Forty strains of Salmonella enterica (S. enterica) subspecies salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb), and houtenae (IV) were isolated from human or environmental samples and tested for bacteriophage production. Production of bacteriophages was observed in 15 S. enterica strains (37.5%) belonging to either the subspecies salamae (8 strains) or diarizonae (7 strains). Activity of phages was tested against 52 pathogenic S. enterica subsp. enterica isolates and showed that phages produced by subsp. salamae had broader activity against pathogenic salmonellae compared to phages from the subsp. diarizonae. All 15 phages were analyzed using PCR amplification of phage-specific regions and 9 different amplification profiles were identified. Five phages (SEN1, SEN4, SEN5, SEN22, and SEN34) were completely sequenced and classified as temperate phages. Phages SEN4 and SEN5 were genetically identical, thus representing a single phage type (i.e. SEN4/5). SEN1 and SEN4/5 fit into the group of P2-like phages, while the SEN22 phage showed sequence relatedness to P22-like phages. Interestingly, while phage SEN34 was genetically distantly related to Lambda-like phages (Siphoviridae), it had the morphology of the Myoviridae family. Based on sequence analysis and electron microscopy, phages SEN1 and SEN4/5 were members of the Myoviridae family and phage SEN22 belonged to the Podoviridae family.
- MeSH
- DNA virů genetika izolace a purifikace MeSH
- druhová specificita MeSH
- elektronová mikroskopie MeSH
- fágy salmonel klasifikace izolace a purifikace fyziologie ultrastruktura MeSH
- fylogeneze MeSH
- genom virový MeSH
- lyzogenie MeSH
- mikrobiologie životního prostředí MeSH
- Salmonella enterica izolace a purifikace virologie MeSH
- salmonelóza mikrobiologie MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- sekvenční homologie nukleových kyselin MeSH
- virová nálož MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- srovnávací studie MeSH
- Geografické názvy
- Československo MeSH
Cíl práce: Cílem této studie bylo určit diverzitu humánních izolátů salmonel v jednom z krajů České republiky v časovém horizontu čtyř let pomocí různých typizačních metod. Materiál a metody: Z fenotypových metod byla použita sérotypizace, fágová typizace a disková difuzní metoda ke stanovení rezistence k antimikrobiálním látkám. Z genotypových metod pak makrorestrikční analýza a pulzní gelová elektroforéza (PFGE). Výsledky: Jako nejčastější sérotyp humánních případů salmonelóz v Jihomoravském kraji byly detekovány Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimuriuma monofazická Salmonella 4,[5],12:i:-. Fágová typizace odhalila dominanci fágového typu 8 u S. Enteritidis a změny ve výskytu fágových typů u S. Typhimurium v průběhu let. Míra rezistence u S. Typhimurium, monofazické salmonely a některých ostatních sérotypů naznačuje vzrůstající problém multirezistentních kmenů jako patogenů člověka. V průběhu studie byly odhaleny izoláty patřící do lokálních i nadnárodních epidemií. Taktéž byly detekovány izoláty sérotypu 9,12:l,v:-, který byl na území České republiky detekován vůbec poprvé. Závěry: Variabilita izolátů získaných ve studii provedené v letech 2009–2012 v Jihomoravském kraji naznačuje, že heterogenita zdrojů humánních salmonelóz je poměrně velká. Nicméně odhalení několika případů s možnou epidemickou souvislostí ukazuje na důležitost provádění pečlivé typizace humánních izolátů a jejich porovnání s kmeny non-humánního původu. Zvýšená míra rezistence u některých sérotypů dokazuje nezbytnost monitorování situace v oblasti výskytu multirezistentních kmenů.
Study objective: To characterize the diversity of human Salmonella isolates from one of the administrative regions of the Czech Republic in a time horizon of four years using different typing methods. Material and methods: The following phenotyping methods were used: serotyping, phage typing, and the disk diffusion method for antimicrobial susceptibility testing. Genotyping was performed using DNA macrorestriction analysis resolved by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: The most common serotypes involved in human cases of salmonellosis in the South Moravian Region were Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimurium, and monophasic Salmonella 4,[5],12:i:-. Phage typing revealed the predominance of phage type 8 in S. Enteritidis and changes in phage types of S. Typhimurium over years. The resistance levels in S. Typhimurium, monophasic Salmonella, and some other serotypes give increasing cause for concern about multidrug resistant strains as human pathogens. The study isolates were assigned to the complexes implicated in both local and international outbreaks. Isolates of serotype 9,12:l,v:- were identified for the first time in the Czech Republic. Conclusions: The diversity of the study isolates from 2009–2012 collected in the South Moravian Region suggests a high heterogeneity of the sources of human salmonellosis. However, the detection of several cases likely to be epidemiologically linked points out the need for careful typing of human isolates and their comparison with the strains of non-human origin. Higher resistance levels in some serotypes is behind the need for the surveillance of multidrug resistant strains.
- MeSH
- antibiotická rezistence MeSH
- diskové difúzní antimikrobiální testy MeSH
- fágy salmonel * izolace a purifikace MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky MeSH
- Salmonella typhimurium izolace a purifikace MeSH
- Salmonella * genetika izolace a purifikace MeSH
- sérotypizace * MeSH
- statistika jako téma MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- dospělí MeSH
- epidemie MeSH
- fágy salmonel izolace a purifikace MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- kontaminace potravin MeSH
- lidé MeSH
- manipulace s potravinami MeSH
- nemocniční oddělení MeSH
- otrava salmonelou * diagnóza epidemiologie terapie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- restaurace MeSH
- Salmonella enterica * izolace a purifikace patogenita účinky léků MeSH
- salmonelóza * diagnóza etiologie terapie MeSH
- zásobování potravinami MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- MeSH
- antibiotická rezistence MeSH
- fágy salmonel genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- plazmidy fyziologie izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Salmonella enteritidis klasifikace účinky léků virologie MeSH
- salmonelóza mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
