapelovirus A - PSV, and enterovirus G - EV-G). In our study, stool samples from 203 wild boars culled during hunting season 2014-2015 (from October to January) were examined by RT-PCR. RVA was detected in 2.5% of tested samples. Nucleotide analysis of VP7, VP4, and VP6 genes revealed that four RVA strains belong to G4P[25]I1, G4P[6]I5, G11P[13]I5, and G5P[13]I5 genotypes and phylogenetic analysis suggested close relation to porcine and human RVAs. The prevalence of RVC in wild boar population reached 12.8%, PTV was detected in 20.2%, PSV in 8.9%, and EV-G in 2.5% of samples. During our study no PRRSV or coronaviruses were detected. Our study provides the first evidence of RVC prevalence in wild boars and indicates that wild boars might contribute to the genetic variability of RVA and also serve as an important reservoir of other enteric viruses.

• MeSH
• antigeny virové genetika   MeSH
• Coronaviridae genetika   izolace a purifikace   MeSH
• feces virologie   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genotyp MeSH
• infekce viry z čeledi Coronaviridae epidemiologie   veterinární   virologie   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci prasat epidemiologie   virologie   MeSH
• Picornaviridae genetika   izolace a purifikace   MeSH
• pikornavirové infekce epidemiologie   veterinární   virologie   MeSH
• prasata MeSH
• rotavirové infekce epidemiologie   veterinární   virologie   MeSH
• Rotavirus genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Sus scrofa MeSH
• virové plášťové proteiny genetika   MeSH
• zdroje nemoci MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika epidemiologie   MeSH

The surveillance study of rotavirus gastroenteritis at the University Teaching Hospital Trenčín area, Slovakia, during 2006-2011 confirmed that the genotype profile of circulating rotaviruses was not stable. While G1P[8] dominating genotype dropped from 75 to 7.3 % in the period 2009-2011, genotype G2P[4] that was not detected in 2009 raised to 45.1 % in 2011. Vaccination coverage rose from 4.4 to 22.1 % in the period 2008-2011. Among the community and hospital cases, we observed that the average age of patients with nosocomial infections was significantly less (10.6 months) than in the cases of community rotavirus gastroenteritis (RVGE) cases. Compared to the nosocomial infection cases, the duration of the disease and the duration of hospitalization among the community cases were significantly longer by 0.22 and 3.63 days, respectively, during 2006-2011. Though the vaccination coverage was found to correlate with changes in the type of the circulating rotaviruses, the natural circulation in rotavirus genotypes may not be excluded as important factor contributing to the emergence of G2P[4] strain during the survey period.

• MeSH
• gastroenteritida epidemiologie   virologie   MeSH
• genotyp MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí epidemiologie   virologie   MeSH
• infekce získané v komunitě epidemiologie   virologie   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• rotavirové infekce epidemiologie   virologie   MeSH
• Rotavirus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Slovenská republika MeSH

Rotavirus C (RVC) is a cause of gastroenteritis in swine and has a worldwide distribution. A total of 448 intestinal or faecal samples from pigs of all ages were tested for viruses causing gastroenteritis. RVC was detected in 118 samples (26.3%). To gain information on virus diversity, the complete coding nucleotide sequences of the VP7, VP4, VP6, NSP2, NSP4, and NSP5 genes of seven RVC strains were determined. Phylogenetic analysis of VP7 nucleotide sequence divided studied Czech strains into six G genotypes (G1, G3, G5-G7, and a newly described G10 genotype) based on an 85% identity cutoff value at the nucleotide level. Analysis of the VP4 gene revealed low nucleotide sequence identities between two Czech strains and other porcine (72.2-75.3%), bovine (74.1-74.6%), and human (69.1-69.3%) RVC strains. Thus, we propose that those two Czech porcine strains comprise a new RVC VP4 genotype, P8. Analysis of the VP6 gene showed 79.9-86.8% similarity at the nucleotide level between the Czech strains and other porcine RVC strains. According to the 87% identity cutoff value, we propose the existence of three new RVC VP6 genotypes, I8-I10. Analysis of the NSP4 gene divided porcine RVC strains into two clusters (the E1 genotype and the new E4 genotype, based on an 85% nucleotide sequence identity cutoff value). Our results indicate a degree of high genetic heterogeneity, not only in the variable VP7 and VP4 genes encoding the outer capsid proteins, but also in more-conserved genes encoding the inner capsid protein VP6 and the non-structural proteins NSP2, NSP4, and NSP5. This emphasizes the need for a whole-genome-sequence-based classification system.

• MeSH
• fylogeneze * MeSH
• genetická variace * MeSH
• lidé MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• nemoci prasat virologie   MeSH
• nemoci skotu virologie   MeSH
• prasata MeSH
• rotavirové infekce veterinární   virologie   MeSH
• Rotavirus chemie   klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sekvenční homologie aminokyselin MeSH
• skot MeSH
• virové proteiny chemie   genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Úvod: Noroviry jsou nejčastějším původcem epidemií gastroenteritid celosvětově. Jde o vysoce nakažlivé neobalené RNA viry řazené do čeledi Caliciviridae šířící se fekálně-orální cestou a aerosolem. Klinická manifestace onemocnění u novorozenců je málo známá. Metoda: Klinická observační studie na JIP pro novorozence perinatologického centra FN Hradec Králové. Diagnostika realizována antigenními testy na bázi imunochromatografie Immunocard Stat Norovirus (Meridian, Bioscience Europe, Milano, Itálie) a RIDAQUICK Norovirus test (R-Biopharm, AG, Darmstadt, Německo). Konfirmace výsledků byla provedena v Národní referenční laboratoři pro elektronovou mikroskopii virů Státního zdravotního ústavu v Praze. U všech vyšetřovaných pacientů byl současně proveden test na průkaz antigenu rotavirů a adenovirů ve stolici kazetovým imunochromatografickým testem Rota-Adeno-Card (Vidia, Certest, Španělsko). Kultivační vyšetření stolice bylo realizováno pomocí standardních mikrobiologických postupů. Nekrotizující enterokolitida (NEC) byla definována jako onemocnění ve stupni minimálně IIa podle Bellových kritérií modifikovaných Walshem a Kliegmanem. Výsledky: Norovirový antigen byl prokázán ve vzorku stolice u 21 pacientů, u jednoho dalšího pacienta byla pozitivní elektronová mikroskopie při negativním antigenním testu. Konfirmace imunochromatografických testů elektronmikroskopicky byla realizována v 17 případech, shoda byla 75%. Medián věku při rozvoji klinických příznaků nebo první pozitivitě testu byl 17,5 dne s rozptylem 5–38 dní, medián gestačních týdnů (GT) a porodní hmotnosti byl 29 GT (24–38), resp. 1073 g (530–3260). Klinicky zcela asymptomatických bylo 6 pacientů. Nejčastějším symptomem onemocnění byla enteroragie u 9 (56 %) pacientů. Poklesy saturace a apnoe byly rovněž velmi časté – 8 (50 %), resp. 5 (31 %) pacientů; u 6 (38 %) pacientů vedly k nutnosti umělé plicní ventilace (UPV). Klinické a radiologické známky nekrotizující enterokolitidy byly shledány u 7 (44 %) pacientů. Závěr: Symptomy norovirových infekcí u novorozenců jsou odlišné od symptomů dospělých a starších dětí. Mezi nejčastější patří distenze břicha, enteroragie, respirační nestabilita se zvýšením nároků na oxygenoterapii a apnoické pauzy, a to v různém časovém sledu. Nekrotizující enterokolitida vyžadující operační řešení není výjimečným vyústěním norovirové infekce. Diagnostika norovirové infekce je svízelná, autoři doporučují konfirmaci antigenních testů RT-PCR nebo elektronovou mikroskopií. Úplná kohortace pacientů i personálu a striktní dodržování hygienicko-protiepidemických opatření je podmínkou zvládnutí infekce na novorozeneckých JIP.

Introduction: Noroviruses are most frequent agents causing gastroenteritis worldwide. They are high infective non-capsulated RNA viruses classified in the Caliciviridae family spreading out by the fecal-oral route and by aerosol. Clinical manifestation in the newborns is not known very well. Methods: The clinical observation study was performed at the Neonatal Intensive Care Unit (NICU) of University Hospital in Hradec Kralove. The diagnostics employed antigenic tests based on immunochromatography using the Immunocard Stat Norovirus (Meridian, Bioscience Europe, Milano, Italy and RIDAQUICK Norovirus test (R-Biopharm, AG, Darmstadt, Germany). The results were confirmed at the National Reference Laboratory for Electron Microscopy, National Institute of Public Health, Prague. At the same time all patients underwent the test demonstrating the rotavirus and adenovirus antigens in stools by the cassette immunochromatographic Rota-Adeno-Card test (Vidia, Certest, Spain). The cultivation examination of stools was executed by means of standard microbiological procedures. Necrotizing enterocolitis (NEC) was defined as a disease in the maximum stage IIa according to Bell criteria modified by Walsh and Kliegman at least. Results: Noroviral antigen was demonstrated in the stools of 21 patients, electron microscopy was positive in another patient despite negative antigen test. Immunochromatographic tests were confirmed by electron microscopy in 17 cases, agreement was in 75%. The age median in developed clinical symptoms or first positivity was on day 17.5 with variance of 5 to 38 days, the median of gestation weeks and birth weight was 29 gestation weeks (24–28) resp. 1073 g (530–3260). Six patients lacked clinical symptoms. Enterorrhagia was the most frequent symptom of the disease in nine patients (56%). Desaturations and apnea were also very frequent – 8 (50%) or 5 (31%) patients; six patients (38%) required mechanical ventilation. Clinical and radiological signs of necrotizing enterocolitis were observed in 7 patients (44%). Conclusions: The symptoms of noroviral infections in newborns are different from those encountered in adults and older children. The most frequent include abdominal distension, enterorrhagia, respiration instability with increased demand for oxygen therapy, and apneas, which take place in different time order. Necrotizing enterocolitis requiring surgical treatment is not an exceptional solution of noroviral infection. The diagnostics of noroviral infection is complicated and the authors recommend confirmation of antigenic tests by RT-PCR or electron microscopy. A complete cohort arrangement of the patients and personnel and strict adherence to hygienic-epidemiological measures is a prerequisite for controlling the infection in the NICU.

• Klíčová slova
• noroviry, JIP,
• MeSH
• Adenoviridae izolace a purifikace   MeSH
• antigeny diagnostické užití   MeSH
• chromatografie afinitní MeSH
• dezinfekce metody   MeSH
• epidemie MeSH
• jednotky intenzivní péče o novorozence MeSH
• klinické zkoušky jako téma MeSH
• kultivační techniky MeSH
• lidé MeSH
• nekrotizující enterokolitida diagnóza   MeSH
• neonatologie MeSH
• Norovirus izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• novorozenec MeSH
• přenos infekční nemoci prevence a kontrola   MeSH
• primární prevence metody   MeSH
• příznaky a symptomy MeSH
• Rotavirus izolace a purifikace   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH